一、蔡元培的賞識
林語堂到上海時，當年北京大學老校長蔡元培正在籌辦大學院及其下屬機構中央研究院。蔡元培離開北大後，曾赴歐洲考察，歷經三年。南京國民政府成立，他被任命為國民政府教育行政委員會委員。南京政府借鑒法國的教育制度，決定設立大學院，履行教育部的部分職能，同時設立中央研究院，具體從事自然科學和社會科學研究。1927年6月17日，蔡元培被任命為大學院院長，進行籌備。10月1日，大學院正式成立。11月20日中央研究院成立於南京，1928年3月遷往上海。蔡元培兼任代理司法部長。4月，又被正式任命為中央研究院院長。
中央研究院是蔡元培全力以赴、苦心經營的一個文化機構，先設立理化實業研究所、社會科學研究所，在兩年的時間裡，先後建立起九個研究所，共聘任、兼任、名譽、特約研究員91人，國內所有最著名的人才和科學家都被邀請其中。林語堂來上海，恰好是蔡元培的用人之時，對林語堂，蔡元培是很瞭解的，所以林語堂得到了蔡元培的器重和賞識，他被任命為中央研究院的英文主編，兼該院國際出版品交換處處長。所謂英文主編是其名，實際是蔡元培的英文秘書。這是一個沒有具體任務的職務，雖然清閒，但待遇不菲，月薪300元。在林語堂來中央研究院任職期間，魯迅和江紹原也被任命為大學院的特約撰述員，月薪也是300元。一年後，大學院取消，恢復教育部，中央研究院獨立出來，成為科研機構。大學院撤銷後，魯迅仍為特約撰述員，歸中央研究院，直到1931年。
林語堂對蔡元培一向敬重，他在後來寫自傳時曾說："蔡元培，他是北京大學校長，把北京大學變成了全國的改造中心。我們大家都向他敬稱'蔡先生'。在國民黨元老當中，他是唯一真正瞭解西方的。他中了進士，又是翰林院的翰林，這是人所爭羨的，他也是國民黨黨員，在成立興中會時，他和中山先生很密切。在康有為、梁啟超保皇黨瓦解之時，他到法國、德國去求學。他歸國做北京大學校長之時，他把學術自由奉為第一要事，在北京大學裡，教授的新舊派是兼容並包。他聘請舊派名儒劉師培、黃侃、大名鼎鼎的辜鴻銘著名的英國小說翻譯家林紓，他仍然稱白話文為'引車賣漿者之言'。他曾寫過洋洋萬言的長文為文言辯護。另一方面，蔡元培也為胡適、陳獨秀、沈兼士和新青年那一派敞開了大門。蔡元培平易近人，不僅僅於細節。蔡夫人曾經說：'米飯煮的好他也吃，煮焦了他也吃。'但是對重要的問題則嚴格認真，絕不妥協。我記得反對凡爾賽和約割讓山東半島給日本時，蔡元培站起來說話，他的聲音很柔和，他說：'抗議有什麼用？我是要辭職的。'第二天，他神不知鬼不覺的，搭上藍色的京滬快車離開了北京。"
林語堂和蔡元培都住在上海愚園路，每天上班同坐一輛車，一路說著話，不知不覺就到了設在法租界亞爾培路三百三十一號(今陝西南路一百四十七號)的中央研究院。林語堂的辦公室在二樓，雖然房間不大，但由於專放元明善本書，所以給了林語堂一個研習中國古代文化的好機會。他的工作也不是很忙，上午辦公，下午就可以專心讀書了。
由於《語絲》搬到了上海出版，且魯迅答應了李小峰的要求而進行編輯，所以，林語堂寫的一些文章就在《語絲》上不斷發表。《語絲》第四卷共出52期，林語堂就發表了11篇，主要有《薩天師語錄》(之二、三、四、五)、《哈第論死生與上帝》、《論靜思與空談》、《論創作與批評》、《給孔祥熙部長的一封公開信》、《〈翦拂集〉序》等和一些語言學論文。林語堂喜歡對語言學的研究，也喜歡對中文打字機的設計製造研究。他還應上海東吳大學法律學院院長吳經熊的邀請，在東吳大學擔任英文教授一學年，這是他在上海十年中唯一的執教經歷，他利用業餘時間編寫英語教材，也為後來編輯教科書打下了基礎。又由於林語堂和魯迅同在蔡元培主持下的研究院工作的機會，所以兩人的關係也會密切許多，為以後在"中國民權保障同盟"共事創造了客觀條件，這與蔡元培的慧眼識人才分不開的。
