那段時間裡，有關方面正在隆重紀念中國證券市場恢復10週年，歌頌和總結的文章正層出不窮。《財經》對基金業的揭黑以及吳敬璉的呼應，無疑讓部分管理高層人士很不舒服。吳敬璉多年的學術搭檔周小川於2000年2月剛剛調任證監會主席，他提出「資本市場要在規範的基礎上發展」，而一些人則對此攻擊說，「規範，規範，再規範，就會搞垮中國資本市場」。日後吳敬璉回顧自己之所以挺身直言時說，「《財經》發表《基金黑幕》之後，公眾表達了極大的關切和義憤，但揭開還是摀住黑幕的交鋒還處在對峙之中，人們便期待著經濟學家的聲音。在這種情況下，我接受了中央台的採訪」。
中央台的節目播出後，在全國產生了震動性的效應。在接下來的幾天裡，吳敬璉連續接受了多家媒體的採訪。在與《南方週末》記者陳濤的對話中，他頗為激烈地說：「在某些政府官員和國有企業領導人看來，證券市場的功能就是為獲准上市的企業圈錢解困。對於另一些懂得金融市場交易特性，又有某種權力背景的人來說，則把它看作一個可以進行違法違規操作而不會受到懲罰，從而從中小投資者（他們往往被某些人輕蔑地看作可以任意宰割的『股民』）口袋裡大把掏錢的良好場所……內幕交易、操縱市場等坑害中小投資者的活動愈演愈烈，以致簡直成了市場活動的常規，證券報刊的習慣用語。中小證券投資者對這種情況看在眼裡，卻無能為力。他們鬱積於胸間的憤懣之情，只要看看《基金黑幕》發表以後投資者在網上發表的言論，就可見一斑。同時，不止一篇良心未泯而又勇於仗義執言的證券業從業人員揭露黑幕的文章，也印證了受害的中小投資者所言非虛。」
吳敬璉的參與讓「基金黑幕事件」頓時升溫。12月4日，證監會主席周小川接受採訪，表示歡迎媒體對證券業、資本市場發表意見，對於調查屬實、確有證據的違規行為一定給予依法處理。據後來的調查結果顯示，10家基金公司中，除了兩家，其餘均被發現存在「異常交易行為」。
吳敬璉的勇敢和率直讓他的聲望達到了頂峰。在此之前，在公眾的心目中，他是一個居於廟堂之上的「體制設計者」，而此刻，作為一個公共知識分子的吳敬璉出現了。
2000年12月，中央電視台第一次評選「CCTV中國經濟年度人物」，由100位經濟學家和50位知名財經記者共同組成的評選委員會選出了10位表現最活躍的「年度人物」，他們是吳敬璉、柳傳志、田溯寧、梁定邦、彭作義、周厚健、張瑞敏、張宏偉、求伯軍和王石，在10位當選人中，吳敬璉唯一以學者的身份入選，並獲得了「年度人物」第一名的大獎，在網絡票選中他遙遙領先，排在「人氣排行榜」首位。
在獲獎者專訪中，主持人問白髮蒼蒼的吳敬璉：「我們曾經把冰心老人稱作是『中國文壇的良心』，那麼現在也有人把您稱作是『中國經濟界的良心』。在今天的中國社會中，『經濟』這兩個字無處不在。大家都在講錢，都在講創造財富和盈利，良心這兩個字有什麼用處？」後者答道，「中國老話就有：君子愛財，取之有道。市場經濟它需要一個人和人之間的信任關係，沒有這樣一種信任關係，如果靠爾虞我詐是發展不到現代市場經濟的。」在專訪的最後，主持人頗有感慨地說：「舊的一年過去，好在我們把良心留下了。我們也許不需要諾貝爾經濟學獎，但我們需要敢講真話、講實話的經濟學家。」
12月29日，《中國青年報》刊登了記者潘園對吳敬璉的專訪，題目是《改革：我們正在過大關》。吳敬璉直言，「我感到不滿足的是，1984年以後一些方面的改革仍然進展太慢」。
他說：「十二屆三中全會確定了改革的基本道路。其後的黨代表會議要求在『七五』（1986~1990年）期間建立起商品經濟的基本框架。這個任務沒有完成。1993年十四屆三中全會要求在本世紀末初步建立社會主義市場經濟體制。從那時到現在，市場經濟體制建設有了很大進步。但是市場經濟的有些重要架構，例如現代金融體系，還有待建立。阻礙改革推進得更快的一個因素是舊的意識形態的障礙，但更重要的是某些既得利益集團不願意放棄既得利益。」
