這就是新教徒起義的最大悲劇，它無法從大部分支持者的庸俗理智中脫離出來。結果，西部與北部的人並不像所期望的那般獲得長足的進步。宗教改革運動沒有產生那個所謂從不犯錯的人，卻貢獻了一本據說是完美無瑕的書。沒有出現了一個擁有無上權利的執政者，卻湧現了千千萬萬個小當權者，每個人都希望在自己的範圍裡作為領袖。它沒有將基督世界一分為二，一半是統治者的，一半是非統治者，一半是真正的信徒，一半是異端之人，而是產生了不計其數個有意見分歧的小團隊，相互滿意共同的地方，還對那些與自己意見不一樣的人充滿仇視。它並未建立寬容的統治，而是依照早期教會，一旦得到權力，憑借數不清的宗教手冊、教旨與懺悔築起了一道堅不可摧的防線，於是公然宣戰，對不贊同他們社團的官方教義的人進行無情的打擊。不過在十六、十七世紀的思想發展中，這是避免不了的。要形容像路德與加爾文那般領袖的勇氣，僅有一個詞，說起來十分嚇人：巨大無比。德國邊遠地區有一所潮汐大學，那兒的一位教授是個淳樸的多明我會僧人，他竟敢公開燒燬了某項教皇訓諭，用他叛逆思想強烈敲打教會的大門。
還有位體弱多病的法蘭西人，他將瑞士的一個小村鎮改造成了一座堡壘，毫不將教皇的力量放在眼裡。這樣的事例展現了大眾的剛毅堅強，堪稱絕無僅有，現今世界也沒有可與之相媲美的。這些膽大妄為的反叛者在很短的時間裡就找到了朋友與支持者，只不過這些人都懷有個人目的，那些支持者也不過是渾水摸魚，好在這並非該書所要探討的問題。反叛者們為自己的良知用生命的代價來賭博之時，不能卜測出世界將會是什麼樣子的，也預計不到最後北部大部分國家會雲集到自己的麾下。可一旦他們捲入自己引發的漩渦之中，便只能隨波逐流了。不久，如何讓自己保持在水面之上的問題讓他們精疲力竭。在千里之外的羅馬教皇終於知道，這場令人討厭的動亂比多明我會與奧古斯丁修士間的爭吵還要嚴重得多。它是某個法國牧師的陰謀。為了討諸多資助人的歡心，教皇暫時停止建造心愛的大教堂，召開會議商討發動戰爭。教皇的訓諭與驅逐出教會的命令飛送到四面八方，帝國軍隊開始出擊。叛亂的領袖們無路可退，只得背水一戰。偉大的人物在殘酷的衝突中喪失平衡的觀念，在歷史上這已不是第一次了。
路德曾經大聲疾呼，「將異教徒燒死是違背聖靈的」，可幾年之後，只要他想起可惡的德國人與荷蘭人竟有傾向於浸禮教徒的思想，就咬牙切齒地痛恨，基本上達到了瘋狂的地步。最初這個無畏的改革者還堅持覺得，將自己的邏輯體系強加於上帝是不應該的，可是到最後卻燒死了理論明顯勝他一籌的敵人。到明天，今天的異教徒就成為一切持異見者的大敵。加爾文與路德時常談論新的紀元，到那時黑暗過後最終還是會出現曙光，不過在有生之年裡他們一直是中世紀傳統的虔誠後代。在他們看來，寬容從頭到尾就不是也不會是什麼美德。在他們沒有容身之所之時，還情願乞靈於對自由充滿信仰的神聖權力，用來作為攻擊敵人的論點。仗一旦打贏，這個深得人心的武器就會被小心地放到新教徒的廢品庫的某一角落，同別的好多善良的意願一起被作為沒有實用價值的東西扔掉。它待在那兒，被忽略，被遺忘，直到過了好多年之後才從滿載舊式說教的木簡後面被找出來，人們將它撿起，抹去污跡，再一次走進戰場，不過運用它的人的本質已完全改變，同十六世紀初期奮戰的人毫不相同。可是對於寬容事業，新教徒革命也作出了很大貢獻。
這並非革命自身取得的，這方面的收益甚微。可是宗教改革的全部結果卻間接地促進了諸多方面的進步。首先，它讓人熟悉了《聖經》。教會從未勒令人們禁止讀《聖經》，可也沒有提倡普通百姓研究這本聖書。目前終於每個正直的麵包匠與燭台製造師都能夠擁有一本聖書了，能在工棚裡獨自鑽研它，得出結論，沒有必要擔心會在火刑柱上被燒死。熟悉能夠將人們不得而知的神秘事物面前的恐懼感抵消。在宗教改革後的兩個世紀以來，虔誠的新教徒對自己從《舊約》中讀到的全部都相信，從巴拉姆的驢子至喬納的鯨魚。那些勇於質詢一個逗號的人（學識淵博的阿伯拉罕·科洛威斯的「帶有啟發性的」元音點）明白最好不要讓別人聽到他們懷疑的偷笑。這並非是由於他們依舊害怕宗教法庭，而是由於新教牧師偶爾會讓他們的生活很不愉快，眾說紛紜的指責所產生的經濟後果就算不是毀滅性的，也會相當嚴重。事實上這本書是一個由遊民與商人組合而成的小民族的歷史，不過長期不斷地專研它卻慢慢產生了後果，這是路德、加爾文以及別的改革者預見不到的。
