在剖析了國內外局勢後，吳敬璉提出了「標本兼治」的應對之道：「標就是運用我們的財政政策、貨幣政策穩住市場，不要讓它崩盤，而且盡量保持大部分中小企業能夠繼續運轉，但是根本問題還是要實現增長方式的轉變。」
在這裡，吳敬璉又回到了他一貫的主張——「增長方式的轉變就是要強身健體、自求多福。世界經濟的格局不可能有大的改變，我們至少不要當冤大頭。自求多福最重要的辦法就是轉變增長方式，轉變增長方式的癥結在於制度性障礙，所以要真正實現轉變就是進行改革，消除制度性障礙。」
日後發生的事實表明，吳敬璉的建議並沒有成為主流意見而被政策部門採納。
10月28日，上證股指跌到1664點，市場信心全失。從11月份起，在中央政府的指示下，四大商業銀行開始大舉放貸，每月新增貸款成幾何級增長，11月新增額為4769億元，接著是7400億元、9000億元、1.07萬億元，到2008年3月放出空前的1.89萬億元天量。從2008年年底到2009年6月的8個月中，新增放貸總量近8萬億元，掀起了一個至熱的投資狂潮。這些貸款中的八成以上被大型國有企業所獲得，而投資方向則為鐵路、公路和各項基礎建設設施，民間戲稱「鐵公基」。在資金突然巨額放鬆的情況下，股票市場率先活躍起來，在2008年的上半年，中國股市放量振蕩，一掃前期低迷，增幅為全球第一。房地產的表現更是驚人，它以出人預料的速度回暖，各大城市的土地拍賣相繼創出令人瞠目結舌的「地王」價格。
在中國的投資熱浪拉動下，全球的能源價格也立即上彈，鐵礦石、石油和有色金屬等價格扶搖直上。在很多人看來，在哀鴻遍野的金融危機籠罩下，中國經濟再一次「奇跡」般地率先衝出了危機。
對於這樣的景象，吳敬璉並無喜色。在他看來，有兩個問題是值得引起注意的。一是，宏觀手段對微觀經濟的干預邊界到底在哪裡；二是，如何從應急性的短期政策轉向處理長期發展中的問題。
從2008年年底到2009年的政策取向，實際上，是對2004年那次宏觀調控政策的又一次固化。它最終呈現為三個特點；第一，「宏觀調控以行政調控為主」成為政策主軸，「看得見的手」變得越來越強大；第二，經濟增長主要倚靠巨量投資，而不是著力於轉變增長模式和產業升級；第三，國有企業、特別是大型中央企業得到偏執性的扶持，民營企業被邊緣化。
在金融危機最動盪的時刻，歐美各國政府紛紛出手拯救經濟，連最老牌的資本主義國家英國也將一些陷入危機的銀行收歸國有化，由此，國內經濟界再次出現國家主義思潮強勁回歸的跡象。2009年3月3日，吳敬璉在《經濟觀察報》上撰文《如何定位政府與市場的邊界》，從經濟史的角度對這一觀點進行了反駁。他認為：「需要注意的是，經濟學中兩個學派（新凱恩斯主義和新自由主義）的爭論，是在自由市場機制，即價格機制在資源配置中起基礎性作用的範圍內進行的，這並不意味著有哪一個學派主張回到政府包辦一切的計劃經濟舊體制去。即使他們支持對某些企業實行國有化，那也只是一種短期的應變措施，而不是一種長期的制度安排。20世紀社會經濟制度變遷的基本脈絡提示我們：在市場制度範圍內，明智合理地界定政府與市場之間的適宜邊界，是經濟穩定運行和長期增長的一個重大問題，必須根據具體情況加以確定。」
進而，他將筆觸回到了對當前政策的反思上：「我們還必須注意的另一個問題是，在中國，人們常常把宏觀經濟管理（宏觀調控）和政府對經濟活動的微觀干預混為一談。假宏觀調控之名，行微觀干預之實，實際上等於復辟命令經濟。這不但會造成資源的誤配置和損害經濟的活動，還會帶來強化尋租環境、使腐敗活動氾濫等惡果。這是必須堅決制止的。」
到了10月23日，在上海的「2009浦江創新論壇」上，吳敬璉在演講中批評說，4萬億經濟方案，實際上打壓了民營企業，不僅沒有起到拉動民間投資的作用，還產生了擠出效應，產生了「國進民退」。他引用調查數據說，70%以上新的技術創新都出自小企業。「如果我們熱心於創新的話，一定要幫助小企業上來，給他們信心。」
除了對宏觀調控的方式提出警告之外，吳敬璉的另外一個擔憂是，如何解決中國經濟的長期增長問題。正如他在2007年8月那次接受《南方人物週刊》訪問時所預料的，大量的放票子一定會形成「空前繁榮」，然後接著就是資產（房地產、股票）泡沫和通貨膨脹生成。如果體制性矛盾無一得到解決，新的、更大的危機將會如影隨形，如期而至。
