不過，這位個性倔強的老人沒有選擇躲避或放棄，他似乎根本不在乎別人的那些擔心。還是那一年的「兩會」，在全國政協經濟界的一次小組討論會上，委員們討論開徵燃油稅的問題。吳敬璉說，中國是一個貧油的國家，可是我們的燃油中的含稅量比美國還低，這不是鼓勵大家買車、燒油嗎？可是開徵燃油稅的問題談了十幾年還談不下來，這是很不正常的。一位來自工商界的委員插話提醒他說：「老吳，你別提這個意見，這是會挨罵的。」吳敬璉沒有好氣地回答他說：「如果當政協委員就怕挨罵，那麼我們這些人就不用當了，可以回家了。」然後，他還是繼續說下去。
2007年9月，吳敬璉出版《呼喚法治的市場經濟》，「收錄50餘篇文章，記錄了世紀之交以來作者的所思所言」。就當他拿到新書，正打算轉贈諸位老友之際，10月28日，傳來他的老同事、老領導馬洪逝世的消息，享年87歲。他在悼念文章中寫道：「雖然馬洪同志在經歷了多年臥病以後於上月陷於昏迷，他即將離我們而去已是意料中事，聽到他的噩耗，我的心情仍然十分沉重。」在兩年前的2005年7月22日，另一位「市場派」宿將薛暮橋已經以101歲的高齡去世。他們都是吳敬璉的多年師友，朋輩相繼凋零，自然讓暮年的他時有感傷，同時也越加生出緊迫感。
在《呼喚法治的市場經濟》一書的序言中，吳敬璉充滿憂患地寫道：「中國的改革並不是一路凱歌，經濟改革所採取的從非國有部門入手、由易而難的策略，一方面減少了改革的阻力，增加了改革的助力，另一方面又使以雙軌制為特徵的尋租環境得以廣泛存在，以權謀私的腐敗行為得以四處蔓延。」他進而說，「改革的兩種前途嚴峻地擺在我們的面前，一條是政治文明下法治的市場經濟道路，一條是權貴資本主義的道路，在這兩條道路的交戰中，後者的來勢咄咄逼人。我們必須清醒地認識這種潮流對於我們民族前途和未來的威脅。在我看來，克服這種危險的唯一途徑，在於朝野上下共同努力，切實推進改革，建設公正法治的市場經濟……經濟和政治改革的遲滯，造成了兩方面的嚴重後果，第一，中國經濟繼續沿著依靠資本和其他資源投入驅動的粗放增長方式一路狂奔，引發了一系列社會和經濟問題；第二，設租和尋租活動，以及隨之而來的貪污腐敗、貧富差別擴大和社會失范愈演愈烈，這些，都引起社會各界人士的強烈不滿。」
後來的國史記錄者應當會如實記載——在30年中國改革的後半程，中國的學者一直保持著對制度改革滯後的警惕與批判。當然，變革的阻力之大、進展之緩慢，實在讓人深感迷茫。
正在發生的歷史都好似霧裡看花，卻又像在一個清晰的輪迴中苦苦掙扎。正如吳敬璉在2004~2006年的大論戰中就已經預言到的，由於沒有改變經濟增長的模式——「過熱、調控、降溫、速度下降，下一個階段又重新出現可能就不能避免。」2007年以後的中國經濟又進入了這樣的循環中，不可遏制的發展衝動，讓所有的觀察家都驚詫不已。先是股市的迅速升溫，上證指數在2005年的6月跌到了令人絕望的998.22點，接著就在放量流動性的支持下轉頭上攻，2006年11月重返2000點，然後一路高歌，到2007年的8月23日一舉突破5000點大關，中國股市總市值超過日本，成為全球第二。同樣炙手可熱的是樓市，很多城市的房價都漲了一倍，甚至兩到三倍。
與此同時，一個「幽靈」也重新歸來，它就是自1994年以後就從未再見過的通貨膨脹。生豬的出欄價格從2006年的6元/公斤猛然上漲，到2008年年初竟達到了20元/公斤的高位，民間驚叫之聲四起。在2007年7月，居民消費價格指數（CPI）同比上漲5.6%，突破了溫和通脹的界限，2008年2月、3月、4月更突破上升8%的中度通脹的界限。中央政府於2008年年初宣佈進行宏觀調控，猛然收緊銀根，央行在短短100天時間裡連續5次升息，試圖讓過熱的經濟快速降溫。
與此相關的一個政策是，中央宣佈從2008年1月1日起，執行《中華人民共和國勞動合同法》，對企業解僱員工提出了非常嚴苛的規定。
在經濟理論界，宏觀調控政策似乎沒有引起什麼爭論，儘管有人對緊縮的力度提出了一些異議。而《勞動合同法》則引發不小的爭論，在很多人看來，這是政府將用工成本的提高全部轉嫁到了企業頭上。不過，誰也沒有料到，2008年的中國將發生非常戲劇化的驟變。
