秋風寶劍孤臣淚，落日旌旗大將壇。
——李鴻章：《絕命詩》，1901年
受甲午國恥之刺激，借康梁維新之春風，清朝的洋務事業出現了一個小高潮。可是，僅僅三年後，風雲再變。1898年9月28日，譚嗣同等「六君子」被問斬於北京菜市口，維新派領袖康有為、梁啟超逃往海外，變法維新徹底失敗，是為戊戌政變。
變局起於上一年的冬天。11月，德國強佔山東膠州灣，康有為上書，陳述列強瓜分中國，形勢迫在眉睫。他隨即在北京發起成立保國會。1898年6月11日，光緒皇帝頒布《明定國是》詔書，宣佈變法。此後三個月，光緒頒布了一系列變法詔書和諭令。主要內容有：經濟上，設立農工商局、路礦總局，提倡開辦實業，修築鐵路，開採礦藏，組織商會，改革財政；政治上，廣開言路，允許士民上書言事，裁汰綠營，編練新軍；文化上，廢八股，興西學，創辦京師大學堂，設譯書局，派留學生，獎勵科學著作和發明。
變法所有內容，俱在之前多年已被反覆議論，絕大多數成朝野共識，可是，在執行的過程中，卻被保守人士以及王公貴戚視為「人事清洗」，一時間，「帝黨」、「後黨」竟成水火不容的對立之勢。9月，維新派向光緒密奏，建議重用握有兵權的工程右侍郎、山東巡撫袁世凱，由袁世凱去殺掉慈禧最寵信的滿人將軍榮祿。袁世凱向老上司榮祿告密。9月21日凌晨，慈禧太后突然從頤和園趕回紫禁城，直入光緒寢宮，將之囚禁於中南海瀛台。緊接著，慈禧宣佈臨朝「訓政」，廢止幾乎所有新政法令，捕殺維新派，從6月11日至9月21日，進行了103天的戊戌變法宣告失敗。33歲的湖南人譚嗣同在獄中題壁詩曰：「我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙。」臨刑前他又留絕命詞：「有心殺賊，無力回天；死得其所，快哉快哉！」其志慷慨，其情悲絕，感動全國。
百日維新的血腥收場，意味著變革在清王朝的正常體制內已經難以完成。當洋務派、維新派先後喪失了主導權之後，改革的主流開始從體制內的官僚、士紳、文人等階層，向體制外的力量轉移，改革的方式從和平的漸進式，向暴力、顛覆式革命轉移。用梁啟超的話說，「革命黨者，以撲滅現政府為目的者也。現政府者，製造革命黨之一大工場也」。
戊戌政變僅僅一年多後，風雨飄搖中的國家再遭劫難。
1900年，中國北方爆發義和團運動，數萬由貧困農民、小販和手工業者組成的秘密團體突然發動對在華洋人的襲擊。他們搗毀教堂，衝擊租界，殺死中外教徒，數十年的深重屈辱轉化成民族主義的熊熊烈火。義和團提出的口號是「扶清滅洋」。6月初，他們搗毀了長辛店鐵路和豐台鐵路，攻擊正在保定修鐵路的外國工程師，然後向北京、天津進發，攻打東交民巷的各國使館。6月10日，英、俄、日、法、德、美、意、奧八國聯軍共2000餘人，從天津向北京進犯，雙方在廊坊附近發生激戰。
義和團的拳民充滿了神怪氣質，他們宣稱穿上一件畫有符咒的衣服或喝了一種「神水」後就可以刀槍不入。6月初，慈禧曾委派軍機大臣剛毅和趙舒翹前往涿州，親自驗看義和團各種「神功」是真是假，兩個老兄弟經過兩天考察，竟認定「神功可恃」，老糊塗的慈禧信以為真，於是下決心與諸國開戰。這很像60年前林則徐深信英國士兵的膝蓋是不會彎曲的，一個誤判的細節足可以改變一個國家的命運。慈禧下詔與各國宣戰，號召「義民成團，藉御外侮」。8月14日，八國聯軍兩萬人攻陷北京，洗劫三日，並衝進紫禁城，掠走大量珍寶，犯下所謂的「文明人」最野蠻、最不齒的罪惡行徑。慈禧化裝成東北老太太攜光緒皇帝倉皇西逃。後世將這一段很哀傷而奇異的歷史稱為「庚子國變」。
