燕京大學被撤消之後，文理法各學院、系科併入北京大學，原校址成為北京大學的新校址，工學院各系科併入清華大學。而清華大學和其他大學的哲學系全部撤消，合併到北京大學，全國只有北京大學有哲學系。
東語系也作了適當的調整，原來屬於國內少數民族的語言，統統劃歸中央民族學院（現改為中央民族大學），東語系只保留外國語言。國內外均有的民族和語言，如朝鮮語和蒙古語，則與中央民族學院分工培養，東語系主外，民族學院主內。
從此，東語系走上了正常平穩發展的道路。[季羨林：《紀念東方學系建立五十週年》，《北京大學學報》1996年東方文化研究專刊。]
9．背上沉重的「原罪」十字架
新社會到來之時，季羨林同當時留下沒有出國或到台灣去的中老年知識分子一樣，對共產黨並不瞭解，對共產主義也不見得那麼嚮往，但是對國民黨是瞭解的。解放軍進北京城時，他的內心是興奮的，希望而且也覺得從此換了人間。解放初期，政治清明，一團朝氣，許多措施深得人心。舊社會留下的許多污泥濁水，蕩滌一清。他覺得從此河清有日，幸福來到了人間。但是，他當時才四十歲，剛剛進入中年，心中需要克服的障礙有不老少。比如，參加大會，喊「萬歲」之類的口號，最初他張不開嘴。連脫掉大褂換上中山裝這樣的小事，都覺得異常彆扭，其他的則更可知適應之難了。
但是，似乎沒有感到有什麼特殊的困難，季羨林像是一下子變了一個人。他覺得解放後一切的一切都是美好的，都是善良的，天特別藍，草特別綠，花特別紅，山特別青。全中國彷彿遍地都開滿了玫瑰花，中華民族前途光芒萬丈，他覺得自己彷彿又年輕了十歲，簡直變成了一個大孩子。開會、遊行時，喊口號，呼「萬歲」，聲音不低於任何人，激情不下於任何人。他覺得那時是一生最愉快的時期。
也就從這時起，他反觀自己，覺得百無是處。
我從內心深處認為自己是一個地地道道的「摘桃派」。中國人民站起來了，自己也跟著挺直了腰板。任何類似賈桂的思想，都一掃而空。我享受著「解放」的幸福，然而我幹了什麼事呢？我做出了什麼貢獻呢？我確實沒有當漢奸，也沒有加入國民黨，沒有屈服於德國法西斯。但是，當中華民族的優秀兒女把腦袋掛在褲腰帶上，浴血奮戰，壯烈犧牲的時候，我卻躲在萬里之外的異邦，在追求自己的名山事業。天下可恥事寧有過於此者乎？我覺得無比地羞恥。連我那一點所謂學問——如果真正有的話——也是極端可恥的。
我左思右想，沉痛內疚，覺得自己有罪，覺得知識分子真是不乾淨。我彷彿變成了一個基督教徒，深信「原罪」的說法。在好多好多年，這種「原罪」感深深地印在我的靈魂中。
我當時時發奇想，我希望時間之輪倒撥回去，撥回到戰爭年代，給我一個機會，讓我立功贖罪。我一定會不惜犧牲自己的性命，為了革命，為了民族。我甚至有近乎瘋狂的幻想：如果我們的領袖遇到生死危機，我一定會挺身而出，用自己的鮮血與性命來保衛領袖。
我處處自慚形穢。我當時最羨慕、最崇拜的是三種人：老幹部、解放軍和工人階級。對我來說，他們的形象至高無上，神聖不可侵犯。在我眼中，他們都是「最可愛的人」，是我終生學習也無法趕上的人。
就這樣，我背著沉重的「原罪」十字架，隨時準備深挖自己思想，改造自己的資產階級思想，真正樹立無產階級思想——除了「毫不利己，專門利人」之外，我到今天也說不出什麼是無產階級思想——脫胎換骨，重新做人。……[《我的心是一面鏡子》，《東方》1994年第4期。]
1950年6月25日，朝鮮戰爭爆發，10月25日，中國人民志願軍赴朝作戰，抗美援朝在全國轟轟烈烈地開展起來。季羨林積極投入，但知識分子身無餘財，只有獻筆墨、獻心血以表愛國熱誠。季羨林找到一本外文資料，約當時在系辦公室協助他處理系務的陳玉龍與他合作。他一面詳細閱讀，琢磨內容，一面認真口譯，由陳玉龍一一筆錄。書成之後，稿費捐獻給抗美援朝之用。季羨林的愛國之心，灼然可見。[陳玉龍：《學術征途上的智者和強者——祝季羨林先生八十五歲華誕》，《人格的魅力——名人學者談季羨林》第32頁，延邊大學出版社1996年。]
