2009年8月，行將80歲的吳敬璉在口述史中回顧1993年的那個整體配套改革方案，他評價說，外匯改革最成功，財稅改革其次，國有企業改革再次，社會保障改革最無成效。
關於國有企業改革在早期，居於主導地位的是放權讓利的思路。
早在1991年4月和5月，吳敬璉就連續撰寫《改革傳統經濟體系是搞活大中型企業的根本出路》和《國營大中型企業的困境與出路》兩篇論文，對現行的企業改革放權讓利思路提出了異議。
對於放權讓利，他認為，「從1956年以來一直就存在一種把舊體制的弊病歸為『權力過分集中』，對企業『管得過多，統得過死』，從而把改革簡單等同於『放權讓利』的思路，根據這種思路，通過改革所要建立的經濟體系，就是所謂『用國家計劃來配置資源，引進某些市場因素以調動地方、部門、企業和職工的積極性』的體制」。而多年的實踐證明，根據這一基本思路所進行的企業改革「收效甚微」。
對於放權讓利改革中的最高形式——承包制，他認為存在著「一些根本性的缺陷」，包括「阻礙資源流動、阻礙結構調整」，「承包制下產權結構的安排不利於正確處理國家與企業之間的利益關係」。「因此在我看來，承包制只是在全面改革尚未進行的條件下，為了在指令性計劃的『籠子』裡給企業以一點活動餘地的權益之計，『改進』承包，只能使它的弊害得到某種程度的緩解，而不可能使它得到『完善』。」
此外，對於政府向國有企業進行財稅、信貸上的政策傾斜，他認為這會造成市場競爭的不公平，從而直接傷害到體制外的民營企業，「這種政策實施不久，就因為非國營部門這個我國經濟中最有生氣的部分活力遭到抑制，而使整個國民經濟的衰退遷延而不得不放棄」。
當時，還有人提出用「組建企業集團」的辦法「造出大船好出洋」，讓國有企業靠規模來取勝，吳敬璉斷定這種用行政方式組織起來的大集團肯定將走回到行政性集權的老路上去，「一開始時一哄而上，爾後就會一哄而散」。
當論證了這些辦法都行不通之後，吳敬璉提出了自己的思路：「我們主張在我國搞一種以法人代表公眾持股為主、個人持股為輔的股份公司，以之作為社會主義商品經濟的微觀基礎。」
吳敬璉和大多數中國經濟學家一樣，是贊成用公司制度（在中國又常常稱為「股份制」）改造國有企業的。但是，他對於從1986年開始在全國推行的以國有股為主，包含部分「企業股」和少量個人股，按持股比例分配董事會席位，董事會與經營班子高度重合的「股份制企業」又是不滿意的，認為這種「股份制企業」不符合現代公司的規範，也不可能有效運行。
在這種思想的指導下，1993年，他與錢穎一合作完成《關於公司化》一文，它先是上報了中央全會寫作組，然後又發表於1993年8月24日的《經濟日報》。
在文章中，他們建議國有大中型企業應該加快進行公司化改造，就是「將現有的非公司類型的企業改組成為公司法人組織」，其基本內容包括三個方面：明確公司的法人性質，界定產權關係和建立「公司治理結構」。他在與外國同行的交往中，對各國大企業的企業制度知之甚詳。
吳敬璉回憶說：「當時在全會文件起草組裡領導企業改革調研組的陳清泰認同我們這篇文章的觀點，便寫進了全會以前江澤民在大連國企座談會的講話中去。在全會《決定》（《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》）中，便成了企業改革的新主題。」陳清泰是少有的、由企業一線晉陞上來的高級官員，他曾長期擔任第二汽車製造廠廠長，1988年被評為「首屆全國優秀企業家」。1992年7月，陳清泰抽調到國務院經濟貿易辦公室當副主任，旋即出任國家經濟貿易委員會主管國企改革的副主任。他與吳敬璉一樣，認為承包制弊病很多。
