2000年1月24日，是吳敬璉70歲壽辰。
早在一年前，他的朋輩和弟子們就開始籌劃祝賀之事。當時吳敬璉正在匈牙利布達佩斯高等研究院學術訪問，他發回電子郵件表示，「大家的心意我是很感激的，但不要搞對我個人的歌功頌德，最好的形式是大家聚在一起，對我們共同的改革事業（不是個人的成就）作一次系統的回顧和展望」。經過討論，朋友們同意以舉辦學術研討會來表達對他的敬意，同時出版一部經濟論文集，來紀念他在半個世紀中的辛勤耕耘。
這場研討會是在2月26日召開的。據時任國家體改辦副主任的李劍閣回憶：「來自學界、政界和企業界的賓朋滿座，盛況空前。代表各個學術流派和各種觀點的與會演講者不僅發表了高水平的論文，進行了無拘無束的深入討論，而且以真摯感人的語言，對吳敬璉的道德和文章作出了恰當的評價。會議氣氛濃烈，會後人們的心情仍然久久不能平靜。」
就在這場祝壽研討會的7天後，3月4日，吳敬璉突然扮演了一個「黑色預言家」的角色。當時正在召開全國「兩會」，這一天，身為全國政協常委的吳敬璉在一次與記者的即興談話中，對如火如荼的網絡經濟發表了自己的感想。他說：「目前香港和內地都在炒作網絡股，它對高新技術產業利少弊多，傳媒最好不要推波助瀾。」他認為，「在中國，現在上市的網絡股沒有幾個是真正意義上的網絡股。」沒有想到，他的這一講話引來了證券界和網絡界人士的強烈反擊。
這已經不是吳敬璉第一次在公開場合抨擊中國資本市場的混亂現象。早在去年的全國「兩會」上，他就對記者抱怨說：「在規範的證券市場上，一般有兩個渠道可以來錢，一個是投資回報，另一個來源靠價差，價差就是錢在幾個人的口袋裡轉，在規則不健全的情況下，很容易出問題。中國證券市場發展到現在這個樣子，根本就不是一個有投資價值的場所。由於制度不規範，股市由少數有權力、有後台的所謂『莊家』支配，他們賺的概率很高，一般的投資者，就是給人墊背。」當時，吳敬璉還提出了一個倡議，他說：我向諸位媒介呼籲，我們能不能來一點小革命，把「股民」這個詞革掉。我非常反感傳媒用「股民」這個詞。什麼叫股民？他是股東，他是「東家」。在中國的語彙裡，因為長期的封建社會，這個「民」，相對應是「官」，意思就是低人一等，這個不是市場經濟的概念，市場經濟一定要樹立一個概念，這個股東，他是「東家」，而「不是可以任意魚肉的小民」。
吳敬璉當然不是第一個對股市提出批評的人，他想要把「股東」和「股民」分開來的建議，在很多人聽來也就是經濟學家愛嚼字眼兒的表現，因而，並沒有引起很大的關注。可是，這次不同了，因為他把矛頭直接對準了股市上炒作「互聯網概念」的行為。他舉例說，最近股價暴漲的上海梅林，其實是做食品的，只不過有一個網址可以在網上買賣，就把它與新經濟連起來，這未免太過勉強。最後他用一種很懇切的口吻說：「中國的新經濟八字還沒有一撇呢，與其臨淵羨魚，不如退而結網。」
吳敬璉的這段話好像在一盆正熊熊燃燒的火焰上，兜頭澆下了一瓢冷水，當即濺出四射的火星。第二天，各大媒體及門戶網站都發出了新聞：「經濟學家吳敬璉給網絡股潑冷水。」
在當時許多人看來，吳敬璉的言論顯然是不合時宜的。進入20世紀90年代以後，互聯網技術從實驗室走了出來，日漸成為一個勃然興旺的新經濟。在之前的10年裡，它讓美國重新回到了全球經濟領頭羊的地位。就在1999年12月，主要以互聯網公司股票構成的美國納斯達克綜合指數正逼近5000點，而在1998年7月它才剛剛跨越了2000點大關，市場的繁榮把人們對互聯網的熱情推到了沸騰的高度。在中國國內，新浪、搜狐和網易等門戶網站如日中天，一個新的時代似乎剛剛拉開了華麗的帷幕。
