針對吳敬璉提出的「早期增長模式是一條被證明走不通的老路」，厲以寧反駁說，中國在新中國成立初期確實經歷過一輪重化工業的集中發展，但是那一輪「重型化」並非建立在真實消費需求基礎之上，在結構上存在很大缺陷。自20世紀90年代中期以來，在經歷了輕工業的高速發展之後，中國的「二次重工化」開始顯露端倪。這裡面既有「由輕到重」的客觀規律起作用，又體現了產業發展本身對設備更新改造的真實需求。
厲以寧的演講一經刊出，當即被媒體定義為新一場「吳厲之爭」。新浪網特地做了一個專題，還貼了一個小調查，讓網民投票「吳厲之爭你贊同誰」。不過，吳敬璉並沒有對厲以寧的批評做正面回應。在一兩個月後全國政協經濟委員會討論吳敬璉《「十一五」時期（2006~2010年）必須認真解決工業化道路和增長模式的問題》的發言稿時（厲以寧也是這個委員會的副主任），他們之間也沒有發生交鋒。
如果說，吳敬璉與厲以寧之間的分歧還屬於隔空交火的話，那麼在2005年7月的「中國發展高層論壇」上，樊綱則對吳敬璉進行了面對面的反駁。
吳敬璉首先在演講中重申了他對傳統工業化道路的批評，提出了轉變增長模式的必要性，提出了7個方面的問題：不能揚長避短，有效率地配置資源；放鬆技術創新和提高效率的努力；擠佔用於發展服務業的資源；造成水、土、煤、電、油及其他資源的高度緊張；破壞生態環境；增加解決就業問題的難度；隱含著銀行壞賬增加的金融風險。他認為，粗放的經濟增長方式不徹底改觀，資源約束的問題不解決，宏觀經濟過熱的問題很難解決，「這就是為什麼每當我們GDP增長率達到年增長9%以上，很快就需要停下來調整的原因。與此同時，服務業在GDP當中的比重卻並沒有提高。於是我們就出現這樣的情況：在這個很長的價值鏈裡面，我們主要從事的就是附加價值最低、利潤率最低的加工部分。所以就有一句話：我們消耗了大量不可再生資源，承受著環境污染，背負著『傾銷』的惡名，利潤的大頭卻不在我們自己手裡」。
樊綱的觀點與吳敬璉不盡相同，他在演講中說：「我們需要向高新產業發展，這毫無疑問。但是在發展高新產業的同時，在相當長的一個時期——二三十年，甚至是三四十年裡，為了中國幾億農民的就業，我們還不能放棄傳統產業，不能放棄勞動密集型，甚至不能放棄資源密集型的行業。」
樊綱立論的基點是中國的就業問題。他認為，從長期看，中國首要的問題是如何實現發展的均衡，如何保持社會的穩定，如何解決「三農」問題，否則中國經濟社會就會崩潰，經濟增長也不會持續。而所有這些問題說到底就是中國從農業社會向工業社會轉型的問題。他說：「最大的挑戰就是2.5億至3億農民的轉移和就業問題。怎麼能創造這些就業呢？我想有一條，就是中國人什麼都得做。傳統產業裡的重化工業也得做。重化工業不做，這一塊的就業如果到別的地方去了，對我們不利。」
在會後接受媒體採訪時，樊綱更加直言不諱：「在我看來，如果有什麼新型工業化的話，對於中國來說，應該首先就是所有產業都要搞！中國人太多了，不搞不行。但要採取更好的制度，盡可能利用較新的技術來搞，比如現在可以用新信息技術來改造傳統產業，而不是這也不搞那也不搞。你只有可以論證不搞這不搞那也能解決中國幾億農民的就業與收入平等的問題，你的理論才是可信的。」