在這段時期的文章和言論中，吳敬璉一再提及「既得利益集團」和「權貴資本主義」這兩個名詞，這在幾年前是罕見的。他認為，「改革確實會帶來痛苦，但這些痛苦並非都來自改革自身，而是來自改革以外的東西。其中有些是不可避免的，有些是人為的，不客氣地說，有人就是要在裡面攪，想渾水摸魚」。
他對記者談到，在我看來，現在存在兩種錯誤的傾向——有人打著「維護社會主義」的旗號來打擊改革；也有人打著「改革」的旗號來反對改革。改革的阻力既來自舊觀念，更來自既得利益。而與改革背道而馳的既得利益，有的產生於舊的計劃經濟體制，也有的來自前期不規範的改革。例如，在規範化的基礎上發展證券市場要求，就受到一些人的反對，說這是「打擊新生事物」。有些人說這種話的原因是不瞭解經濟學的道理和事情的真相，但是，也有些人對事情本身是知道得很清楚的，他們這樣說，只是因為代表著一種利益。這種打著「改革」的旗號反對改革的說法和做法危害甚大。第一，它延緩了建立規範化市場經濟的進程。第二，使受到這類不正常行為損害的人們誤以為這種不正常狀態是改革帶來的，從而產生對改革的反感和對立的情緒。而這些人正是我們要為之尋求公平的對象。
在解釋什麼是「改革的大關」時，吳敬璉是這樣回答的：「現在改革的大關還沒有過，就是因為體制未改的國有部門還支配著一些重要資源的主要部分。這是當前許多困擾我們的經濟問題的一個總的根源。」
據此，他提出了「目前在經濟改革方面需要重點解決的四個問題」：
其一，按照「三個有利於」的判斷標準調整所有制結構；其二，盡快解決私營企業的國民待遇問題；其三，市場經濟的支持性系統亟待建立，主要是金融系統的市場化程度很低；其四，要確立公正透明的遊戲規則，要確立法治。要使老百姓知道自己擁有哪些權利，並使他們有足夠的手段來維護自己的權利。要讓官員在法律規定的範圍內，依照法律行使自己的職權，並受到法律的監督。
就在《中國青年報》的文章刊出的第二天，12月30日，中央電視台的《對話》節目為吳敬璉做了一個專場，主題是《感受吳敬璉》。這是全國觀眾第一次在電視屏幕上看到一位真實的中國經濟學家。吳敬璉的形象和表現符合他們對「經濟學家」的某種想像：一位溫和的儒雅長者，充滿了智慧和責任感，面對公眾時稍稍有點拘謹。
主持人沈冰問：「我不知道吳老師您在參加那個頒獎晚會（指剛剛舉辦過的年度經濟人物頒獎晚會）的時候，是一種什麼樣的心情？有沒有想到有一天作為一個學者也能夠站在聚光燈下？」吳敬璉很誠實地回答說：「像我們這種當老師的或者做研究工作的碰到這種場面有點手足無措，完全沒有思想準備，怎麼會在點擊率上得了那麼高的票數？」
主持人問：「那您覺得您為什麼人氣會這麼旺呢？」吳答：「也許是一個很不好的現象的折射，普通的大眾投資者聲音太小，他們說話的舞台缺乏……也許至少歲數大一點，也許可以說得更多一點。對於我們來說這是一個經濟學家的本分。」
接下來提到了「基金黑幕」。主持人問：「對於這樣一個事情，您為什麼一定要站出來說呢？」吳答：「我一聽說我們的電視台和一些報刊想要請我們經濟界和經濟學界的一些人發表意見，但是他們都有很大的顧慮，我覺得這是非常不正常的。」問：「您那個時候有顧慮嗎？」答：「馬克思說過，利益會把仇神招到戰場上來，這是意料中的事，斷人財路嘛。你選擇了這個職業，你是經濟學家嘛。我們經常說，經濟學是一種實證的科學，就是說，它首先要回答的問題是『它是什麼』，這是經濟學家的基本職業道德。」
在觀眾提問環節中，問：「咱們國家現在全面炒股，這種情況，對國民生活將會帶來什麼影響？」
吳答：「資本市場要擴大，應該要吸引越來越多的人進行直接投資，應該說是好的現象。但是全民炒股，講的就不是投資了，我看是不正常的。這說明我們沒有為我們的大眾，提供一個好的投資機會……我們沒有給我們的大眾準備這樣好的投資場所，所以他只有在股市裡面看漲落，希望通過這個能夠得到回報。炒作過程中，賺錢的人賺的是誰的錢呢？他不是在生產發展中創造財富得來的錢，而是從別人的口袋裡轉到他的口袋裡，靠這個炒作來讓一個民族富起來，這就像拔著自己的頭髮要離開地球一樣，是不可能的。美國有個經濟學家叫加爾佈雷思，他說美國人特別健忘，20年前被崩盤咬了一口，過了20年又忘了。我們這個忘性更大，幾個月就忘了。」
