階級鬥爭並沒有結束。無產階級和資產階級之間的階級鬥爭，各派政治力量之間的階級鬥爭，無產階級和資產階級之間在意識形態方面的階級鬥爭，還是長時期的，曲折的，有時甚至是很激烈的。無產階級要按照自己的世界觀改造世界，資產階級也要按照自己的世界觀改造世界。在這一方面，社會主義和資本主義之間誰勝誰負的問題還沒有真正解決。……如果對於這種形勢認識不足，或者根本不認識，那就要犯絕大的錯誤，就會忽視必要的思想鬥爭。[《毛澤東文集》第5卷第230—231頁，人民出版社1999年版。]
針對黨內外的一股「反社會主義的逆流」，毛澤東提醒全黨，蘇共二十次代表大會後，黨內大多數人是正常的，穩定的，少數人有波動。下雨之前總會有螞蟻出動，中國也有少數螞蟻想出洞活動。
到1957年4月27日，中共中央發出《關於整風運動的指示》，決定在全黨範圍內，進行一次普遍的深入的反官僚主義、反宗派主義、反主觀主義的整風運動，提高全黨的馬克思列寧主義水平，改進作風，以適應社會主義改造和社會主義建設的需要。
據參加過最高國務會議的馮友蘭先生講，毛澤東講話的時候，正是政協全國委員會開大會的時期，出席大會的政協委員都列席了最高國務會議，馮友蘭是政協全國委員會委員，也參加了會議，聽了毛澤東的講話。毛澤東講話的時候，既沒有講稿，也沒有拿大綱，就像平常講話一樣，隨隨便便，有時還加上一些詼諧，會場中的空氣非常活躍。[《三松堂全集》第一卷第149頁，河南人民出版社1995年。]
整風運動開始時，最初只說是黨內整風，號召大家提意見，並希望能「知無不言，言無不盡」。黨的威信當時至高無上，許多愛護黨而頭腦簡單的人，就真提開了意見，雖然絕大部分人是出於一片赤誠之心，但有的意見十分尖銳，有的話說得也不好聽。於是，到5月份，毛澤東便向黨內發出《事情正在起變化》的指示，指出在共產黨內部有一部分人有修正主義或右傾機會主義錯誤思想，這些人比較危險，因為他們的思想是資產階級思想在黨內的反映，他們嚮往資產階級自由主義，否定一切。他們與社會上資產階級知識分子有千絲萬縷的聯繫，他們跟社會上的右翼知識分子互相呼應，聯成一氣，親如兄弟。毛澤東又向全黨指出，最近這個時期在民主黨派中和在高等學校中右派表現最堅決，最猖狂，什麼擁護人民民主專政、擁護人民政府、擁護社會主義、擁護共產黨的領導，對於右派來說，都是假的，切記不要相信。
毛澤東還告訴全黨：現在右派的進攻還沒有達到頂點，他們正在興高采烈。黨內黨外的右派都不懂辯證法，物極必反。我們黨還要讓他們猖狂一個時期，讓他們走到頂點，他們越猖狂對於我們越有利。他們不顧一切想在中國這塊土地上，刮起一陣害莊稼毀房屋的七級以上的颱風。他們越做得不合理，就會越快地把他們拋到過去假裝合作，假裝接受共產黨領導的反面，讓人們認識他們不過是一小撮反共反人民的牛鬼蛇神而已，那時他們就會把自己埋葬起來，這有什麼不好呢？大量的反動的烏煙瘴氣的言論，為什麼允許登在報紙上？這是為了讓人民見識這些毒草、毒氣，以便除掉它，滅掉它。
到後來，有不少人被揪住了辮子，劃為右派。根據「上頭」的意見，右派是敵我矛盾，作為人民內部矛盾來處理，而且信誓旦旦說：右派永遠不許翻案。
對於這場整風運動，季羨林的認識是：
有些被抓住辮子的人恍然大悟：原來不是說不抓辮子，不打棍子，不戴帽子嗎？這是不是一場陰謀？答曰：否，這不是陰謀，而是陽謀。到了此時，悔之晚矣。戴上右派帽子的人，雖說是人民內部，但是游離於敵我之間，徙倚於人鬼之隙，滋味是夠受的。有的人到了二十年之後才被摘掉帽子，然而老夫耄矣。無論如何，這證明了，共產黨有改正錯誤的勇氣，是有力量有信心的表現。[《我的心是一面鏡子》，《東方》1994年第5期。]
