根據朱可夫的提議，西伯利亞三個特別軍區被分別改組成東北方面軍、東方方面軍和東南方面軍。兩天以後，又成立了北方方面軍和南方方面軍。斯大林不斷要求得到邊境情況和執行２號命令所採取的措施的報告。他好幾次當面或者打電話對鐵木辛哥、朱可夫和瓦圖京說：「你們究竟什麼時候才能把邊境的戰鬥情況清清楚楚地報告上來？巴甫洛夫、基爾波諾斯、庫茲涅佐夫都在幹什麼？還有總參謀部在幹什麼？」
瓦圖京有兩三次把作戰地圖帶到克里姆林宮。但是並沒有什麼令人寬心的消息。地圖上用紅藍鉛筆仔細地標出各個集團軍和軍的配置地區、航空兵的基地以及預備兵團的開進方向。但是卻沒有主要的東西：戰鬥究竟在什麼地方進行？敵人在何處？蘇聯部隊的行動是什麼xing質的？克里姆林宮中的人們還沒有意識到，中**隊已經破壞了他們的指揮和通訊聯絡，而對東方方面軍則幾乎已經使之完全癱瘓了。巴甫洛夫大將在敵人入侵幾小時後就喪失了對本方面軍部隊的指揮線索。中國偵察機幾個月來幾乎不受懲罰的飛行和間諜的報告使華軍指揮部能十分準確地切斷所有的指揮所、通訊線路、機場、倉庫和部隊的部署位置。華軍的第一次打擊（空軍的、炮兵的、坦克的）是極有成效的。華軍空投的破壞人員破壞了有線通訊。而有線通訊在當時比無線通訊有更大的作用。
東北方面的情況也不妙。據第８集團軍司令部報告的情況。「沒有保衛邊界的任何明確的計劃。部隊主要是在築壘地區修建工事。修築機場。各部隊都沒有補足編製。永久xing工事沒有修好。當天早晨軍區的飛機就幾乎全部在機場上被燒燬。本應支援第８集團軍的混合航空兵師只剩下５至６架飛機了……」
而斯大林一直在等待著勝利的消息，或者至少是讓人產生希望的消息。這樣的消息不見到來。只要他辦公室的房門一打開，斯大林就迅速抬起頭來，盯著來人的面孔。沒有使人放心的戰報。「領袖」坐立不安。在戰爭爆發的第一天裡，斯大林只喝了一杯茶。他以為是軍事首長們遲遲不肯行動，猶豫不決，對早晨發往各邊境軍區的命令的意義認識不足。國內戰爭時，他常常作為黨的全權代表被派往各條戰線。他相信用硬xing的要求、威脅及各種行政xing措施對司令部及其領導人施加巨大壓力是卓有成效的辦法。情況不明使他感到壓抑。斯大林再也不能等待下去了。同莫洛托夫、ri丹諾夫和馬林科夫討論鐵木辛哥發來的關於建立最高統帥部的文件還沒有結束，他就突然站起身來，在辦公室裡踱了個來回。命令道：「緊急派遣最高統帥部有權威的代表到東南方面軍和東方方面軍去。去巴甫洛夫處的是沙波什尼科夫和庫利克，去基爾波諾斯處的是朱可夫。今天就乘飛機去。立即出發。」
他走到桌邊，環顧了所有在場的人，又堅決而且似乎是用威脅的口吻說：「立即出發。」
大家都贊同地點點頭。斯大林覺得。必須由zhōng yāng不斷發出強大的推動力來激發各司令部和部隊採取更果斷的行動。按照他的倡議和要求，瓦圖京到黃昏時擬好了總軍事委員會的又一份命令（由蘇聯元帥鐵木辛哥任主席的最高統帥部是第二天才成立的）。這份命令的草稿經過斯大林仔細修改。三次使用「國境線」一詞的句子結構本身表明，斯大林是「神不守舍」。這個命令由鐵木辛哥、馬林科夫和朱可夫簽署。儘管朱可夫已經飛往基輔，斯大林仍舊命令署上他的名字。