在當時理論界不盡同意吳敬璉觀點的除了厲以寧和樊綱之外，還有著名的發展經濟學專家林毅夫和外貿專家龍永圖。2005年1月25日，北京大學中國經濟研究中心召開「新世紀中國經濟發展戰略圓桌討論會」，林毅夫邀請吳敬璉作主題發言，龍永圖為主要評論人。龍永圖在評論吳敬璉的發言時指出：「我國只能老老實實再走10年年加工貿易路，再為外國公司打工打上20年。」林毅夫則從「比較優勢學說」立論。在他看來，中國勞動力過剩，應當更關注勞動密集型而不是資本密集型產業的發展。「在中國這樣一個勞動力相對豐富的發展中國家，推行比較優勢戰略還能通過發展勞動密集型產業使勞動者得到充分就業，工資水平隨著勞動力由相當豐富變為相對稀缺而不斷提高，廣大的勞動者因而可以從經濟的增長中不斷受益。因此，與發展重化工業的趕超戰略相比，比較優勢戰略更能實現公平與效率的統一。」
這次圓桌會議，是學者之間的一次平和而深入的學術探討。吳敬璉在回答時說，他並不是要求取消我國勞動密集型的出口加工企業，但是也不能永遠停留在目前這種外資拿走90%的價值，中國人只拿到5%~10%甚至更低的狀態。現代比較優勢學說看重的是動態的比較優勢。經過改革開放以來的發展，中國的技術力量已經有了很大增強，一些加工企業完全有可能延伸自己的產業鏈，從研發、設計、品牌營銷、供應鏈管理、售後服務等方面提高產品的附加值。
在一年多的時間裡，吳敬璉不放過任何一個宣傳自己觀點的機會，如此「布道」使他看起來更像是一個傳道士。然而這位銀髮長者一邊說，一邊卻發現，越來越多的地方政府把快速實現當地GDP和財政收入高增長的法寶押在了產值大、利稅高的「重型化」上。他的警告似乎並沒有得到足夠的重視，反對的力量以及因此而產生的利益實在太過強大，它以不容分說的囊括之勢，把他的聲音全然沖淡。
2005年9月28日，清華大學公共管理學院召開了一個產業發展國際研討會上，吳敬璉是第一個演講者，題目是《中國重工業及化工產業的發展》。細心的《南方週末》記者鄧瑾記錄了現場的一個細節：「離研討會開始還有一刻鐘。75歲的吳敬璉走到會場一側的投影儀前，不斷校正，希望有一個最好的展示效果。儘管當天的研討會規模不大，而且與會的近20名專家中有一半來自日本和美國，吳敬璉仍然非常重視。」
在半小時的演講裡，吳敬璉再一次論證了中國的工業化道路應該轉向技術和效率導向的內生型增長（新型工業化道路／新增長模式），而不是繼續依賴過去靠資金和資源高投入的粗放型增長。這就需要建立一個有利於技術進步和效率提高的體制，而這個體制建立的關鍵又在於政府自身的改革，即政府能否從為自己帶來權力和利益的資源配置中退出，讓位於市場。
在這次研討會的間隙，吳敬璉對上前採訪的鄧瑾說：「現在關於中國重化工業以及經濟增長模式的討論並沒有達到應該有的深度和高度。」他顯得有點急切，甚至建議《南方週末》就此展開深入的討論。鄧瑾在題為《一個人的「傳教」》的報道中寫道：「吳積極參與辯論，當他的觀點遭到許多學者的質疑後，他一一回應。然而令他無奈的是，之後就鮮有人接他的招了。所以他希望有辯論，更熱烈的辯論。」
也是在清華演講的兩個月後，吳敬璉出版了他的新著《中國增長模式抉擇》。在開卷導論的第一段，他就明白寫道：「現在呈獻給讀者的這本書，並非在書齋中披閱前賢論著、靜心進行學術探索的產物，而純然是為了回答我國現實經濟生活中提出的實際問題作理論和政策研討得出的結果。」
儘管此書是為現實所做，吳敬璉還是秉持了嚴謹的研究風格，完成了一部學術性很強的論著。在書中，他將早期經濟增長與現代經濟增長進行了理論上的比較，提出了新中國工業化建設的成就與問題，進而論證了走新型工業化道路的必要性與可能性。
讓吳敬璉稍感欣慰的是，在這場曠日長久的論戰中，他儘管不無「孤獨」，卻也不是「一個人在戰鬥」。一些學者，其中包括參加起草「十一五建議」的中央財經領導小組辦公室副主任劉鶴和「十一五規劃」的主要起草人、國家發改委副秘書長楊偉民以及社科院經濟研究所的發展問題專家張平等，都對《中國增長模式抉擇》一書給予了很高的評價，認為該書對「十一五」規劃的制定起了重要的「導向作用」。這一著作同時也獲得了「首屆全國信息化研究成果·特別貢獻獎」、發展經濟學大師張培剛的「張培剛發展經濟學優秀成果獎」等多個獎項。
