1912年初秋的一天，林語堂與二姐美宮坐在同一條船上，但命運之神卻作了如此不公平的安排：林語堂獲得進大學深造的機會，而二姐美宮是去西溪的山城出嫁。林語堂後來回憶起來，心情還是異常沉重："那年，我就要到上海去讀聖約翰大學。她也要嫁到西溪去，也是往漳州去的方向。所以我們路上停下去參加她的婚禮。在婚禮前一天的早晨，她從身上掏出四毛錢對我說：'和樂，你要去上大學了，不要糟蹋了這個好機會，要做個好人，做個有用的人，做個有名氣的人。這是姐姐對你的願望。'我上大學，一部分是我父親的熱望。我又因深知二姐的願望，我深深感到她那幾句話簡單而充滿了力量。整個這件事使我心神不安，覺得我好像犯了罪。她那幾句話在我心裡有極重的壓力，好像重重的烙在我的心上，所以我有一種感覺，彷彿我是在替她上大學。第二年我回到故鄉時，二姐卻因患鼠疫亡故，她已經有八個月的身孕。這件事給我的印象太深，永遠不能忘記。"林語堂每當想起那四毛錢，就想起二姐，想起二姐那句話，想起這一切，他都忍不住要流淚。
三、山之子
漳州在封建帝王時代是福建南部的一個府，包括龍溪、南靖、平和、詔安等縣。除東部沿海有少量平原以外，其他地區都是山區。林語堂二哥林憾廬在《漳州漫話》一文中盛讚了漳州的美麗風光："漳州北面是小山，有三個亭子。到這兒上邊一望，全城的樓屋和鄉村田野的景色都出現於目前。南面是西溪干流，有堤岸和新式的兩道橋。假如你在下午傍晚的時候，到溪邊散步，順便走上中山橋的中間去，那斜陽和上流的一切景色才夠你欣賞讚歎！這兒一切是天然的，沒有人工的造作，而是流動的美。溪流閃著萬道的金波；帆船乘風而駛，漁舟依著沙洲而泊；小舟上蒼綠的竹林，時有白鷺飛翔；沙灘上遊牧童和水牛在玩著；一切的田園山林在夕陽的光線裡，和煙霞的光色織成了奇妙天然的畫圖，美麗極了。"
平和縣離漳州61公里，明正德十二年(1517)建縣。縣城的小溪到阪仔鄉約有10公里，林語堂出生及童年生長的平和縣阪仔鄉寶南村是一個小山村。阪仔的四周都是山，東面叫峨眉山，北面有懸崖絕壁的石齒(也寫"石起")山，西南有峰巒起伏的十尖山，南面有森林茂密的南寮山。無論晴雨晨昏，這些遠遠的山巔都被雲霧籠罩著，給人以亦真亦幻、神秘莫測之感。太陽初升和夕陽西下時，山上的高天和雲霧更是不斷變幻著富麗的色彩，讓人身處仙境一樣。
林語堂自小就生活在這些大山周圍，面對著群山，浮想聯翩，展開了想像的翅膀。林語堂對大山產生了濃厚的情感，這些山水也影響了他的一生。他在後來創作的自傳體小說《賴柏英》中，借小說中人物之口說："你一點兒也不知道。你若生在山裡，山就會改變你的看法，山就好像進入你的血液一樣山的力量巨大的不可抵抗。""山逼得你謙——遜——恭——敬。"林語堂在《回憶童年》中說，"生長在這雄壯氣吞萬象的高山中，怎能看得起城市中之高樓大廈？如紐約的摩天大樓，說他'摩天'，才是不知天高地厚，哪裡配得上？我的人生觀，就是基於這一幅山水。人性的束縛，人事之騷擾，都是因為沒有見過，或者忘記這海闊天空的世界。要明察人類的渺小，須看宇宙的壯觀。"他在《四十自敘》詩中寫道：
我本龍溪村家子，環山接天號東湖。
十尖石起時入夢，為學養性全在茲。
林語堂汲取了山區人的自由、超脫、豪放，也表明了家鄉的山景在林語堂的思想境界中留下了不可磨滅的印象，形成了他自己所說的"山地人生觀"。