北京慘遭洗劫的同時，各國軍艦也氣勢洶洶地游弋在上海港、廣州港及長江沿岸，商業富足的南方眼看也難逃一劫。這時候，官商盛宣懷和士商張謇聯手出演了一出很精彩的「互保大戲」。
5月間，義和團進入北京的時候，盛宣懷就覺得大事不妙。他借口到上海「考察貨物時價」悄悄南下，一邊打理實務，一邊密切關注時局。對義和團運動，他力主鎮壓，認為「拳會蔓延，非速加懲創，斷難解散」。他的觀點得到洋務派大佬們的認可。當時，李鴻章被派到廣東任總督，張之洞在湖廣，劉坤一在江浙，袁世凱在山東，也就是說最清醒的官員都不在朝堂，北京任由慈禧胡來。當老太后悍然向八國宣戰的時候，四大總督都知道大禍將至，張之洞在聖旨下達同日電奏朝廷，「懇請嚴禁暴民，安慰各國，並請美國居中調停」。李鴻章更絕，他徑直對轄內官員說，北京的電報發錯了，「此亂命也，粵不奉詔」。但是，大家對如何解決危機仍束手無策。
這時候，盛宣懷提出「東南互保」方案。具體來說，就是四大總督向各國公使保證，他們將「奉詔」自保疆土，長江及蘇杭內地的外國人生命財產，由各督撫承諾保護，上海租界的中外商民生命財產，則由各國共同保護，「此疆爾界，兩不相擾」。
互保方案明顯與慈禧的宣戰聖旨相悖，若按清律，是大逆不道的滅門大罪。盛宣懷斗膽提出，居然得到李鴻章、張之洞等人的響應。在南通辦紗廠的「狀元企業家」張謇得聞此議，也非常認可，並積極參與促成。幾位總督中，劉坤一最為首鼠兩端，他對形勢判斷不清，與李鴻章、張之洞等人又有心結矛盾。這時候，跟他交情最深的張謇出面勸說，張謇在回憶錄中對這一段有精彩的描述：「劉坤一猶豫，復引余問：『兩宮將幸西北，西北與東南孰重？』余曰：『無西北不足以存東南，為其名不足以存也；無東南不足以存西北，為其實不足以存也。』劉蹶然曰：『吾決矣。』告其客曰：『頭是劉姓物。』即定，議電鄂約張（張之洞）」。由此可見，劉坤一聽了張謇的進言，終於決定提著腦袋搞互保。
張謇搞定劉坤一後，盛宣懷則連日周旋在各國公使之間，「憂心焦思」，力圖說服。盛宣懷主商多年，身份亦官亦商，在各國公使看來，是全中國最有信用的人之一。況且，他們也不希望江南戰亂，損害自己已有的商業投資。互保動議竟然得到了實施。經過盛宣懷、張謇等人的努力，在北京硝煙滿天的時候，南方終於沒有發生戰事。《清史稿》記錄此事，認定「宣懷倡互保議」。
「東南互保」在中國政治史上是一個標誌性事件，聖旨被當成「亂命」，意味著中央政權至高無上的權威性已經瓦解，皇權隕落，看來只是一個時間和方式問題了。而讓人意外的是，促進此事者，卻是一群注重實業的官商和士商。盛宣懷在當時的官階只是一個二品頂戴的「道員」，而張謇更不過是一個已經下海經商的狀元，其他活躍的人還包括湯壽潛和沈曾植等人。湯壽潛當時是浙江一個學堂的校長，後來與張謇合資創辦了中國第一家民營輪船企業大達輪步股份有限公司，沈曾植則是南洋公學（後來的上海交通大學）監督（校長），後來創辦過造紙廠。
在某種意義上，這是近現代史上，新興的企業家階層第一次在政治上展現自己的智慧和能力。他們的成功，得益於開明理念、社會聲望、商業實務上的積累以及獨特的妥協智慧。
庚子國變後，慈禧被嚇破了膽，日後講出了「傾舉國之力，與洋人結歡」，「寧與洋人，不與家奴」等著名混話。為了跟列強談判，她又想到了李鴻章，於是急命李鴻章復職直隸總督，從廣州赴京與列強談判。
李鴻章奉詔北上，途經上海，專門召見剛剛忙完互保事宜的盛宣懷。兩人在位於寶昌路的盛家花園（現在的淮海中路1517號）促膝對話兩晝夜。燭火明滅黯淡月，天公不語對枯棋，此情此景，竟比30年前曾國藩與趙烈文的那場夜談更為淒切。臨別，77歲的李中堂與比他小20歲的盛宣懷，執手相看淚眼，留下六字曰：「和議成，我必死。」