緊接著，來了解放初期第一場大型的政治運動：「三反」、「五反」和思想改造運動。「三反」是1951年底開始的，是中央人民政府在國家工作人員中開展的「反貪污、反浪費、反官僚主義」的運動。教育部於1951年12月31日發出《關於京津高等學校教師學習及反貪污反浪費反官僚主義運動的指示》，號召學校教職員工積極參加，學校成立節約檢查委員會具體計劃、佈置，教師以思想改造的學習為中心，行政職工人員以參加運動為主。1952年1月9日，中央節約檢查委員會主任薄一波宣佈開展「五反」運動，同月，政協全國委員會常委會作出《關於開展各界人士思想改造的學習運動的決定》。這一年的上半年，各校結合「三反」、「五反」運動，在師生中進行反對資產階級思想腐蝕的教育和揭發批判資產階級教育思想的鬥爭。
季羨林認真嚴肅地懷著滿腔的虔誠，參加了運動。他不貪污公家一分錢，「三反」、「五反」與他無緣，但是對於思想改造，卻認為自己的任務是艱巨的、迫切的。他當時分析自己的資產階級思想，分為兩項。首先是解放前，從對國民黨的觀察中，他得出了一條結論：政治這玩意兒是骯髒的，是污濁的，最好躲得遠一點。其次，他認為，外蒙古是被蘇聯搶走的，中共是受蘇聯左右的。思想改造，他首先檢查和批判這兩項思想。
這次運動中，當眾檢查自己的思想叫做「洗澡」。「洗澡」有小、中、大三盆。小盆是教研室範圍，中盆是全系範圍，大盆是全校範圍。季羨林是系主任，必須洗中盆，在全系師生大會上公開檢查。因為他沒有什麼民憤，沒有升入「大盆」，沒在全校師生大會上作檢查。但就是在「中盆」裡洗澡，那滋味也夠人受的：
在中盆裡，水也是夠熱的。大家發言異常激烈，有的出於真心實意，有的也不見得。我生平破天荒第一次經過這個陣勢。句句話都像利箭一樣，射向我的靈魂。但是，因為我彷彿變成一個基督教徒，懷著滿腔虔誠的「原罪」感，好像話越是激烈，我越感到舒服，我舒服得渾身流汗，彷彿洗的是土耳其蒸氣浴。大會最後讓我通過以後，我感動得真流下了眼淚，感到身輕體健，資產階級思想彷彿真被廓清。[《我的心是一面鏡子》，《東方》1994年第4期。]
在運動中，有的人也像季羨林一樣，態度虔誠，最後過了關。但也有想矇混過關的。北大有一位教授，小盆、中盆，不知洗過多少遍了，群眾就是不讓他通過，只得升入大盆。在全校師生大會上，這位教授破釜沉舟，想一舉過關。他檢討得痛快淋漓，把自己罵得狗血噴頭，連同自己的資產階級父母，也都被波及到，說了父母不少難聽的話，群眾自然大受感動。但正所謂「無巧不成書」，在這位教授翻發言稿時，大會主席一眼瞥見檢討稿上用紅筆在幾個關鍵地方寫著大字「哭」，每到這個地方，他就嚎啕大哭。大會主席把此情向群眾一宣佈，群眾大嘩。
不管怎樣，季羨林是順利地通過了這一次運動。然而他的「原罪」並沒有贖完，新的政治運動接踵而至，不過地點從沙灘移到了西郊的燕園。
三、與師友和北大同事的交往
1．為陳師寅恪送柵欄紅葡萄酒
季羨林到北大工作之後不久，陳寅恪先生也來到北京，仍然住在清華園。
一聽說陳師回到北京的消息，季羨林立即到清華園去拜見他。當時從市裡中心地帶的翠花胡同到清華園，是要費一些周折的，宛如一次短途旅行。
出了城，去清華園沿途幾十里路全是農田，秋天，青紗帳起，不時地有綠林人士從裡邊出來攔路搶劫。吳宓就曾經被搶過一次。但是，為了去看望自己的老師，季羨林決不憚於這樣的旅行。
季羨林知道，陳先生年老體弱，但最喜歡喝柵欄紅葡萄酒，這種酒是在北京的天主教外國神甫們親手釀造的。於是，季羨林便先到神甫們的靜修院（今為北京市委黨校所在地），在地下室中買到這種柵欄紅葡萄酒，又長途跋涉到清華園，送到先生的手中，幾瓶酒本來算不了什麼，但是當時通貨膨脹已經達到鈔票上每天加上一個0，還跟不上物價飛速升高的情況下，幾瓶酒也非同小可了，對於季羨林這樣一個當時的窮教授，就更是難能可貴。這樣的柵欄紅葡萄酒，季羨林到清華園去送過幾次。
