為瞭解萊布尼茨的秘傳學說我們必須依據的原稿，大部分由路易·古兌拉編成了兩部文集，最早在1901年或1903年出版。有一篇文稿，萊布尼茨在它的開頭甚至冠以如下的引言：「這裡我有了極大的進步。」但是儘管如此，在萊布尼茨死後將近兩個世紀中間，沒一個編訂者認為這篇稿子值得付印。他寫給阿爾諾的信件裡含有他的一部分深奧的哲學；這些信固然在19世紀發表了，但是最早認識到其重要性的是我。阿爾諾對待這些信的態度讓人喪氣。他在信中寫著：「在這些思想中，我發現極多令我吃驚的東西；如果我料得不錯，這種東西幾乎所有的人會感覺荒謬之至，所以我真不懂，明明全世界人都要排斥的一個作品，要它能有什麼用。」這種敵視性的意見無疑使萊布尼茨從此以後對他個人在哲學問題上的真實思想採取保密方針。
萊布尼茨的流俗哲學在《單子論》和《自然與聖寵的原理》中見得到，這兩本書裡有一本是為馬爾波羅的同僚薩瓦親王倭伊根寫的。《辯神論》敘述了他的神學樂觀主義的基礎思想，是他為普魯士的夏洛蒂王后寫的。我先從這些作品中發揮的哲學講起，然後再轉過來談他擱置未發表的內容比較充實的東西。
像笛卡兒和斯賓諾莎一樣，萊布尼茨也讓他的哲學立基在「實體」概念上，但是關於精神和物質的關係以及實體的數目，他和這兩人的意見根本不同。笛卡兒承認神、精神和物質三個實體；斯賓諾莎單承認神。在笛卡兒看來，廣延性是物質的本質；在斯賓諾莎說來，廣延性和思維都是神的屬性。萊布尼茨主張廣延性不會是某一個實體的屬性。他的理由是，廣延性含有「復多」的意思，所以只能夠屬於若干個實體並成的集團。各單個實體必定是無廣延的。結果，他相信有無限個實體，他稱之為「單子」。這些單子可說各具有物理質點的若干性質，不過也只是抽像看來如此；事實上，每個單子是一個靈魂。否認廣延性是實體的屬性，自然要推出這個結論；剩下的唯一可能有的本質屬性似乎就是思維了。這樣，遂令萊布尼茨否認物質的實在性，代以一族無限個靈魂。各實體不能起相互作用，這學說是笛卡兒的弟子們發展起來的，被萊布尼茨保留下來，而且由它推出了種種奇妙的結論。
他認為任何兩個單子彼此決不能有因果關係；縱然有時看起來好像有因果關係，那是皮相欺人。照他的說法，單子是「沒窗戶的」。這引起兩點困難：一點屬於動力學，按動力學來看，物體特別在碰撞現象裡彼此似乎有影響；另一點關於知覺，知覺好像是被知覺的對象對知覺者的一種作用。我們暫不去管動力學上的困難，只論知覺問題。萊布尼茨主張一切單子反映宇宙，這並非因為宇宙對單子發生影響，而是因為神給了它一種性質，自發地產生這樣的結果。一個單子中的變化和另一個單子中的變化之間有一種「前定的和諧」，由此生出相互作用的外貌。
這顯而易見是二時鐘說的引申。兩檯鐘因為各走得很準確，在同一時刻報時；萊布尼茨有無限個鐘，所有的鍾經造物主安排定在同一瞬間報時，這不是由於它們彼此影響，而是因為這些鍾各是一套完全準確的機械。有些人以為「前定的和諧」太古怪，萊布尼茨對他們指出，它讓神存在有了何等高妙的證據。諸單子形成一個等級體統，其中有些單子在反映宇宙反映得清晰、斷然方面勝過旁的單子。所有單子在知覺上都有某種程度的模糊，但是模糊的大小隨該單子的品級高下而異。人的肉體完全由單子組成，這些單子各是一個靈魂，各自永生不死，但是有一個主宰單子，它構成誰的肉體的一部分，就是那人的所謂固有靈魂。這個單子不僅在比其他單子具有較清晰的知覺這個意義上居主宰，在另一個意義上也居主宰。
