對於中國本輪現代化變革，吳敬璉有自己的時間表。
在他看來，1994年之前，中國的改革主戰場在國有體制之外，是所謂的「增量改革」。之後隨著整體改革方案的實施，改革的主要對像轉變為體制內的諸多領域。東亞金融風暴之後，特別是2001年中國正式加入世界貿易組織，市場化經濟改革的主軸似乎已不可逆轉。但是，經濟改革的「大關」還沒有過，要過「大關」，主要涉及國有經濟和法治等政治層面的改革，所以，改革戰場就應該進一步拓展。20多年前，當中國改革開放剛剛起步之際，那個被邀請來京「傳經」的波蘭經濟學家布魯斯所告誡過的那段話在此時「應驗」了——「經濟體制改革要以社會體制改革為條件，必須從制度上採取措施，才能保證不再回到舊軌道上去。歸根結底，改革是政治和社會問題。」
在晚年的口述史中，吳敬璉說，進入21世紀之後，他主要關注兩個命題：一是如何建立一個公正、法治的現代社會，一是中國經濟增長模式的抉擇。也是從此之後，他繼「吳市場」之後又有了一個新的稱號——「吳法治」。
2002年入秋，吳敬璉和江平在上海創建上海經濟與法律研究所。
江平出生於1930年，與吳敬璉同齡，他曾任中國政法大學校長、七屆全國人大法律委員會副主任委員，與謝懷和梅仲協兩先生一起被譽為「中國民法三傑」，是新中國刑法學和民法學的奠基人之一。吳敬璉自述，他與江平原本並不相熟。2001年盛夏，中央領導邀請數十位有傑出貢獻的學者去北戴河度假，江澤民在期間接見了大家。吳敬璉和江平均在此列。「就是在這次休養的時候，我與周南，江平及他的夫人都在一起，我們就討論了經濟學與法學的話題。以前，我跟他幾乎沒有來往，只知道他是法學界非常出名的人物。沒有想到，我們的觀點竟非常一致，都認為應當在經濟學和法學之間架一座橋樑，使經濟性方面的改革和法律方面的改革能夠肩並肩地向前推進。於是，就著手籌辦了一個經濟學與法學的研究所。」
在吳敬璉的思想史上，這是繼20世紀70年代初期與顧准在勞改隊裡推研希臘文明之後，又一次把自己的視野拓展到了經濟學專業之外的範疇。
經濟學家離政治應該有多遠？在中國，這是一個問題。亞里士多德稱人為「政治動物」，因為在他看來，「政治」一詞與「城邦」（polis）同源，每個人都是城邦的產物，勢必關心並參與城邦的公共事務，正是人的社會屬性決定了他「政治動物」的本質。曾經與顧准深入鑽研過希臘城邦制度的吳敬璉當然對這一論述非常熟悉。不過，在相當長的時間裡，吳敬璉——儘管他一度在「政治心臟」中南海工作——試圖把政治與經濟分開來思考。在90年代末期之前，吳敬璉的經濟學見解是學術而溫和的。
正是由於對人性善惡交織共生的複雜性有深刻的體認，吳敬璉從沒有在自己的理論和方案中，對秩序和變動、理想和現實等形成對照的選項作出簡單的選擇，有時，他的態度甚至比較曖昧。而這種猶豫也正是轉型期經濟學家們的特徵與魅力所在。他信奉有限度的、逐步實現的平等原則和市場化取向，為此，他願意在兩難之間尋找一條更為穩妥的道路。所以，在無數份政策建議中，他一般不會拘泥於門戶之見，而願意採取一種更加務實的態度，博採各家之長。例如在80年代初期的政策爭論中，他一方面堅決支持改革派提出的商品經濟（市場經濟）改革目標，另一方面認為在改革問題上比較保守的人們抑制需求、降低速度、改善產業結構的主張是有道理的。而這也正是一些自詡為堅定的改革派的人們不滿他的地方。在他們看來，吳敬璉是一個「改革派中的保守派，新人中的舊人」。
然而，隨著中國經濟改革的整體框架既定，然後權力卻頑強地不肯退出微觀經濟領域，一些國有企業也不願放棄壟斷地位，這樣，舊體制的種種固疾也被固化甚至放大。吳敬璉日益意識到，既得利益和機會主義的固化，特權和壟斷，官僚依賴型的管制，對社會成本和環境的透支，使得中國的經濟繁榮往往脫離不了畸形的影子。人們渴望繁榮，但不是非理性、寡頭化、權貴依賴型的繁榮。正是在這樣的時代背景下，要真正建成現代市場經濟制度，如何重建公正與法治成為中國社會面臨的最大挑戰。
這裡涉及到兩大命題，一是政府的職能與角色，二是市場經濟體系的完善。而要予以解答和建設，必須從法律和經濟兩個層面同時推進。
2000年6月17日，吳敬璉在西安參加「中國經濟50人論壇」的一個研討會，做了題為《新形勢下政府體制改革的總體目標》的主題報告。這是一份深思熟慮後提出的改革策略書。２
他在開場白中就說：「改革搞了20多年，我們對經濟改革的目標和途徑的認識已經比較清楚了。但是，對於政府改革的基本思路，研究得並不是那麼透徹……迄今為止，政府體制改革還停留在一些比較表面的、極其有限的目標之上。這就好像我們在20世紀80年代初期對待經濟改革那樣，僅僅是感覺到了存在的問題。」