倘若他們預見到了，我可以肯定他們會同教會一樣，反感希伯萊文與希臘文，小心翼翼地不讓《聖經》落入那些凡夫俗子的手中。最後，越來越多治學嚴謹的學者不過是將《聖經》作為一本有趣的圖書賞析，他們覺得，裡面的大量描寫凶殘、貪婪以及謀殺的血流成河令人髮指的故事一定不是在神的指示下寫成的，依照內容的性質判定，那僅僅是處在半野蠻狀態的民族的結果。從那以後，好多人自然而然地不再將《聖經》看做是唯一的智慧源泉。只要自由思考的障礙被解除，被阻塞了近一千年的科學探索潮流就順著自然形成的渠道奔騰而下，從二十個世紀以前丟下的地方開始。被廢棄了的古希臘與古羅馬哲學家的成果又重新撿了起來。從寬容的角度來看，還有一點更加重要，宗教改革將西歐與北歐從某個權力專制中解脫出來，儘管這個專制披著宗教組織的外衣，可事實上卻是羅馬精神專制的不打折扣的翻版。信仰天主教的人們對這些觀點很難苟同，可對這場運動他們也會懷有感激之心，那是因為它不但無法避免，而且給他們的天主教義也帶來了許多好處。原本，天主教會這個曾一度神聖的名字已經成為貪婪與暴虐的代名詞，因而教會才絞盡腦汁，想方設法將這些指責清除掉。
獲得的成功還是相當的輝煌。十六世紀中期之後，梵蒂岡容忍不了波爾吉亞人了。當然，教皇同從前一樣，依舊都是意大利人，事實上要想改變這種規矩是不可能的，就好比古羅馬時期在選舉教皇時受信任的大主教們要是挑選出一個德國人、法國人或別的任何一個外籍人，下層民眾肯定會將城市鬧得天翻地覆。新教皇的選舉非常慎重，只有最德高望重的人才有可能當選。在忠誠的耶穌會會士輔佐，新主人開始進行徹底的大清洗。肆意胡為的事情不再發生了。修道院的教士必須研究（也就是服從）修道院創始人制定下來的規矩。在文明城市中，行乞的僧人消失的無影無蹤。人們對宗教改革的嗤之以鼻態度已消失，繼而到來的是熱烈嚮往聖潔有益的生活，行善事，盡所能幫助那些無力承擔生活負擔的不幸之人。就算是這樣，教會還是沒有把已失去的大片疆土收復回來。按地理概念來看，歐洲北半部人依然信奉新教，只是在南半部保留了天主教信仰。可是，倘若我們用圖畫將宗教改革的成果來說明，則歐洲實際產生的變化就更加清晰明瞭了。在中世紀，有一所包羅萬象的精神與思維的監獄。新教徒的造反把舊的建築摧毀了，並用現成的原有材料建立了一所自己的監獄。
一五一七年後，出現了兩座地牢，一座專為天主教徒而建，另一座是為新教徒而建。最少原定計劃是這樣。然而新教徒沒有受過長達幾百年的進行迫害與鎮壓的訓練，他們沒有經驗，試想建造某個沒有反對者的禁地，卻以失敗而告終。大批不受管束的囚徒從窗子、煙囪以及地牢的門口逃出去。過了不多久，整幢地牢大廈瀕臨崩潰。到了晚上，異端者便整車地把石頭、大梁以及鐵棍搬走，第二天早晨用這些東西建造了一座自己的小堡壘。它的外形與一千年以前格雷戈裡大帝建造的普通監獄極為相似，可是內在卻不大堅固。一旦堡壘投入使用，一旦新的規定與制度被張貼在門口，大量不滿於現狀的教徒便一窩蜂地出走了。他們的上司，也就是現在的牧師教長因為從未掌握過舊式執行紀律的方法（驅逐出教會、嚴刑、處決、沒收財產以及流放），只好束手無策地站在一旁觀望這群下定決心的亂民。這幫叛逆按照自己的神學所好建起了一道防衛木樁，宣佈了一套暫時能迎合他們信仰的全新教旨。這一過程總是往復，在不同的禁地之間，最後形成了精神上的「無人區」，求知者能夠在這兒自由閒逛，正直的人們能夠任意瑕想，不會受到阻攔與干擾。這便是新教給寬容事業帶來的害處。它重新建立了人的尊嚴。