《理念論》、《斐多篇》和《國家篇》第六卷的神秘學說，以及《筵話篇》中關於愛情的討論，這些就差不多構成了表現於《九章集》中的全部柏拉圖。至於政治的興趣、追求各種德行的定義、對數學的趣味、對於每個人物之戲劇性的而又多情的欣賞，特別是柏拉圖的那種風趣，則完全不見於普羅提諾的作品之中。普羅提諾在《九章集》第四卷論靈魂的篇章中，有一部分是專門討論靈魂不朽的。身體既然是復合的，所以顯然不是不朽的；因此如果它是我們的一部分，我們便不是完全不朽的。但靈魂對身體是怎樣的關係呢？
亞里士多德說，靈魂是身體的形式；但普羅提諾反對這種見解，理由是如果靈魂是身體的任何一種形式，則理智的行為便會是不可能的了。斯多葛派認為靈魂是物質的，但靈魂的統一性證明了這是不可能的。而且，既然物質是被動的，它就不能創造出它自己來；如果靈魂不曾創造出來物質的話，物質就不能存在，而如果靈魂並不存在的話，物質轉眼也就要消失。靈魂既不是物質也不是某種物體的形式，而是「本質」；而本質乃是永恆的。在柏拉圖關於靈魂不朽乃是因為理念不朽的論證裡面已經隱然含有這種觀點了，但它只是到了普羅提諾的手裡才明顯起來的。靈魂從高高在上的理智世界，又是怎樣進入身體之內的呢？
答案是：通過嗜欲。嗜欲有時儘管是不高尚的，卻可以是比較高尚的。靈魂就其最好的方面而言，能觀照本質的內界領域，並且希望盡可能與之相似地產生出來某種可以從外部來看而不是從內部來看的東西。但是靈魂的這種創造願望，卻有著不幸的結果。只要靈魂還生活在純粹的本質世界之中，它就不曾與生活在這同一個世界之中的其他靈魂分離開來。但是只要它一旦與一個身體結合在一起，它就有了要管理較自己為低的事物的任務，而且由於有了這一任務它便與其他的靈魂分離開來，其他的靈魂也各有其他的身體。除了少數人在少數的時刻而外，靈魂總是束縛於身體的。這種學說，就像柏拉圖的學說一樣，要想避免掉創世就是錯誤的那種觀點是有困難的。
靈魂在其最好的時候是滿足於nous，滿足於本體世界的；假如它永遠是處於最好的時候，它就不會去創造而只是靜觀罷了。創世的行為所根據的借口似乎是，被創造的世界大體上就是邏輯上可能的最好世界；但它是永恆世界的一個摹本，並且作為一個摹本它具有一個摹本所可能的美。這個問題又以略為不同的語言而被基督教的神學家們繼承了下來；他們也發現了既要說明創世，而又不容許有那種創造主在創世之前是有著某種缺欠的大不敬的結論，是很困難的事。事實上，他們的困難要比起普羅提諾的困難更大；因為普羅提諾可以說「心靈」的性質使得創世成為不可避免的，而對於基督教徒來說，則世界卻是上帝的自由意志之無拘無束的作用的結果。除了世界因為是一個摹本所以就不可避免地具有缺欠而外，普羅提諾和基督徒一樣地都以為還有更積極的惡是由罪所產生的，罪乃是自由意志的一種後果。
普羅提諾是主張自由意志而反對決定論者的，尤其是反對占星學家。他並不想全然否認占星學的有效性，但是他試圖給占星學限定一個範圍，從而使其餘的一切都可以適應於自由意志。他對於巫術也採取了同樣的辦法；他說聖賢是不受巫師的權力支配的。普耳腓力提到過，有一個與他作對的哲學家曾試圖以邪惡的詛咒加之於普羅提諾，但是由於普羅提諾的聖潔與智慧，詛咒就返回到對方自己的身上去了。普耳腓力以及所有普羅提諾的門人，都比起普羅提諾本人更迷信得多。
