方孝孺是建文帝最親近的大臣,他也視建文帝為知遇之君，忠心不二，明成祖的第一謀士姚廣孝曾跪求朱棣不要殺方孝孺，否則「天下讀書的種子就絕了」，明成祖答應了他。南京陷落後，方孝孺閉門不出，日日為建文帝穿喪服啼哭，明成祖派人強迫他來見自己，方孝孺穿著喪服當庭大哭，叫人反覆勸他歸順，不聽。明成祖要擬即位詔書，大家紛紛推薦方孝孺，遂命人將其從獄中召來，方孝孺當眾嚎啕，聲徹殿庭。明成祖命他起草詔書，他卻寫了「燕賊篡位」四字，朱棣氣急敗壞，狼性大發，恨其嘴硬，叫人將方孝孺的嘴角割開，撕至耳根。最後飽受酷刑，方孝孺用手指沾著自己的鮮血，在地上一連寫下十多個篡字才氣絕。朱棣大捕其宗族門生，每抓一人，就帶到方面前，但方根本無動於衷，頭都不抬。明成祖徹底絕望了，也橫下一條心，把方孝孺的朋友門生也列作一族，連同宗族合為「十族」，總計873人全部凌遲處死！
明朝舊臣沒有多少人因拒絕降清而被殺，清朝的文字獄當中，株連最多的「明史獄」，株連被殺者才不過70餘人，而方孝孺一案，株連被殺多達873人，發配邊疆的更是不計其數，其他建文舊臣株連被殺數百人的也有好幾起，這顯然是清初無法比的。可見，明成祖雖然是位有著雄才大略的君主，是封建時代第一流的帝王之一，但是他以藩王起兵，強奪侄子建文帝的皇位，並對忠於建文帝的大臣濫用淫威，大肆殺戮，手段殘忍，不但在他死後，次子漢王朱高熙陰謀起兵，想效仿明成祖強奪其侄子的皇位，結果失敗被俘，後燒死在銅缸之下；朱棣的殘忍極大的動搖了忠君愛國志士的道德信念和骨氣，以後幾百年的時間裡，明朝亡於起義軍和滿清，竟然沒有幾個像方孝孺這樣有氣節的大臣奮起反抗和抵制，以至於降將叛臣不可計數。
朱棣對曾經阻擋自已篡位的人，對政治反對派的殘忍、野蠻，已經到了慘絕人寰的地步,魯迅先生對朱棣的野蠻殘暴深惡痛絕，他說：自有歷史以來，中國人一向被同族和異族屠戮,奴隸，敲掠，刑辱壓迫下來的，非八類所能忍受的楚毒，也都身受過。每一考察，真教人覺得不像活在人間。這期間就是永樂皇帝朱棣篡位後一幕幕血淋淋凶殘殺戮的殘暴景象。
但他有一件事仍不放心，他一直沒有找到建文帝朱允文的下落。後來他派出大量人員到全國各地去找，但一點音信都沒有。可是傳說越來越多。有的說建文帝逃到一個寺院當和尚啦。有的說他坐船到其它南洋國家了。更有一個僧人說到南洋見到一個和尚很像建文帝,傳說使朱棣越來越害怕，怕的是建文帝以正宗皇帝名義召兵買馬東山再起來討伐。為了能查出個水落石出，他在全中國各地主要地方都紮營屯兵。明查暗訪。
在中國古代歷朝封建帝王中，明成祖的霸王之氣無人能及。他處理朝政果斷，勇武。對待不服從中央集權的勢力，他堅決用武力的手段進行打擊。明成祖的殘忍決不輸於草原上奔突獵襲的狼群，狼為了自己的生存也只是咬死獵物，茹毛飲血而已，而有權力的人一旦狼性爆發，卻是一場災難，不知會有多少生靈為了他所謂的尊嚴，所謂的權威，而成為犧牲品。
公元1407年，皇后徐氏病逝了。朱棣「悲慟，為薦大齋於靈谷、天禧二寺，聽群臣致祭，光祿為具物。」而且朱棣和他的父親一樣，一直到死「不復立後」。其實，朱棣並不是不願「復立後」，而是沒能如願，中間有一個小插曲：徐氏死後，可能是與徐氏感情篤深的緣故，也或者是其他原因，朱棣曾經謀求娶徐氏的小妹，結果卻遭到了岳母謝氏的拒絕。但是以後其「季女竟不敢受人聘」了，「從佛氏為尼於南京聚寶門外，所謂王姑庵是也。」那女孩是前皇后的妹妹，只是被皇上這麼說了一句，並沒有被「臨幸」過，就落了個「出家為尼」的結局。之後，明成祖再也沒立皇后。朝鮮族的賢妃深得明成祖的喜愛，1410年，明成祖第一次出征漠北，只讓權氏一人隨行，不幸她經不住旅途的跋涉之苦，死在回師途中。但人們沒想到賢妃權氏的死，竟招來大量人的被殺，當時，有一個宮女挾私報復另一個宮女，就妄稱權氏是被人下毒害死的，明成祖信以為真，一下在就殺了太監宮女幾百人。後來明成祖喜歡的兩個宮女與宦官私通，明成祖知道後，這二人畏罪自殺，但明成祖不肯罷休，經嚴刑逼供，後奴婢招認「欲行弒逆」，受牽連被殺的多達2800人！
