不過，給這些實際問題作答的人們，還是認為自然的力量是上帝意志的直接體現——季節、星球以及海潮都被上帝掌管著，正如總統內閣議員掌控著農業部、郵電部、財政部一般。泰勒斯對這種看法持反對意見。然而他同當時大部分接受過良好教育的人一樣，不願參加公開場合的討論。倘若海邊的水果販子遭遇日食時，被這可怕的景象嚇得匍匐在地，嘴上叨念著宙斯的名字，那是他的事，泰勒斯不會去告訴他們說，只要是瞭解天體運行知識的小學生都會預計出公元前五八五年五月二十五日會有日食發生，在幾分鐘內米萊圖斯城會陷入相對的黑暗。在發生此次著名日食的下午，波斯人與利迪亞人在戰場上展開了廝殺搏鬥。大家覺得，光線不足是他們這次相互殘殺停止的緣故。這是利迪亞諸神效仿前幾年在阿迦隆山谷戰役中發生的先例，開創了奇跡——使天國的光芒瞬時熄滅，好讓受他們寵愛的一方能穩操勝券。對於這樣的說法，泰勒斯是不會相信的。泰勒斯達到了如此般的境界（這便是他的偉大之所在），他敢於將所有自然現象看做受永恆法則的支配，是永恆意志的體現，並非人們所想像的天神隨意支配的產物。
他認為，就算那天下午僅有以弗所大街上的狗打架，或是哈利奇進行一次婚禮筵席，沒有更重大的事發生，日食依然會同樣發生。經過泰勒斯科學的觀察，一個符合邏輯的結論產生了。萬物的產生都被他歸結於一條普通必然之法則，且作出了這樣的推測（某種程度來說他的推測是對的）：世間萬物之源都取決於水，水從四面八方把世界包圍住，從創世紀之初就與世共存了。令人遺憾的是。泰勒斯的任何親筆文稿都沒有被遺留下來，也許他曾用文字表達過自己的思想（希臘人已從腓尼基人那學會了字母），可現今他的文稿蕩然無存，對他的瞭解我們全都是從他同時代人的著作中提供的隻言片語裡獲得的，方才對泰勒斯的個人生活有所瞭解。泰勒斯的身份是商人，同地中海諸多角落的人都有過接觸，還要提一下，大部分的早期哲學家都是商人，這也成為那個時候的一大特點。哲學家被看做是「智慧的戀人」。然而這樣一個事實他們是從不忽視的，即生靈之中蘊涵著生活的秘密。他們覺得，「為智慧而尋找智慧」的觀點，就如同「為藝術而藝術」、「為食物而吃飯」的謬論一般，後患無窮。
他們眼中，世界上存在著各種個性的人，好的、壞的以及不好不壞的，這是衡量一切生靈的最高標準。所以，在閒暇時他們耐心地鑽研這個令人難以捉摸的動物，並且依照人的真實面目去研究，不會按照先入為主的主觀意識臆造從事。這可以使他們同其他人和平共處，從而極大擴大了自己的影響。這相較於不厭其煩地說教、指點人們通往大千世界的捷徑更為有效一些。他們很少用清規戒律限制人們的活動準則。不過，他們以身作則地向人們表明，倘若理解了自然力，靈魂深處必然會寄托著所有幸福的安寧。當在自己的生活圈子裡獲取了身邊人的好感之後，哲學家便能夠有充分的自由去鑽研、探索以及調查，甚至能夠深入到只有上帝才可以干預的領域裡去冒險。作為新福音的先驅者，泰勒斯為這項有益的事業將才華橫溢的一生都奉獻了出去。即便他對希臘人眼裡的世界進行了深入地分解，分別考查了各個微細部分，並公開的對自古以來大部分人一直認為是理所應當的事情提出質疑，但人們仍然容許他躺在床上壽終正寢。就算當時有人要求他對自已的異端邪說作出闡釋，至今我們也無從查考。