學者專家以及規劃官員之間的認真討論最終還是結出了成果。到2005年年底，眾說紛紜的增長方式之爭塵埃落定。
10月18日，新華社受權播發《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第十一個五年規劃的建議》。《建議》指出，我國正處於改革的攻堅階段，在「十一五」時期，應當「以轉變政府職能和深化企業、財稅、金融等改革為重點，加快完善社會主義市場經濟體制，形成有利於轉變增長方式、促進全面協調可持續發展的機制」。2006年3月，全國人民代表大會通過了《中華人民共和國國民經濟和社會發展第十一個五年規劃綱要》。這個《規劃綱要》指出，「必須加快轉變經濟增長方式」，「加快建設資源節約型、環境友好型社會，促進經濟發展與人口、資源、環境相協調。推動國民經濟和社會信息化，切實走新型工業化道路」。為此，「十一五規劃」提出了六個「立足」：
——立足擴大國內需求推動發展，把擴大國內需求特別是消費需求作為基本立足點，促使經濟增長由主要依靠投資和出口拉動向消費與投資、內需與外需協調拉動轉變。
——立足優化產業結構推動發展，把調整經濟結構作為主線，促使經濟增長由主要依靠工業帶動和數量擴張帶動向三次產業協同帶動和結構優化升級帶動轉變。
——立足節約資源保護環境推動發展，把促進經濟增長方式根本轉變作為著力點，促使經濟增長由主要依靠增加資源投入帶動向主要依靠提高資源利用效率帶動轉變。
——立足增強自主創新能力推動發展，把增強自主創新能力作為國家戰略，促使經濟增長由主要依靠資金和物質要素投入帶動向主要依靠科技進步和人力資本帶動轉變。
——立足深化改革開放推動發展，把改革開放作為動力，促使經濟增長由某些領域相當程度上依靠行政干預推動向在國家宏觀調控下更大程度發揮市場配置資源基礎性作用轉變。
——立足以人為本推動發展，把提高人民生活水平作為根本出發點和落腳點，促使發展由偏重於增加物質財富向更加注重促進人的全面發展和經濟社會的協調發展轉變。
雖然「轉變經濟增長方式」（2007年10月舉行的「十七大」將「轉變增長方式」的提法改為「轉變經濟發展方式」）、「優化產業結構」、「走新型工業化道路」等口號都寫入了黨和政府的文件，但是吳敬璉對此並不盲目樂觀。正像他在2003~2005年的討論中多次說過的，從第九個五年計劃起，中國領導就要求「轉變經濟增長方式」，但是一直收效甚微。其原因蓋在於現行體制：一方面，增長方式的轉變存在著「體制性障礙」另一方面，能夠支持和鼓勵創新創業活動的政經體制和經營環境還沒有建起來。
因此，中共中央所提出的「以轉變政府職能和深化企業、財稅、金融等改革為重點，加快完善社會主義市場經濟體制」的任務，就成為能否順利轉變經濟發展方式的關鍵點。
在《中國增長模式抉擇》一書的最後一節，他一如多年所堅持的那樣認為：「轉變經濟增長模式最終取決於政府自身改革的成效……關鍵中的關鍵，乃是轉變政府職能，建設法治下的有限政府和有效政府。」他寫道：「由於政府改革的實質是政府的自我革命，而自我革命往往是比較困難的，對於在舊體制中有種種權力和利益的人來說就更困難。但是，我們只能堅定不移地推進政府自身的改革，因為這一任務能否完成，將最終決定市場化改革和經濟增長方式轉變的關鍵。」
接著我們將會看到，事態的發展仍然曲折坎坷。