進攻金門的任務由我28軍82師全部、84師251團、29軍85師253團及87師259團共6個團的兵力擔任。
28軍是1947年4月由原八路軍山東渤海軍區的地方武裝升級組建的華東野戰軍第10縱隊發展起來的。
29軍原是1945年11月由原新四軍蘇中地方武裝建立起來的第7縱隊，1947年初升為華東野戰軍第11縱隊，主力北撤山東後留在蘇中敵後進行遊擊戰爭。
在解放戰爭中，28軍脫穎而出，以善守稱著；29軍以前缺乏打大仗的鍛煉，在進攻上海時，三野的首長有意將其布列於主攻方向，使其積累一些經驗。總的說來，這兩個軍的官兵已具備了攻堅作戰的能力，但這兩個軍和全軍其他部隊一樣，沒有兩棲作戰的訓練，而且，被勝利激勵著的部隊也沒有對兩棲作戰的困難進行充分的論證，更為嚴重的是，指戰員們根本不瞭解潮汐、船舶等因素在兩棲作戰中的影響力。
國民黨駐守金門島的是第22兵團第5軍和第25軍以及剛從台灣調來的第201師，擁有8個團2萬人。其中，第5軍原是國民黨的「五大主力」之一，不過，第5軍的老部隊已在淮海戰役中全軍覆沒，現在的第5軍是其殘餘及征招新兵而重新組建的，且在廈門戰役中，其166師已基本被殲，剩下的第5軍軍部和第200師約3 餘人據守在小金門。第25軍是一個屢戰屢敗的部隊，早在淮海戰役第一階段，該軍即被殲於碾莊，後在福建重新建軍，又在我進攻福州的戰鬥中基本被重殲，殘部逃到金門時僅縮編成一個團，之後，國民黨空軍又將機場警衛部隊偏成40、45兩個師，與原25軍殘部一起重新成立了25軍。
剛剛從台灣調至金門的第201師是原青年軍部隊，是抗日戰爭末期蔣介石以「十萬青年十萬軍」為口號組織起來的，其待遇、裝備均較其他部隊優越，被蔣介石視為心腹嫡系。
此外，金門島還有一支裝甲部隊，即國民黨戰車第3團第1營，該營於1949年初組建，其主要成員均是從雙堆集包圍圈和華北戰場上逃回的裝甲兵人員，該營擁有重15噸，配置一門37毫米炮的美制M5A1坦克21輛，是反登陸作戰強有力的力量。
戰前分析，國民黨在大金門島和小金門島各駐軍17000和3000人，其中，新兵又佔多數，只有201師和戰車營是較有戰鬥力的部隊。當時，金門島上雖然搶修了一些防禦工事，但這些工事防禦能力並不強大，多是成一線配置的野戰土木工事。
28軍前指受命攻金後開始了渡海作戰準備工作。然而，由於國民黨從大陸沿海撤退時，對漁民的船隻大肆破壞和掠奪，所剩漁船寥寥無幾。這使我軍準備渡海作戰船隻發生困難。直到10月24日才搜集到集中一次可骯渡3個團約8000人的船隻，這離10月18日下達的進攻金門作戰的部署命令的總攻時間——10月20日已推遲了4天。
10月18日下達了作站部署命令，其時，兵團包括葉飛司令員在內的不少領導到達廈門才4天時間，命令要求：以我28軍82師全部、84師251團、29軍85師253團及87師259團共6個團的兵力分兩個梯隊進攻，以迅雷不及掩耳的動作直插小金門。這一命令所要求準備的船隻實際上直到真正發起總攻時也未完成。
由於無法籌措到一次性渡運6個團部隊的船隻，第28軍前指作出了如下一個過於理想化的預想：第1梯隊登陸3個團，縱使有部分損失，船隻返回時第2梯隊、第3梯隊還可以再航渡3個團，這樣總共可有6個團大約13000人登陸。
這預想未料到這些新籌措的船隻的船員大多是外地人內航道不熟，又未經統一施訓，故指揮調度十分困難。也未考慮敵情和海情的變化，敵人隨時可能的增援，更未考慮國民黨海、空軍較為強大的作戰能力。況且，在廈門之戰結束時，金門守軍已經得到了胡璉兵團18軍的增援，島上國民黨總兵力已達3 人。
國民黨總部不僅命令胡璉兵團18軍增援金門島，而且還不斷派兵增援，這一態勢已為10兵團領導所覺察。當解放金門的計劃上報到主管華東野戰軍作戰事宜的粟裕副司令那裡時，粟裕曾特別強調了如下三點：（1）以原敵25軍108師12000人計算，只要增敵1個團也不打；（2）沒有一次載運6個團的船隻不打；（3）要求蘇北或山東沿海挑選6000名久經考驗的船工，船工不到不打。然而，過於輕敵的28軍領導和10兵團領導卻輕率地認為，只要能在大規模增援之敵還未立穩腳跟前攻佔小金門，就能贏得戰役的勝利。葉飛司令員在胡璉兵團已到達金門島時仍以為胡璉兵團還在海上徘徊，認為此刻發起登陸進攻是一個戰機，如有延誤，金門的情況很可能發生變化。於是，在未審核28軍作戰命令的情況下，召集兵團作戰處長、情報處長和福建省有關人員僅憑28軍的一紙電報進行研究，倉促地批准了第28軍於24日晚攻擊金門的戰鬥。