可是，吳敬璉偏偏要說這個「帷幕」上爬滿了跳蚤，他的言論遭到了嘲笑和批駁。有人為「泡沫」歡呼，說「沒有泡沫的啤酒不是好啤酒」。兩位網絡觀察家撰文反擊，並在網上放了一個10萬字的資料，號召大家起來批駁吳敬璉的「泡沫論」。在論戰中，甚至連他70歲的年齡也被拿來當話題，年輕人們用嘲諷的口吻寫道，「未來屬於你們，也屬於我們，但歸根到底屬於我們……知會並要求您上一上互聯網，來與我們共同感受大時代濤聲的澎湃！」2000年3月9日，納斯達克指數赫然突破5000點，舉世一派歡騰，吳敬璉的聲音愈發顯得好笑和荒唐。
這位倔強的經濟學家決定應戰。他很快寫出了《互聯網：要發展還是要泡沫》一文。他直言：「有人說，股市泡沫有利於高技術產業的發展，在『新經濟』的時代，網絡股的泡沫不會破滅，我不能同意這種看法。」吳敬璉不但不反對中國發展高新科技產業——包括互聯網產業，還是一個不折不扣的「發燒友」。他反對的是資本市場中的炒作行為，「對於不強調真抓實幹，而是爆炒『高科技』、『網絡股』等概念以吸引大眾跟風入市，促成股價上升，就不能不懷疑醉翁另有他意了」。進而，他對美國當下的網絡熱也提出了自己的警告，「最近9年來，在信息產業、基因工程等高技術產業的帶動下，美國經濟持續高漲，股價也一直在上升。這引起了一些經濟學家的擔心，因為按照過去的規律，長時期的高速增長預示著通貨膨脹的爆發和金融市場的崩潰……當前美國經濟既有『新經濟』的內容，也存在『泡沫』的成分。」
3月17日，中國發行量最大的時政週報《南方週末》刊發了吳敬璉的這篇文章，不過題目被改成了更具有刺激性的、在他看來有點邏輯不通的《要制度還是要泡沫》。同時，報紙也配發了網絡觀察家方興東和姜奇平的反駁文章《致吳先生：別給網絡潑冷水》。他們針鋒相對地寫道：「吳先生的觀點，有將新經濟與網絡股割裂之嫌……不能割裂經濟整體與風險資本市場的內在聯繫，把部分網絡股公司的淘汰，直接等同於泡沫。而且現在給美國的『大多數公司』判處死刑，更是過於輕率。」
這場論戰頓時濺起漫天喧嘩，各路媒體進行了連篇累牘的追蹤報道。這也是吳敬璉第一次與政界和經濟理論界之外的人士展開論戰，而且他的對手竟是他無比呵護和喜愛的年輕人，這讓他不免有點沮喪。在他看來，網絡經濟當然應該大力鼓吹，但是，現在的人們把「網絡經濟的發展」和「網絡泡沫的膨脹」等同在了一起，這是讓他無法接受的，而更糟糕的是，那些與他爭論的年輕人們也總是把這兩件事攪在一起。他對助手柳紅說，這是一場莫須有的「論戰」，讓大眾圍觀這樣的「論戰」，實在是一種浪費。
4月13日，新浪在納斯達克股票市場正式掛牌交易，融資6000萬美元，國內輿論為之雀躍歡騰。然而，幾乎就在同時，一個不可思議的事情突然發生了：從4月起，一直高傲地一路上飆的納市在毫無預兆的情形下突然調頭下墜，綜合指數在半年內從最高的5132點跌去四成，8.5萬億美元的公司市值蒸發，這個數值超過了除美國之外世界上任何國家的年收入。經濟學家斯蒂格利茨用黯淡語調評論，「泡沫破滅了，經濟陷入了衰退，這種結果的發生是無法避免的——建立在虛假根基之上的喧囂的90年代，最終將走向終結」。
就這樣，吳敬璉又一次「不幸而言中」。這位不久前還被認定「落伍」了的經濟學家，「意外」地成了一個準確預言了全球網絡破滅的「黑衣魔術師」。
5月12日，吳敬璉參加高新技術產業國際周的活動，作完演講後，當即被記者團團圍住。人們十分好奇的是，他到底是在哪只「水晶球」裡看到了網絡泡沫即將破滅的景象？吳敬璉的回答似乎沒有完全滿足他們的好奇，他似乎仍然沉浸在兩個月前的那場爭論中，他說，「有人說，新經濟和舊經濟完全不一樣了，你們那些經濟學家和那些經濟學沒有用了，現在叫做注意力經濟、眼球經濟，只要吸引眼球移動就一定能成功，這個我不相信。我並沒有給網絡潑冷水，我是給熱炒網絡股潑冷水。」