二、《子見南子》風波
林語堂一生寫了唯一的一個劇本《子見南子》，引起了一場軒然大波。《子見南子》是林語堂的獨幕悲喜劇，這個劇本發表在魯迅和郁達夫合編的雜誌《奔流》第一卷第六期上，時間是1928年11月30日。《子見南子》的故事取材於《論語》和《史記》，應該說是一出新編歷史劇。
孔子的學說已成為儒家的經典，孔子作為儒學的祖師爺，在中國已經有了幾千年的歷史。尤其是他後來被稱為"大成至聖文宣王"，已經變成了一個偶像。在五四運動中，孔子作為新文化運動攻擊的對象，在全國已經被趕下了歷史的舞台。《子見南子》的誕生，正是社會上尊孔復古的潮流又要開始抬頭的時候。但林語堂一直站在新文化的立場，非常痛恨借孔子的旗號進行復古。林語堂既反對復古，又有自己的孔子觀，即孔子是一個近乎人情的幽默家，是一個有著七情六慾的人！所以林語堂從人學的角度，對孔子進行研究，他一生寫過許多有關孔子的專題文章，並且第一個把《史記》中的《孔子世家》翻譯成英文。《子見南子》只是林語堂"孔子觀"的形象說明和藝術外化的結果。林語堂諷刺和揶揄的不是幾千年前的孔子，而是20世紀20年代中國社會的封建遺老，藉以譏刺當時的尊孔讀經的復古思潮。實際上，林語堂對孔子頗有好感，他從孔子身上發現了幽默在中國古代文化中的根源。《子見南子》通過藝術形象告訴大家：林語堂的孔子觀的核心是反對被宋儒歪曲了的孔子，恢復孔子本來的面目。
《子見南子》說的是孔子在衛國時拜見了衛靈公的愛妃南子，遭到了孔子的學生子路的反對。因為南子的名聲很不好，不僅參與政治陰謀，而且行為放蕩。子路認為老師孔子不應該去見這樣的人。孔子以為南子的行為是她自己的事，自己去見她，只不過按禮辦事而已。再則，聖人道大德全，無可無不可。為什麼不能去見她呢？再則，衛國一向被看成奢靡情亂之國，不合儒家的禮儀規矩，孔子攜弟子去見南子，就是希望幫助衛國恢復禮儀。令人遺憾的是，孔子不僅沒有說服南子，反而被南子征服了。通過與南子的接觸，孔子改變了對她的看法，也對自己的思想觀念產生了懷疑。孔子意識到，南子不僅不是淫亂的蕩婦，而是充滿了活力和生命氣息的富有個性解放的美麗女子，南子的觀點極具有現代意識，又合乎人情事理。請看劇中的情節：
南子希望孔子參加她的"文藝研究社"，孔子說："有夫人主其事，我自當遵命。但是恐怕士女之間時或有越禮之事，要請夫人防範才是。"南子說："你又來了，我想飲食男女，就是人生的真義，就是生命之河水的活源。得著這河源滾滾不絕的灌溉，然後人生能暢茂向榮。男女關係是人生之至情，至情動，然後發為詩歌，有詩歌然後有文學。先生聽見過我們衛國的詩歌嗎？"南子的一番言說，使孔子無言以對，只能唯唯諾諾而已。
在林語堂的筆下，劇本還描寫了衛國的歌舞。南子的音樂舞蹈不僅不傷風敗俗，而且美妙動人，令人怦然心動，即使孔子和他的弟子也不能不受其感染。孔子和子路"都目不暇顧，心神嚮往，但有呈一種悒鬱不安之狀"。子路情不自禁地脫口而出："夫人曲舞都這樣的好，真是天才，佩服之至。"孔子也禁不住道："想不到樂舞有這樣的好！"孔子為南子的聲容所動，竟然發出這樣的感歎："行年五十六，到今日才明白藝術與認識人生。是的，這才是真正的詩，真正的禮，真正的樂。別種的雅頌及別種的揖攘都是無謂的，虛飾的。"
林語堂對孔子的認識與眾不同：林語堂是喜歡孔子的，尤其喜歡他的幽默可愛的性情中人。所以在劇本中寫出了一個充滿生活氣息的活脫脫的孔子。劇中的孔子，已不是一個高高在上的神人，而是有血有肉、有愛有恨的普通人。這就是林語堂心目中的孔子。
