佛教形成以後，又有小乘、大乘、金剛乘（密宗）之分。小乘向大乘過渡是印度佛教史上的一場重大變化，其標誌之一就是小乘只禮拜彌勒，而大乘則狂熱地崇拜；小乘是無神論，大乘是一神論；小乘靠自力解脫，不用救世主，大乘則是靠救世主；小乘賣天國入門券，討價高，出手比較吝嗇，大乘則相對便宜……。
而大乘，季羨林又把其發展分為兩個階段，原始大乘和古典大乘，相距大約二三百年。原始大乘的特點：使用語言——混合梵文，經典作者——無名無姓，教義內容——在小乘中逐漸孕育，由量變到質變；古典大乘的特點：使用語言——梵文，經典作者——一般有名有姓，教義內容——不同程度成熟的嶄新的大乘思想。
大乘到了後期，金剛乘（密宗）出現，大乘與金剛乘關係密切，是我中有你，你中有我了。而佛教世界一直到今天，仍是一半小乘，一半大乘，兩分天下。[《彌勒信仰在印度的萌芽和發展》，《人生絮語》第25—39頁，浙江人民出版社1996年。]佛教在印度則漸趨式微，以至於消逝，被印度教所取代。
印度佛教在公元前傳入中國，途徑有兩條，時間有先後，最早的是通過大夏，以後是通過中亞某些古代民族，吐火羅人最有可能。[《中印文化交流史》第27頁，新華出版社1991年。]從大夏來的，稱「浮屠」，來源於印度古代俗語；而通過中亞來的，稱「佛」，來源於吐火羅文A（焉耆文）。[《季羨林學術論著自選集》第1—17頁，北京師範學院出版社1991年。]
佛教傳入中國後，與中國精神文化有一個撞擊——吸收——改造——融合——同化的過程。佛教傳人中國，為了適應新環境，不得不採取一些比較隱晦的手段，使撞擊不至於激化。但也不斷有小磨擦，如六朝時代沙門不敬王者論的辯論，引起一些君王的排佛，如「三武滅佛」（北魏太武帝滅佛、北周武帝滅佛、唐武宗滅佛）就是。佛教在中國玄學化，是雙方文化的雙向吸收階段。到兩晉至隋唐，出現了兩種文化的改造和融合階段。宋元出現兩種文化的同化。對同化的原因，季羨林分析說：
中印文化交流從後漢三國時期開始。回顧以佛教為主要載體的交流活動，從最早的撞擊與吸收階段，經過了兩晉南北朝、隋唐時期的改造與融合階段，到了宋元進入同化階段，延續有千餘年，真是完成了一個大的發展過程。……到了宋代的最後一個階段，印度佛教在印度面臨滅絕。此時，它已經失去活力，不可能再有新發展，無源之水，已不可能再影響中國佛教的發展了。只有在這樣的情況下，佛教思想才能自由自在地為中國思想所同化，不會受到來自印度的任何的撞擊與干擾。[《中印文化交流史》第120—121頁，浙江人民出版社1991年。]
這種同化的結果，就是產生了禪宗和宋明理學。
印度禪法早就傳入中國，後漢、三國都有這方面的譯經，南朝宋代菩提達摩來華，成為中國禪宗一世祖，但這時的禪宗，印度色彩仍然濃厚，唐代禪宗分成不少小宗派：南宗、北宗、牛頭宗、淨土宗、菏澤宗、洪州宗等。五代天台德韶成為國師，禪宗也最為興旺，且進一步分化成五家：溈仰宗、臨濟宗、曹洞宗、雲門宗和法眼宗，禪宗還有活力，但印度味越來越淡，中國味越來越濃。唐至五代，出現一批燈史，宋代又出現許多燈史，目的在於明確禪宗傳法燈的系譜。宋代禪宗興盛至極，「禪宗成了宋代佛教界的元雄」。到元代，在佛教諸派中，「禪宗最為繁榮」，在明代，僧侶們「幾乎都是禪宗系統的人」。[鐮田茂雄：《簡明中國佛教史》，上海譯文出版社1986年，轉引自《中印文化交流史》第121頁，新華出版社1991年。]清代至民國，禪宗仍有活力。
禪宗為什麼流行逾千年而經久不衰呢？我認為，這就是同化的結果。再仔細分析一下，可以歸納為兩層意思。首先，一部分禪宗大師，比如百丈懷海，規定和尚必須參加生產勞動，認為「擔水砍柴，無非妙道」。印度佛教本來是不讓和尚勞動的。這種做法脫離群眾，引起非議。中國禪宗一改，與信徒群眾的隔閡就除掉了。這也符合宗教發展的規律。因此，在眾多的佛教宗派中，禪宗的壽命獨長。別的宗派幾乎都銷聲匿跡，而禪宗巍然猶在。其次，這也是最主要的原因——禪宗越向前發展，越脫離印度的傳統，以至完全為中國同化，有的學者就說，禪宗是中國的創造。話雖有點過分，卻也不無道理。有的禪宗大師實際上是向印度佛教的對立面發展。