在陳寅恪與胡適飛到南京之前的三年裡，季羨林與陳先生的來往頗頻繁。他回國以後，到1947年10月寫成了一篇論文《浮屠與佛》，首先讀給陳先生聽，想聽聽他的批評意見，不意竟得到先生的讚賞，把此文推薦到《中央研究院歷史語言研究所集刊》第二十本發表（1947）。該刊物是當時最具權威性的刊物，有點「一登龍門，身價百倍」的威風。季羨林有一種受寵若驚的感覺。此文至今仍不失其學術價值，代表了當時該領域中較高的學術水平。
季羨林清楚地記得，那是春天裡的一天。中山公園的籐蘿開滿了紫色的花朵，纍纍垂垂，紫氣瀰漫。眾多的遊人和蜜蜂都被吸引在它的周圍，流連忘返。陳寅恪的眾弟子，季羨林、週一良、王永興、汪籛等人，深知先生喜歡看花，愛花。此時雖有眼疾，幾近失明，但有些東西還能影影綽綽看到一點影子，所以大片籐蘿的紫花光亮，先生或許還能看得到。眾弟子們想請先生散一散心，在兵荒馬亂、物價飛漲、人命微賤、朝不慮夕的年月裡，去找一個清靜怡然的去處，暫時得到一點歡樂，所以去徵詢先生的意見，先生愉快地答應了。弟子們大喜過望，在中山公園來今雨軒茶軒的籐蘿深處，覓到一個茶桌，侍先生邊飲茶，邊賞籐蘿。眾弟子談笑風生，先生也受到感染，興致極高。他們玩了一天，盡歡而散。此情此景，令人感動。
那時候，國家的經濟已經完全崩潰，從法幣改為銀元券，又從銀元券改為金元券，越改越亂。到了後來，去糧店買幾斤糧食，要帶的這券那券的重量，要超過糧食本身，甚至要用麻袋裝。陳寅恪當時是學術界泰斗，德高望重，令人敬仰，被著名史學家稱之為「教授的教授」，但也難免潦倒。到了冬天，先生連買煤取暖的錢都籌不起來。
季羨林看在眼裡，急在心裡，忙把這情況告訴給剛從國外回來的北大校長胡適先生。胡先生雖有這樣那樣的毛病，但他最尊重最愛護確有成就的知識分子，當年他推薦王國維先生去清華國學研究所任教，在北京一時傳為佳話，陳寅恪先生在《王觀堂先生輓詞》中，寫下幾句詩，來歌頌這件事：
魯連黃鷂績溪胡，
獨為神州惜大儒。
學院遂聞偉絕業，
園林差喜適幽居。[《回憶陳寅恪先生》，《懷舊集》第198頁，北京大學出版社1996年。]
沒想到陳寅恪這樣的「大儒」，現在卻由於買不起煤，又需要胡適先生再次來「獨為神州惜大儒」了。胡適這次「惜大儒」的具體辦法，是想贈給陳先生一筆數目頗大的美元。沒想到，陳寅恪先生決定用賣掉藏書的辦法，來取得胡適先生的美元。於是，胡適先生就派自己的汽車，讓季羨林到清華園陳先生家裡，裝了一車西文中關於佛教和中亞古代浯言的極為珍貴的書。陳先生只收二千美元，這點錢與書比起來，是微不足道的，在這批書中，僅一部《聖彼得堡梵德大詞典》的市價，就遠遠超過這個數目了。因此，這批書實際上是捐贈給北大了，季羨林於此見到的，是陳先生對於金錢一介不取的狷介性格。
在二年多的時間裡，季羨林同陳寅恪先生的來往頻繁。這是他們之間來往最多的幾年。季羨林回憶說：
在我同先生來往的幾年中，我們當然會談到很多話題。談治學時最多，政治也並非不談但極少。寅恪先生決不是一個「閉門只讀聖賢書」的書獃子。他繼承了中國「士」的優良傳統：天下興亡，匹夫有責。從他的著作中也可以看出，他非常關心政治。他研究隋唐史，表面上似乎是滿篇考證，骨子裡談的都是成敗興衰的政治問題，可惜難得解人。我們談到當代學術，他當然會對每一個學者都有自己的看法。但是，除了對一位明史專家外，他沒有對任何人說過貶低的話。對青年學人，只談優點，一片愛護青年學者的熱忱。真令人肅然起敬。就連那一位由於誤會而對他專門攻擊，甚至說些難聽的話的學者，陳師也從來沒有說過半句褒貶的話。先生的盛德由此可見。魯迅先生從來不攻擊年輕人，差堪媲美。[《回憶陳寅恪先生》，《懷舊集》第198-199頁，北京大學出版社1996年。]