按今天的看法，南子不僅是一個在政治上能幹，而且是個性解放的女子，她是秀外慧中的一個古代美女，她還具有藝術天賦，對音樂、舞蹈、文學、人生都有深刻的見地。可是在兩千年以前的孔子及學生的認識不可能是這樣的，他們當時會認為南子是一個放蕩不羈、水性楊花的禍水女人，所以，儒家門徒對此事諱莫如深，從不提及。現在，林語堂偏偏要把這件事揭發出來，且有大肆渲染的意味，當然要讓聖人的後代在面子上過不去了。
《子見南子》一發表，孔氏家族大為不滿，但各地學校紛紛排演，受到了觀眾們的歡迎。1929年6月8日，山東省立第二師範學校在遊藝會上聯合演出了《子見南子》，結果，引起了一場不小的麻煩。
此劇是在孔氏的聚居地曲阜上演的。孔子的扮演者也是孔子的後裔。按一般的來說，此劇並沒有侮辱孔子的意思，根本用不著興師動眾。可是，孔祥藻是當地的大青皮，再加上一個道貌岸然、品行惡劣的孔教會會長孔繁樸，兩人串通一氣，在背後慫恿、操縱，搞了一個60戶族人上書教育部，控告山東省立第二師範學校校長宋還吾，指責他指使學生上演《子見南子》一劇，"侮辱祖先宗"，請求查辦。後面署名了21人的名字：
孔傳堉、孔繼選、孔廣璃、孔憲桐、孔繼倫、孔繼珍、孔傳均、孔廣珣、孔昭蓉、孔傳詩、孔昭清、孔昭坤、孔慶霖、孔繁蓉、孔廣梅、孔昭昶、孔憲釗、孔廣成、孔昭棟、孔昭鍠、孔憲蘭
工商部部長孔祥熙聞得此信，立即支持他們的控告，力主嚴辦，並親自打電話到教育部過問此事。教育部部長蔣夢麟接了孔祥熙部長的電話後，對此置之不理也不好，因此，他派參事朱葆勤會同山東省教育廳督學張郁光，到曲阜瞭解調查此事。山東省省立第二師範校長宋還吾也寫了答辯書，據理力爭，向教育部說明此事："《子見南子》一劇，事誠有之。查'子見南子'，見於《論語》總觀原呈：滿紙謊言，毫無實據。謂'侮辱孔子'，欲加之罪，何患無辭，縱使所控屬實，亦不出言論思想之範圍。盡可公開討論，無須小題大做"第二師範學生會也發出通電，否定孔傳堉、孔繁樸等人的控告。教育部部長蔣夢麟、監察院院長蔡元培8月去青島時路過濟南，也表示二師師生排演《子見南子》新劇，並無侮辱孔子的意思。朱葆勤和張郁光調查的結果是，孔傳堉等人的呈文與事實不符。
魯迅很喜歡《子見南子》，他也很關注《子見南子》一劇引起的這場風波。他曾將有關材料加以彙編，冠於《關於〈子見南子〉》的題目，刊載於《語絲》第5卷第24期。魯迅在《結語》中說："'另有任用'，其實就是'撤差也'。這即所謂'息事寧人'之舉，也還是'強宗大姓'的完全勝利也。"這場風波最後還是以宋還吾"調廳另有任用"而結束。
林語堂也曾寫了《關於〈子見南子〉的話》，對於《子見南子》引起的這樣一場風波，表示實在"滑稽"得很，並駁斥了趙普船對《子見南子》的指責，認為自己創作此劇對於孔子的描寫是無可厚非的。劇中的孔子畢竟是一個藝術形象，如果把他與生活中的孔子完全等同，是完全沒有必要的。況且，仁者見仁，智者見智，對孔子的理解也可以從多個角度去認識。
三、與魯迅的"疏離"
魯迅與林語堂的關係，按林語堂本人的說法是："魯迅與我相得者二次，疏離者二次，其即其離，皆出自然，非吾於魯迅有輊軒於其間也。吾始終敬魯迅。魯迅顧我，我喜其相知，魯迅棄我，我亦無悔。大凡以所見相左相同，而為離合之跡，絕無私人意氣存焉。""然吾私心終以長輩事之。"在魯迅去世後，林語堂在美國講演中國文學時，還高度評價魯迅，認為魯迅的短篇小說在現代中國還是最好的。然而，在中國現代文學史上的很長一段時間裡，一般人並不知道。因為魯迅與林語堂爭吵過，批評過，所以，人們對林語堂的看法都是站在魯迅的立場上。