一經泰勒斯指明了道路，就出現了蜂擁而至的追隨者。比方說阿那克薩哥拉，他三十六歲時從小亞細亞來到雅典，此後一直作為「詭辯家」，在希臘幾座城市裡還當過私人教師。他對天文學很有研究。在講課時他指出，太陽並非大家普遍公認的是某名天神駕馭的一輛馬車，而是一個又紅又滾燙的火球，比整個希臘還要大千萬倍。這個理論並未給他招惹是非，老天也沒有因他膽大妄為而劈死他。因而他把自己的理論又推進了一步，大膽指出，在月球表面上覆蓋著山脈與山谷，後來他還暗示說，有一種「種子」，是萬物的起源和終端，從創世紀時就已存在。可是，阿那克薩哥拉涉及到了一個危險的地帶，他所提的都是人們熟知的事情，以後的許多科學家也經歷過類似的事情。太陽與月亮相隔地球千里，哲學家通常並不在乎如何稱呼它們。然而這位教書先生說世間萬物都是從一個叫做「種子」的不明物中成長的，這未免大過分了。他的斷言和天神的故事恰恰相反——是天神在洪水之後將小石子變成無數男女，這樣世界才會重新人口興旺。
在孩提時代希臘所有的孩子就聽過這樣的故事，因而對它的無比莊重嚴肅的真實性加以否定會讓現存社會的安寧受害無窮，也會讓孩子們對長輩的智慧提出質疑，萬萬不可。所以，阿那克薩哥拉變成了雅典父母同盟大肆攻擊的靶子。倘若當時是君主制與共和制初期，城邦的統治者還依然有足夠力量對一名宣揚不受歡迎的教理老師進行保護，讓他免遭大字不識的古雅典農民的愚蠢仇視的迫害。可當時的雅典，民主制已經發展到了巔峰時刻，個性自由早已今時不同往日了。何況，當時深受大部分人鄙視的伯裡克利恰好是這位天文學家的得意門生，這又為給法庭打開了方便的治罪之門，致使人們用以掀起一場反對古老獨裁統治的政治風暴。有位名叫奧菲特斯的教士，在某一人口最密集的郊區做行政長官，他提出的一項法律被通過了。這項法律規定，「對全部不相信現今宗教者與對所有神明持不同看法者，要馬上治罪」。因此，阿那克薩哥拉被投進監獄。可是最後城市中的開明勢力佔了上風。阿那克薩哥拉只繳納了一筆很小的罰款便獲釋了。他移居到小亞細亞，在那兒安享晚年，名如皓月，到公元前四二八年才離開人世。
這一案件說明，官方要壓制科學理論的發展確實是枉費心機。儘管阿那克薩哥拉被迫離開雅典，不過他的思想卻留給了後世。兩百年之後，一個名叫亞里士多德的人注意到他的思想，並將其作為自己科學假設的基石。經歷一千年的黑暗時期之後，亞里士多德的思想又讓人歡心地直接傳授給了伊本·路西德（一般稱阿威羅伊），一個傑出的阿拉伯醫學家，他於西班牙南部摩爾大學的學生中間大力宣傳亞里士多德的思想，將理論與自己的觀察結合在一起，寫下了大量著作。這些書被及時地運往庇里牛斯山，送至巴黎與布倫大學，且翻譯成拉丁文、法文以及英文。西歐人與北歐人全盤接受了書中的看法，而今它們已成了科學啟蒙書中不可或缺的一部分，人們覺得它們就像乘法口訣表一樣無害。現在我們回到阿那克薩哥拉的話題上來。在他受審之後幾乎一代人的時間裡，希臘科學家有幸承蒙恩准，能夠教授和民間迷信有偏差的學說。到公元前五世紀末年，第二件事又發生了。這次受迫害的是一個名叫普羅塔哥拉的流浪教師，，他來自希臘北部以沃尼亞殖民地的阿布戴拉村。這個地方因是德謨克利特的出生所在地而名聲不好。
德謨克利特是擁有創見的「微笑哲學家」，他提出一條定論：「只有可以給絕大部分人提供最大幸福與最小痛苦的社會，才是最有價值的。」後來他被看成激進分子，要被置於保安系統的嚴密監視之下。普羅塔哥拉深受這一思想的熏陶。他前往雅典，經過幾年的刻苦研究，向人們宣稱說，人是衡量一切世間萬物的尺度；生命猶如曇花一現般短暫，因而不要將寶貴的時間花在原本就讓人懷疑的上帝的存在當中，所有精力應該致力於讓生活更美好愉快。這一觀點無疑是切中了要害，絕對會比曾經一切文字或談話都更加能夠動搖人們的信仰。並且，這個理論產生之時，恰逢雅典與斯巴達間的戰役勝敗攸關的緊要關頭，人們深受失敗與瘟疫的毒害，已到了走投無路的地步。很顯然，這時對上帝的超凡的神力提出質疑，激怒上帝，確實不是時候。普羅塔哥拉被指控是無神論者，斥令一定要改變理論，服從法庭的管制。本來伯裡克利能夠保護他，可這時他已經過世了。雖然普羅塔哥拉是科學家，卻對殉道一點興趣也沒有。他跑了。可悲的是，在駛向西西里的旅程中，他的船觸礁了。他很可能當場溺水而死，因為至此之後再也沒有聽到有關他的任何消息。
