1998年3月19日，北京召開全國「兩會」，朱鎔基當選為新一屆的國務院總理。在隨後的記者招待會上，朱鎔基即席講了一番慷慨激昂、日後常常被人品味的話，他說：「這次九屆全國人大一次會議對我委以重任，我感到任務艱巨，怕辜負人民對我的期望。但是，不管前面是地雷陣還是萬丈深淵，我都將一往無前，義無反顧，鞠躬盡瘁，死而後已。」
「闖地雷陣」和「萬丈深淵」的形容，將中國改革向深度拓進的艱巨性表達無遺。
也是在這次「兩會」上，吳敬璉當選為全國政協常委，並任經濟委員會副主任。
此時此刻，中國經濟正被籠罩在一個巨大的、前所未見的風暴陰影之中，而且這個風暴來自國境之外。
從上一年的春季開始，一些美國的投資家開始在亞洲興風作浪，其中的代表人物是喬治·索羅斯。索羅斯認定亞洲各國的經濟已經整體過熱，貨幣貶值已成事實，於是決定豪賭一場。他領導的量子基金先是瞄準了泰國，開始大肆拋售泰銖，使泰銖對美元匯率劇烈波動，泰國政府動用50億美元外匯儲備和200億美元借款來干預匯市，但是仍不能阻止泰銖的一路下滑，到7月2日，政府被迫宣佈讓匯率自由浮動，一天之內，泰銖大跌20%。在狙擊泰銖得手之後，國際炒家們轉而攻擊馬來西亞、菲律賓、印尼、韓國以及中國香港，所受攻擊的國家和地區均蒙受巨大的金融傷害。這場金融風暴從1997年夏季生成，歷時4個多月，對亞洲各國及地區、對所有的產業都造成了重大的影響，菲律賓、馬來西亞和印尼的中產階級財產分別縮水50%、61%和37%，中國香港、新加坡和泰國的居民資產則跌去了44%、43%和41%。
東亞風暴初起之時，金融市場沒有對外開放的中國內地並未受影響。1997年9月22日，世界銀行在香港召開年會，朱鎔基受邀發表專場演講，他宣稱，「中國將堅持人民幣不貶值的立場，承擔穩定亞洲金融環境的歷史責任」。此言一出，在場的亞洲各國領袖大大吁出一口氣，《遠東經濟評論》說，「中國第一次在全球性的經濟危機中展現了經濟大國的風範」。
吳敬璉回憶，就是在那個時候，決策層似乎還沒有意識到金融風暴對中國影響的嚴重性，財政和貨幣政策仍以從緊為主。他曾多次向領導人建議放鬆銀根。
可是接下來出現的景象完全出乎了人們的預料。進入秋冬之後，亞洲國家中經濟實力最強的韓國和日本竟也被風暴擊倒。9月18日，日本零售業的明星企業八佰伴公司向靜岡縣地方法院申請破產，緊縮效應迅速擴散到所有的產業，最終還引發了政局的動盪。韓國更慘，受到攻擊的韓元在2個多月時間裡瘋狂貶值50%，國家經濟幾乎到了崩潰的邊緣，韓國政府不得不向美日以及國際貨幣基金組織等要求緊急援助，借貸金額為創全球紀錄的550億美元，並被迫承諾實施嚴厲的穩定經濟計劃及降低經濟增長率，經濟自主權一度喪失。在風暴中，全國失業率高達11%，多家大公司相繼宣告破產或陷入絕境。
金融風暴肆虐周邊各國，自然會影響到中國的產業經濟和民眾心態。在全球股市的大跌風潮中，過去頗為活躍的中國股市陷入低迷，上證指數跌落到1000多點的低水平。消費市場更是一派蕭條。經過幾年的宏觀調控，通貨膨脹的壓力日漸釋放，通膨率幾乎下降為零，但是，消費過冷的景象卻同時出現了。根據國家統計局的報告，到1997年中期，全國的工業庫存產品總值超過了3萬億元，出現了「結構性過剩」的現象。朱鎔基在一次國務會議上說，95%的工業品都是供大於求，「東西多了，沒有不多的」。更讓人擔憂的是，1997年的國有企業下崗工人總數達到了創紀錄的1275萬人，其中只有少數找到了新工作。
此刻，擺在決策層面前的是一個無比凶險的棋局：國內經濟出現了1988年之後的又一次大蕭條，而突如其來的金融風暴更是建國以後從未曾遭遇的景象。內外交困，這正是改革開放以來最危險的時刻，吳敬璉在當時的一篇文章中憂心忡忡地寫道：「東亞金融危機的深度和廣度都比原先估計的要嚴重得多，當時我們大家都沒有料到。特別是沒有料到日本的經濟和政治危機是如此深刻……目前國際上議論紛紛，未有定論，我們也需要預作最壞的準備。」
