盧梭的業績中有許多東西不管在別的方面如何重要，但與哲學思想史無涉。他的思想只有兩個部分我要稍許詳細說一說。那兩個部分是：第一，他的神學；第二，他的政治學說。在神學上，他作了一個大多數新教神學家現已承認的革新。
在他之前，自柏拉圖以來的每一個哲學家，倘若他信仰神，都提出支持其信仰的理智論據。這些論據在我們看來或許顯得不大能夠服人，我們可能感覺只要不是已經深信該結論真實的人，誰也不會覺得這些論據有力。但是提出這些論據的哲學家確實相信它們在邏輯上站得住，是應當使任何有充分哲學素質的人確信神存在的那種論據。敦促我們信奉神的現代新教徒，大部分都輕視老的「證明」，把自己的信仰基礎放在人性的某一面——敬畏情緒或神秘情緒、是非心、渴念之情等上面。這種為宗教信仰辯護的方式是盧梭首創的；因為已經家喻戶曉，所以現代的讀者如果不費心思把盧梭和笛卡兒或萊布尼茨加以比較，多半會認識不到他有創見。《愛彌爾》第四卷裡有一段插話《一個薩瓦牧師的信仰自白》，是盧梭的宗教信條最明白而正式的聲明。雖然這段自白自稱是自然之聲向一個為了引誘未婚女子這種完全「自然的」過錯而蒙污名的善良牧師所宣明的話，可是讀者很詫異，他發覺自然之聲一開始講話，滿口是出自亞里士多德、聖奧古斯丁、笛卡兒等人的議論的大雜燴。的確，這些議論都剝除了嚴密性和邏輯形式。這是以為這一來講這些議論便有了口實，而且也容許那位可敬的牧師說他絲毫也不把哲學家的智慧放在心上了。
在盧梭當時的環境裡，像伏爾泰所主張的那種理性是和宗教對立的，所以，要轟走理性！何況理性是奧妙難懂的東西；野蠻人甚至吃過了飯都不能理解本體論證明，然而野蠻人卻是一切必要智慧的寶庫。盧梭的野蠻人乃是個良夫慈父；他沒有貪婪，而且抱有一種自然仁慈的宗教信仰。這種野蠻人倒是個方便人兒，但是假如他能理解了那位好牧師信仰神的種種理由，他知道的哲學想必要比我們料想他那樣純潔天真的人所能知道的多一些。撇開盧梭的「自然人」的虛構性質不談，把關於客觀事實的信念的依據放在內心情感上，這做法有兩點缺陷。
一點是：沒有任何理由設想這種信念會是真實的；另一點是：結果產生的信念就會是私人信念，因為心對不同的人訴說不同的事情。有些野蠻人其「自然之光」相信吃人是他們的義務，甚至伏爾泰筆下的野蠻人，雖然理性之聲使他們認為只應當吃耶穌會士，也不算滿愜意的。對於佛教徒，自然之光並不啟示上帝存在，但的確宣示吃動物的肉是不對的。但是即使心對所有的人訴說了同樣事情，那也不足以成為我們自己的情感以外存在著什麼事物的證據。不管我或者全人類如何熱烈想望某種事物，不管這種事物對人的幸福多麼必要，那也不成其為認定這種事物存在的理由。保證人類要幸福的自然律是沒有的。
人人能瞭解，這話是符合我們的現實生活的，但是由於一種奇妙的牽強附會，恰恰就是我們今生的苦痛被說成了來世生活較好的道理。我們切不可把這種道理運用到其他方面。假若你向一個人買了十打雞蛋，頭一打全是臭的，你總不會推斷其餘九打一定奇好無比；然而，這卻是「內心」當做對我們在人世間的苦痛的安慰而鼓勵人作的那種推理。在我來說，我寧願要本體論證明、宇宙論證明以及老一套貨色裡的其他東西，也不喜歡發源於盧梭的濫弄感情的不邏輯。老式的議論至少說是正經的，如果確實，便證明了它的論點；如果不確實，也容許任何批評者證明它不確實。但是新派的內心神學免掉議論，這種神學是駁不了的，因為它並不自稱證明它的論點。其實，為承認這種神學而提出的唯一理由就是它容許我們耽溺在愉快的夢想中。
盧梭的關於政治學說主要發表在1762年出版的他的《社會契約論》裡。這本書和他的大部分作品在性質上大不相同。書中沒有多少濫弄感情，而有大量周密的理智議論。它裡面的學說雖然對民主政治獻慇勤，倒有為極權主義國家辯護的傾向。但是日內瓦和古代共同促使他喜歡城邦，而不喜歡法國和英國之類的大帝國。在裡封上他把自己稱為「日內瓦公民」，而且他在引言中說：「我生為自由邦的公民，自主國的一員，所以我感覺，不管我的意見對公眾事務起的影響多麼微弱，由於我對公眾事務有投票權，研究這些事務便成了我的本分。」
