聖托馬斯，是阿奎那伯爵的兒子。伯爵在那不勒斯王國境內的城堡靠近蒙特·卡西諾，而這位「天使博士」的教育便在這裡開始了。他在弗裡德裡希二世所創辦的那不勒斯大學讀了六年書；於是當了多米尼克教團僧侶，並去到科倫，受業於當時哲學界亞里士多德的領袖人物——阿勒貝爾圖斯·馬革努斯。托馬斯在科倫和巴黎住了一個時期之後，於1259年重返意大利，並在此度過了餘生。
1269—1272年托馬斯再度僑居巴黎三年。那時巴黎的多米尼克教團僧侶由於他們的亞里士多德主義曾與巴黎大學當局發生了糾紛，人們懷疑他們同情阿威羅伊派異端，當時阿威羅伊派在大學中形成了一個強有力的系派。阿威羅伊派，根據他們對亞里士多德的解釋，主張人的靈魂只要具有個性，就不是不死的；不死性只屬於理智，而理智是非個體的，它在不同的理智存在中都是同一的，當他們被迫認識到這種學說與天主教信仰互相違背時，他們又逃進「雙重真理」的遁詞中，所謂雙重真理指：一是基於理性的哲學真理，一是基於啟示的神學真理。所有這一切都使得亞里士多德的名聲敗壞，聖托馬斯在巴黎時便致力於消除這種由於過分拘泥阿拉伯學說所帶來的危害。在這項工作上他獲得了非凡的成功。
聖托馬斯·阿奎那被認為是最偉大的經院哲學家。在所有教授哲學的天主教文教機關中，他的體系是必須作為唯一正確的體系來講授的，這一點自從列奧十三世於1879年敕令明申以來，便成了慣例。因此，聖托馬斯不僅有歷史上的重要性，而且還具有當前的影響，正像柏拉圖、亞里士多德、康德、黑格爾一樣，事實上，還超過後兩人。他在大多數場合是如此緊密地追隨著亞里士多德，以致使這位斯塔基拉人，在天主教信徒心目中幾乎具有教父般的權威；就是在純哲學問題上批評亞里士多德，也會被人認為是不虔誠的。但過去卻不總是如此。
在阿奎那時代，推崇亞里士多德和反對柏拉圖的鬥爭還有待進行。阿奎那的勢力，後來取得了勝利，並一直保持到文藝復興為止。以後，柏拉圖，重新在大多數哲學家的見解中獲得了至高的地位，這時人們對柏拉圖的理解已比中世紀時有所進步。17世紀時，一個人既可是個正教徒，也可是個笛卡兒主義者；馬勒伯朗士，雖是個祭司，卻從未遭到非難，但這樣的自由在今日來說已成為過去，天主教僧侶，如想涉及哲學，就必須承認聖托馬斯。阿奎那，不同於他的前輩，他對於亞里士多德哲學確有充分的知識。他的朋友穆爾貝克人維廉，供給他一些希臘文原著的翻譯，而他自己則從事寫一些註釋。
在阿奎那以前，人們對於亞里士多德的觀念一直被新柏拉圖主義的附加物所蒙蔽，而他卻註疏真正的亞里士多德，並厭惡柏拉圖主義，即便是出現在聖奧古斯丁言論中的也不例外。他終於說服教會，使之相信作為基督教哲學基礎，亞里士多德的體系比柏拉圖體系更為可取，而回教徒和基督教的阿威羅伊主義者都曾曲解了亞里士多德。由亞里士多德《靈魂論》導致阿威羅伊的觀點比導致阿奎那的觀點要自然得多，可是教會自從聖托馬斯之後卻有不同的看法。可以更進一步說，在許多邏輯和哲學問題上的亞里士多德的觀點，並非定論，而且還已經證明大部分是錯誤的；關於這一點，天主教哲學家和哲學教師們是不許公然宣講的。
聖托馬斯最重要的著作是《異教徒駁議輯要》，寫於1259—1264年。這書通過和一個尚未皈依基督的假想讀者的辯論來確立其基督教的真理；有人推測這位假想的讀者是通常被認作精通阿拉伯哲學的那種人。他還寫過一部名叫《神學大全》的書，這書的重要性幾乎與前書相等，在《神學大全》中，提出五種有關上帝存在的論證。第一，是不受動的始動者的論證正如上述。第二，是第一原因的論證，同樣基於無限追溯的不可能性。第三，一切必然性必有其最初根源；這和第二個論證大同小異。第四，世界上存在著種種完美的事物，而這些必定淵源於某些至善至美的事物。第五，我們甚至發現很多無生物都在完成一個目的：這個目的必定存在於這些無生事物的外部，因為只有有生事物能有一內在的目的。但這本書卻不太叫我們感興趣，因為它的議論不以基督真理為前提者較少。
《異教徒駁議輯要》分為四卷，其中的前三卷，除非為了證明啟示與理性求得的結論互相一致時援引啟示以外，一概未對啟示加以援引，只有在第四卷中才論及那些離開啟示就不得而知的事物。第一步是證明上帝的存在，有些人認為這並不是必要的，因為上帝的存在，是自明的。設若我們知道上帝的本質，這個論斷就會是真實的，因為在上帝裡面，本質與存在是同一的。但是我們除了極不完備的一點知識外，並不知道上帝的本質。對上帝的本質，聰明人比愚昧人知道得多些；而天使卻比二者知道得更多，但是卻沒有一種被造物具有足夠的知識從而能由上帝的本質推論出上帝的存在。由於這種原因本體論的論證遭到了擯斥。
