其次，他頂著巨大壓力，提出分稅制，重新梳理中央與地方政府的財政關係。多年來，地方經濟的發展和國營企業的發展，靠的都是中央財政的投入，用經濟學家馬洪的話說，是「一個老子，養了成千上百個兒子」，因此便陷入一放就亂，一收就死的局面，到90年代初期，中央財政已非常拮据，不得不靠大量發行貨幣來解困，而因此帶來的通貨膨脹危機則讓人不寒而慄。1992年，全國財政收入3500億元，其中，中央收入1000億元，地方收入2500億元，中央財政支出2000億元，赤字1000億元。當時出任財政部長的劉仲藜回憶說，他曾經三次找朱鎔基副總理，希望他批條子向銀行借錢，朱不允許。當時連某些中央機關都已經到了不借錢，工資發不出去的境地。財政體制的弊病，從上海和北京可窺見一斑。
上海實行的是定額上解加遞增分成的模式。定下每年財政收入165億元，100億元歸中央財政，65億元歸地方財政，每增加一億元，中央與地方五五分成。結果，上海實行財政包干五年，年年財政收入是163億元－－165億元之間，一點沒增長。對北京採取的是收入遞增包干分成模式，約定的年增長率是4％。5年之中，北京每年財政增長從沒有超過4％。中央政府在這種財政分配體制中表現得非常的被動。鑒於這種現狀，朱鎔基採納經濟學家董輔礽等人的提議，決定「分灶吃飯」，中央與每一個省份談判分稅種類和比例，實行分稅制。1993年7月23日，朱鎔基在全國財政會議上首次正式提出分稅制的想法，一個多月後，分稅制改革的第一個方案出台。
為了說服各省，朱鎔基在隨後的兩個多月裡，奔波全國，一一說服，其間頗多拉鋸、妥協，但是，實行全國統一分稅制改革的大原則，始終沒有動搖。【劉仲藜在回憶錄中記錄說，為了說服各省，朱鎔基最後勉強同意1994年之後的中央財政返還以1993年地方財政收入為基數。而這一協議達成的時候，93年後四個月的財政數據尚未統計出，從而給了地方政府有意識增加後四個月財政收入，以便94年後多從中央財政獲得財政返還的空間。事實正是如此，最終地方政府上報中央的財政收入比92年猛增將近50%。為了抬高基數，地方有許多高招。比如，一個企業原來承包了，稅補交已經減免，現在叫他交稅，把基數抬高，交了以後在私下返還。再比如，把死欠、積欠當基數。所謂死欠，就是哪個企業已經倒閉了，從來沒有交過稅，現在通過轉賬或者從銀行借款繳稅，這樣把基數抬高了。還有就是「寅吃卯糧」，收過頭稅，把明年的稅在今年收了，把基數抬得很高。】
分稅制的實行，使中國的財政秩序為之大改，中央財政重獲活力。1994年－2002年，我國財政收入年均增長17。5％，財政收入占GDP的比重由1993年的12.6％提高到2002年的18.5％；中央財政收入佔全國財政收入的比重為55％，比改革前的1993年提高了33個百分點；2002年，除稅收返還和體制性補助外，中央性地方轉移支付高達4019億元，是1995年的8.6倍，年均增長36％。中國社科院的金融學家劉煜輝認為，分稅制改革後，一方面中央把財權高度集中，在稅收上削弱地方政府能取得的比重，而留給地方的幾乎都是收入來源不穩定、稅源分散、征管難度大、徵收成本高的中小稅種。另一方面，中央又把更多的事權層層下放給地方政府，甚至經常以犧牲地方稅權為代價來完成中央的某些政策，「中央請客地方買單」的現象大量存在。以經濟發達、稅源最為充沛的浙江省為例，在1993年，浙江的財政自給率是133.27%，1994年以後這一比率大幅下降到60%左右，而其他中西部地區的財政狀況可想而知。