在年初，除了一些憂心忡忡的經濟學家，許多官員乃至百姓都認為這將是一個充滿了玫瑰色的年份，中國的改革開放事業進入了第30個年頭——可謂是進入了「而立之年」，而在8月8日，將於北京舉辦全球矚目的夏季奧運會。在熱烈的氛圍中，百年復興和「大國崛起」成了一個令人無比亢奮的主旋律。作為一個自始至終參與了改革全歷程的重要經濟學家之一，吳敬璉又成了媒體追逐和報道的對象。
就在新年到來不久的2008年1月12日，在北京大學光華管理學院院長張維迎的主持下，發生了一個戲劇性的場面：有10年時間未曾同台的兩個老對手——吳敬璉和厲以寧出現在第十屆北大光華新年論壇上，主持人將兩位79歲的老者，連同80歲的茅於軾教授同時請上講台，共同探討30年來的成就得失。
這是一次很有意味的聚會，在主持人的追問下，他們各自陳述了對30年改革事業的不同理解。
主持人問：30年中最讓他們感覺滿意的三項改革分別是什麼。
吳敬璉將三次中共中央的會議視為改革史上的三個轉折點：「第一是1984年的十二屆三中全會，明確了商品經濟是改革的目標；第二是1994年的十四屆三中全會，開始了市場經濟的整體性改革；第三是1997年的中共第十五次全國代表大會，確立了以公有制為主體、多種所有制經濟共同發展的基本經濟制度的改革。」
厲以寧說：「第一個是農村的家庭承包制，它打破從前人民公社下大一統農業的情況；第二個大成績是20世紀80年代中後期開始的國有企業的股份制改革，中國有了證券市場；第三個是民營經濟的興起。」
主持人又問，30年中最讓他們感覺遺憾或者說沒有達到理想預期的三項改革分別是什麼。
厲以寧先答，他說：「一是城鄉二元體制基本上沒有觸動，農民收入增長緩慢；，二是在國有企業改革中，行業壟斷沒有消除；三是因為財政困難或者其他原因，社會保障制度推行得極慢。」
吳敬璉的答案是：「社會保障制度不健全，產權制度改革沒有到位和法治建設問題。」
這兩位重量級的經濟學家儘管在很多方面有不小分歧，不過在一點上卻達成了共識，那就是，改革開放30年中，最大的遺憾是社會保障制度改革的失敗，在日後的很多場合，他們一再表達了同樣的意見。與厲以寧相比，吳敬璉的表述更具有批判性，他說：「它的原因我看還不是什麼財政困難，而是部門從自己的工作方便、從自己的權利、從自己的利益著眼太多，所以願意保持舊體制，所以使它遲遲不能實現。」
吳敬璉與厲以寧的這次北大對話，引起了傳媒很大的關注。這兩個同齡同籍的江蘇人，從1947年起就有了生命的第一次交集，在後來的數十年中，多次展開了劍拔弩張的論戰，他們的每一次分歧，都是中國經濟前行中的關鍵時刻。吳敬璉說：「我跟老厲在這個問題（中國股市）上的爭論已經很長時間了。我們要提倡一種風氣，經濟學家所秉持的原則是思想自由、學術獨立，所以應該要形成一種氛圍，使得各種不同的意見，為了一個目標，就是為了推進改革，為了建立一個法治的市場經濟，為了振興中華。」
在後來的一年裡，為了紀念改革開放30年，國內各家媒體都進行了報道，開展了一系列的評選活動。《中國企業家》發起評選「30年最具貢獻的十位經濟學家」，最終，吳敬璉以67.14%的得票率位列第一，剛剛出任世界銀行副行長、首席經濟學家的林毅夫緊隨其後，厲以寧位列第三。在那段喜慶氣息很濃的日子裡，幾乎所有前來採訪吳敬璉的記者都喜歡多得一些「總結」、「經驗」，然而老先生卻似乎沒有滿足大家願望的意思。他說：「我對中國的發展前景，一方面持謹慎的樂觀態度，另一方面又常常有危機感。由於受到某些社會力量的阻礙和反對，改革形勢有可能出現逆轉。」
這當然是一個非常嚴厲的告誡。在2008年4月號的《小康》雜誌上，他是如此表述的：「這種阻礙和反對主要來自兩個方面，一方面，由於某些在轉型期中憑借特權受益的既得利益者的干擾，使得一些重要的改革受到阻礙或者遭到扭曲，從而使腐敗等權貴資本主義的現象愈演愈烈；另一方面，一些改革開放前舊體制和舊路線的維護者利用這種情勢忽悠大眾，把他們引向反改革開放的方向。如果他們相互為用，扭轉改革的大方向，就有可能造成大好形勢的逆轉。」
與90年代的那個意氣風發的吳敬璉相比，進入21世紀之後的他顯得越來越焦慮和「不合時宜」。「中國的改革會好嗎？」這個問號在他的眼中似乎變得越來越大。這位具有人文氣質和道德勇氣的經濟學家再次引用10年前曾引述過的《雙城記》中的那段開篇語，「這是一個最好的年代，也是一個最壞的年代」，我們這裡的季節，「既是希望的春天，也是失望的冬天，我們前途無量，同時也感到希望渺茫，我們一起奔向天堂，我們全又走向另一個方向」。