1901年冬，李鴻章簽下中國歷史上最大的賠款條約《辛丑條約》，賠款列強共4.5億兩白銀，分39年付清，本息共計9.8億兩。當時清政府的年財政收入約為8800萬兩，也就是說，辛丑賠款相當於11年的全國財政收入總和。11月7日，李鴻章在京郊賢良寺鬱鬱而亡，臨終時「雙目猶炯炯不瞑」。
李鴻章去世，清政府失去了最後一根支柱，淒風苦雨，大廈已是搖搖欲墜。李鴻章曾對自己作如下總結：「我辦了一輩子的事，練兵也，海軍也，都是紙糊的老虎，何嘗能實在放手辦理，不過勉強塗飾，虛有其表，不揭破尤可敷衍一時。如一間破屋，由裱糊匠東補西貼，居然成一間淨室，明知為紙片糊裱，然究竟不定裡面是何等材料。即有小小風雨，打成幾個窟窿，隨時補葺，亦可支吾應付。乃必欲爽手扯破，又未預備何種修葺材料，何種改造方式，自然真相破露，不可收拾，但裱糊匠又何術能負其責？」
他的死敵、維新派人士梁啟超認為李鴻章的局限在於對制度改革缺乏認識和決心，「以為吾中國之政教風俗無一不優於他國，所不及者惟槍耳，炮耳，船耳，機器耳」。梁啟超因此說：「吾敬其才，惜其識，悲其遇。」
李鴻章臨終前一日，俄國公使還逼他在條約上簽字。他呈慈禧太后《絕命詩》一首曰：「勞勞車馬未離鞍，臨事方知一死難。三百年來傷國步，八千里外弔民殘。秋風寶劍孤臣淚，落日旌旗大將壇。海外塵氛猶未息，請君莫作等閒看。」言辭淒慘，若秋風落葉。
跟恩師曾國藩一樣，他傾畢生之才智沒有能夠拯救這個給他帶來無上榮耀和漫天恥辱的帝國。學者劉廣京在《劍橋中國史》中對他的基本判斷是：「李畢生對外國的意圖始終懷疑。他同外國人的所有交道中，都堅持維護中國的利益。」遙想59年前的1842年夏天，風華正茂的安徽才子李鴻章弱冠赴京。是年，中英《南京條約》剛剛簽署，少年李鴻章心憂國難，做《入都》一闋，詩內有「一萬年來誰著史，三千里外欲封侯」，一時傳誦京城。然而，在其後的將近一個甲子裡，他卻連續簽下《煙台條約》、《中法新約》、《馬關條約》、《中俄密約》及《辛丑條約》，成了人人唾棄的「賣國第一人」。1979年版的《辭海》稱他是「中國近代史上媚外賣國的典型人物」。造化弄人，竟可至此。
李鴻章逝後，曾有人預言他的「幕中第一紅人」盛宣懷肯定是鴻運到頭了。沒有想到，他仍然是屢當重任。究其原因固然頗多，而最緊要的一條則是，國內實在沒有人比他更會辦理實業了。1901年12月，他被加賞為太子少保銜，第二年2月，授工部左侍郎，進入中央決策機構。
從戊戌變法失敗到庚子國變，中央威嚴盡失。變革力量從體制內轉到體制外，後來10年，孫中山的革命黨不斷起義，激進思潮日漸蔓延。而中國企業成長的主流，也從由上而下的洋務運動，轉而為由下而上的民間創業熱潮。
1900年之後，張謇的大生紗廠進入全盛期。在義和團運動中，北方大亂，南方卻未受影響，而局勢動盪，造成洋紗進口明顯減少，機紗市場價格挺俏。這年秋天，張謇在日記上高興地寫道：「廠事復轉，銷路大暢。」到年底，大生獲純利達11.8萬元。從1901年到1907年，張謇一口氣先後創辦了19家大大小小的企業，赫然成為國內規模最大的民營企業集團。
張謇經商十分成功，不過作為士商代表的他卻志不在此。
在「東南互保」中傾盡全力後，他繼而起草了一份《變法平議》，提出42條具體的改革意見，呈遞給朝廷後，竟無任何下文。失望之餘，他決心從實業、教育入手，在民間層面實現自己改造社會的理想。他曾對人說：「我知道，我們政府絕無希望，只有我自己在可能範圍內，得尺得寸，盡可能得心而已。」