他繼而舉出一些怪物實例，就這些怪物說是否算人尚有疑問。這種觀點在達爾文令一般人信服而採納了漸變進化論之前，向來不是普遍承認的。只有自己讓經院哲學家折磨苦了的那些人，才會領略到它清除了多少形而上學的破爛廢品。經驗主義和唯心主義同樣都面臨著一個問題，迄今哲學一直沒找到滿意的解答；那就是說明我們對自身以外的事物和對我們自己的心靈活動如何有認識的問題。洛克探討了這個問題，但是他發表的意見十分明顯讓人不能滿意。在有一處，據他講：「因為心靈在其一切思維與推理方面，除只有自己默省或能默省的各個觀念以外別無直接對象，所以很明白，我們的認識只和這些觀念有關。」又說：「認識即關於二觀念相符或不符的知覺。」由這點似乎可以直接推斷，關於其他人的存在或物質界的存在，我們無法知道，因為這兩樣即使存在，也不僅僅是我的心靈中的觀念。這麼一來，就認識而論，我們每個人必定被關閉在自身範圍以內，與外界割斷一切接觸。可是這是悖論，而洛克跟悖論總不願有半點瓜葛。因此，他在另一章中又敘述了和前一個學說完全矛盾的不同的一說。
洛克講，關於實在的存在，我們有三類知識。我們對自身存在的知識是直覺知識，我們對神存在的知識是論證知識，我們對呈現於感官的事物的知識是感覺知識。談到關於實體的復合觀念，「我們關於實體的一切復合觀念必定是由已發現共存於自然界中的那種單純觀念所組成的。」我們除了憑直覺、憑理性，考察兩個觀念相符或不符，「憑感覺作用，感知個別事物的存在」之外，不能有任何知識。所有這些話裡，洛克假定以下的事情為已知。他稱之為感覺的某種精神現象在本身以外具有原因，而這種原因至少在一定程度上和在某些方面與其結果——感覺是相像的。但是遵照經驗主義的原則來講，這點怎麼可能知道呢？
我們經驗到了感覺，但沒經驗到感覺的原因，即使我們的感覺是自發產生的，我們的經驗也會完全一樣。相信感覺具有原因，更甚的是相信感覺和它的原因相似，這種信念倘若要主張，就必須在和經驗完全不相干的基礎上去主張。「認識即關於這兩個觀念相符或不符的知覺」這個見解正是洛克有資格主張的見解，而他所以能逃避開這見解必然帶來的悖論，憑借的卻是那麼嚴重的一種矛盾，只由於他堅決固守常識，才讓他看不見這種矛盾。這個難題到如今一直是經驗主義的麻煩。休謨把感覺具有外部原因這個假定拋棄，從而除掉了它，但是每當他一忘記自己的原則，連他也保留這個假定，這原是極常有的事。
他的那條基本準則「沒有任何觀念不具有前行印象」是從洛克接手過來的，可是這條準則只在我們認為印象具有外部原因的限度內才似乎有道理，因為「印象」一詞本身就讓人情不自禁地聯想到外部原因。而如果休謨達到了某個程度的首尾一貫，這時候他就背理得荒唐。至今還沒有人創造成功一種既可信賴同時又自圓其說的哲學。洛克追求可信，以犧牲首尾一貫而達到了可信。大部分的偉大哲學家一向做得和洛克正相反。不能自圓其說的哲學絕不會完全正確，但是自圓其說的哲學滿可以全盤錯誤。最富有結果的各派哲學向來包含著顯眼的自相矛盾，但是正為了這個緣故才部分正確。我們沒有任何理由設想一個自圓其說的體系就比像洛克的那種顯然有些錯誤的體系含有較多的真理。
現在談談洛克的道德原則。他的道德原則，並不指他實際為人的道德性向，而是指關於人如何行事和應當如何行事的一般理論。洛克如同邊沁，是一個滿懷親切感情的人，然而他卻認為一切人在行為上必定總是完全被追求個人幸福或快樂的慾望所驅使。洛克認為，神制定下了某些道德規律；恪守這些規律的人進天堂，干犯規律的人保不住要入地獄。因此，有遠慮的快樂追尋者便要有道德。隨著罪為地獄之門這種信念的衰微，就比較難提出一個支持有德生活的純利己的理由了。邊沁是自由思想家，把人間的製法者換到神的位置上：調和公眾利益和私人利益是法律和社會制度的任務，因而在每個人追求個人幸福的時候，也應當強使他為總體幸福盡一份力。但是這還不如借助天堂地獄做到的公私利益的調和圓滿，不僅因為製法者不總是英明或有道德的，而且因為人間政府也不是全知的。