人體的種種變化是為了主宰單子而起的：當我的手臂活動時，這活動所完成的目的是主宰單子中的目的，不是組成我的手臂的那些單子中的目的。常識以為我的意志支配我的手臂，事情的真相就是如此。感官所覺得的、物理學中所假定的空間，不是實在空間，但是有一個實在的對偶，即諸單子按照它們反映世界時的立足點依三度秩序的排列。各個單子按本身特有的透視法看世界；就這個意義講，我們能夠把單子粗粗地說成具有一個空間位置。我們承認了這種講話法，便能說所謂真空這種東西是沒有的；每一個可能的立足點由一個現實的單子佔著，而且僅由一個單子佔著。單子沒有兩個是恰恰相同的；這是萊布尼茨的「不可識別者的同一性」原理。跟斯賓諾莎對比之下，他很著重他的體系中所容許的自由意志。他有一條「充足理由原理」，按這原理講，什麼事情沒理由決不發生；但是若談到自由意志，它的行動的理由「有傾向力而無必然性」。人的所作所為總有動機，但是人的行為的充足理由卻沒有邏輯必然性。至少說，萊布尼茨在他寫的流俗作品中這樣講。但是，後文要提到，他還有另一套理論，阿爾諾認為它荒謬絕倫，萊布尼茨發覺這點之後就把它秘而不宣了。
「實體」概念在笛卡兒、斯賓諾莎和萊布尼茨的哲學中是基本的概念，它是從「主語和謂語」這個邏輯範疇脫化出來的。有些單詞能當主語也能當謂語；例如我們能夠說「天空呈藍色」和「藍色是一種顏色」。另外有些單詞——固有名稱是其中最明顯的實例——決不能充作謂語，只能充作主語或一個關係的各個項之一。這種單詞據認為指實體。實體不僅具有這個邏輯特性，此外，它只要不被神的全能所毀滅，恆常存在。一切真命題或者是一般命題，像「人皆有死」，在這種情況，它陳述一個謂語蘊涵另一個謂語；或者是個別命題，像「蘇格拉底有死」，在這種情況，謂語包含在主語裡面，謂語所表示的性質是主語所表示的實體的概念的一部分。發生在蘇格拉底身上的任何一件事，都能用一個以「蘇格拉底」作主語、以敘述這事情的詞語作謂語的語句來斷言。這些謂語總起來，構成蘇格拉底這個「概念」。所有這些謂語按下述意義來講必然地屬於蘇格拉底：對某一實體，如果這些謂語不能夠真的斷言，這實體就不是蘇格拉底，而是其他某人。萊布尼茨堅信邏輯不僅在它本門範圍內重要，當做形而上學的基礎也是重要的。
他對數理邏輯有研究，研究成績他當初假使發表了，會重要之至；那麼，他就會成為數理邏輯的始祖，而這門科學也就比實際上提早一個半世紀問世。他所以不發表的原因是，他不斷發現證據，表明亞里士多德的三段論之說在某些點上是錯誤的；他對亞里士多德的尊崇使他難以相信這件事，於是他誤認為錯處必定在自己。儘管如此，他畢生仍舊懷著希望，想發現一種普遍化的數學，他稱之為「萬能算學」，能用來以計算代替思考。他說：「有了這種東西，我們對形而上學和道德問題就能夠幾乎像在幾何學和數學分析中一樣進行推論。」「萬一發生爭執，正好像兩個會計員之間無須有辯論，兩個哲學家也不需要辯論。因為他們只要拿起石筆，在石板前坐下來，彼此說一聲：我們來算算，也就行了。」萊布尼茨拿「矛盾律」和「充足理由律」這兩個邏輯前提作為他的哲學的基礎。二定律都依據「分析」命題這個概念。
所謂「分析命題」就是謂語包含在主語中的命題，例如「所有白種人是人」。矛盾律說一切分析命題皆真。充足理由律說，所有真命題是分析命題。這話甚至對必須看成是關於事實問題的經驗命題也適用。如果我做一次旅行，「我」的概念必定自永久的往昔已經包含這次旅行的概念，後者是「我」的謂語。「我們可以說，一個具有個體性的實體即完全的有，它的本性就是有一個這樣完全的概念：它足以包含這概念作為屬性而歸的那個主語的所有謂語，並且足以使這些謂語由它推得出來。例如，『國王』這個性質是屬於亞歷山大大帝的，如果把它從主語抽離開，對表示某個人來講不夠確定，而且不包含同一主語的其他性質，也並不包含這位君王的概念所含有的一切；然而神由於看到亞歷山大這個個體概念即個體性，同時就在其中看到能夠真正歸之於他的一切謂語的根據和理由，例如他是否要征服大流士和鮑盧斯，甚至先驗地知道他的死是老病善終或是被毒殺，這些事我們只能從史書知道。」