美麗的西溪河從村中流過，也成為自然美景中的又一道風景。每當雨季來臨，河水暴漲，一幅天然的洪水搏鬥圖映入眼簾；而少雨季節又是白沙、鵝卵石和水草裝點的空地。村婦們洗衣洗菜，兒童坐在水牛背上吹著橫笛，真是詩情畫意！林語堂與夥伴們你追我趕地到水中摸魚摸蝦。這些童年快樂的生活一晃就過去了。林語堂六歲時進了教會學校——銘新小學。
林語堂自小心中就充滿了夢想。他夢想當醫生，要發明包醫百病的靈丹妙方。他還真的在實驗，配製了一種治外傷的藥粉，取名"好四散"。他夢想當發明家，經常到碼頭上觀看來往鼓浪嶼的小輪船，船上的蒸汽引擎使他很感興趣。他還依照虹吸原理製造一架抽水機，讓井裡的水自動流進菜園裡。後來失敗了，他只好暫時放棄發明抽水機的打算。他還想長大後開一個"辯論"商店，提出辯論命題，向人挑戰。他夢想成為一個全世界聞名的大作家。他曾對父親說："我要寫一本書，在全世界都聞名！"1903年，年僅八歲的林語堂寫了：
人自高，終必敗，扛戰甲，靠弓矢；
而不知，他人強，他人力，千百倍。
另一頁上畫了一隻蜜蜂作為插圖。
1905年，林語堂剛剛十歲，因為父親不滿意銘新小學的師資和教學方法，所以決心讓林語堂三兄弟到廈門鼓浪嶼的教會小學住讀。從阪仔到廈門路途上的每件事，對於林語堂來說都充滿了新鮮感。因為廈門是列強強迫清政府對外開放的通商口岸，所以認為那裡的教會學校的條件一定比閉塞的阪仔的銘新小學條件要好。
林語堂在廈門讀完小學就進入了廈門的尋源書院，即教會辦的中學，這所書院是1888年由基督教美國歸正教公會與英國長老會聯合創辦的，校址在鼓浪嶼山仔頂。無論小學、中學和大學，教會學校都是不收學費的，而且連生活費、住宿費也都免收。這對於林語堂這個窮牧師的家庭來說，是非常難得的選擇。
林語堂十三歲進入相當於中學的教會學校——尋源書院，於十七歲以第二名的成績畢業。在這四年的中學生活中，林語堂的英文和自然科學都打下了良好的基礎。
教會學校古板的教學方法和嚴格的管理制度，對於活潑好動的林語堂來說是一種束縛。如學校規定不准看中文報紙，不准看閒書，所謂閒書即功課以外的書。從早晨8時至下午5時，把學生關閉在課堂內。凡在校偷看雜書，或在課堂上交換意見，皆是罪過，是犯法。這些措施嚴重影響了林語堂求知的天性。林語堂在若干年後，曾持續不斷地攻擊現行的教育制度的弊病，就來自他在教會學校的親身經歷。
有弊有利，在尋源書院，林語堂的英文進步很快，對科學興趣更濃厚了。有人問他將來幹什麼，他毫不猶豫地回答：想當英文老師或物理老師。他還說，數學尤其是幾何學最讓他著迷，他對地理學也情有獨鍾，甚至對西洋音樂更是著了迷。他雖然不喜歡美國校長畢牧師，但對其夫人(Mrs·Pitcher)卻有好感，因為校長夫人不僅長得端莊淑雅，而且她唱的歌，抑揚頓挫，悅耳動聽，充滿了溫柔之美。傳教士女士們的女高音合唱，給林語堂留下了深刻的印象。
在廈門，林語堂真正耳聞目睹了西方文明顯示它在中國存在的最為有力的一種方式：戰艦上的水兵和大炮。1907年，日俄戰爭結束後，旅順口還是一片斷壁殘垣，老羅斯福就派遣美國艦隊來訪問中國。艦隊到廈門時，尋源書院的學生應邀前往參觀。林語堂第一次看到了美國海軍的操演和那些鋼鐵怪物的雄偉形象，使得少年林語堂既羨慕又畏懼。
尋源書院的學習，對於林語堂來說太容易，林語堂認為這是浪費時間。於是他就偷偷地看自己喜歡的書。實際上，憑林語堂的天資，應付學校的考試簡直不費吹灰之力，每次都輕而易舉地取得了好成績。但林語堂不承認自己是個用功的學生，而考試都是名列前茅。