除了靠分稅制拯救危機中的中央財政之外，朱鎔基另一個具有深遠意義的金融決策是，力排眾議實行匯率改革，讓人民幣大幅貶值。在此之前，中國實行的是官方匯率與調劑市場匯率並存的匯率制度，它是計劃經濟的一條「金融尾巴」，既保護了國有公司的利益，同時也催生了一個龐大的外匯交易黑市。從1994年的1月1日起，兩種匯率實行並軌，實行「以市場供求為基礎單一的有管理浮動匯率」，人民幣兌美元的匯率定為8。72元兌1美元，比之前的官方匯率5。7元貶值33%－－兌換一美元需要的人民幣，在1978年是1.7元，1991年為4元，1992年初是5.7元。人民幣的大幅貶值，使得中國商品一下子在世界市場上價格變得便宜了，而且更重要的是中國成為一個更加吸引外部投資商的地方。德國的《商報》在評論中認為，人民幣的大幅貶值，首先意味著亞洲四小龍低廉的勞動力優勢從此喪失，中國必將成為全球製造業的中心。
這是一個十分具有標誌性的政策變化。從此之後，中國公司開始集體遠征，中國經濟走上了外貿拉動型的道路，它將在2005年達到頂峰，並誘發了中國與歐美、乃至周邊國家的貿易大戰。【在1997年的亞洲金融風暴中，有學者將中國的此次貶值視為金融風暴的「起源」之一。美國經濟學家米爾頓·埃茲拉蒂在《變一一日本變局將如何改變世界均勢》一書中認為，1994年的人民幣貶值動搖了亞洲的金融格局，第二年，日本對美元的比值下降36％，韓國和東南亞諸國頓時失去出口的價格優勢，這些國家金融體制的脆弱性暴露無遺，1997年6月，國際金融狙擊手終於在泰國撕開突破口，災難發生。】
朱鎔基主政的「第三戰」也是貫穿十餘年的治理主題一一是搞活國營企業。對此，他的思路也與之前有微妙的轉變。
從1980年代以來，國營企業改革的成效一直無法讓人滿意，凡是有民營企業涉足的行業，它們都表現得不堪一擊。今年的局面是，抓了多年的經營機制轉換但收效實在甚微，國營企業家們仍在嚷嚷權利太小，在今年的北京兩會上，國內最大的鋼鐵公司總經理李華忠在分組會上大喊：「自主權萬歲！」，他還羨慕地對身旁的遼寧省海城市東房身村黨支書王國珍說，「我的權力還不如你的權力大。」而另一方面，權力放了下去，到底能不能用好，卻是另一個沒有答案的難題。由於效益不佳和老企業萎縮，失業人口的增加已成一個嚴重的社會問題，
在朱鎔基看來，中國當今的企業問題已非改革之初可比，當時只有國營企業一支力量，不把它們搞活國家當然振興無望，而如今，鄉鎮企業已經異軍突起，佔到了半壁江山，外資企業也蜂擁而入，自是另一股可以借重的商業力量。同時，隨著民間資本的日漸充沛，兩大股市又可代替國家財政成為向國企輸血的工具。在這種新的局勢下，國營企業的改革就不應該關起門來，老是在經營體制的轉變上繞圈圈，而應當將它們放到市場中去，中央政府則要在整個經濟體制的重新構造上多下力氣。朱鎔基對陳光在山東諸城搞的企業改革十分感興趣，專門派國家體改委副主任洪虎前往調查。也是在這一年前後，「抓住少數、放活多數」的思路開始漸漸萌芽。
今年7月13日，中國社會科學院工業經濟研究所所長周叔蓮在《光明日報》撰文《關於國有企業產權的兩個問題》，論述「所有制是發展生產力的手段，而不僅僅是意識形態意義上的目的。」由這個判斷出發，周以及其他學者提出，不能把所有的企業都抱在懷裡，這樣做既不必要，也不可能。國家只要抓住關鍵少數，搞好500到1000家大公司、大集團，就會為眾多的中小企業提供廣闊的生存空間。那些沒有競爭力、也無關國計民生的中小企業將被「放掉」，政府將主抓那些有成長潛力、具備了資源優勢的大型企業及盈利能力強的產業。周的觀點得到決策層的激賞。很顯然，這是一種與以往完全不同的改革思想，它意味著國營企業的改革從放權式的體制轉換階段進入到了「重點扶持、其餘放活」的結構調整階段，這同時深刻地影響了中國公司的成長路徑。