普羅提諾身上的迷信，已經是那個時代所可能最微小的了。在普羅提諾的神秘主義裡，並沒有任何陰鬱的或者與美相敵對的東西。這一切，在普羅提諾裡面是絲毫都找不到的。物質是由靈魂創造出來的，物質並沒有獨立的實在性。每個靈魂都有其自己的時刻；時刻一到靈魂就下降並進入到適合於自己的肉體之內。但這一動力並不是理性，而是某種與性慾頗為類似的東西。當靈魂離開身體之後，如其靈魂有罪的話，便必須進入到另一個身體裡去，因為正義要求它必須受到懲罰。假如你今生謀害過你的母親，那麼到來生你就要變成一個婦人而被你的兒子所謀害。
罪惡必須受到懲罰；但懲罰乃是通過罪人犯錯誤的激動不安而自然進行的。我們死後還記得今生嗎？對於這個問題的答案是十分合邏輯的，但並不是大多數近代神學家們所要說的。記憶只關係到我們在時間之中的生命，但我們最美好的、最真實的生命卻是在永恆之中。因此，隨著靈魂之趨於永恆的生命，它便將記憶得愈來愈少；朋友、兒女、妻子都會逐漸地被遺忘；最後，對於這個世界的事物我們終將一無所知，而只是觀照著理智的領域。個人的記憶將不存在，個人在靜觀式的所見之中是不會察覺到自己的。靈魂將與nous合而為一，而並不是其自身的毀滅：nous與個人的靈魂同時是二而一的。
普羅提諾的形而上學是從一種神聖的三位一體，即太一、精神與靈魂，而開始的。但這三者並不是平等的，像基督教的三位一體中的三者那樣；太一是至高無上的，其次是精神，最後是靈魂。太一是多少有些模糊的。太一有時候被稱之為「神」，有時候被稱之為「善」；太一超越於「有」之上，「有」是繼太一而後的第一個。我們對太一不能加以任何的敘述語，我們只能說「太一存在」。把「神」說成是「全」乃是錯誤的，因為神超越於全之上。神是通過萬物而出現的。但太一是可以不假任何事物而出現的：「它既不存在於任何地方，而任何地方又都有它存在。」雖然有時候他把太一說成是「善」，但他卻告訴我們說，太一既先於「善」也先於「美」。有時候太一看起來很像亞里士多德的「神」；他告訴我們說神並不需要自己的派生物，並且也並不關心被創造的世界。
在普羅提諾那裡，太一是不可定義的；就這一點而論，則沉默無言要比無論什麼詞句都有著更多的真理。現在我們就來看第二者，這第二者普羅提諾稱之為nous。我們很難找出一個英文字來表達nous。標準的字典翻譯是「心靈」，但是這並不能表示它的正確含義，特別是當這個字用之於宗教哲學的時候。假如我們說普羅提諾把心靈置於靈魂之上，那我們就會造成一種完全錯誤的印象了。普羅提諾的英譯者麥肯那用的是「理智—原則」，但這個字也還是不妥當的，而且也並沒有能提示它是適宜於宗教崇拜的一種對象。印澤教長用的是「精神」，這或許是最可取的一個字了。
但是這個字卻漏掉了自從畢達哥拉斯以後一切希臘宗教哲學中都極重要的那種理智的成分。數學、觀念世界以及關於非感覺的事物的一切思想，對畢達哥拉斯、柏拉圖和普羅提諾來說，都具有某種神聖的成分；它們構成了nous的活動，或者至少也是我們所能想像的最接近於nous的活動的東西。正是由於柏拉圖的宗教裡的這種理智的成分，才使得基督教徒把基督等同於Logos。就這方面而論，則Logos應該譯作「理性」，這便使我們不能用「理性」這個字來譯nous了。普羅提諾告訴我們說，nous是太一的影子；它之所以產生是因為太一在其自我追求之中必須有所見，這種見就是nous。這是一個很難理解的概念。