戰爭的第一個晝夜快結束了。斯大林還希望從縱深開進的兵團會阻止，然後粉碎入侵的中**隊。而且到晚上１０點鐘時，瓦圖京帶來了總參謀部的戰報，其中讓人放心地歸納說：「紅軍野戰部隊的先頭部隊到達後，敵軍在國境線大部分地段的進攻已被擊退，並蒙受損失。」這份戰報使大家有點活躍起來了，甚至是喜氣洋洋。斯大林和他辦公室裡所有的人還不知道。華軍在許多地方一晝夜間突入蘇聯領土達數十公里。
從4月3ri早晨起，斯大林還抱有的幻想開始迅速煙消雲散。他兩次試圖和巴甫洛夫本人取得聯繫。但兩次東方方面軍司令部都簡單地回答說：「司令員下部隊了。」從方面軍參謀長克利莫夫斯基赫少將處也得不到一點確切的消息。於是產生了一種可怕的猜測：司令部失去了對部隊的指揮，而且控制不了事態的悲劇xing發展。
而東方方面軍司令部的確在一晝夜之後失去了對部隊的指揮。巴甫洛夫這位方面軍司令員從司令部所獲得的零星消息中，在戰爭爆發後的第４天才明白了：敵軍的快速集團兩三天後就能從東北和東南方向逼近鄂木斯克。在突出部作戰的方面軍所屬第３和第１０集團軍各部隊處境艱難。它們受到兩翼迂迴，一部分甚至被敵軍繞到了後方。在這種情況下，巴甫洛夫決定退卻看來是正確的，因為他看到在鄂木斯克方向還留有一條５０至６０公里寬的走廊。但要實現這個決定卻極其困難。在這個時候，巴甫洛夫大將簽署了在這場戰爭中的為數不多的命令之一：
「第１３、第１０、第３及第４集團軍司令員：今天，即4月3至4ri夜間，不晚於２１點開始退卻。各部應做好準備。以坦克為前衛，騎兵及強大的反坦克防禦部隊為後衛。這次行軍應在強有力的後衛掩護下，晝夜兼程疾進。在遼闊的戰線上甩掉敵人……應在一晝夜間一舉躍出６０公里以上……允許各部隊充分徵用當地工具並徵集任何數量的馬拉大車……」
巴甫洛夫在指示退卻的最後路線時。並不知道部隊已經沒有燃料和運輸工具了。它們在戰鬥的最初幾天裡被敵人奪走或是被摧毀了。各兵團零亂的退卻是在華軍空軍握有制空權、華軍的快速集團迅速迂迴運動的極其困難的條件下進行的。斯大林指望得到令人寬心的消息是沒有根據的。事態的悲劇xing發展ri益加劇。
此後幾天內。特別是到月底時，斯大林終於意識到了致命威脅的規模。他在一段時間裡簡直喪失了自制力，處於jīng神極其壓抑的狀態。4月6至8ri，斯大林極為沮喪和震驚，以致不能表現出自己是一個認真的領導者。他的jīng神危機是深刻的，雖然為時不算太久。而在這次危機到來之前，他曾試圖採取一些措施，發佈某些命令。嘗試過給最高指揮機構打氣。在2ri早晨討論成立武裝力量統帥部最高統帥部時，他出乎大家意料，打斷了討論，建議在最高統帥部下設立常任顧問室。馬林科夫和鐵木辛哥正在起草文件。他們交換了一個眼se，可是並沒有表示異議。斯大林迅速地口述了常任顧問的名單：在最高統帥部下設立最高統帥部常任顧問室，成員有庫利克元帥、沙波什尼科夫元帥、梅列茨科夫、空軍司令ri加廖夫、瓦圖京、防空司令沃羅諾夫、米高揚、卡岡諾維奇、沃茲涅先斯基、ri丹諾夫、馬林科夫、梅赫利斯等。作為zheng fǔ決議發出的這份決定由波斯克列貝捨夫簽署後，用電報發給各軍區和方面軍。但是這個顧問室只存在了兩星期，就悄悄地「壽終正寢」了，沒有來得及發揮作用。
