通過靈魂觀而把宗教和哲學結合在一起，這是畢達哥拉斯學派的特點。畢達哥拉斯建立了一種宗教，主要的教義是靈魂的輪迴和吃豆子的罪惡性。狄凱阿克斯說，畢達哥拉斯教導說：「首先，靈魂是個不朽的東西，它可以轉變成別種生物；其次，凡是存在的事物，都要在某種循環裡再生，沒有什麼東西是絕對新的，一切生來具有生命的東西都應該認為是親屬。」據說，畢達哥拉斯好像聖法蘭西斯一樣地曾向動物說法。畢達哥拉斯的宗教體現為一種宗教團體，這一教團到處取得了對國家的控制權並建立起一套聖人的統治。但是未經改過自新的人渴望著吃豆子，於是就遲早都反叛起來了。在他建立的團體裡，不分男女都可以參加；財產是公有的，而且有一種共同的生活方式，甚至於科學和數學的發現也認為是集體的；而且，在一種神秘的意義上，都得歸功於畢達哥拉斯，甚至於在他死後也還是如此。梅達彭提翁的希巴索斯曾違反了這條規矩，便因船隻失事而死，這是神對於他的不虔誠而震怒的結果。可以說，畢達哥拉斯是站在神秘主義方面的，雖然他的神秘主義具有一種特殊的理智性質。他認為他自己具有一種半神明的性質，而且似乎還曾說過：「既有人，又有神，還有像畢達哥拉斯這樣的生物。」
在畢達哥拉斯那裡，神學與數學二者之間是通過一種讚美沉思生活的道德觀而被聯繫在一起的。伯奈特在評述畢達哥拉斯的這種道德觀時，就認為，在現實生活裡有三種人，正像到奧林匹克運動會上來的也有三種人一樣。那些來做買賣的人都屬於最低的一等，比他們高一等的是那些來競賽的人。然而，最高的一種乃是那些只是來觀看的人們。因此，一切中最偉大的淨化便是無所為而為的科學，唯有獻身於這種事業的人，亦即真正的哲學家，才真能使自己擺脫「生之巨輪」。從伯奈特的論述中，可以看出與近代價值相反的觀念。譬如在一場足球賽裡，有近代頭腦的人總認為足球員要比觀眾偉大得多。至於國家，情形也類似：他們對於政治家的崇拜有甚於對於那些僅僅是旁觀者的人們。
這一價值的變化與社會制度的改變有關——戰士、君子、財閥、獨裁者，各有其自己的善與真的標準。君子在哲學理論方面曾經有過長期的當權時代，因為他是和希臘天才結合在一起的，因為沉思的德行獲得了神學的保證，也因為無所為而為的真理這一理想莊嚴化了學院的生活。君子可以定義為平等人的社會中的一分子，他們靠奴隸勞動而過活，或者至少也是依靠那些毫無疑問地位卑賤的勞動人民而過活。應該注意到在這個定義裡也包括聖人與賢人，因為就這些聖賢的生活而論，他們也是耽於沉思的而不是積極活動的。近代關於真理的定義，例如實用主義的和工具主義的關於真理的定義，就是實用的而不是沉思的，它是由於與貴族政權相反對的工業文明所激起的。無論人們對於容許奴隸制存在的社會制度懷著怎樣的想法，但正是從上面那種意義的君子那裡，我們才有了純粹的數學。沉思的理想既能引人創造出純粹的數學，所以就是一種有益的活動的根源。這一點就增加了它的威望，並使它在神學方面、倫理學方面和哲學方面獲得了一種在其他情況下所不能享有的成功。
可以說，畢達哥拉斯具有雙重身份，一個身份是作為宗教的先知，而另一個身份就是作為一名純粹的數學家。在宗教與數學這兩方面，他都有著無可估計的影響，而且這兩方面在當時也不像近代人所想像的那樣是分離開來的。正如，大多數的科學從它們的一開始就是和某些錯誤的信仰形式聯繫在一起的，這就使它們具有一種虛幻的價值。天文學和占星學聯繫在一片，化學和煉丹術聯繫在一片。數學則結合了一種更精緻的錯誤類型。數學的知識看來是可靠的、準確的，而且可以應用於真實的世界。此外，它還是由於純粹的思維而獲得的，並不需要觀察。因此，人們就以為它提供了日常經驗的知識所無能為力的理想。人們根據數學便設想思想是高於感官的，直覺是高於觀察的。如果感官世界與數學不符，那麼感官世界就更糟糕了。
