在國有經濟整體上陷入困境的1994年，新任主管工業工作的副總理吳邦國提出了一個新思考：不可能把幾十萬國有企業都搞好，而只能通過抓好1?000個國有大中企業，把整個國有經濟搞好。於是，確立了國有企業改革「抓大放小」的新思路。對此，經濟學界有更深入的解讀經濟學家馮蘭瑞、何偉、曉亮等提出，要點不在「抓大」，而在「放小」——「要點不在1?000個，而在1?001個」。吳敬璉很贊成這種觀點。他在1995年12月的《改革》雜誌上發表了《放開放活國有小企業》一文，論證「放小」很有可能成為深化國有企業改革的一條新路。
但是，「放小」的道路也很不平坦。
早在1993年十四屆三中全會的《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》中就已經指出，「一般小型國有企業，有的可以實行承包經營、租賃經營，有的可以改組成股份合作制，也可以出售給集體和個人」。但是，在「放小」問題上敢於「第一個吃螃蟹」的地方，例如廣東順德、山東諸城等地，無一不遭到來自傳統意識形態的嚴厲批判。
1996年3月中旬，吳敬璉接到通知，隨同朱鎔基到諸城調研，隨行的有國家體改委副主任洪虎、國家經貿委副主任陳清泰等數十位中央部委的領導，還有兩位經濟學家：吳敬璉和張卓元。正是這次出行，肯定了諸城的做法，同時也引爆了一場激烈的大爭論。
據吳敬璉回憶，朱鎔基去諸城，是聽了張卓元的建議。這一年的開春，朱鎔基要接見中科院的經濟學家左大培，同時邀集社科院副院長王洛林、吳敬璉和社科院經濟研究所所長張卓元三人作陪。左大培堅決反對通貨膨脹，同時大力宣傳新近獲得諾貝爾經濟學獎的羅伯特·盧卡斯的「理性預期」學說，因此引起了朱副總理的關注。不料，開會當日，左大培陰差陽錯受阻於中南海門外，幾個與會者就聊開了。其間，張卓元給朱鎔基提意見說，朱鎔基副總理走到哪裡都說，小企業一賣就好了，我就不相信。張建議朱親自去看一看，然後再作結論。朱說，這個意見好。張進而說，最近吳敬璉編的《改革》雜誌登了對山東諸城的「放小」支持和反對的幾篇文章，可以供你參考。朱當即吩咐秘書，把《改革》送到他那裡，他馬上要出國，在路上看。他要洪虎帶一批人先去諸城調查，自己等回國後就親自去。
諸城是山東省菏澤市轄內的一個縣級市，它的「放小」試驗是從1992年就悄悄開始了的。該市全部150家獨立核算的國有企業，有103家明虧或暗虧，企業負債率平均高達85%。當時擔任市長的是36歲的陳光，他決定把這些企業統統賣給職工。在一次企業改制會上，陳光說，「10年改革，改來改去企業還是躺在政府的懷抱裡。從今天開始，咱兩家的關係變了，變成你註冊我登記，你賺錢我收稅，你發財我高興，你違法我查處，你破產我同情。」在之後的兩年多裡，陳光通過無償轉讓產權、破產等7種形式，將全市272家鄉鎮辦以上國營或集體企業統統都出售給了職工個人，陳光因此得了一個綽號——「陳賣光」。在20世紀90年代初期，各地出售虧損中小國有企業的現象並不罕見，不過陳光做得實在有點絕，因此引起了媒體和理論界的爭議。
朱鎔基回國後，果然帶了國務院各部委的一批人，連同吳敬璉、張卓元等去了諸城。他們一行是3月20日出發的，整整調研了兩天，朱鎔基自始至終一言未發，但是顯然被諸城所取得的成績打動了。3月23日原本要離開去日照，然後回北京，朱鎔基突然決定再看一天，同時下令把山東的省、地、市、局四級幹部叫到諸城來和國務院調查組的人開會。
就在那幾天，國務院直屬的權威經濟報紙，一直在追蹤產權改革動向的《經濟日報》正刊登一組調查報告，有人對一些地方的股份制試驗提出了批評，認為會造成國有資產的流失，如果這是中央的態度，那麼諸城無疑是一個最大的反面典型了。吳敬璉回憶說，由於諸城「放小」引起了很大的爭議，當時支持諸城試驗的山東的黨政領導非常緊張，不知道朱鎔基的想法到底是什麼。