在十四屆三中全會上通過的《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》中，「現代企業制度」這個新名詞非常醒目地出現了，《決定》提出「進一步轉換國有企業經營機制，建立適應市場經濟要求，產權清晰、權責明確、政企分開、管理科學的現代企業制度」。全會結束後的一個月，1993年12月，吳敬璉出版了國內第一部關於公司制度的專著《大中型企業改革：建立現代企業制度》，此書一再重印，並獲得國家圖書獎。
對於1993年中共十四屆三中全會《決定》中論述的國有企業改革那一部分，吳敬璉並不完全滿意，他對此是這樣評價的：「這個綜合方案中也有很大的缺陷，集中表現在國有企業改革上，在1993年的那個文件中，是相當混亂的，你說好的地方，就是提出了現代企業制度的創新；混亂的地方，就是放任，把現代企業制度和擴大企業自主權攪在一起，並不清晰。」
「攪在一起」的原因，還是因為理念不清及爭論不休。
1993年12月，全國人大常委會通過了《公司法》。從1994年起，中央政府開始按照《公司法》在全國推行現代企業制度的試點改革，到年底，國家體改委在全國選擇了31家大型企業進行試點。
就如同分稅制替代了財稅包干制一樣，《公司法》的實施，意味著承包制即將在中國企業改革中走向終結。事實上，早從80年代中期以來，吳敬璉便斷定國有企業必須走產權清晰化的股份制道路，不過，他有一個與厲以寧的股份化理論不完全相同的觀點，就是公司只有確定「能夠在所有者和經營者之間建立起制衡關係的公司治理結構」才能有效運行。吳敬璉和錢穎一在《關於公司化》一文中，用了將近一半的篇幅詳細介紹和論述了一個當時國人還十分生疏的重要概念——公司治理（CorporateGovernance，又稱法人治理結構）。他們指出：「建立公司治理結構的要旨在於明確劃分股東、董事會和經理人員各自的權力、責任和利益，從而形成三者之間的制衡關係。」這就是說，公司必須建立有效的公司治理。
可惜的是，在20世紀後期已成為現代公司制度核心架構的公司治理，在當時的中國還鮮為人知，可否在《決定》中寫進這樣一個並非一句話就能講清楚的外國名詞，就成了問題。幾經折中，寫進文件中作為代替的是四句淺顯明白的話：「產權清晰、權責明確、政企分開、管理科學」。「法人治理結構」這個公司制度的核心概念，直到1999年的中共十五屆四中全會才被採納，第一次出現在《中共中央關於國有企業改革和發展若干重大問題的決定》這一文件之中。
由於當時決策層中仍有不少人堅持認為國有企業改革的主要目標就是擴大企業自主權，對股份制或產權變革不以為然，他們的思想及聲音滲透在很多文件、報告和講話中，因此常常出現講現代企業制度，講著講著就成了「放權讓利」。於是，出現了「只講權責明確、政企分開、管理科學這三句話」，還是「四句話一起講」的爭議，吳敬璉當然支持後者。
在企業一線則出現了操作中的難題。不少企業便把很多相干、不相干的東西都往「現代企業制度」這個籮筐裡亂裝。而能夠在所有者和經營者之間建立起制衡關係的公司治理卻付諸闕如。這樣，新建立的「公司」往往有其名而無其實，更談不上績效的改善。
進入1995年之後，國有企業的經營狀況持續惡化，幾乎到了難以為繼的地步，國務院發展研究中心的一份報告顯示，國有企業的虧損面超過40%。另據國家統計局對天津、哈爾濱、瀋陽、成都等15個大中城市的2600家國有工業企業的調查顯示，這些企業的資產總額為2544億元，負債卻達2007億元，企業負債率平均高達78.9%，與10年前相比，資產增長了4.1倍，債務則增長了8.6倍。
國家顯然已經無力照顧數以百萬計的「親生兒子」們。正是在山窮水盡之處，改革再次「被動」地得到拓進。在總結了前幾年建立「現代企業制度」試點未能取得成功的教訓以後，1999年9月19日至22日召開的中共十五屆四中全會通過了《中共中央關於國有企業改革和發展若干重大問題的決定》，要求改制公司普遍實現股權多元化和建立有效的「法人治理結構」，國有企業（但一般只是集團公司控股的二級企業，而非母公司本身）的公司化改制才算「動真格」的了。