1966年7月下旬，毛澤東聽信陳伯達、江青、康生等人的匯報，說工作組起壞作用，阻礙運動，一不會批，二不會改，要統統驅逐之。這一次，劉少奇等人成為明顯的資產階級反動路線的總後台，而所謂群眾運動，不再有任何條條框框限制。根據林彪的理論，群眾運動不管採取什麼措施，天然都是合理的。這樣，工作組時期尚有的法制因素，便蕩然無存了。法制社會一去不復返，全國陷入一片無法無天的混亂之中。
在北京大學，工作組灰溜溜地被趕走了，聶元梓成為校革委會主任，掌握了北大的領導權。這時，北京大學極力推行極左路線，實行法西斯專政，搞「上揪下掃」，領導幹部是「黑幫分子」，要「上揪」；老教師是「反動學術權威」，要「下掃」。揪斗、遊街、勞改、關押、毆打、抄家、「坐噴氣式飛機」、掛牌子、戴高帽子，以及私設公堂、刑訊逼供等非法手段，都無所不用其極，幹部、教師受到瘋狂迫害。
在哲學系，有一天教師們正在開會學習，忽然有一支由學生和青年教師組成的隊伍，氣勢洶洶地大踏步走進來，大喝一聲：「你們全給我站起來！豎起你們的狗耳朵，聽我講話！我們是紅衛兵，任務是革你們的命。」[馮友蘭：《三松堂全集》第一卷，第158頁，河南人民出版社1985年。]
真是無獨有偶，東語繫馬堅先生首當其衝，受到猛烈的衝擊：
他兩次被抄家。第一次，馬堅沒有思想準備，正在書房裡埋頭翻譯《阿拉伯通史》一書，他看到進來一些學生，還以為他們是來問功課的，就很客氣地請他們坐下。當他們大喝一聲，勒令他交出「黑材料」，交代「黑關係」時，才知道事情嚴重了，但他臨危不懼，反而很冷靜。他講他沒有「黑材料」，只有些學術著作和參考書，都在書架上；也沒有「黑關係」，與黨和國家領導人的關係都是公開的，擺在桌面上，掛在牆壁上，誰都看得見的。作為「戰利品」，他們抄走了一批翻譯手稿、資料和銀行存折。他們看到存折上存款很少，很快就還回來，部分手稿和資料一直到運動後期才歸還。但是，《懸詩》和《阿拉伯文學史綱》的部分譯稿，以及第一屆全國政治協商會議文件彙編和紀念冊（包括許多珍貴的資料和圖片），已無法追回。抄家之後，就是掛著「反動學術權威」的牌子游鬥，接著是大大小小的批鬥會，有系一級、室一級的批鬥會，甚至一個班級、一個宿舍也召開批鬥會。[李振中：《學者的追求》（九）》，《阿拉伯世界》1995年第4期。]
毛澤東本人對這一階段的文化革命群眾性的過激行動，是滿意的。他在給江青的一封信中，說「現在的任務是要在全黨全國基本上（不可能全部）打倒右派」。「這次文化大革命，就是一次認真的演習。有些地區（例如北京市），根深蒂固，一朝覆亡。有些機關（例如北大、清華），盤根錯節，頃刻瓦解。凡是右派越囂張的地方，他們失敗就越慘，左派就越起勁。」[轉引自金春明：《「文化大革命」史稿》第176頁，四川人民出版社1995年。]
曾經指揮過千軍萬馬領導中國人民打敗日本帝國主義、國民黨反動派，建設社會主義新中國的偉大領袖，沒想到自己在戰略上大錯特錯了。頃刻瓦解的，並不是反革命修正主義堡壘，而是道德斯文。北京大學作為堂堂的全國最高學府，本應是最文明、最講道德、最講禮義廉恥的文化聖地，但文革一來，斯文全部喪失，野蠻代替了文明，粗暴代替了善良，獸性代替了人性，流氓作風代替了學生的書卷氣，殘酷無情代替了人道主義。這一切，使那些當時年幼無知只知盲從的學子們，每每想起，就會汗毛直豎，一想起自己做過的一些虧心事，臉上會一陣陣發紅。
但願這樣的歷史不再重演！
3．情形不妙