2009年6月30日，他在一份送交中共中央辦公廳的問卷答案中寫道：「目前對宏觀經濟政策走向看法的分歧，在很大程度上緣於對我國經濟近年來困難成因的不同分析。主流的意見把困難成因歸結為以美國金融泡沫的崩潰和由此導致的中國企業出口訂單的減少，認為我們只要用政府的財政貨幣政策創造足夠的需求，來維持8%以上的經濟增長，待到西方國家經濟走出困境，增加出口，中國經濟就可以全面復甦。」
面對上述意見，吳敬璉認為「不符合實際」。他仍然堅持在2008年9月的那次上海論壇上所給出的結論，認為是美國的擴張性貨幣政策及中國經濟粗放增長模式相互作用的結果。接著，他對兩個非常流行的觀點進行了糾正。
其一，有些論者對西方經濟復甦寄予很大的希望，認為只要它們恢復進口，中國在出口導向政策的支持下，粗放的發展方式又可以繼續運行下去。他覺得這種想望恐怕不太現實。因為，金融危機發生以後，美國的儲蓄率已經提高了7%，這意味著至少最近不會需要過去那麼多的淨進口；其次，包括中國在內的許多國家都正在致力於改變美元作為唯一國際儲備的狀況，建立受到國際監管的國際貨幣體系。這兩方面的演變說明，靠出口需求支撐的經濟發展方式無法持續，應當自求改變。
其二，他對人們經常所謂的「三駕馬車」（消費、投入和出口）之說提出了異議。他認為，「三駕馬車」的分析乃是凱恩斯主義的短期分析框架的變形，著重研究短期經濟政策的凱恩斯主義也從來沒有說過可以用它來分析長期經濟問題，這可以說是一種短視，說得嚴重一點，是一種誤導。如果用「三駕馬車」的態勢來預測中國經濟的未來走勢，這意味著不管用什麼樣的辦法，只要能夠使總需求增長，就能維持GDP增長穩定上升的趨勢。分析問題的理論框架的誤用，極易造成宏觀經濟決策的偏差。
吳敬璉最終指出，我國經濟存在的兩大問題是——效率低下、污染嚴重的生產方式和腐敗蔓延、貧富懸殊的分配格局，其根源都在於馬克思曾經進行尖銳批判、西方國家在上一個世紀之交已經拋棄的粗放增長模式……而解決之道則是，在採取短期的財政貨幣政策維持市場穩定的同時，堅決執行「十一五」規劃和「十七大」關於轉變經濟增長模式的決策，激發企業，特別是中小企業的活力，延伸產業鏈，提高附加值，實現產業升級和增長轉型，以便消除經濟危機最深刻的根源。
驚心動魄的2009年在「保八」成功的欣喜中走進歷史，而面向未來，中國經濟仍然存在多種可能性。2010年1月，吳敬璉在為《財經年刊》所寫的文章《集中力量解決長期增長中的問題》中，再次完整地表述了自己對過往一年多中國經濟表現的觀點。在他看來，「中國經濟的當務之急，也是最大的困難，在於如何從應急性的短期政策轉向處理長期發展中的問題」。
他寫道，現在人們普遍承認，中國經濟在2009年實現了GDP增長的「V」形回升，現在的問題是：從更長的時間跨度看，能否保證今後的經濟走勢不會出現另一個「V」字，二次探底，出現人們所說的「W」行走勢。在我看來，問題的關鍵，是我們能否解決中國經濟長期存在的問題。
所謂「長期問題」就是，中國經濟採取了一種靠資源投入和淨出口（出超）拉動的粗放的經濟發展方式，從而導致了貨幣超發、流動性氾濫和資產泡沫形成等難題。在吳敬璉看來，單純依靠向國民經濟注入流動性的短期政策來保證中國經濟的長期穩定增長，採取增加海量投資和貸款的辦法來增加需求，是不可能長期持續使用的。2009年所實行的巨額投資和適度寬鬆的貨幣政策已經引發了居民的通貨膨脹預期的形成，貨幣流通正在加速，國民經濟面臨著資產價格膨脹和通貨膨脹的雙重危險。
因此，吳敬璉警告說，如果只專注於短期經濟政策，用注入流動性救市而忽視長期問題的解決，將會影響中國經濟的長期穩定增長。弄得不好，別人在「去槓桿化」和消除泡沫，我們卻在「再槓桿化」和掀起泡沫，那就會埋下再一次資產負債危機和高通貨膨脹的定時炸彈。
那麼，著眼長期的關鍵又是什麼？吳敬璉的答案是，必須要促進居民的消費，而其基本的辦法有二，一是增加就業，二是促進技術進步，提高產品的附加價值。換而言之，就是必須努力實現經濟發展方式轉型，優化經濟結構，保證持續穩定的增長。
吳敬璉不無擔憂地寫道，這裡需要提出一個問題：實現經濟發展方式轉型並不是一個現在才提出的口號。早在1995年到2000年的第九個五年規劃中，就已經規定了實現增長方式從粗放型到集約型轉變的任務。2006年到2010年的「十一五」規劃不但重提這一話題，還列舉了轉變的具體途徑。但是迄今為止，除了少數地方，成效並不顯著。
為什麼會發生這種情況？吳敬璉以為原因不外有二：其一，這一轉變遇到了許多體制性的障礙；其二，有利於創新和創業的經濟環境和法治環境還有待建立。他一言以蔽之曰，「萬事俱備，只欠東風」。
何謂東風？市場化、法治化的改革是也。