吳敬璉進而分析政府體制問題的根源，他認為，「我們的政府體制需要改革，根本的問題在於，目前仍然在起作用的列寧的社會主義政治體制模式遇到了我們在經濟改革中建立起來的市場經濟體制的挑戰」。經過20多年的改革，中國社會的經濟基礎已經發生了根本性的改變。列寧的「國家辛迪加」已經為多種所有制經濟共同發展所代替，社會主義市場經濟體制正在形成，然而政治體制仍然大體保持列寧、斯大林時的模式，而這一套以行政命令為主，直接對社會經濟活動進行全面干預的體制是與利益主體多元化的市場經濟不相銜接的。這就導致社會上層建築與它的經濟基礎之間的矛盾衝突。他引用鄧小平在1986年9月的話說：「不搞政治體制改革，經濟體制改革難於貫徹。」
在論文中，吳敬璉說，未來政府體制或政治體制的基本框架已經明確，政治上層建築方面的目標是實現社會主義民主，文化上層建築方面的目標是實現高度文明，但是應當更加具體：什麼是社會主義民主制度的基本架構？需要對它作出正面的界定。現有的一種界定是，它集中表現為人民代表大會制度。如果是這樣，對於什麼是人民代表大會制度、如何改善人民代表大會制度，保證人民群眾通過一整套機制行使當家做主的權利，使國家意志反映多數人的意志，同時確保少數人的合法權益不受侵犯，也需要有具體的設計。
吳敬璉的聲音不是孤獨的，10多年前與他一起設計經濟體制方案的學者們也在做同樣的思考。
在2000年第3期的《經濟社會體制比較》上，時任美國馬裡蘭大學經濟學教授的錢穎一發表《市場與法治》一文，提出市場經濟有「現代與傳統」、「好與壞」之分。錢分析認為，在當前世界上，宣稱實行市場經濟的國家佔了絕大多數，但是建立起規範、現代的市場的國家並不多，原來實行計劃經濟的國家進行市場化轉軌，弄得不好，也往往掉進壞的市場經濟的陷阱。錢穎一還總結了傳統的或者說壞的市場經濟的若干特點，其中之一就是「對經濟人和其產權而言，政府（或國家）不受制度的約束。比如，政府可以隨意增加稅種，提高稅率；又比如政府可以任意干預經濟活動，限制交易。這就導致經濟實體的產權得不到制度保障，從而易受政府的侵犯」。關於好的市場經濟，錢穎一的定義是「建立在公正、透明的遊戲規則之上的，即法治的市場經濟」。
吳敬璉對錢穎一的觀點非常欣賞，他在一篇文章中說：「一部分人，包括我自己，曾經天真地認為，只要建立市場經濟就好了，不管是什麼樣的市場經濟都能保證經濟的昌盛和人民的幸福。但實際情況並不是這樣，市場經濟是有好壞之分的。」
他尤其認同錢穎一將「法治」（ruleoflaw）」與「法制」（rulebylaw）區別開來的做法。在他看來，「立刀之制」與「有水之治」實在有天壤之別，前者指的是「用法律作為工具去統治老百姓」，後者則是「法律高於一切，所有人都要受法律的制約」。在1957年之後，反對「人治」、主張「法治」被說成是「右派言論」，所以在中國只能講「法制」，而不能講「法治」。此後的很多年裡，在發表演講或接受採訪時，講到「法治的市場經濟」，他必特意強調是「有水之治」，而非「立刀之制」。
在口述史中，他還講了兩則軼事。在「十五大」報告提出「建設社會主義法治國家」的口號後，錢穎一從美國給他打電話說，新華社播發的新聞稿中，把「法治」（ruleoflaw）錯翻成了「rulebylaw」，造成了不好的影響，請他向領導反映，要求改正。另外有一次，吳敬璉在中央電視台做了一套節目，其中談及「法治」，可是電視台在配字幕的時候，把「法治」打成「法制」了。他當即給編輯去電，要求改正。第二天第二輯節目播出，法治又打成了「立刀之制」。他只好再去電詢問，編輯答覆說，本台規矩很嚴，字典上沒有的詞組一律不得使用，他查了新華字典，上面只有「法制」一詞，而沒有「法治」。吳敬璉聽罷，只好徒呼奈何。
2001年11月15日，為了準備「十六大」，吳敬璉參加由總書記江澤民主持召開的一次理論座談會，遞交了一篇書面發言稿《全面建設社會主義市場經濟體系》，繼續從建設市場經濟的角度，陳述他對政府體制改革的觀點。他建議：「當前特別需要強調以下三個理論觀點：一，社會主義經濟是建立在多種所有制共同發展基礎上的市場經濟；二，它是追求社會公正和共同富裕的市場經濟；三，它是法治的市場經濟。」
接著，他提出為「建立社會主義法治國家」，需要抓緊做好幾項基礎性工作：
（1）在幹部和群眾，特別是各級領導幹部中樹立法治觀念。法治觀念是當代先進文化的一個重要組成部分。它意味著體現基本正義的法律體系，首先是憲法，高於所有人的意志，政府和政府官員的權力也要由它界定，受它的約束。