季羨林從6月4日回校之後，在有過一段觀察之後，知道這次運動的重點，是批資產階級當權派和「資產階級學術權威」。沒想到知識分子的春天剛來到就逝去，春天再也不可能永恆了。這次運動又是對準知識分子的，這是再明顯不過的了，自己自然也在被批之列。他當時雖然不敢以「學術權威」自命，但是，說自己是資產階級，他確實心悅誠服，毫無怨言。因為有了充分的思想準備，因此，儘管運動來勢迅猛，但他並沒有費多大力量就通過了。
到後來，「文化大革命」逐漸「深入」，人類歷史上獨一無二、空前絕後的悲劇不斷在「文化革命」中升級，不少的一部分人，理智完全喪失，荒謬絕倫的思想方式和邏輯推理主宰了一切。中國歷史上最糟糕的深文周納、斷章取義、造謠污蔑、羅織誣罔的刀筆吏習氣，成了正統。正像古人所說，是「黃鐘毀棄，瓦釜雷鳴」。
就在這樣的時候，奇怪的邏輯出現了，不知道是哪一個「天才」，實際上應該說是絕大的蠢才，發明了這種邏輯：只要是「春」字，代表的肯定就是資本主義。而季羨林寫過《春滿燕園》的著名散文，就被非常合乎「邏輯」地上綱上線為資本主義的毒草。
春天是萬物萌生的時期，喜歡而且歌頌春天是人類正常的感情，現在卻視「春天」為蛇蠍，可見這一場「革命」違背人情，擾亂天理到了什麼程度！誰要是歌頌春天，誰就是歌頌資本主義。誰要是希望春光常在，誰就是想搞資本主義復辟。我不但歌頌了春天，而且還要「春滿燕園」，還要春光永在，這簡直是大逆不道，膽大包天，胡作非為，十惡不赦。[《寫作〈春歸燕園〉的前前後後》，《我的心是一面鏡子》第171頁，延邊大學出版社1996年。]
這樣，季羨林從南口北大社教基地回到北大之後，平靜的日子很快就過去了。
有一天，季羨林去看大字報。突然間，他看到一張批判他的大字報，這是矛頭針對他的第一張大字報，但是內容卻是意想不到的，就是批判他歌頌春天的散文《春滿燕園》的。回想起當時的情景，季羨林至今仍感到不寒而慄！
我當時的政治覺悟是非常低的，我是擁護「文化大革命」的，即使是這樣，當我看到這一份大字報的時候，我心裡真是覺得十分彆扭，彷彿吃了一肚子蒼蠅似的，直想作嘔。為什麼最美好的季節春天竟成了資本主義的象徵呢？我那一篇短文的「罪狀」還不僅僅是這一點。我裡面提到學生的晨讀。在「英雄們」的詞彙中，這叫做「業務掛帥」、「智育第一」，這是地地道道的「修正主義」。這也完全不能理解，學校之所以要開辦，就是讓人們來唸書，來研究，在學校裡為什麼一提倡唸書就成了修正主義呢？我站在那裡看大字報，百思不得其解，不由地「哼」了一聲。然而就是這發生在十分之一秒鐘內的一「哼」，也沒有逃過「革命小將」的注意，他們給我記下了一筆賬，把這一「哼」轉變為繼續批判我的彈藥。[《寫作〈春歸燕園〉的前前後後》，《我的心是一面鏡子》第171—172頁，延邊大學出版社1996年。]
年幼無知的「革命小將」們，受到「廟小神靈大，池淺王八多」最高指示的蠱惑，他們把幾千年來形成的尊師重道優良傳統一掃而光，開始向自己的恩師們開刀了。恩師們一個個或者成為反動學術權威，或者成為「黑幫分子」。季羨林是雙重身份，既是「反動學術權威」，又是黨員系主任，屬於「走資本主義道路當權派」的範疇，這就使他毫無疑義地成為「黑幫分子」，在數目不小的北大「黑幫分子」中，雖然屬於年輕的，但份量卻是重的。
到這時，季羨林才真正意識到自己的處境的危險性，真正感到情形不妙。
4．自投羅網
情形雖然不妙，但如果季羨林能沉住氣，穩住步子，還是有可能「矇混過關」的。但季羨林偏偏有著山東人的耿直性格，有不平他就想鳴，而這是很危險的，在無法無天的日子裡，這意味著什麼，會遭到什麼樣的迫害，是季羨林始料不及的，也是怎樣估計都不會想到的。