萊布尼茨認為，神的行為有同樣一種自由。神永遠懷著最良善的意圖而行動，但是神所以如此並沒受一點邏輯強制。萊布尼茨和托馬斯·阿奎那有同見，認為神不能做違反邏輯定律的行為，但是神能夠敕命做從邏輯上講是可能的任何事情。神因此便有很充裕的選擇自由。萊布尼茨把關於神存在的各種形而上學證明發展成了最後形式。這些證明歷史悠久：從亞里士多德開端，甚至可說從柏拉圖開端；由經院哲學家作了一番形式化，其中之一，即本體論論證，是聖安瑟勒姆首創的。這個證明雖然被聖托馬斯否定了，笛卡兒卻又使它復活。萊布尼茨的邏輯技能高強無比，他把神存在的論證敘述得比向來更勝一籌。我所以在講他的時候要探討這些論證，理由也就在這裡。在細考究這些論證之前，我們先宜知道現代的神學家已經不再信賴它們了。
中世紀神學原是希臘才智的衍生物。《舊約》中的神是一位權能神，《新約》裡的神也是個慈悲神；但是上自亞里士多德，下至加爾文，神學家的神卻是具有理智力量的神：他的存在解決了某些啞謎，否則在對宇宙的理解方面，這些啞謎會造成種種議論上的困難。在幾何命題證明似的一段推理的終了出現的這位神明，沒讓盧梭滿意，他又回到和福音書中的神比較類似的神概念。大體說，近代的神學家，特別那些奉新教的神學家們，在這點上追隨了盧梭。哲學家一向比較保守；儘管康德聲稱他已經把屬於形而上學一類的神存在論證一舉徹底摧毀了，但在黑格爾、洛克和布萊德雷的學說中，這種論證依舊存留著。
萊布尼茨的神存在論證計有四個，即本體論論證；宇宙論論證；永恆真理說論證；前定和諧說論證，它可以推廣成意匠說論證，也就是康德所謂的物理—神學證明。下面順次來講這些論證。本體論論證依據存在與本質的區別。據主張，任何一個通常的人或事物，一方面它存在，另一方面它又具有某些性質，構成他或它的「本質」。哈姆雷特固然不存在，他也有某種本質：他性情憂鬱、優柔寡斷、富於機智，等等。我們若描述一個人，不管這描述多麼周詳細膩，此人究竟是實有的或是虛構的人物，仍是問題。用經院哲學的話來表達，是這樣說法：就任何有限的實體來講，它的本質不蘊涵它的存在。但是，神定義成最完善的「有」，按神這個情況說，聖安瑟勒姆主張本質蘊涵著存在，理由是：佔盡其他一切完善性的「有」，他假若存在，勝似不存在，由此可見這個「有」若不存在，他就不是可能範圍內最好的「有」了。這個論證，萊布尼茨既不全盤承認也不全盤否定；據他說，它需要再補充上一個證明，證明如此定義的神是可能的。
他為神觀念是可能的寫出了一個證明，在海牙會見斯賓諾莎的時候，給斯賓諾莎看過。這個證明把神定義成最完善的「有」，也就是一切完善性的主語，而「完善性」定義成這樣一種「單純性質，它是肯定的、絕對的，它把它所表現的不論什麼東西毫無限度地表現出來」。萊布尼茨輕而易舉地證明了照以上定義的任何兩個完善性不會互不相容。他下結論：「所以，一切完善性的主語即最完善的『有』是有的，或者說是能夠設想的。由此又可見神存在，因為『存在』就列為『完善性』之一。」康德主張「存在」不是謂語，來反駁這個論證。另外有一種反駁出自我的「摹述論」。在現代人看來，這論證似乎不大信得過。但是確信它一定有謬誤雖說不難，要準確發現謬誤在什麼地方卻並不那麼簡單。宇宙論論證比本體論論證言之動聽。