為了準備第二天的會議，從北京來的調查組成員在朱的主持下，連夜開了個內部會，討論對諸城做法的基本評價。會上的意見仍然有分歧，但是大多數人認為諸城的做法基本是成功的，如果全面都能做到這樣，就解決了我們國家的一個大問題。內部會議結束時，朱鎔基指定讓贊同諸城做法的陳清泰和吳敬璉在明天的四級幹部會上作主要發言，其他人可以補充。
3月24日，山東的四級幹部到齊了。陳講了五點意見，吳也講了五點意見，對諸城的做法表示支持，也提了一點具體的改進意見。陳、吳講完後，朱鎔基問國家體改委副主任洪虎的意見。洪虎笑著說，他們兩個人每人講了五點，已經「十全十美」，我完全同意，沒有補充。會議開到這裡，台下的山東幹部們才大大地喘出一口氣。果然，朱鎔基在接下來的講話中表示，採用多種方式搞活小企業，他完全同意。他說，看到諸城的這些成績感到特別高興。他還具體指出股權出售中出現的一些問題，比如，有些企業的管理層持股與職工持股數相差20倍，這還算不算是「集體經濟」？此外，收回來的國有資產款該如何處理和使用等等。不過，朱鎔基在講話中也指出，他不贊同搞什麼「模式」，所以也不要叫「諸城模式」。
朱鎔基的諸城考察很快在中國政界和經濟界不脛而走，從而大大推進了各地的「放小」運動。然而在北京，反對的聲音仍然非常洶湧。大量中小國有企業被出售給私人，當然就有了國有資產流失的嫌疑，而且各地又沒有統一的政策，可以說是各自為戰，亂馬飛奔。
對國情十分瞭解的吳敬璉對此頗有預感。回到北京，他發現，《經濟日報》開始在頭版連載宣傳「諸城模式」的專題報道，對諸城「放小」的評價非常高。他當即給相熟的高級編輯打電話，希望報道口徑謹慎一點，否則可能幫倒忙。可是，報道已經發表了好幾篇，只是到最後一篇時，才加上了一段，說諸城的做法並不是「十全十美」，不要搞一個模式，各地可以創造云云。
諸城考察和《經濟日報》的這組報道，激起了反對者的抗議。一些人士以「萬言書」的方式上告中央，認定這是一次瓜分國有資產、搞私有化的大行動。朱鎔基因此受到空前的壓力。1996年12月，朱鎔基在北京觀看話劇《商鞅》，商鞅以驚人的勇氣掀起秦國的改革，終為頑固派羈絆，車裂而死。據報紙描寫，朱為劇情所動，黯然淚下。
1997年元旦一過，中共中央宣佈將在今年秋冬之際召開中共第十五次代表大會。國務院發展研究中心當即組織班子進行課題研究，確定的重點題目就是「國有經濟的戰略性重組」，吳敬璉領銜出任課題組組長，成員包括張軍擴、劉世錦等十人。吳敬璉確定了課題的兩個方向，一是衝破「國有經濟是公有制的高級形式，是社會主義所必須追求的目標」這類從蘇聯搬來的意識形態教條，實現多種所有制經濟的共同發展，二是大膽利用一切反映社會化生產規模的經營方式和組織形式，對國有經濟進行戰略性改組。
就當吳敬璉等人埋頭於課題報告的同時，政經界的理論交鋒已到了白熱化的地步。他回憶說——
早在1996年年末，就有人以中國社科院的一個正部級研究所——當代中國研究所的機關雜誌《當代思潮》的名義刊發了一篇文章，就是提出了「國有經濟是公有制的高級形式，是社會主義必須追求的目標」這樣的論點，說是「當前主張國有經濟應退出競爭性行業的觀點頗為流行」，如果這種做法得逞，就「將從根本上改變我們國家經濟制度的社會主義性質」。作者認為這些年的改革非但沒有增強國有制，而且它的比重不斷下降，所以這是一種漸進式的私有化，搞這種改革的人是搞資本主義改革，搞這種改革的黨是戈爾巴喬夫式的修正主義黨。這篇文章出籠後，即大量散發，在1997年3月的全國「兩會」上，原本規定不准散發材料的，他們也在那裡發。