一場並沒有經過細緻研究，又缺乏渡海船隻的兩棲作戰就這祥在24日晚7時開始了。28軍第1梯隊登船完畢後，軍前指曾一度猶豫，再次向兵團請示：是否按原計劃行動？而懷著捕捉戰機的兵團領導傳來不容變更的指示：決心不變！
24日深夜潮漲之時，由28軍82師244團、84師251團和29軍85師253團組成的進攻金門第一梯隊分別從蓮河、大橙島、後村等地啟航，原計劃中的82師指揮所因船少而未參加第一梯隊的登陸作戰，由於渡海前各部隊沒有進行協同演練，所以，登陸船隊一離開碼頭，即與上級指揮所失去聯繫，而且在航渡中遭到國民黨炮火攔截時，登陸船隊間又缺乏協同作戰的經驗，一些船隻已在航渡中被打散。
儘管如此，我第一梯隊的3支登陸部隊在25日凌晨2點分別登陸成功。左翼244團在金門島蜂腰部北岸瓊林、蘭厝間登陸成功，抓獲國民黨官兵100餘人，佔領了敵十多個碉堡；中路的251團先頭營在金門島西北部的安歧以北、林厝以東順利登陸後，後續營的登陸卻遭到敵炮火的猛烈襲擊，傷亡近三分之一；右翼253團在西北角的古寧頭、林厝間順利登陸後，隨即向敵發起進攻，於拂曉前攻佔了古寧頭灘頭陣地。
我第一梯隊登陸是較為順利的，但除了右翼的253團3營鞏固了團的登陸場外（後來的事實表明，253團3營鞏固的登陸場，為整個登陸部隊後來堅持3晝夜的抗擊創造了極為基本的條件），3支登陸部隊沒有統一的指揮，在「有幾個人打幾個人的仗，不等待，不猶豫，向裡猛插」的戰術思想支配下，兵分幾路向縱深處猛插狠打，在突破了敵第一道防線之後，於拂曉前攻至西山、觀音亭山、湖尾、湖南高地及安歧、埔頭一帶，之後，又乘勝向敵第二道防線發起了猛烈的進攻。
第一梯隊登陸成功之前，28軍前指已分別安排了3名軍部參謀負責組織船隊返航。臨行前，28軍副軍長握著3位參謀的手說：「你們別無其他任務，你們的任務就是組織和督促船隊抵灘登陸後迅速返航，切記！切記！一定要迅速返航！」
可是，登陸部隊成功登陸之後，船隊卻沒有返航。
原來，第一梯隊船隻登陸時，在早晨2點鐘左右，是漲潮的最高峰，國民黨軍原先設在海灘的障礙物多被潮水覆蓋，許多船隻衝到障礙物的上面，船底被掛住了，部隊被迫在障礙物中下水，而船隻卻一時難以動彈，加上當時敵人的火力較猛，船工們紛紛躲避，各船抵灘也有先有後，3位參謀的叫喊聲被巨大的槍炮聲淹沒了，只有等待我軍攻佔了灘頭陣地後，才能將到處藏身的船工召回返航。可誰也沒有想到，我軍還未站穩灘頭，大海就已開始退潮，而且退得極快，當三位參謀發現退潮時，潮水已經退到10米開外。
這幾十艘返航的船隻在離開金門島時，就遭到敵灘頭的排炮襲擊，不少船隻被擊沉、擊傷，後來，船隊又遇到了國民黨海軍軍艦的攔截，從古寧頭返航的船隊又莫名其妙地誤駛入敵軍艦潛伏區，後又被我軍情報船誤為國民黨的增援船隊，而後竟離奇地被我軍佈置在廈門灣、石碼一線的遠程炮群全部擊沉。
25日上午6時，蕭鋒副軍長，85師師長兼政委朱雲兼政委等心急如焚，已經放亮的天空一片滲烈的景象留下了：指揮員們隔海看到了在敵軍轟炸和炮擊中燃燒的船隻，原定運送11000人登島作戰的第二、第三梯隊計劃已經難以實施。無可奈何之中，他們向兵團領導請求援助。請求立即派船隻支援，可此時哪裡還有什麼船隻？