我們必須牢記：能夠證實的宗教真理，同樣可由信仰得知。這些證明是很繁難的，只有那些博學之士才能瞭解，但信仰對於無知者、青年以及對於從事實際工作無暇學習哲學的人來說也還是必要的。為了這些人，啟示是夠用的了。有人說人們只能由信仰得知上帝。他們主張，假如論證的諸原理，有如《分析後篇》所述，是由感覺所產生的經驗而為我們所知，那麼，凡是超越感覺的事物便不能證明了。然而這種持論卻是錯誤的，即使不錯，上帝也還可由他的種種可以感知的作用為人們所認識。上帝的存在有如在亞里士多德的著作中講的那樣，是由非受動的始動者這一論證證明的。
世間有些事物只是受動，另外有些事物既能受動又能始動。凡是被推動了的某物都是被某物所推動的，並且，因為不可能漫無止境地往上追溯，所以我們終必會在某一點上逢到一個始動而非受動的某物。這個非受動的始動者就是上帝。也許會有人反對這種論證，因它涉及素為天主教徒所擯斥的運動永恆性。但這種反對卻是一個錯誤：這種論證建立於運動永恆性的假設上是妥當的，但它卻只是被那對立的假設，即涉及一個起始，也就是一個第一原因的假設所增強。在證明了上帝的存在之後，我們現在可以提到許多關於上帝的事實，但這些事在某種意義上都是否定的。我們只能通過上帝不是什麼而認識上帝的本性。
上帝是永恆的，因他是不受動的；上帝是不變的，因他不包含被動的潛在性。迪南人大衛「曾狂喊」上帝與原始物質是一體，這是悖理的，因為原始物質是純粹的被動性，而上帝卻是純粹的主動性。在上帝中，沒有組成部分，因此，他不是一個軀體，因為軀體總有若幹部分。上帝是他自己的本質，否則，他就不是單一的，而要為本質與存在所合成了。在上帝中本質和存在是同一的。上帝中沒有偶然性，不能按任何實體上的區別加以詳細說明；他不屬於任何類；他不能被給以定義。然而任何類的優越性他都不缺。萬物在某些方面類似上帝，在某些方面卻又不像。我們說萬物像上帝比說上帝像萬物更為適當。
上帝是善，並是他自身的善；他是萬善之善，他是智慧的，而他的智慧的行動是他的本質。他以自己的本質進行理解，並且全面地理解他自己。上帝在同一瞬間理解所有事物。他的知識不是一種佔有，同時也不是推理的或邏輯的。上帝是真理。上帝有意志，他的意志就是他的本質，而其主要對象就是神性本質。上帝在願望他自己時，他也願望其他萬物，因為上帝是萬物的終極。他甚而願望還沒出現的事物。他願望他本身的存在和善良，他雖願望有其他的事物，但卻不是必須作這種願望。上帝有自由意志，我們對於他的意志雖然可以賦予一種理由，但卻不能賦予一種原因。上帝不能願望本身不可能的事，譬如，他不能使一個矛盾變為真實。聖托馬斯的對於超越神力的事物的舉例卻不十分適宜；他說上帝不能使一個人成為一匹驢。上帝中有喜樂和愛；上帝什麼也不恨，並具有沉思和積極的美德。他是幸福的，而且就是他本身的幸福。最後，上帝知道惡事。因為認識任何善事包括認識其反面的惡。雖然在神性理智裡沒有什麼組成部分，但上帝卻理解很多事物。
這似乎是個難題，但上帝所理解的諸事物在上帝裡面並沒有實體的存在。同時它們也不像柏拉圖想的那樣，自身存在，因為自然事物脫開物質不會存在也不能為人所理解。但是，上帝在造物之先必須理解諸形象。這一困難的解決有如以下：「神性理智的概念，正如上帝理解他自己那樣，不僅是已知上帝本身的肖像，而且還是一切類似神性本質事物的肖像。因而許多事物，通過可知的形象，也就是神性本質，和通過一個已知的意願，也就是神的話語——可以被上帝所理解。」每一個形象，只要它是個積極的某物，便是個完成。上帝的理智藉著理解每一事物什麼地方像他，什麼地方不像他，而把每一事物所固有的性質包含在他的本質之中，例如植物的本質是生命，而不是知識，動物的本質卻是知識，而不是理智。這樣植物在它是有生命的這一點上是像上帝的，但在它沒有知識這一點上是不像上帝的；動物在它有知識這一點上是像上帝的，但在它沒有理智這一點上卻又不像上帝。被造物和上帝的區別總要通過一種否定。現在我們面臨一個問題，它曾使亞里士多德和柏拉圖都感到困惑。上帝能知道個別事物呢，還是只知道諸共相一般的諸真理呢？