就在聶元梓等人在「四人幫」的唆使之下，篡奪了北大領導權之後不久，北大的「群眾組織」分裂成兩大派，與整個北京市的「群眾組織」相對應，一個是「天派」，一個是「地派」。天派是「新北大公社」，地派是「井岡山」。從整個運動過程來看，兩個組織都搞打、砸、搶，都亂抓無辜，都壓迫真正的群眾。所以這兩個組織是真正的難兄難弟，棗木球一對，無法評論其是非優劣，但又互相指責對方為「保守派」，兩派之間互相攻擊，鬥爭逐步升級。
從北大的具體情況看，新北大公社的頭頭是聶元梓，人們給她起了一個臭名昭著的外號「老佛爺」，隱喻她手段之毒辣可與慈禧太后相媲美。她本是1938年入黨的老幹部，1964年來北大工作，社教運動中就與陸平作對，但失敗很慘，文革中她有了權力，又打出江青的旗號，橫行霸道，炙手可熱。她掌握了全校的行政財政大權，迫害異己，一手遮天。在社教中，季羨林就與此人打過交道，深知此人不學無術，語無倫次，卻又心狠手辣。
在工作組沒被趕跑之前，季羨林是被劃在「臨界線」上的，屬於人民內部矛盾。工作組被趕跑，他本也可以逍遙自在下去的。但他是一個頗愛打抱不平的人，雖然做不到「路見不平，拔刀相助」的程度，有時候也抑制不住自己，惹點小亂子。對這位「老佛爺」的所作所為，他覺得不符合「毛主席的革命路線」。雖然其實他並不真知道什麼是「毛主席的革命路線」，他只覺得她對群眾的態度不對頭，於是，便有點「蠢蠢欲動」了。[《記周培源先生》，《懷舊集》第117頁，北京大學出版社1996年。]
也是事有湊巧，有了一個偶然的機遇。
有一件事是出乎季羨林意料之中，又似乎是在意料之內，那就是著名物理學家周培源先生挺身而出，與「老佛爺」作對了。季羨林在這之前對周培源先生並無太多瞭解，只不過，從他的言談舉止中，從別人對他的評論中，季羨林漸漸發現，周先生是一個很有個性，很有骨氣，很有正義感，能明辨大是大非的人，一個一身正氣、兩袖清風的人。
為了與「老佛爺」作對，周培源先生乾脆參加了對立面「井岡山」，並成為其領導成員。
一次，北大的兩大派在大飯廳（即今天的大講堂）中舉行公開辯論，兩派頭頭都坐在主席台上。周培源先生也儼然坐在那裡，而且還發了言。周先生歲數最大，地位最高，以一個白髮盈巔的老人，同一群後生坐在一起，頗有點滑稽像，但季羨林心裡卻充滿了敬意。
也就在這樣的氣氛下，季羨林也上了「牛勁」，雖然他屬「豬」，不屬「牛」，卻有了「牛脾氣」。他經過長期反覆的考慮與觀察，抱住「粉身碎骨在所不辭」的決心，「自己跳了出來」，也參加了那個反「老佛爺」的組織。東語系的兩派分別是「公社紅九團」和「井岡山兵團紅九縱」，這是因為東語繫在北大的排列序號是「九」，便有了「九團」、「九縱」之名。這一來不打緊，一下子成了「老佛爺」的眼中釘、肉中刺。這真是自投羅網。
這之後，季羨林的處境越來越危險了，多次被揪鬥，受到了各種各樣的人身污辱和攻擊。
據樂黛雲教授回憶，在1968年仲夏一個十分炎熱的下午，她親眼看到過季羨林被游鬥的場面。
那時，「黑幫分子」和牛鬼蛇神們都蹲在烈日下拔草，隨時準備接受群眾的質詢和批鬥。我作為一個摘帽右派，被認為是沒有多大「政治油水」的死老虎，因而被編入「一類勞改隊」，在北大附小抬土。那天收工後，我從東門進來，走到湖畔水塔邊，正好迎面撞上一群紅衛兵敲鑼打鼓，喊著口號，押著兩個「黑幫分子」遊街，走在後面的是週一良教授，走在前面的就是先生！他們倆人都是胸前掛著「牌子」，背上扣著一口食堂煮飯用的中號生鐵鍋，用細繩子套在脖子上，勒出深深的血印。