斯大林和總參謀部戰前失誤的還有事先不曾仔細地研究成立戰時領導國家的特別機構——國防委員會，以及武裝力量的最高戰略領導機構——最高統帥部的問題。這兩個機構是在戰爭已經開始之後才成立的。此外，總參謀部也被削弱了，總參謀長就接連換了三個。這些失誤，還有其他的許多疏漏立刻就尖銳地顯示出來了。
從各方面軍司令部來的零星消息、航空偵察所得資料和最高統帥部全權代表的報告使斯大林陷入極端的惘然若失的狀態。在聽取瓦圖京的例行報告時。他本人表現出的幾乎是令人麻木的驚慌不安。瓦圖京字斟句酌，低聲報告東方方面軍和東北方面軍試圖進行反擊，但空中掩護薄弱，行動不協調，炮火保障很差，因此沒有獲得預期的結果。部隊受到了巨大損失，繼續退卻。而且往往是凌亂的後撤。瓦圖京補充說，處境特別艱難的是第３和第１０集團軍各部。它們實際上已經被包圍。華軍的坦克縱隊已逼近鄂木斯克。
「您說什麼？逼近鄂木斯克？！您怕是搞錯了？！您這是從哪兒來的消息？」
「不是，我沒有搞錯，斯大林同志。」瓦圖京仍舊聲音不高，用歉意的口吻回答說，「總參謀部派到部隊去的代表的報告和航空偵察的材料是一致的。今天可以說，一線部隊沒能在國境線上阻住敵人並保證後續部隊的展開。東方方面軍的戰線實際上已經被突破了……」
「……可是五六天裡怎麼會讓敵軍深入蘇聯國土１５０至２００公里？！這簡直不可理解！巴甫洛夫、庫利克、沙波什尼科夫是幹什麼的？總參謀部為什麼不去指揮部隊？」
軍人們一聲不響，聽著斯大林惡狠狠的、令人難堪的嘮叨。等到終於得到准許時，趕緊返回自己的總參謀部去了。
斯大林並不知道。戰爭的最初幾天裡，各條戰線都是亂糟糟的，有時簡直是一片混亂。司令部不斷發出新的命令和指示，而這些命令和指示又都落後於急速變化的形勢。不僅處境危殆的東方方面軍是這樣，而且其他各方面軍的情況也是這樣。第８機械化軍軍長裡亞貝捨夫後來回憶戰爭的最初幾天時（在專送總參謀部的報告裡）說：「直到2ri１０時，我才接到２６集團軍司令員的命令。讓我軍在比斯克市以西集結……我們行軍８０公里後。在3ri19時到達指定的集結地區，而在２２時３０分又接到新的命令：2ri１２時前，我軍應開到以東２５公里處。這天下午，已劃歸第６集團軍的我軍又奉命開到巴爾瑙爾地區……我們趕到了。２３時，東南方面軍司令員的命令又給我們提出了新任務：4ri早晨對敵人實施突擊。而在此以前，我軍一晝夜半中行軍３００公里……4月3ri，第８機械化軍在指定地區集結。早晨轉入進攻，獲得局部勝利，但整個說來沒有完成任務。燃料耗盡了。空中只有中國人的飛機。6ri４時，我們接到新的命令：全軍後撤。作為方面軍的預備隊。我們開始後撤。６時４０分來了新命令：向敵人實施突擊。但部隊已經開始後撤。１０時，東南方面軍軍事委員、軍級政委瓦舒金來到軍指揮所。他以槍決相威脅，要求我執行命令。但部隊已被包圍。後來查明，方面軍司令部原定的進攻已經取消了……我們以兩個師的兵力據守時。才得知進攻的命令早已取消了……我們各部隊分別突圍出來。按照方面軍司令部的命令撤退。我們向方面軍司令部送去報告，但司令部所在地已被敵軍佔領……」由於戰鬥和不停的調動，「撤到安全地帶的只有不超過１０％的坦克和２１％的裝甲車輛。後來該軍即被解散……」