他們呵佛罵祖，比如道鑒（慧能六世法孫，公元856年死）教門徒不要求佛告祖（達摩等），說：「我這裡佛也無，祖也無，達摩是老臊胡，十地菩薩是擔屎漢，等妙二覺（指佛）是破戒凡夫，菩提涅槃是系驢橛，十二分數（十二部大經）是鬼神簿、拭瘡疣紙，初心十地（菩薩）是守古塚鬼，自救得也無。佛是老胡屎橛。」又說：「仁者莫求佛，佛是大殺人賊，賺多少人入淫魔坑。莫求文殊普賢，是田庫奴。可惜一個堂堂丈夫兒，吃他毒藥了。」這樣咒罵還可以找到不少。這簡直比佛教最狠毒的敵人咒罵還要狠毒，咬牙切齒之聲，宛然可聞。說它是向佛教的對立面發展，難道有一絲一毫的歪曲嗎？這哪裡還有一點印度佛教的影子？說它已為中國思想所同化，不正是恰如其分嗎？[《中印文化交流史》第121—122頁，新華出版社1991年。]
而理學與禪宗有所不同，它是宋代正統儒學，他們排佛，宋代濂、洛、關、閩四大家，無不努力排佛。然而，若仔細研究他們的學說，又幾乎都有佛教的成份，受佛教或深或淺的影響，這種中外學者無不承認的事實，也是佛教與中國文化同化的結果。
通過印度佛演變成中國佛的一系列分析，季羨林認為，人類文化一萌芽，就有互相學習，也就是交流的活動。到了後來，一部人類文化史證明了一件事實：沒有文化交流，就沒有人類文化史，文化交流是人類文化發展的動力。[《比較文學與民間文學》第358頁，北京大學出版社1991年。]今天，普天之下，沒有哪一個國家或民族的文化完全是「國貨」，一點也沒有受外來文化的影響。離開了文化交流，我們簡直無法生活，我們的一切都是無法想像的。但是，文化交流並不是說自己的東西一點都沒有了，本民族固有的東西依然存在，它是文化交流的基礎。[《比較文學與文化交流》，《中國比較文學年鑒·前言》（1986），北京大學出版社1987年版。]
2．西域研究和玄奘情結
季羨林從事西域研究已有幾十年的歷史，在該領域的研究成績卓著。
西域，是漢代以後對玉門關以西地區的總稱，始見於班固的《漢書·西域傳》。該稱有廣狹二義。狹義專指敦煌以西蔥嶺以東的地區，在巴爾喀什湖以南、以東，崑崙山以北，有大宛、烏孫等36個國家。廣義則指通過西域所能到達的地區，如亞洲中西部、印度半島、歐洲東部和非洲北部都在內。漢武帝派遣張騫出使西域，成為我國中外交通史上首次重大事件。唐代玄奘遊學印度半島各地，將在沿途所見所聞撰成《大唐西域記》一書，成為中外文化交流史最重要的著作，是後代研究西域者都不能不讀的必讀書。
季羨林認為，世界文化由四個文化體系構成，這就是中國文化體系、印度文化體系、阿拉伯伊斯蘭文化體系、歐洲文化體系。而惟獨匯聚了四大文化體繫於一體的，就是西域，尤其是新疆。他指出，在古代很長的時間內，新疆是東西各國文化交流的樞紐，許多國家的文化，包括世界上幾個文化發源地的文化，都在這裡匯流，有名的「絲綢之路」，就是通過新疆。儘管有許多古代民族今天已經不再存在，然而他們留下的文化痕跡一直到今天還到處可見。[《新疆與比較文學的研究》，《比較文學與民間文學》第140頁，北京大學出版社1991年。]
季羨林一向注意對異域記載的著作，最初的一些書如《山海經》、《穆天子傳》等，雖然真偽雜陳，時代也難以確定，有些記述甚至荒誕不經，但他認為其中必然有一些很古老又真實的東西，對後人是非常寶貴的。在許多鬼神志怪的書中，也有許多寶貴的異域的記載，如傳為後漢郭憲撰的《漢武洞冥記》，晉以後偽托漢東方朔的《神異經》、《十洲記》等都屬於這一類。唐宋記載異域的書籍，記述精確，遠邁前修，段成式《酉陽雜俎》，蘇鶚《杜陽雜編》，宋代《太平廣記》、《夷堅志》，都有關於遠方珍異和異域的記載，當然也都含有更多的神話色彩。明代一些隨鄭和下西洋的人，都有赴異域的親身經歷，馬歡的《瀛涯勝覽》、費信的《星槎勝覽》、鞏珍的《西洋番國志》，所寫言簡意賅，明確真實。而袁忠徹所著《古今識鑒》則有不少神化鄭和的記載，而這種浪漫化的色彩對黃省曾《西洋朝貢典錄》、羅懋登《三寶太監下西洋記》（簡稱《西洋記》）都有較大影響。[《〈三寶太監西洋記通俗演義〉新版序》，《比較文學與民間文學》第153—155頁，北京大學出版社1991年。]