人們以各種不同的方式尋求更能接近於數學家的理想的方法，而結果所得的種種啟示就成了形而上學與知識論中許多錯誤的根源。這種哲學形式也是從畢達哥拉斯開始的。數學是我們信仰永恆的與嚴格的真理的主要根源，也是信仰有一個超感的可知的世界的主要根源。幾何學討論嚴格的圓，但是沒有一個可感覺的對象是嚴格的圓形，無論我們多麼小心謹慎地使用我們的圓規，總會有某些不完備和不規則的。這就提示了一種觀點，即一切嚴格的推理只能應用於與可感覺的對象相對立的理想對象，很自然地可以再進一步論證說，思想要比感官更高貴，而思想的對象要比感官知覺的對象更真實。神秘主義關於時間與永恆的關係的學說，也是被純粹數學所鞏固起來的。因為數學的對象，例如數，如其是真實的話，必然是永恆的而不在時間之內。這種永恆的對象就可以被想像成為上帝的思想。因此，柏拉圖的學說是：上帝是一位幾何學家，而詹姆士·琴斯爵士也相信上帝嗜好算學。
與啟示的宗教相對立的理性主義的宗教，自從畢達哥拉斯之後，尤其是從柏拉圖之後，一直是完全被數學和數學方法所支配著的。幾何學對哲學與科學方法的影響一直是深遠的。希臘人所建立的幾何學是從自明的，或者被認為是自明的公理出發，根據演繹的推理前進，而達到那些遠不是自明的定理。公理和定理被認為對於實際空間是真確的，而實際空間又是經驗中所有的東西。這樣，首先注意到自明的東西然後再運用演繹法，就好像是可能發現實際世界中一切事物了。這種觀點影響了柏拉圖和康德以及他們兩人之間的大部分的哲學家。「獨立宣言」說「我們認為這些真理是自明的」，其本身便脫胎於阿幾里德。18世紀天賦人權的學說，就是一種在政治方面追求阿幾里德式的公理。牛頓的《原理》一書，儘管它的材料公認是經驗的，但是它的形式卻完全是被阿幾里德所支配著的。嚴格的經驗形式的神學，其體裁也出於同一個來源。個人的宗教得自天人感通，神學則得自數學，而這兩者都可以在畢達哥拉斯的身上找到。在畢達哥拉斯那裡，數學與神學開始得到了結合，它代表了希臘的、中世紀的以及直訖康德為止的近代的宗教哲學的特徵。
畢達哥拉斯以前的奧爾弗斯教義類似於亞洲的神秘教。但是在柏拉圖、聖·奧古斯丁、托馬斯·阿奎那、笛卡兒、斯賓諾莎和康德的身上都有著一種宗教與推理的密切交織，一種道德的追求與對不具時間性的事物之邏輯的崇拜的密切交織。這是從畢達哥拉斯而來的，並使得歐洲的理智化了的神學與亞洲的更為直截了當的神秘主義區別開來。只是到了最近的時期，人們才可能明確地說出畢達哥拉斯錯在哪裡。不知道還有什麼別人對於思想界有過像他那麼大的影響。之所以這樣說，是因為所謂柏拉圖主義的東西倘若加以分析，就可以發現在本質上不過是畢達哥拉斯主義罷了。有一個只能顯示於理智而不能顯示於感官的永恆世界，全部的這一觀念都是從畢達哥拉斯那裡得來的。如果不是他，基督徒便不會認為基督就是道；如果不是他，神學家就不會追求上帝存在與靈魂不朽的邏輯證明。但是在他的身上，這一切還都不顯著。下面就要談到這一切是怎樣變得顯著的。