當時究竟有多少人被劃為右派，確切數字季羨林並不知道。他只知道，右派是下指標的，這指標下達到每一個基層單位，如果沒有完成，必須補劃。傳出了不少笑話。
比方說，北大哲學系教授張岱年，參加一次中國科學院哲學社會科學部（即今之中國社會科學院）召開的一次座談會，會上針對黨的「百花齊放，百家爭鳴」的方針，他發言說自己非常高興，歡欣鼓舞。他說：先秦時期曾經出現過百家爭鳴，現在又要實行百家爭鳴了，但是，現在的百家爭鳴與先秦時代的百家爭鳴應有所不同。現在的百家爭鳴，就是馬克思主義指導之下的百家爭鳴，張岱年表示自己是堅決擁護馬克思主義的。
嗣後，張岱年訪問熊十力教授，熊先生告誡他說：你要注意，情況是複雜的。你如果不注意，可能有人以最壞的污名加在你的頭上。
但張岱年覺得，自己信仰唯物論，又擁護社會主義，不會有什麼問題。到5月17日，哲學系中國哲學史教研室召開工會小組會，張岱年發言說：
三反肅反，我都積極參加了，但覺得也有一些問題。清華搞三反運動，一些老教授，如馮友蘭、潘光旦先生，檢查了三次才通過，未免傷了知識分子的感情。肅反運動時，本系開了批判王錦第的會，後來又宣佈，據調查，王錦第的問題早在解放初期就已經交代了，沒有新的問題。為什麼不先調查後討論呢？不先調查，卻先開批判會，這不合適。[《張岱年自傳》第55頁，巴蜀書杜1993年。]
張岱年發言的當時，並沒有人反駁，但是，經過一個暑假，到了九月，系裡忽然開會對張岱年進行批判，認為他反對三反，反對肅反，宣揚資產階級的思想自由，於是扣上資產階級知識分子的帽子，定為右派。張岱年完全陷入迷惘之中。尤其在對他的批判中，一些人深文周納，給他加上許多莫須有的罪名，剝奪了他教學的權利。自此之後，一些熟人，睹面如不相識，但公道自在前輩學者心中，所以金岳霖先生、朱謙之先生、唐鉞先生，仍以常禮相待，老友張恆壽、王維誠等人，也仍維持友誼。
經過整風運動，季羨林已認識到，世事如白雲蒼狗，變幻莫測。正當眾多老知識分子興高采烈，激情未熄的時候，華蓋運便降臨到頭上。他後來說：
運動一個接著一個，針對的全是知識分子。批完了《武訓傳》，批俞平伯，批完了俞平伯，批胡適，一路批，批，批，鬥，鬥，鬥，最後批到了陳寅恪頭上。此時極大規模的、遍及全國的反右鬥爭還沒有開始。老年反思，我在政治上是個蠢才。對這一系列的批和鬥，我是心悅誠服的，一點沒有感到其中有什麼問題。我雖然沒有明確地意識到，在我靈魂深處，我真認為中國老知識分子就是「原罪」的化身，批是天經地義的。但是，一旦批到了陳寅恪先生頭上，我心裡卻感到不是味。雖然經人再三動員，我卻始終沒有參加到這一場鬧劇式的大合唱中去。我不願意厚著勝皮，充當事後的諸葛亮，我當時的認識也是十分模糊的；但是，我畢竟沒有行動。現在時過境遷，在四十年之後，想到我沒有出賣我的良心，差堪自慰，能夠對得起老師在天之靈了。[《回憶陳寅恪先生》，《懷舊集》第200頁，北京大學出版社1996年。]
3．運動中的東語系和季羨林
東語系的運動，和全國的政治運動有共性，有不少教師，因為給黨提了些意見，最後被打成右派，如陳炎等人，都是在1957年成為右派的。除了共性之外，還有東語系的個性，這就往往牽涉到辦系的指導思想，以及系內成員的思想改造和培養學生的目標。在很長的一段時間裡，這些問題都被認為是至關重要的問題，是決不允許等閒視之、掉以輕心的。
在全國開展的政治運動，在東語系的體現也是這一次你整我，下一次我整你，其間本沒有什麼真正的是非曲直，上面領導的意嚮往往就是金科玉律。結果，人與人之間的關係往往人為地被搞緊張，本來是很好的人，卻被弄得各人都不得安寧，隨時準備有人來整，有的人則心懷鬼胎，隨時準備表現出自己的積極態度，對自己的同伴下毒手。這樣，人人自危，人人心有芥蒂，既不利於安定團結的局面，也不利於教學和科研，分散了教師的許多精力，影響了他們的工作積極性。