《北京青年報》的一個記者談了她對吳敬璉的感受：「我第一次接觸吳敬璉教授是在1991年。那時候我大學剛畢業去採訪他，以後上『兩會』，每年我都在人民大會堂的台階上見著他被記者圍追堵截的那個情況，我對他的印象是：他的嘴對著領袖的耳朵，但他的腳站在百姓的中間。」這段話在現場激起了一陣經久不息的掌聲。
吳敬璉看上去非常靦腆和謙遜，他顯然不習慣這種熱烈的、被追捧的場面。這時，他談到了顧准：「首先我要說我不是先知先覺，這兩天好多人都問我你怎麼先知先覺，早就知道這個網絡要崩盤，我只不過是注意各種事情，另外用經濟學理論去分析各種現象，如此而已。我自己在相當長的時候，可以說一直到『文化大革命』的晚期吧，才稍微懂得了一點道理。我的老師、朋友顧准說的，要像一把冷冰冰的解剖刀那樣去解剖這個社會經濟關係。」
這是一場充滿了溫馨氣息的電視訪談節目，女主持人現場播放了一段交響樂，吳敬璉馬上聽出，這是捷克作曲家貝多伊齊·斯美塔那交響詩套曲《我的祖國》的第二樂章《沃爾塔瓦河》。他告訴觀眾，和老師孫冶方特別喜歡雄壯、戰鬥的貝多芬不同，他更喜歡「舒緩一些的音樂」，比如莫扎特，「我喜歡他的鋼琴奏鳴曲，因為我們這種職業常常處於激烈的辯論，而且這種激烈的辯論，它常常又有利益的背景，所以它就比較緊張。莫扎特對人類的善意，能夠讓你平靜下來，從人性的角度說，莫扎特很有深度……他對這種人性的解釋，我覺得非常能夠使自己心平氣和起來。有的時候在什麼辯論會上，不管是經濟學家吵架還是跟領導激烈辯論，這種時候打開來聽一聽。」
節目的最後，細心的沈冰發現，「吳老師的生日就是在1月24日，也就是我們國家的農曆初一。」她代表欄目組和全國觀眾，將一盤斯美塔娜的《我的祖國》音樂片送給了吳敬璉。
這一節目在觀眾中引起了熱烈的反響，但是也有人批評說：這個節目吹捧了一個人（指吳敬璉），這個人又吹捧了另一個人（指顧准），應該停播。看來吳敬璉是犯了某些人的忌諱了。
2000年12月31日，吳敬璉是在書桌前度過的。在過去的一段時間，他一直在編輯一部作品集，書名是《改革：我們正在過大關》。現在，校訂已經完成，初步決定下一年開春交由三聯書店出版。在2000年的最後一天，他坐下來寫了一篇序言。近段時期傳媒對他的讚頌和嘉獎，以及前一天錄影現場的其樂融融，似乎都沒有讓他的心情變得輕快，相反竟還有點黯淡。
他寫道：「當我在2000年年初著手編這本集子時，心情確實有幾分沉悶和沮喪……從經濟資源配置的角度看，可以說改革的『大關』還沒有過。特別使人沮喪的是，我們不得不繼續談論5年前我就已提出的問題，例如國有企業的低效率，日益猖獗的腐敗，經濟關係的混亂與失范，改革過程中財產再分配的嚴重不公，以及金融詐騙、股市泡沫、公權不彰、法治不行等等。」
從1950年春天進入南京金陵大學經濟系求學至今，吳敬璉在經濟學領域已經浸淫了整整50年，他由一個青澀的激進青年成長為中國著名的經濟學家，可是，他對自己滿意嗎？
在序言中，他竟有點自責地寫道：「經濟學在改革中的作用發揮得怎麼樣？我總感到，在這迫切需要經濟學家發揮自己的聰明才智去推動改革前進和在改革過程中盡力保護大眾利益的時候，我們做得很不夠。這固然有社會環境方面的原因，也與我們自身的努力不夠有關。所謂努力不夠，有兩方面的表現，一方面是學識方面的……另一方面的缺點，則是沒有能夠在改革這一巨大社會變革中實現自己作為社會良知的職能。」
他寫完這段文字的時候，當然不會料到，序言中的很多內容將很快面臨考驗。
書房之外，一場更猛烈，已然醞釀生成的風暴正在不遠處等待著他。