慘遭雅典人惡毒迫害的另一個人是戴阿哥拉斯。事實上他並不是哲學家，而是一位青年作家。在一次官司中他沒有得到上帝的眷顧，於是將個人的怨恨全部宣洩到上帝身上。在很長一段時期，他為自己的苦情鬱鬱寡歡，導致思想產生了很大變化。他到處奔走，用褻瀆神靈的語言誹謗希臘北部人尊敬的「神聖玄機」。他的膽大讓他被判處死刑。然而在臨刑前夕，這個可憐的傢伙得到了逃跑的機會。他來到科林斯，照樣詛咒奧林匹斯的天神，後來最終因肝火太旺而壽終正寢。最後希臘人不易說的偏見發展到了無以復加的地步，其中的典型例子就是法庭對蘇格拉底臭名昭著的死亡宣判。對這我們在此有詳盡的記載。只要一提及世界依然如故，說到古代雅典人心胸狹隘的程度不亞於後人的話，人們就必定舉出蘇格拉底的事例，看成希臘人頑固不化的強有力佐證。然而現今我們通過詳盡的考察以後，對情況有更為清楚地瞭解了。這位街頭演說家的畢生都很平凡，他才華卓越，卻讓人討厭，他給公元前五世紀盛行於古希臘的思想自由精神作出了最直接的貢獻。
那個時候的人們依然相信有天神存在，於是蘇格拉底將自已說成代表上帝的預言家，儘管雅典人沒法完全理解他所講的「精靈」（也就是在內心深處告訴他應如何說如何做的聲音）代表著什麼，卻完全能夠領會這一事實：對身邊的人們供奉神明的東西持否定態度，也不屑於傳統的習俗。最後，當政者把這位老人殺死了，可他的神學觀點（雖然官方為了說服大家而牽強地作為欲加之罪）事實上與審判的結果幾乎沒有關聯。蘇格拉底是一位石匠的兒子。他的父親子女很多，錢財很少。他沒有錢上正規大學，這是因為那時的哲學家都講究實惠，教一門學科的報酬是兩千塊錢。何況，對蘇格拉底來說，追求純粹的真理、研究無用的科學現象完全是浪費時間與精力。他覺得，只要一個人善於培養自己的信念，有無幾何學的知識也無關緊要，對於拯救靈魂來說，瞭解彗星和行星的自然現象毫無用處。這個塌鼻樑、衣冠不整的樸實小個子，白天在街頭和無業遊民爭論，晚上則畢恭畢敬聽妻子的嘮叨（為了養活一大家子人，他的妻子必須在家裡給別人洗衣服，可她的丈夫卻將謀生當做是生存中最不應注意的細節）。
他曾多次參加戰爭與遠征，是個令人尊敬的老兵；他身為雅典參議院的前議員，在當時眾多的教師中被挑選出來，為了自己的信仰而接受懲罰。為了詳盡地瞭解事情的始末，我們應當明白在蘇格拉底為人類的知識以及進步作出痛苦而有用的努力的時候，雅典的政治面貌怎樣。在蘇格拉底的一生中（他被處以死刑時已年過七十），他試圖告誡人們，他們正在浪費青春，生活毫無意義可言，花費了過多的時間在空洞的快樂與虛無縹緲的勝利之上，一直揮霍偉大的上帝賜給的諸多恩典，哪怕使自己的虛榮心與野心得到幾小時的滿足都是好的。他絕對相信人的命運是崇高的，所以舊哲學界設置的所有框框和禁區他都打破了，甚至走得比普羅塔哥拉還遠。普羅塔哥拉教誨人們：「人是衡量一切生靈的尺度。」蘇格拉底則說：「人的無形意識是（或應該是）萬物的最後尺度；改變命運的不是上帝，而應該是我們自已。」在法官面前蘇格拉底的演講（確切地說，法庭上總共是五百名法官，他們都是蘇格拉底的政敵刻意挑選的，其中的有些人還會讀書寫字），對所有聽眾來說，無論他們是否持同情的態度，都是最鼓動人心的通俗淺顯的道理。這位哲學家爭辯說道：「世上誰都沒有權力命令別人信仰什麼，或奪取別人隨意思考的權利。