在戰爭的最初幾天和幾個星期中，蘇聯最高領導和方面軍領導被出乎意料的事態發展嚇呆了，以自己並不符合實際情況的舉動增添了混亂。沒完沒了的調動、缺乏靈活的協同動作、失去對各兵團的指揮能力以及不瞭解真實情況，只能加劇部隊原來已經十分危急的處境。
戰前的失算、指導能力不強、害怕挑釁、許多新提拔的指揮員和司令員訓練不夠，使得蘇聯軍隊和防務都很虛弱，難以駕馭，以致很快就喪失了自信心。儘管蘇聯報紙介紹了邊防軍人的英勇氣概、航空兵和坦克兵的功績，報道了全國奮起抗擊敵人的情景……這些都是真實的。但是在前線——這是不能對人民隱瞞的——慘劇ri益逼近。斯大林感到全國都在看著他這位「領袖」。他和伏羅希洛夫一起曾經一再向蘇聯人民保證紅軍有能力粉碎任何敵人。在這些ri子裡，他的「鋼鐵」意志劇烈地變形了，而且無論如何也不能振作起來。有時他似乎覺得已經是走投無路了。當瓦圖京在例行報告中，在地圖上指出第８和第１１集團軍沿著不同的方向撤退時，斯大林清楚地看到東方方面軍和東北方面軍之間的一個１３０公里寬的大缺口！東方方面軍的主力不是被包圍，就是被擊潰了。而東南方面軍眼下還能屹立不動。他斯大林怎麼會不聽專家的意見，批駁了最可能的主要打擊方向就是東方方面軍的看法呢？他怎麼會一時糊塗了呢？為什麼人們沒有說服他呢？為什麼軍人們沒有讓他注意中國人戰略的特點呢？現在只好對部隊做大規模的調整。然而時間緊迫！
斯大林煩躁不安，對人嚴厲，不時召見一些人，有時則獨自呆在別墅或辦公室裡。一連幾個小時不見動靜。鐵木辛哥等人民委員同時被任命為最高統帥部首腦，他感到這個職務十分尷尬。周圍的人們也明白，實際的領導作用和全部權力反正是掌握在斯大林手中的。而他的舉止卻火氣大得有些反常；大家都看出了他的壓抑和極端憂鬱。斯大林的情緒在某種程度上也傳染了總參謀部的領導。結果在最初的三四天裡沒有如實地權衡正在形成的局面，直到4月7ri才一本正經地談到防禦，談到修築防禦地區。動用預備隊。最高統帥部給部隊發出的命令在許多情況下只能被認為是在絕望和不瞭解情況下作出的姿態，是一種不擇手段、不計場合而只求取得些許成功的意願。
最高統帥部一再命令巴甫洛夫立即對敵人的坦克加以包圍並殲滅之。並為空中進行打擊做好準備。事實上這些命令已經不可能被執行，但最高統帥部還是接二連三的發出這樣的命令，有的拿到甚至連使用一個坦克排的兵力都做了規定……
斯大林夜間回到近郊的別墅後，就走進自己的辦公室，和衣躺在長沙發上。可是他不能入睡。他起身走過客廳、飯廳。在列寧像的上方依舊亮著一盞電燈。漆成仿橡樹的深se牆壁恰好映襯著斯大林yīn沉的情緒。他漫無目的地在幾個房間裡走了走，瞟著電話機（別墅裡有三架克里姆林宮的「自動電話」，分別放在不同的地方），似乎是在等待著，同時又害怕聽到可怕的新消息。