努爾哈赤受重傷死去以後，袁崇煥為了探聽後金的動靜，特地派使者到瀋陽去弔喪。皇太極對袁崇煥窩了一肚子的怨恨，但是因為後金剛打敗仗，需要休整，再說也想試探一下明朝的態度；所以，不但接待了袁崇煥的使者，還派使者到寧遠去表示答謝。雙方表面上緩和下來，背地裡都在加緊準備下一步的戰鬥。
到了第二年，皇太極親自率領大軍，攻打明軍。後金軍分兵三路南下，先把錦州城包圍起來。袁崇煥料定皇太極的目標是寧遠，決定自己留在寧遠，派部將帶領四千騎兵援救錦州。果然，援兵還沒出發，皇太極已經分兵攻打寧遠。袁崇煥親自到城頭上督率將士守城，用大炮猛轟後金軍；城外的明軍援軍也和城裡內外夾擊，把後金軍趕跑了。
皇太極又把人馬撤到錦州，但是錦州的明軍守得嚴嚴實實，加上天氣轉暖，後金軍士氣低落。皇太極只好退兵。
袁崇煥又打了一個大勝仗。可是，魏忠賢閹黨卻把功勞記在自己名下，反而責怪袁崇煥沒有親自救錦州是失職。袁崇煥知道魏忠賢有心跟他為難，只好辭職。
公元１６２７年，昏庸的明熹宗死去，他的弟弟朱由檢即位，就是明思宗，也叫崇禎帝（崇禎是年號）。
崇禎帝早就瞭解魏忠賢作惡多端，民憤太大。他一即位，就宣佈了魏忠賢的罪狀，把魏忠賢充軍到鳳陽。魏忠賢自己知道活不成，走到半路上自殺了。
崇禎帝懲辦了閹黨，又給楊漣、左光斗等人平反了冤獄，很想振作一番。許多大臣請求把袁崇煥召回朝廷。崇禎帝接受了這個意見，提拔袁崇煥為兵部尚書，負責指揮整個河北、遼東的軍事。崇禎帝還親自召見袁崇煥，問他有什麼計劃。袁崇煥說：「只要給我指揮權，朝廷各部一致配合，不出五年，可以恢復遼東。」
崇禎帝聽了十分興奮，給袁崇煥一口尚方寶劍，准許他全權行事。
袁崇煥重新回到寧遠，選拔將才，整頓隊伍，軍紀嚴明，士氣振奮。東江總兵毛文龍作戰不力，虛報軍功，不服從袁崇煥的指揮。袁崇煥使用尚方劍，把毛文龍殺了。
皇太極打了敗仗，當然不肯罷休，他知道寧遠、錦州防守嚴密，決定改變進兵路線。他作好一切準備，公元１６２９年十月，率領幾十萬後金軍，從龍井關、大安口（今河北遵化北）繞到河北，直撲明朝京城北京。
這一著可出乎袁崇煥的意外。袁崇煥趕快出兵，想在半路上把後金軍攔住，已經來不及了。後金軍乘虛而入，到了北京郊外。袁崇煥得到情報，心急火燎帶著明軍趕了兩天兩夜，到了北京，沒顧上休息，就和後金軍展開激烈的戰鬥。別路明軍，也陸續趕到，投入戰鬥。
後金軍突然進攻北京，引起了全城震動。崇禎帝更是急得心慌意亂，不知該怎麼辦才好，後來聽說袁崇煥帶兵趕到，心才定了一些。他親自召見袁崇煥，慰勞了一番。但是一些魏忠賢的餘黨卻散佈謠言，說這次後金兵繞道進京，完全是袁崇煥引進來的，說不定裡面還有什麼陰謀呢。
崇禎帝是個猜疑心極重的人，聽了這些謠言，也有些懷疑起來。正在這個時候，有一個被金兵俘虜去的太監從金營逃了回來，向崇禎帝密告，說袁崇煥和皇太極已經訂下密約，要出賣北京。這個消息簡直像晴天霹靂，把崇禎帝驚呆了。
原來，明朝有兩個太監被後金軍俘虜去以後，被關在金營裡。有天晚上，一個姓楊的太監半夜醒來，聽見兩個看守他們的金兵在外面輕聲地談話。
一個金兵說：「今天咱們臨陣退兵，完全是皇上（指皇太極）的意思，你可知道？」
另一個說：「你是怎麼知道的？」
一個又說：「剛才我就看到皇上一個人騎著馬朝著明營走，明營裡也有兩個人騎馬過來，跟皇上談了好半天話才回去。聽說那兩人就是袁將軍派來的，他已經跟皇上有密約，眼看大事就要成功啦……」
姓楊的太監偷聽了這番對話，趁看守他的金兵不注意，偷偷地逃了出來，趕快跑回皇宮，向崇禎帝報告。崇禎帝聽了也信以為真。他哪裡知道，這個情報完全是假的。兩個金兵的談話是皇太極預先佈置的。
崇禎帝命令袁崇煥馬上進宮。袁崇煥接到命令，也不知道發生了什麼事，匆忙進了宮。崇禎帝拉長了臉，責問說：「袁崇煥，你為什麼要擅自殺死大將毛文龍？為什麼金兵到了北京，你的援兵還遲遲不來？」
袁崇煥不禁怔了一下，這些話都是從哪兒說起？他正想答辯，崇禎帝已經喝令錦衣衛把袁崇煥捆綁起來，押進大牢。
有個大臣知道袁崇煥平日忠心為國，覺得事情蹊蹺，勸崇禎帝說：「請陛下慎重考慮啊！」
崇禎帝說：「什麼慎重不慎重？慎重只會誤事。」
崇禎帝拒絕大臣的勸告，一些魏忠賢餘黨又趁機誣陷。到了第二年，崇禎帝終於下令把袁崇煥殺害。
皇太極用反間計除了對手袁崇煥，退兵回到盛京。打那以後，後金越來越強大。到了公元１６３５年，皇太極把女真改稱滿洲：又過了一年，皇太極在盛京稱帝，改國號叫清。這就是清太宗。