這年8月，孫中山赴北京與袁世凱談判。兩人面晤13次，所談皆國家大事、中外情形，包括鐵路、實業、外交、軍事等問題。袁世凱是傳統中國裡的「治世之能臣，亂世之奸雄」，才大心細，做事扎扎實實，有板有眼，是位極有效率的行政專才。然而，他沒有理想，對現代政治思想一無所知。孫中山正相反，滿腦子的愛國理想卻「道不得行」。他認定當時中國的第一要務是修鐵路，因此在密談中他表示願「專任修路之責」，希望把全國鐵路延長至20萬里。袁世凱表面大加讚賞，轉身卻對幕僚說，孫文是個「孫大炮」。
袁世凱當上了民國大總統，孫中山果然出任中國鐵路總公司總理，袁世凱順水推舟，把他當年專為慈禧太后特製的豪華花車撥給孫總理使用。就這樣，孫中山率領大批失業的國民黨人，坐著花車到全國各地視察去了。他還拉上只會打仗的大將軍黃興當漢粵鐵路督辦，甚至寫信邀請躲在日本神戶的盛宣懷一起來共襄大業。事後來看，鐵路總公司花去官銀110萬兩，卻沒有修成一寸鐵路。到1998年，全中國的鐵路還沒修到7萬公里。歷史學家唐德剛因此在《袁氏當國》一書中無奈地評論說，「孫中山先生要在民國初年建20萬里鐵路，豈非大炮哉？」
孫中山的經濟理念很有國有化經營的傾向。1912年4月5日，他曾說了這樣一番話：「余乃極端之社會黨，甚欲采擇顯理佐治氏主義施行於中國，中國無資本界、勞動界之爭，又無托拉斯之遺毒。國家無資財，國家所有之資財，乃百姓之資財。民國政府擬將國內所有鐵路、航業、運河及其他重要事業，一律改為國有。」「顯理佐治」（HenryGeorge），後世翻譯為「亨利·喬治」，是一位主張土地國有化的美國思想家，他所著《進步與貧困》一書深受孫中山的推崇，被孫中山認為「深合於社會主義之主張」，「實為精確不磨之論」。
孫中山的國有化思想，至少在鐵路事務上，與盛宣懷是十分相近的。所以，他寫信邀請後者返國襄助修路。他在1912年3月15日的信函中寫道：「興實業以振時局，為今日不可少首。執事偉論適獲我心。弟不日解組，即將從事於此。執事經驗至富，必有以教我也。」盛宣懷則在回函中為他的鐵路國有化辯解說：「民間資本微而利息高，不可使投入鐵路股本，須留以辦其它實業。語語皆如鐵鑄，宜乎中外歡呼！」
孫中山的國有化思想在當時並沒有形成政策，其得到實踐要等到1927年之後。
1911年之後，隨著清政府的覆滅，國營的洋務企業大多被民營化。其中最具標誌意義的是，當時最大的官督商辦企業輪船招商局的股權變革。
招商局一度是洋務運動最顯赫的成果，被李鴻章自詡為「開辦洋務來，最得手文字」。可是，自從唐廷樞、徐潤被逼走之後，官商接手，日漸暮氣重重，最後竟落到了嚴重虧損的境地。
國營企業的一切弊端，在招商局身上都無比生動地一一呈現。首先是體制僵化，管理極度混亂。在國營體制下，沒有人真正對企業利益負責，於是，從督辦、總辦到所有管理者，大都是「豪滑之徒」，「六總辦、三董事、一顧問，無一非分肥之輩」，被薦入局內的人，則是一些「不士、不農、不工、不商」的「四不像」。他們掛名企業，坐地分肥，冗員無窮。據1908年的統計，招商局總局有各等管理人員207個，每年薪水開支7.4萬兩白銀。
局內貪污成風，一個叫楊士琦的督辦上任不久，干的第一件事情就是主持私分了10萬兩的漕運費用。他還給朝廷寫了一份自我表揚的報告，稱「官督商辦，已著成效」。於是在這種督辦的領導下，全局上行下效，互相串通，以貪污為能事，在船運業務中，夾帶私貨、少報客位、多報開支、偷漏客貨、私收倉儲費用等等，成了公開的現象。這種企業怎麼可能有競爭的能力？到1895年前後，招商局在長江航運中的優勢已經消失殆盡，太古、怡和等外國公司再度橫行中國江海，「航路攙奪，主客之勢互易」。更為可笑的是，連漕運業務也出現了虧損。為了扶持招商局，李鴻章原本專門給予漕運以政策性扶持，到了後期，漕運業務竟也被洋行爭走不少。在1897年，太古就曾經與北洋軍私下簽訂了每年裝運軍米的合同。1902年，太古奪走了運河漕運量的60%。從1898年到1911年，招商局的漕運竟結虧98萬餘兩。
在經營極度混亂的同時，雪上加霜的是，政府還把這家國營企業當成了「提款機」。因中央財政空虛，清政府以各種名目向招商局攤派。1899年，朝廷規定招商局每年在分配紅利之前，需先上繳兩成盈餘，「以盡報效之悃」。此後，企業所得利潤的68%作為官利上繳，13%作為「報效」上繳，其餘的19%才按股權進行分配。此外，捐款項目更是層出不窮。凡是一個新事業出現，招商局都是重要的出捐對象，僅盛宣懷便以創辦北洋大學堂、南洋公學及達成館為名義，要求招商局每年捐款8萬兩。