晚年，明成祖宮中生活不幸福，患有陽萎，雖然嬪妃成群，但難以滿足正常的生理需要，他的子女都是稱帝前生的，此後就再也沒有。
明在發動「靖難之役」奪取了侄子的皇位後，朱棣的精神一直處在高度緊張中，一方面，建文帝未死的流言不斷出現，另一方面，朝廷中的很多大臣對新政權並不十分支持。為了鞏固政權，朱棣迫切需要一個強有力的專制機構，但他覺得設在宮外的錦衣衛使用起來並不是很方便，於是決定建立一個新的機構。錦衣衛、東廠、西廠、內廠四個特務機構縱橫交錯，耳目遍佈朝野，上至公卿大夫，下至販夫走卒，一舉一動，一言一語，皇帝無不一清二楚，以致人人自危，如履薄冰。詔獄、文字獄，常常是鍋從天降，還有比「株連」更滅絕人性的「瓜蔓抄」，牽連之廣，空前絕後了。正像武則天手下的周興、來俊臣一樣，明成祖身邊也有一群惡狗，其中最突出的是紀綱。紀綱是錦衣衛指揮使，專門負責偵緝抓捕邢問臣僚，明初頗有聲望的廉吏周新就死在他手裡。有一次，紀綱手下的一個錦衣衛胡作非為，周新準備抓他沒成功，後來周新入京辦事，遇上了這個千戶，周新立即下令將其抓到獄中，紀綱知道後，在明成祖那裡誣告彈劾周新許多罪狀，明成祖大怒，下令逮捕周新，在路上錦衣衛的人員就把周新打得體無完膚，奄奄一息，周新剛直不阿，在庭上抗辯，明成祖下令立即斬首。
明初的大名士解縉也死於紀綱之手。紀綱將其抓入錦衣衛獄，嚴刑拷打，牽連了好多大臣，多死於獄中。紀綱將解縉灌醉，埋在積雪中活活凍死。紀綱每次要殺一個人，都把他領到家中，騙其說要到皇帝面前替他解說，藉以索取賄賂，等到這個人家產用盡時，突然將其殺死，既得到了錢，又在明成祖那裡完成任務，在他掌管錦衣衛期間，臣僚被殘殺的不可勝數。都督薛祿是明成祖靖難的功臣，一次紀綱想買一個女道士為妾，卻被薛祿先得到了，紀綱很惱火，在內廷碰見薛祿，突然用鐵錘打去，薛祿頭受重傷差點死了。都指揮啞失帖木兒自持官階和紀綱相同，在路上不避道，紀綱藉故將其捶殺。永樂14年，異己分子打擊的差不多了，明成祖也知道大臣們對紀綱有著一種不可言狀的憤怒，便下令以「謀反罪」將紀綱凌遲處死，這只橫行了14年的惡犬，終於變成了一頭替罪羊。還有都察院左都御史陳瑛，善於察言觀色，落井下石，主要活動就是幫助明成祖打殺建文舊臣，包括投降後受到重用的大臣，《明史》上說：「滅建文朝忠臣數十族，親屬被戮者數萬人。」
明成祖的女婿梅殷是較早歸附的一批建文舊臣，陳瑛看出他並不甘心，所以彈劾他，一次上朝，梅殷突然被人擠到橋下溺水身亡，寧國公主抓住明成祖的衣服大哭，明成祖只好找了兩個替罪羊殺了了事，實際上是他和陳瑛導演了這出雙簧。李景隆為群臣之首，陳瑛彈劾他「謀不軌」，明成祖「開恩」，將其永錮私第。陳瑛後來也沒能躲過兔死狗烹的下場，明成祖把他下獄弄死了。在中國制度史上，東廠的設立無疑是個重大事件。他將特務活動制度化，形成了專門的特務機構。