普羅提諾說過，一個並不具有各個部分的「有」也可以認識其自身；在這種情形下，見者與被見者就是同一個東西。神是被柏拉圖類比作太陽而加以想像的，而在神裡面發光者與被照亮的東西就是同一個東西。按照這種類比來推論，則nous可以認為是太一看見其自身時所倚恃的光明。我們有可能認識到我們由於固執己見而已經忘記了的「神聖的心靈」。要想認識神聖的心靈，我們就必須趁著我們自己的靈魂最與神相似的時刻，來研究我們自己的靈魂：我們必須撇開我們的肉體，以及塑造肉體的那一部分靈魂，以及「具有慾望與衝動和種種類似的虛幻無用的感覺」；這時剩下來的就是神聖的理智的影子了。普羅提諾對當時流行的諾斯替主義的反駁有兩種。
一方面，他說靈魂創造物質世界的時候，乃是由於對神明的記憶所使然，而並不是因為它墮落了的緣故；他認為感覺世界是美好的正如一個可感世界所可能的那樣。此外，反駁諾斯替派見解的還有另一種理由。諾斯替派認為，一切神明的東西都不與日、月、星辰相聯繫；日、月、星辰乃是被一種罪惡的精靈所創造出來的。在一切可以知覺得到的事物之中，唯有人的靈魂是多少具有一些善的。但是普羅提諾則深信天體乃是與神明相似的某些生物的身體，並且無可比擬地要優越於人類。按照諾斯替派的說法，「他們宣稱他們自身的靈魂，即人類的最渺小的靈魂，乃是神明的、不朽的。但是整個的天體以及天上的星辰卻與'不朽原則'並沒有任何相通之處，儘管這些比起他們自己的靈魂來要更加純潔得多、可愛得多」。
普羅提諾的觀點以《蒂邁歐篇》的權威為其依據，並且這種觀點曾被某些基督教的教父所採用。它對人們的想像是具有吸引力的；它表達了天體自然而然所激起的感情，並且使得人類在物理世界之中也並不那麼太孤零。現在就讓我們試圖總結普羅提諾所教導的學說的優點和缺點。首先而且最主要的，便是普羅提諾信為是理想與希望的安全避難所的那種結構，而且其中還包含有道德的與理智的努力。這就使得經院哲學的興起，以及後來隨文藝復興開始而重新研究柏拉圖從而及於其他的古人著作時所得到的那種刺激，成為可能。其次，普羅提諾的哲學所具有的缺點則是只鼓勵人去觀看內心而不去觀看外界：當我們觀看內心時，我們看到的便是神明的nous；而當我們觀看外界時，我們看到的便是可感覺的世界的種種缺陷。這種主觀性傾向是一個逐漸成長的過程；我們在普羅塔哥拉、蘇格拉底和柏拉圖的學說中以及在斯多葛派和伊壁鳩魯派的學說中，都可以發現它。可是起初，它僅只是學說而不是品質；在很長的一個時期裡，它並未能扼殺科學的好奇心。
我們看到波西東尼約在公元前100年，為了要研究潮汐，曾經怎樣地走遍了西班牙和非洲的大西洋沿岸。然而主觀主義卻逐漸地侵凌了人們的感情以及他們的學說。人們不再研究科學了，唯有德行才被認為是重要的。柏拉圖所思索的德行，是包括了當時在精神成就方面所可能有的一切都在內的；但是在以後的若干世紀裡，人們卻日益把德行認為僅僅是包括有德的意志，而不是一種想要理解物理世界或改進人類制度的世界的願望了。基督教在它的倫理學說方面也沒有能避免這種缺點；儘管實踐上對於傳播基督教信仰的重要性的信心，曾賦予了道德活動以一種實踐的對象，使道德活動已經不復限於是自我的完美化了。因此，普羅提諾既是一個終結又是一個開端——就希臘人而言是一個終結，就基督教世界而言則是一個開端。