到晚清後期，招商局更是成了北洋軍隊的「免費運輸隊」。繼盛宣懷之後，袁世凱曾經控制招商局長達五年之久。在這期間，從接送官兵到運輸軍需，都是招商局免費承擔，甚至連外國官員到華訪問，也要招商局出船免費護送。1897年，總理衙門諭令招商局派輪船專送俄國使節由滬返津，為時13天，費銀8232兩，這筆錢「稟報作為報效」。據民國初年編纂的《輪船招商局節略》記載，「北洋提去用款每年數十萬，商情敢怒而不敢言」。鄭觀應在1909年算了一筆賬，招商局歷年的各類攤派費用高達130萬兩，相當於公司總股本的1/3。
從1895年到1905年的10年中，外國公司在中國江海航線上的船隻總噸位增加了2.32倍。作為國內最大輪船公司的招商局則毫無作為，其噸位比例下降到17%左右。從1903年到1906年，是全國經濟成長較快的時期，招商局竟然仍然面不改色地連年虧損，「四年之內，產業既有減無增，公積亦有少無多。仰且虧空百萬，局勢日頹，人人得而知之」。就這樣，在長達17年的時間裡，招商局不僅盡失市場優勢，而且毫無積累，反而淨虧45.7萬兩，成了一家名副其實的虧損大戶。
任何一家國有企業，只有爛到骨子裡的時候，管制的手才會不情願地稍稍鬆開，這幾乎是一條「公理」。到清末，招商局已是百病纏身，官督商辦體制完全成為約束企業發展的桎梏，民間的力量開始浮現。1910年6月，在形勢飄搖之際，招商局召開第一次股東年會，與會股東500餘人。會議通過提案，決定「注重商辦，所有用人之權即由商主之」。1911年8月，在股東們的爭取下，郵傳部終於頒布《商辦輪船招商局股份有限公司章程》，承認招商局「完全商股」，「悉按商律股份有限公司辦理」。兩個月後，辛亥革命爆發。又過了四個月，皇帝遜位，也就是說，在清政府即將覆滅前的半年，招商局才終於獲得了資本上的自由。
然而，商辦的招牌油漆未干，招商局很快又成為新政權的爭奪之物。
1911年12月，新成立的上海滬軍都督府都督陳其美致函招商局，要求「派員駐局為會長」。董事會討論後決定予以回絕，回函稱「毋庸派員」，可以指派一人隨時來局交涉，同時還提出了兩個條件：一是「以戰事停止為度」，二是交涉人員不得干預局務。陳其美後來又幾次去函，要求派員入駐，董事會均以「此事關係重大，非本會少數董事所能議決」為借口，婉言回絕。
1912年1月，孫中山在南京組建中華民國臨時政府。當時，政權不穩，令不出南京，而且國庫根本沒錢，急得陸軍總長黃興「寢食皆廢，至於吐血」。於是，在臨時政府的第一次內閣會議上，革命家們作出了三條決議，其中第二條就是專門針對招商局的：「籌措軍餉，擬將招商局抵押一千萬兩。」抵押的接受國是日本。
第二天，廣東北伐軍總司令姚雨林以「陸軍全體軍官將校」的名義致電招商局，發出「抵押招商局，暫借於中央政府以充軍用」的命令，電文限招商局在48小時內作出答覆。姚總司令的命令遭到招商局抵制，在董事會上，除了兩位廣東籍董事表示贊成外，其餘人都拒絕表態。22日，招商局復電政府，要求放寬期限為10天。23日，黃興電令陳其美，如果招商局不立即作出答覆，就派軍隊對該局「下拘獲候令」。招商局仍然抵抗，董事會分別緻電黃興和孫中山，提出「中央政府必須有相當擔保並相當利益，才可有詞宣告各股東，不致臨期反對」。為了引起輿論關注，這份電報還被刊登在上海的報紙上。
隨後幾天，雙方仍然拉鋸。2月6日，臨時大總統孫中山親筆寫函給招商局，說明「政府因於軍需國用孔亟，非得巨款無以解決民國之困難」，並對董事會的抵製表示理解，提出委派專員與企業進行更進一步的溝通。四天後，政府特派陳其美、汪精衛參加了招商局的特別董事會，在再三的討價還價後，董事會最終同意借款，同時提出幾項優待條件。其一是「本利俱由中華民國政府擔任償還，不使招商局受絲毫之損害」，還有一條則是要求「擴張其外洋航線，予以相當之補助津貼」。
這場借款風波，政商對立，劍拔弩張，驚險非常，堪稱企業史上很奇特的一幕。招商局董事們的行為，表明在當時的氛圍中，企業家階層正呈現出前所未見的博弈力量。這項借款事宜達成後，英美兩國擔心日本從此控制招商局，便積極阻止，最終以招商局借給滬軍都督府50萬兩了事。
虛驚一場的招商局從此進入完全商辦時期，一直到1932年，它又被蔣介石政權以無比強勢而血腥的方式收回為國有。
清王朝的滅亡，在商業世界引起的另外一個連鎖效應，是「天下第一商幫」晉商的「殉葬」。