既廣博又精深的涉獵，再加上季羨林博聞強記，為研究異域尤其是西域打下了強固的基礎。從1960年代起，季羨林便有意對《大唐西域記》進行校注整理，只是因種種原因因循未果。1977年，中華書局計劃重新組織人力整理該書，請季羨林出任負責人，使他埋在心底的玄奘情結重又出現，很快與中華書局商定了參加校注的初步人選和資料的準備工作。
經過半年多的準備工作，1978年8月18日，季羨林主持召開了校注的第一次工作會議，參加人員有孫毓棠、朱傑勤、宿白、張廣達、楊廷福、張毅、耿世民、蔣忠新、趙守儼、謝方。他們討論了具體分工和計劃、進度和質量要求，取得了一致意見。會後，季羨林自己掏腰包，請與會人員到北京展覽館莫斯科餐廳，當時是豪華級的飯店，吃了一頓飯。
計劃既已確定，季羨林便身先士卒，最早完成了《玄奘與〈大唐西域記〉》即校注的《前言》。然後，他又分批審閱各卷的註釋稿，仔細批改，並提出中肯的意見。對有些不符合質量要求的，又比較重要的條目註釋，他自己重寫，如長達三千多字的《四吠陀論》的註釋，就是他重寫的。他還發現大部分引文都有問題，便讓他的高足王邦維將全部中外文的引文都查對一遍。
《大唐西域記》校釋工作即將完成之時，季羨林提出，要搞一個副產品，對該書進行白話今譯，目的在於普及歷史知識和弘揚傳統文化。他們趁熱打鐵，馬上成立了一個以他為首包括張廣達、楊廷福、蔣忠新、李錚、王邦維、謝方的《大唐西域記》今譯小組，很快完成了今譯工作。
《大唐西域記校注》由中華書局於1985年出版，《大唐西域記今譯》由陝西人民出版社於同年出版。兩書出版後，均產生了很好的社會效益。《大唐西域記校注》和季羨林的譯作《羅摩衍那》在1994年全國首屆優秀圖書評選活動中均獲一等獎，與錢鍾書先生的《管錐編》同列。
而季羨林則並不認為《大唐西域記校注》已經十全十美，他對責任編輯謝方說：
我們的註釋工作雖然已盡了最大的努力，參加工作的同志也都是很難得的一時之選，但現在看來仍有不少缺點。一些外國研究成果和近幾年新發現的材料，我們還未有充分吸取。過一個時候，我想再組織力量對全書作補充修改，然後準備出版一個增訂本。[謝方：《玄奘情結和學者風範》，《人格的魅力——名人學者談季羨林》第76—77頁，延邊大學出版社1996年。]
季羨林還有意組織《大唐西域記》的英譯，並對《大慈恩寺三藏法師傳》進行白話今譯和英譯，但均未實現，這成為季羨林玄奘情結的未了緣。
季羨林對西域的研究始終如一地關注著，上世紀80年代初他組織「西域研究讀書班」，張廣達、王小甫、榮新江、王邦維、耿引曾、段晴、張保勝、錢文忠、蔣忠新、郭良鋆、黃寶生、耿世民、林梅村等人，都是研究讀書班成員，全都精於東方學，有研究梵文、于闐文、佉盧文、回鶻文的，有研究南亞、中亞歷史的，有研究佛教、摩尼教的，在近十年的時間裡，讀書班討論過的問題，涉及《大唐西域記》、《南海寄歸內法傳》，中亞和西藏發現的梵文貝葉經、于闐文資料、粟特文資料，「圖木舒克語」資料、新疆新發現的吐火羅語材料和《彌勒會見記劇本》、敦煌吐魯番文書中的西域史料，漢文典籍中南亞史料。季羨林想用讀書班的形式，把中亞各種語言的佛典做一個綜合研究。[榮新江：《季羨林先生領導的〈西域研究讀書班〉側記》，《人格的魅力——名人學者談季羨林》第243頁，延邊大學出版社1996年。]
有一些晚輩學者，後來都出版了有影響的學術研究專著，如鄧文寬、榮新江共同校勘的《敦博本禪籍校錄》、李明偉的《絲綢之路貿易史研究》、王小甫的《唐、吐蕃、大食政治關係史》，對這些研究成果，季羨林都予以充分肯定，自己的時間雖然寶貴得以秒計，但對這些年輕人向他索序，向來十分慷慨，其中原因，正如他所說：