明成祖跟朱元璋不同，他特別信任宦官，當初靖難時，很多重要的情報就是宦官告訴他的，很多宦官還是戰功纍纍的悍將，立下赫赫戰功，出使西洋的鄭和就是明成祖深信的太監，這些皇帝的私人奴才，由於不像士大夫們那麼講究忠義，只知道服從主子的差使，所以明成祖很喜歡用他們辦事。上至親王公主駙馬，下至普通官吏百姓，無一不在特務們的嚴密監視之下，誰有越軌行為，馬上就會被最高統治者知道，可謂是水銀瀉地無孔不入。東廠設在皇城東安門北的東倉胡同。西方有個評論家說過，當首腦的首要條件是做個好屠夫，如自己做不成好屠夫，也要身邊有能成為好屠夫的人。明成祖不僅身邊有這樣的好屠夫和惡狗，而且他本人就是個好屠夫，對不忠於自己的人，隨時都會毫不留情的除掉，手段再殘忍也不在乎，就這樣，明成祖大大強化的他的專制獨裁的統治機器，把中國專制主義中央集權推倒了一個新的高峰。
永樂時期的一個重大事件就是鄭和下西洋，鄭和下西洋的目的，因為當時有人傳說建文帝從海上逃跑了,朱棣擔心建文帝會捲土重來，就派自己的心腹太監鄭和下西洋去尋找。另一個原因就是朱棣為人好大喜功，當時中國被認為是世界中心，四海都應該來朝賀，因此他派鄭和下西洋去接各國的國王來朝賀，以襯托盛世。
朱棣的一個壯舉就是建造紫禁城，當時北方還不安定，隨時都有戰爭的可能，南京距離較遠，指揮不便，因此朱棣下旨建造紫禁城，準備遷都。1416年開始修建北京宮殿，1421年正式遷都北京。
朱棣在文治上也頗有建樹，《永樂大典》的編纂就足以證明。明成祖對文獻的征編工作極為重視，對保存古文化典籍，頗有貢獻。公元1403年，他剛即位不久，經過六年時間的努力，編製了內容最豐富、原汁原味圖書集成《永樂大典》。該書輯入古今各類圖書七八千種，包括經、史、子、集、天文、地誌、陰陽、醫藥、僧道、藝術等方面，約3億7千多萬字，為世界上最早的大百科全書。比十八世紀中葉出版的《大英百科全書》和《法國百科全書》要早300多年。???朱棣十分重視經營北方，永樂初即改北平為北京，設行在六部，增設北京周圍衛所，逐漸建立起北方新的政治軍事中心。在女真地區，設立奴兒干都司。與此同時，爭取與蒙古族建立友好關係。
韃靼、瓦剌各部先後接受明政府封號。後來，朱棣親自率兵五次北征，鞏固了北部邊防。派兵統一安南（今越南），在河內設立了交趾布政司（行省），進行直接統治。營建北京天壽山長陵，以示立足北方的決心。朱棣為保證北京糧食與各項物資的需要，於是疏浚會通河，鑿清江浦，使運河重新暢通，對南北經濟文化交流與發展起了重要的作用。在此基礎上，對其他邊疆地區的統治也得到發展。之後，平定思南、思州土司叛亂後，設立貴州布政使司，為加強對烏斯藏(今西藏)地區的控制，朱棣派遣官吏迎番僧入京，給予封賜，尊為帝師。他還設立哈密衛，並多次派遣陳誠、李達等人赴西域(今新疆)，加強了政治、駐軍和貿易往來，全國統一形勢得到進一步發展和鞏固。
朱棣注意社會經濟的恢復與發展，認為「家給人足」、「斯民小康」是天下治平的根本。他大力發展和完善軍事屯田制度和鹽商開中則例，保證軍糧和邊餉的供給。派夏原吉治水江南，疏浚吳淞。在中原各地鼓勵墾種荒閒田土，實行遷民寬鄉，督民耕作等方法以促進生產，並注意蠲免賑濟等措施，防止農民破產，保證了賦役征派。通過這些措施，永樂時「賦入盈羨」，達到有明一代最高峰。
幾多功過，皆成煙雲，從歷史的角度來看朱棣的行為也無可厚非。「成則王侯敗則寇」，只不過他推翻的是他侄兒，試想，如果朱允炆「削蕃」成功，他叔叔會是什麼結果？政治鬥爭就是你死我活，不同的只是手段。李世民「玄武門之變」誅殺太子李建成，也沒能擋住他「貞觀之治」的光輝。《明史》對他的最後評論是:「成功駿烈，卓乎盛矣。然而革除之際，倒行逆施，慚德亦易可掩哉。」
縱橫古今千年，橫攬一世百歲，凡能成就大業者，都具有一種「狼」的氣質。如秦始皇之勇狠、漢高祖之狡詐、唐太宗之隱忍、宋太祖之決斷等等，無一不是能忍能狠、謀勇雙全的人物，和狼的生存之道頗有許多相似之處。