他說民主制在小國最理想，貴族政治在半大不大的國家最理想，君主制在大國最理想。但是必須知道，依他的意見小國尤為可取，這一部分也是因為小國比較行得通民主政治。他說到民主政治，所指的意思如同希臘人所指的，是每一個公民直接參政；他把代議制政體稱做「選舉制貴族政治」。因為前者在大國不可能實現，所以他對民主政治的讚揚總暗含著對城邦的讚揚。對城邦的這種愛好，依我看來在大部分關於盧梭政治哲學的介紹文字裡都強調得不夠。雖然這書整個地說遠遠不像盧梭的大多數作品華麗浮誇，但是第一章就是以一段極有力的辭藻為首的：「人生來自由，而處處都在枷鎖中。一個人自認為是旁人的主子，但依舊比旁人更是奴隸。」自由是盧梭思想的名義目標，但實際上他所重視的，甚至犧牲自由以力求的是平等。盧梭的社會契約概念起初好像和洛克的類似，但不久就顯出比較近乎霍布士的概念。
在從自然狀態向前發展的過程中，個人不能再自己維持原始獨立的時候到來了，這時為了自我保全就有了聯合起來結成社會的必要。然而我如何能夠不傷我的利益而保證我的自由呢？「問題是找出這樣一種結社：它要用全部群力去防禦和保護每個結社成員的人身和財物，而且其中每個人雖然與所有人聯合起來，卻仍舊可以單獨服從自己，和以前還是一樣自由。這就是以社會契約為其解決辦法的那個根本問題。」該契約即是「每個結社成員連同自己的一切權利完全讓渡給全社會；因為首先，由於每個人絕對地獻出自己，所有人的境況便都相同了；既然如此，誰也沒有興趣讓自己的境況給別人造成負擔。」這種讓渡應當是無保留的：「假若個人保留下某些權利，由於沒有共同的長上在個人和公眾之間作出裁決，每個人既然在某一點上是自己的法官，會要求在所有各點上如此；自然狀態因而會繼續下去，這種結社必然會成為不起作用的或暴虐專橫的。」這話含有完全取消自由和全盤否定人權說的意思。
在後面一章中，盧梭把這理論作了某種緩和化。他說，雖然社會契約賦予國家對它的一切成員的絕對權力，然而人仍有他做人的自然權利。「主權者不能給國民強加上任何於社會無益的束縛，它甚至連想要這樣做也不可能想。」但是什麼於社會有益或無益，主權者是唯一的判定者，可見，這樣給集體暴政只加上了極薄弱的對立障礙。必須注意，在盧梭，「主權者」指的不是君主或政府，而是作為集體和立法者的社會。社會契約能夠用以下的話來敘述：「我們每人把自己的人身及全部力量共同置於總意志的最高指導之下，而我們以法人的資格把每個成員理解為整體的不可分割的一部分。」這種結社行為產生一個道德的、集合的團體，該團體在被動的場合稱「國家」，在主動場合稱「主權者」，在和其他與己類似的團體的關係上稱「列強之一」。以上對社會契約的表述裡出現的「總意志」這個概念，在盧梭的體系中占非常重要的地位。
據主張，主權者不必向國民作任何保證，因為它既然是由組織它的那些個人構成的，不能有同他們的利害相反的利害。「主權者僅僅是他實際是什麼，就一定應當是什麼。」這個論調對不注意盧梭的特殊的術語用法的讀者來說是容易造成誤解的。主權者並不是政府，政府的承認可能是專制的。主權者是個多少有些形而上的實體，是國家的任何有形機關未充分體現的。所以，即使承認它完美無缺，也沒有想來會有的實際後果。主權者的這種永遠正確的意志即「總意志」。每個公民作為公民來說分擔總意志，但是作為個人來說，他也可以有與總意志背馳的個別意志。社會契約不言而喻誰拒不服從總意志，都要被逼得服從。「這恰恰是說他會被逼得自由。」這種「被逼得自由」的概念非常玄妙。
盧梭的「總意志說」為總意志不等於過半數人的意志，甚至和全體公民的意志也不是一回事。好像把它理解為屬於國家這東西本身的意志。如果我們採取霍布士的市民社會即是一個人這種看法，我們必須假定它賦有人格的種種屬性，包括意志在內。可是這樣一來我們就面臨一個困難，即要斷定這意志的有形表現是什麼，關於這件事盧梭未加以說明。據他講，總意志永遠正當，永遠有助於公共利益；但是，並不見得人民的起義同樣正確，因為全體人的意志與總意志常常有很大分歧。那麼，我們怎麼能知道總意志是什麼呢？