因此，洛克不得不承認一件明顯的事：人並非總按照依理來推測多半會確保他有最大快樂的方式行動的。我們對現時的快樂比對將來的快樂更重視，對最近將來的快樂比對遙遠的將來的快樂更重視。也不妨說利息利率就是未來快樂一般折扣的一個數量標度。假令一年後花用一千鎊的預想和現下花用一千鎊的念頭同樣愉快，那麼我就不必要因為延擱了我的快樂而讓人付我錢。
洛克同時也承認，虔誠的信徒也時常犯按自己的信條說來使他們有入地獄危險的罪。大家全知道一些人遲遲不去見牙醫，假使他們在從事對快樂的合理追求，本來是不會遲延那麼久的。可見，即使追求快樂或避免痛苦是我們的動機，那也必須追補一句：依快樂或苦痛在未來的遠近為準，快樂消減它的魅力，苦痛喪失它的可怕。因為按洛克的意見，自我利益和全體利益一致只是就長遠而言，所以要緊的是人應該盡可能以自己的長遠利益為指南。也就是說，人當有遠慮。遠慮是仍待倡導的唯一美德，因為一切失德都是失於遠慮。強調遠慮，是自由主義的特色。它和資本主義的興盛有連帶關係，因為有遠慮的人發財致富，而沒遠慮的人貧困下去，或貧困如故。這又和新教中的某種虔誠有關係：為進天堂而講善德和為投資而儲蓄，在心理上是極其類似的。對於公私利益的調和這種信念，是自由主義的特色，在洛克講的它所具有的神學基礎崩潰後仍然長期存在。
洛克又繼續講，自由依靠追求真幸福的必要以及制馭我們的熾情。這個意見是他從自己的以下學說推出來的：公私利益固然在短時期內未必一致，長遠下去是合一的。由這個學說可見，假若有一個社會，由一律是既虔誠又有遠慮的公民組成的，那麼給他們以自由，他們都會按促進公益的方式行動。那樣，就不必要有約束他們的人間法律，因為神律已經夠了。一個從來善良而現在動念要做劫路強盜的人，會對自己說：「我也許逃得過人間法官，但是我在天堂法官的手下難逃懲罰。」因此他會放棄他的惡孽陰謀，好像確信要被警察捉獲般地去過善良的生活。所以，在遠慮和虔誠普遍存在的情況下，法的自由才可能完全實現；在其他場合，缺少不了刑法加給人的約束。
洛克認為道德是可能論證的，但是他沒把這想法充分發揮到可望做到的程度。最重要的一段文字是：「道德可能論證。在權能、善性和智慧方面是無限的，而且我們是它的創造物並依賴著它——這樣一個太上存在者的觀念，和作為有理解力、有理性的存在者的我們自身這種觀念，都是在我們心中明白有的觀念，所以我以為，如果加以適當的考察和探索，會做成我們的義務與行動規則的那種基礎，使得道德列置在可能論證的諸科學當中。在下述這點上我不懷疑：凡是對這些科學當中之一和另一，同樣無偏頗、同樣注意去研究的人，我們由自明的命題，借如同數學裡的推理一樣無爭辯餘地的必然推理，可以使他明白是非的尺度。」
下面讓我們再來看看洛克的政治哲學。1688年英國革命剛過後，在1689年和1690年，洛克寫了他的兩篇《政治論》，其中特別第二篇在政治思想史上非常重要。
在這兩篇論著中，頭一篇是對世襲權力說的批評，它是給羅伯特·費爾默爵士的《先祖論即論國王之自然權》一書作的答辯。洛克在《先祖論即論國王之自然權》中主要是駁擊這樣一種「俗見」：「人類稟受天賦，生來就有免於一切隸屬的自由，得隨意選擇自己所好的政治形式，任何一個人對他人的支配權，最初都是按照群眾的裁奪授予的。」費爾默說，「這一說起初是在講所中謀劃出來的。」依他說，真相全非如此，那是這樣：原來神把王權授給了亞當，王權由亞當下傳給他的歷代繼承人，最後到了近世各個君主手裡。
他確斷地說，現不當國王的「或者就是、或者該看成是，最初為全人類生身父母的那兩位原始先祖的隔代繼承人」。看來，我們的元祖並未充分欣賞他做世間一統王的特權，因為「求自由的慾望乃是亞當墮落的第一個原因」。求自由的慾望是羅伯特·費爾默爵士認為邪惡的一種感情。查理一世的要求，他那一方的大軸主角們的要求，比以前的時代會容許給國王的還有過之而無不及。費爾默指出，英格蘭耶穌會士帕森斯和蘇格蘭加爾文派信徒布凱南，雖然在旁的事情上幾乎意見從不一致，卻雙雙主張君王亂政可以由臣民廢黜。不用說，帕森斯心裡想著奉新教的伊麗莎白女王，布凱南心裡想著蘇格蘭的舊教徒女王瑪利。布凱南的學說由成功認可了，但是帕森斯的學說由於他的同僚坎平處死刑而被駁倒。