在1993年，這種戰略思想剛剛萌生，還遠遠沒有展現出成型的格局和嫻熟的掌控藝術。只是在一些經濟較為活躍的地區，那些沒有優勢的國營企業開始被「放掉」，過去被禁止的改革現在得到了默許和嘗試。在廣東第一次出現了「下崗」這個新名詞，在經歷了幾年艱難的「思想解放」後，當了數十年「主人翁」的工人們開始接受自己不再與企業「共存亡」的現實，在年底，瀕臨破產的國營廣州無線電廠裁掉了1000名職工，其中330名選擇與工廠徹底分手，工廠根據他們工作的時間給予每年1300元的「工齡補償」，從此這些職工將走出廠門自謀出路。
這種「工齡賣斷」的做法很快被廣泛的採用，各地的賣斷價各有不同，從數百元到上萬元都有，它成為中小型國營企業破產或被私人收購時「安置」下崗工人的最主要方式。在南方的沿海地區，工人普遍能夠接受這種方式，因為在這些地方，人們早已有了「第二職業」，那筆微薄的安置費成為他們做小生意或自主創業的啟動資本。而在北方，尤其是老工業基地，人們已經習慣於把自己的人生「捆綁」在企業上，以廠為家、世代傳承的工作與生活模式使他們幾乎喪失了獨立的勇氣和能力，尤其要命的是，那些地方也沒有經商和創業的氛圍，因而賣斷工齡往往便意味著低水準的安定生活的消失以及「坐吃山空」。隨著國營企業體系的日漸瓦解，巨大的生存壓力在這些地方無比恐懼地瀰漫開來，在改革的陣痛中，城市貧民階層慢慢地出現了。
在民營經濟最為活躍的浙江地區，過去被禁止的改革現在得到了默許和嘗試，在這裡，悄然發生了一場集體企業的量化改革運動，這是企業史上第一次大規模的產權變革。所謂「量化改革」指的是某些鄉鎮集體企業的資產通過「土法」評估後，將集體資本全數或部分退出，經營者以贖買的方式獲得企業的主要股權。這項改革最早是在浙江台州的玉環和溫嶺兩縣出現的，它很快蔓延到附近的溫州地區，繼而在浙江全境的集體企業中被廣泛試驗。
這是一場沒有嚴格規範的產權改革運動，在具體的資產評估上，由於缺乏量化的標準和評估體系，各縣市的量化手法千奇百怪，大多數企業採取的是「毛估估」的做法，有些縣硬性規定，集體資產一律按賬面數增值40％計算，而事實上，相當多的企業經過多年發展，其資產早已增值了幾倍、幾十倍。溫州地區的一家二輕物資公司將其屬下的20多家企業全部量化改造，而資產評估值以1990年的不變價為準。
紹興一家紡織企業的量化方案是：將企業的資產量化出10％，折算成50萬元作為集體股，全廠200多個職工每人出資5000元，經營者出資100多萬元，組成一個資本額為250萬元的股份制企業，其後，新企業無償使用著原有企業的機器設備，一切開支則由老企業承擔，經過近一年的運行，新企業產生驚人的利潤，而原來的集體企業則毫無懸念地陷入了虧損境地。又一年，新企業以十分低廉的價格將老企業「併購」。到1996年前後，浙江省80％的中小集體企業都完成了產權量化的改造。成批量地出現了千萬富翁和億萬富翁。這樣的量化改革，很難保證公平、公開、公正，因此在過程中也發生了很多的糾紛。據新華社記者的報道，到1993年底，浙江省已經有超過2000家企業進行了量化改制。
發生在浙江的這種產權改革在隨後的幾年裡一直處在「地下運作」的階段，全國性的集體企業產權改革要從1998年才全面的開始。它從來沒有得到公開的政府肯定，而且在理論界也引起了激烈的爭論，有人指責這是變相的「私分集體財產」，是「走私有化道路」。當時的浙江省領導對此進行了有技巧的支持，時任浙江省省委書記李澤民在一份對量化改革提出異議的報告上批復曰，「對於這樣的改革要回頭看，不過，不能走回頭路。」
種種跡象表明，1993年的中國，已經不是一個傳統意義上的計劃經濟國家了。