正是在這種「稍有不慎，便可能跌入萬丈深淵」的時刻，朱鎔基展現了一位卓越領導人的智慧與魄力。
1998年的2月，朱鎔基發揮了他當機立斷、雷厲風行的風格，緊急下令執行「積極的財政政策」，首期發行1000億元的國債，投入於基礎設施建設。吳敬璉回憶說：「發行國債是需要人代會通過的，在被批准之前，他下令先列項目單子，不能等了。整個春節，發改委的人完全沒有休息，他們把原來報上來的那些項目重新排隊，趕緊把單子拉出來審查，然後盡快完成立法手續，從速下撥到位。」
吳敬璉對朱鎔基的緊急反應很是贊成，不過他認為，僅僅靠投資拉動顯然是不夠的。對於新中國經濟史瞭然於胸的他深深知道，靠擴大投資來擺脫危機是中國經濟走了很多年的老路，如果僅此一招，也許在短期內會有成效，卻是把矛盾埋在未來。他在給中央的一份咨詢研究報告中寫道，「如只求拉動1998年的增長，不擇手段，大撒大放，將不但不能促進有效率的增長，還將招致嚴重的消極後果」。
所以，擺脫危機的道路，只有靠市場化的改革啟動企業的微觀活力。
4月24日，朱鎔基召集新一屆國務院與全國政協常委會舉辦了對話會，商討國有企業下崗職工再就業的事宜。上千萬的下崗工人成為嚴重的社會問題，不少地方已經發生惡性事件。當時，有關部門形成了一個工作意見，主要的辦法有3條，一是「有計劃」地控制企業裁員；二是在企業建再就業中心，把企業下崗工人收容培訓，再幫助他們找工作；三是嚴格控制農民工進城就業，以便騰出崗位來消化國有企業下崗人員。吳敬璉認為這些辦法都行不通，因為整個宏觀環境在惡化，靠「堵」的辦法無法解決問題。他提出，解決下崗工人問題必須多做「加法」，要把發展中小企業作為開闢新的就業門路的工作重點。政協副主席、全國工商聯主席經叔平引用數據說，在1997年，非公有制企業總共吸納了353萬個國有企業下崗職工，因此，切實為中小企業營造良好的經營環境，才是真正的解決之道。在具體的政策執行上，吳敬璉建議成立國家小企業發展促進局，同時，改善中小企業的融資、供銷、交易等環境，在信貸政策上給予鬆動和支持。原國家工商行政管理局局長劉敏學等也提出了「民營中小企業是國企下崗職工穩流的主渠道」。董輔等學者也表達了類似的意見。
吳敬璉等人的意見當即得到了朱鎔基的首肯，他指示國家經貿委盡快組建中小企業司，以幫助其發展，同時督促各商業銀行對中小企業執行鬆動的放貸政策。吳敬璉日後說，1998年年初的一「放」（放鬆信貸）一「加」（加大對中小企業的扶持），為中國經濟走出困局起了重要作用。
進入6月，連老天爺也來湊熱鬧，長江流域遭受百年一遇的大洪水，29個省市受災，死亡4150人，直接經濟損失2551億元人民幣。當時，全球輿論幾乎異口同聲地宣稱：人民幣如果不貶值，中國經濟將舉步維艱。
就在洪水剛剛退去的時候，6月30日到7月8日期間，吳敬璉南下浙江，行程一千公里，先後在紹興、溫州和義烏等地實地調研。回到北京後，他迅速寫成《對經濟形勢的估量和對策建議》呈報國務院。
在這份報告中，他用驚喜的口吻寫道，我看了一些工廠，找了許多地方幹部和企業負責人談話，我對這些地方的經濟活力雖然聞名已久，但親身瞭解它們的實際表現以後，仍然對其所取得的業績感到驚訝。這些地方成千上萬中小企業的生產發展、產品質量提高速度，以及它們的國際營銷能力使我深受鼓舞。1998年1到5月，溫州市工業增長12%，大大高於全國工業增長的平均水平，浙江省的同志們說，他們完成全省GDP增長10%的計劃沒有大的困難。照我看，其原因就在於廣大具有很強活力的非國有中小企業已經成為浙江省經濟的主力。
在亂雲橫飛之際，吳敬璉的發現無疑給朱鎔基以深刻印象，從而更加堅定了以改革手段扶持中小企業的決心。7月23日，國務院研究室《決策參考》全文刊登吳的這份報告。根據朱鎔基的親自修訂，研究室把吳給朱的信改成編者按放在報告正文的前面，其中寫道：「中小企業所蘊涵的巨大的和有待開發的潛力，顯然是克服當前困難、走向新的高潮所應當依靠的力量，這使我們更加堅定了對我國經濟發展光明前景的信心。」