還在宗教改革以前，神學家們就往往相信限制王權是好事。這是大半個中世紀內，遍佈歐洲如火如荼的教會與國家的鬥爭的一部分。在這場鬥爭中，國家靠武裝力量，教會憑仗聰明和神聖。教會在兼有這兩美的其間，鬥爭勝利，等它一鬧得只有聰明時，就落了敗局。但是虔心深誠的名士們所發的反對國王權力的言論，在記載上還留著，那固然本意是為了教皇的利益，用來支持臣民的自治權也無不可。費爾默說：「陰險狡猾的經院學者們，定要把國王猛貶到教皇的下位，認為最穩妥的手段莫過於將臣民抬舉到國王之上，好讓教皇權代替王權。」他引征神學家貝拉民的話，貝拉民講俗權是由人授給的，「只要臣民不把它授給國君，這權力就在臣民中間」；依費爾默說，這一來貝拉民「讓神成了一個民主階層的一手創造者」。這在他覺得頗荒謬絕倫，有如說神是布爾什維主義的一手創造者，讓現代的富豪財閥聽來的感覺一樣。在洛克生活的時代，英國神授權學說的失敗主要由於兩大原因。一是教派雜多；二是君主、貴族和上層資產階級之間的權力爭鬥。
在洛克的第二篇政治論中，他要尋求比較守得住的基礎。世襲主義在政治裡差不多已成泡影。巴西、中國、俄國、德國和奧地利的皇帝絕蹤了，換上一些不志在建立世襲朝代的獨裁者。貴族階級除在英國之外，在歐洲各處都喪失了特權，在英國也無非一種歷史性的形式罷了。在大多數國家，這一切還是很近的事，而且和各種獨裁製的抬頭大有關係，因為傳統的權力體制已被一掃而光，為成功地實行民主所必需的習性還未暇成長起來。倒有一個大組織從來不帶一點世襲因素，就是天主教會。各種獨裁製假若存留下去，可以逆料要逐漸發展一種政治形式，和教會的類似。就美國的大公司說已經發生了這種情況，那些大公司擁有和政府的權力幾乎相埒的權力，或者說在珍珠港事變以前一直是擁有的。奇怪的是，民主國家政治上摒棄世襲主義，這在經濟範圍內幾乎沒有起絲毫影響。我們仍舊認為理所當然，人應該把財產遺留給兒女；換句話說，雖然關於政治權力我們摒棄世襲主義，在經濟權力方面卻承認世襲主義。政治朝代消滅了，但是經濟朝代卻活了下去。
要想瞭解洛克的反對理論如何會顯得有革命性，我們只消細想一下當時對王國的看法和現在對地產的看法是一樣的。土地所有主持有種種重要的法權，主要的是選定誰待在該土地上的權力。所有權可以通過繼承來傳讓，我們覺得繼承到了地產的人，便對法律因而容許給他的一切特權有了正當要求資格。然而其實這人的地位同羅伯特·費爾默爵士為其要求而辯護的那些君主們的地位一樣。如今在加利福尼亞州有許多龐大地產，其所有權是西班牙王所實際賜予，或偽托是他所賜予的。他所以有資格作出那樣的賜予，無非一是因為西班牙信奉和費爾默的見解類似的見解，二是因為西班牙人在交戰中能夠打敗印第安人。然而我們還是認為受到他的賜予的那些人的後代繼承人有正當的所有權。恐怕到將來，這事情會跟費爾默在今天顯得一樣荒誕吧。
下面要談的是洛克關於「自然狀態與自然法」的著名學說。關於自然狀態及自然法，洛克要講的話大多並不新穎，不過是中世紀經院派學說的舊調重彈。在整個中世紀，大家認為自然法譴責「高利貸」，即有息放款。當時教會的產業差不多全在於土地，土地所有主向來總是借債的人，不是放債的人。但是等新教一興起，新教所得的支援——特別是加爾文派得到的支援——主要來自富裕中產階級，這班人卻是放債的，不是借債的。因此，首先是加爾文，然後是旁的新教宗派，最後是天主教會，都認可了「高利貸」。這一來，對自然法也有了另一種理解，但是誰也不懷疑存在這種東西。自然法的信仰消滅後仍存在的許多學說，是從這個信仰發源的。