1911年爆發了辛亥革命，結束了封建皇族統治中國的歷史。但在閩南山區並未引起大的變動。林語堂在尋源書院也看不到中文報刊，對於這一歷史變革也不知曉，他仍埋頭鑽研功課。辛亥革命的第二年，十七歲的林語堂以第二名的成績結束了中學階段的學習。這年暑假，他考上了上海聖約翰大學。
四、聖約翰大學
聖約翰大學，是中國近代著名的教會大學。林語堂於1912年考入聖約翰大學，首先進入的是神學院，他之所以選神學院，其目的就是將來預備獻身為基督教服務。然而，在一年多的學習生活中，他無法接受種種凡庸瑣屑而又荒謬的教義說法，如耶穌是童女所生和他的肉身升天等說法。他發現，連那些傳教士都不大相信，然而要入教，就要相信。聖大校長卜舫濟(FrancisListerHawksPott)博士親自告訴他，肉體復活是不可能的，要緊是靈體復活。基督教說，人生來就是罪惡的。耶穌替我們贖罪，我們才可以進天堂，不信教，便要進地獄。地獄、罪惡、罪源、贖罪等等理論，林語堂很難接受，他認為，一切神學都是在"欺騙"，對他的智力是一種侮辱，他本來希望當牧師，可是，現在他對神學已經沒有了興趣，所以終止了神學院的學習。
儘管對神學沒有興趣，但林語堂沒有浪費時間，在這一年半的時間裡，他對英文產生了濃厚的興趣。他在聖大的第一個英文老師，是個外國人，她的中文名字叫李壽山。這位老師與尋源書院的畢太太一樣，不僅長得美麗可愛，而且溫柔多情，真實誠懇，給林語堂留下了非常美好的印象。
林語堂除了跟老師學好口語，另一方面依靠的就是一本《袖珍牛津英文字典》。這本字典不僅將英文字的定義列舉出來，也將一個字在句子裡的用法舉例。無論是一個字，或者是一個語段，林語堂一定要弄清楚才肯放過。對中文意思相近而英文意思不同的單詞，林語堂也注意體會其細微的差異，如他為了搞清楚中文的"笑"和"哭"在英文裡的意思，林語堂整理出很多單詞：如大笑、假笑、微笑、癡笑、苦笑等；如大哭、假哭、飲泣、哀泣等。同時，他又將這些單詞還原到具體的英文句子中深入理解。這種學習方法既系統，又方便，還便於記憶，更能有效地使用。至於英語的發音，他認為只要弄清楚一個字的重音在哪個音節，說起英語來便不成問題了。林語堂認為，每個英文單詞也像人一樣，都是有個性、氣質和味道的。掌握了它，內心就有這種感覺：一個字詞就是一個滑溜溜的物體，儘管有時在手裡握不住，像一條撲跳躍動的魚，但它逃不出心靈之海。後來林語堂回憶說："這部字典最大的好處是容納英語的精髓。我就如此學會了英文的許多精選詞彙。"
由於拚命用功和有一套獨特有效的學習方法，所以在神學院一年半的時間裡，林語堂的英文水平突飛猛進地提高，林語堂被選進了《Echo》(《回聲》)雜誌編輯部做編輯，林語堂說："我愈來愈熱心，我愛上了英文如魚得水。"
在聖大讀書，與在尋源書院讀書感覺完全不同。聖大給林語堂留下了不少美好印象。林語堂認為聖大校長卜舫濟博士就是一位可愛的人，他為人正派、舉止大方，工作認真負責，他還娶了一位溫文爾雅的中國閨秀做太太。最使林語堂感動的是，卜舫濟博士無論幹什麼事總是有始有終、有條不紊。他嚴格治校又嚴於律己。當然，人無完人，卜校長就是太刻板，缺乏自由快樂的精神。所以他管理的學校，給學生的自由太少，或者說過於讓學生遵守紀律而無自由，並且過於重視英文而輕視中文。