東語系的主要問題，根據上面的歸納，主要是「智育第一，業務至上」。這樣的問題，在現在看來未可厚非，而在當時，甚至在相當長的一段時間內，卻被「欽定」為「修正主義」。對此，季羨林深感自己有推卸不掉的責任。這是因為：
半個世紀以來，我一直在搞行政工作。我擔任我們系的系主任垂三四十年之久。總支領導多數為我的學生。所以我的影響對於系風的形成是頗為深遠的。我一向重視業務，積時既久，我就有了「業務至上」的名聲。因為我有黨員這個金字招牌作掩護，所以還沒有被列入「白專道路」這個範疇內。但是其間的距離幾乎就是「間不容髮」了。我們系受了我的連累，在校內頗有「智育第一」的不知道是什麼名——美名？每次政治運動一起，系領導當然要帶頭檢討，深挖思想根源，挖到能觸及靈魂的深度。[季羨林：《紀念東方學系建立五十週年》，《北京人學學報》1996午《東方文化研究專刊》。]
4．入黨
1956年1月14日，周恩來在中共中央召開的關於知識分子問題的會議上，作《關於知識分子問題的報告》。周恩來在報告中指出：發展社會主義建設事業，必須依靠體力勞動和腦力勞動的密切合作，依靠工人、農民、知識分子的兄弟聯盟。他提出，知識分子已經成為我們國家各方面生活中的重要因素。所以，要最充分地動員和發揮現有的知識分子的力量，不斷地提高他們的政治覺悟，大規模地培養新生力量來擴大他們的隊伍，並且盡可能迅速地提高他們的業務水平，以適應國家對於知識分子的不斷增長的需要，這成為當時黨在知識分子問題上的根本任務。
周恩來的報告分析了解放後知識分子的狀況，指出舊時代過來的知識分子，他們中間的絕大部分已經成為國家工作人員，已經為社會主義服務，已經是工人階級的一部分。他提出，為了最充分地動員和發揮知識分子的力量，要重點做好知識分子三個方面的工作。第一，應該改善對於他們的使用和安排，使他們能夠發揮他們對於國家有益的專長；第二，應該對於所使用的知識分子有充分的瞭解，給他們以應得的信任和支持，使他們能夠積極地進行工作；第三，應該給知識分子以必要的工作條件和適當的待遇。為此，周恩來要求繼續幫助知識分子進行自我改造，發展他們中的進步力量，做好在知識分子中的建黨工作。[《周恩來選集》下卷第162—180頁，人民出版社1984年。]
兩個月後，《人民日報》1956年3月21日又發表社論《做好在知識分子中發展黨員的工作》，強調各級黨委和學校等單位，要從高等學校的教授、中小學教師等知識分子中做好發展黨員的工作，大批地從知識分子中發展黨員。截至六月底，一大批著名的大學教授、專家和中小學優秀教師、先進工作者，有二萬九千多人加入了中國共產黨，成為光榮的共產黨員。
季羨林就是在這時加入共產黨的。
1956年4月4日，北京大學東語系教員黨支部大會討論並通過了他的入黨請求。1957年4月4日，支部大會又通過了他的轉正請求。
然而季羨林在思想上發生的轉變，卻並不是很簡單的。
解放初，他覺得自己對共產黨並不太瞭解，對共產主義也不那麼嚮往，但是對國民黨是瞭解的，因此，內心非常興奮地歡迎解放軍進城，希望而且也覺得從此換了人間。政治清明，一團朝氣，許多措施深得人心，他對社會現實極為滿意。舊社會留下來的許多污泥濁水，已經蕩滌一清，從此，河清有日，幸福來到了人間。
如何適應社會，對於季羨林來說也並不容易，他來自孔孟之鄉的山東，受到中國傳統文化的熏染是自不用說的。他雖然剛剛進入中年，但是，心中需要克服的心理障礙卻不老少。參加大會喊「萬歲」的口號，最初他張不開嘴，連脫掉大褂換中山裝這樣的小事，他都覺得非常彆扭。