這期《決策參考》傳到浙江，省裡的領導也非常振奮，因為在過去幾年裡，他們因支持民營中小企業發展而被某些人士認定為「走資本主義道路」，現在，這頂帽子可以摘掉了。
在7月份的這篇報告中，吳敬璉還對當時呼聲很高的「人民幣貶值」一事提出了自己的看法，認為「近期內主動貶值顯然不是時候」。理由是：我國對亞洲各國出口不振，主要的原因並不是人民幣堅挺因而中國商品競爭力相對削弱，而是進口國購買力嚴重不足，人民幣貶值並不能使這方面的狀況有根本改善，反而可能造成經濟上和政治上的不利後果。他給出的建議是，應當改善外貿經營，提高退稅率，增加出口信貸和出口附加值，以及提高產品質量。
在提高國際金融風暴應對能力的同時，中央政府在國內市場方面採取了強有力的政策措施刺激經濟增長。
從1998年到2001年間，當局發行長期建設國債5100億元，各大國有商業銀行發放同等額度的「配套資金」，主要投資於基礎設施，如高速公路、交通、發電和大型水利工程，很快剎住了投資下滑勢頭，同時，中央銀行先後7次降低存貸款利率，增加了貨幣供應。
在擴大投資的同時，各項市場化的改革也迅速推進。吳敬璉認為，最重要的有四項。
一是進一步加快了產權改制，在後來的幾年裡，數十萬家中小國有企業和鄉鎮企業改造為產權清晰、市場導向的民營企業。中央政府一再倡導對中小企業實施寬鬆的金融政策，各省相繼成立了中小企業信貸擔保公司和基金公司。民間投資迅速升溫，1998年之後的4年中，國內民間固定資產投資的平均增幅分別為20.4%、11.8%、22.7%和20.3%。
二是加大對外向型經濟的扶持。國務院相繼出台政策允許民營企業自營出口，大大刺激了外貿的積極性。東亞金融危機後，「亞洲四小龍」經濟元氣大傷，相對而言，未受重傷的中國經濟則出現了「水落石出」的效應，價廉物美的中國商品開始遠征全球，從而催生了「中國製造」的繁榮景象。
三是為了扭轉消費過冷現狀，中央政府決定開放房地產市場。
1998年7月，國務院作出重大決定，黨政機關一律停止實行了40多年的實物分配福利房的做法，推行住房分配貨幣化。幾乎同時，中國人民銀行頒布《個人住房貸款管理辦法》，允許商業銀行開展住房按揭貸款的服務。這兩大措施，直接刺激了房地產業的復甦，從而也拉開了長達10多年的地產熱。由於房地產業有廣泛的關聯度，特別對鋼鐵、水泥等資源性行業有很大的帶動性，確實起到了復甦內需的作用。
四是1997年「十五大」規定的「有進有退、以退為主」的「國有經濟佈局調整」積極進行。
在東亞金融風暴中，日本及韓國很多奉行混業經營模式的大財團相繼陷入困境，特別是韓國大宇集團的破產，給中國以很大的刺激。此後，「抓大」戰略悄然轉軌，國有資本開始從紡織、家電、食品等競爭性領域中次第退出，轉而在資源、能源、重化等所謂戰略性部門形成了主導和壟斷的地位，這些領域中的國有資產進行了大規模的重組，形成了寡頭經營的優勢，這一格局最終在2003年定型。中國的國有企業模式煥然一新，其利其弊，又成了一個爭議性的話題。
在這場大調控中，一些在過去幾年爭論不休的命題在危機面前赫然冰解。
誰也沒有想到，在哀鴻遍地的1998年，中國經濟居然能夠「否極泰來」。正如全球經濟史上一再發生的景像一樣，一次重大的經濟危機往往會伴生出一個經濟強國，在危機四伏的東亞金融風暴中，中國幸運地扮演了這樣一個角色，它不但沒有被擊倒，甚至逆流而上，竟成隆然崛起之勢。正是在這一時期，中國經濟日漸形成了「三駕馬車」——消費、投資和出口，在此後將近10年的時間裡，中國的GDP增長保持在8%的高水平上，而消費者物價指數（CPI）則始終低於3%，走出了一條高成長、低通脹的「完美曲線」。