2000年，對於70歲的吳敬璉來說是難忘的一年，正是在這一年，他的影響力超出了其所研究的經濟學專業領域，成為一個廣受矚目的公眾人物。年初，他因為預言網絡泡沫的破滅而成了一個「明星預言家」。到年底，他又因一個重大事件而站在了公眾輿論的「風暴眼」中。
10月，《財經》雜誌刊登了一組封面調查《基金黑幕》，將中國股市中的「基金神話」一下子刺破了。這個「說真話的孩子」是一個28歲的無名小卒趙瑜綱，他是上海證券交易所監察部的研究人員，為了對基金管理的現狀做一個例行的調研，他以1999年8月9日到2000年4月28日為區間，對國內10家基金管理公司旗下的22個證券投資基金進行了追蹤，將它們在上海證券市場上大宗股票交易的匯總記錄細緻分析，寫出了《基金行為分析》和《基金風格及其評價》兩份報告。就是在這兩份報告中，趙瑜綱披露了投資基金大量的違規、違法操作事實。報告是在5月份形成的，很快就以非正式的方式流傳到了社會上，並最終落到了被證券界一些人稱為「最危險的女人」、《財經》雜誌主編胡舒立的手上，在她的堅持下，《財經》以選編的方式刊發了趙瑜綱的報告。
此文一出，頓時平地掀起千重巨浪。10月16日，被點名的10家基金管理公司聯合發表聲明，指斥《基金黑幕》一文以聳人聽聞的形式刊發頗多不實之詞和偏頗之論，它們自稱：「中國的基金公司已經是國內監管最嚴格、制度最完善、透明度最高的投資機構之一，《基金黑幕》依據的資料數據採樣不準確，研究方法不科學，對基金的交易行為的判斷與事實嚴重不符。該報告的作者和《財經》嚴重違背了新聞客觀、公正的職業操守，對中國基金業兩年來的試點成果給予全盤否定，是可忍孰不可忍。」10家基金公司因此強烈表示要追究作者和媒體的誹謗責任。被質疑職業操守的胡舒立毫不退縮，她當即在3家證券報上發表聲明，稱《基金黑幕》資料具有正當來源和可靠依據，符合客觀、公正的事業原則。
當時，國內經濟學界一片噤聲，而眾多的財經媒體或因利害關係或因真相未明而不置一詞，輿論一時間空前壓抑。就在基金公司發表聲明的10多天後，10月29日，吳敬璉接受中央電視台《經濟半小時》記者的採訪，談了他對「基金黑幕」的看法。
吳敬璉說，「第一，10大基金這個聲明說是多處不實，但它沒有舉出來最基本的核心的事實是不實。對倒、倒倉這些活動，我想是《財經》這篇文章最主要的指責、指控。因為這是一個觸及《刑法》的問題……操縱市場是刑事犯罪。第二，怎麼可能10大基金公司共同互保？難道他們之間互相的賬在他們內部都是公開的嗎？他們的操縱行為都是互相知道得一清二楚的嗎？對於經濟學家來說，這是不可想像的。10大公司本來各個之間是競爭對手嘛。而且法律上說他們不能夠串謀來進行交易活動，對不對？在這種情況之下，他們怎麼能夠互相證明呢？如果這個證明是有資格證明的話，那肯定就是說他們在交易活動中完全是共同商量的結果。如果是這樣的話，那不就是違法行為了嗎？」
記者接著追問：「就算是基金管理公司出了一些問題的話，按照您的說法這筆賬應該記到誰的頭上？」
吳敬璉坦率地直指監管當局，他說：「一個市場，如果普遍地違規違法，那就要考慮了。這個環境引誘人們走向違規違法，那麼就是有關當局都應該負有一定的責任。比如說首先是監管機構，然後是司法機構，那都是負有責任的。當然比如說行業的自律，還有我們的傳媒，我們都是有責任的，有的是有行政責任，有的是法律責任，有的人是一種道義責任，包括經濟學家。我們都是一個社會人，在這裡面你是鼓勵讓這個市場正常化起來，你是在保護中小投資者的利益，還是在幫那些違規違法、自己當了暴發戶而把中小投資者套住了、坑了的人，你是站在哪一邊？」