實際上，中共中央和國務院在1993年5月部署「十六條」啟動的應急行動的同時，就已部署一項更有深遠意義的行動：起草一個啟動經濟體制全面改革的綱領性文件。首先，國家體改委組織20位經濟學家在5月份提出了一份《建立社會主義市場經濟體制規劃綱要》。接著，就由中央財經小組辦公室組建了關於建立社會主義市場經濟體制的若干專題調研組和正式文件的起草小組（這份文件後來由11月的中共十四屆三中全會通過，題為《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》）。吳敬璉參加了《綱要》的起草工作。吳敬璉課題組的好幾位成員也應召參加正式文件的起草小組。
真是「皇天不負有心人」，在這樣的形勢下，吳敬璉課題組的多年努力終於有了用武之地。
自1992年的春夏之後，隨著改革形勢的回暖，吳敬璉課題組的成員們加快了研究的進程，各項成果相繼成型。吳敬璉回憶說：「『南方講話』之後，成果就一個一個出來了，每出一個先都是往中央送，一般都是送給中央財經領導小組的辦公室主任曾培炎和十四屆三中全會決定起草十組負責人，由他分送各位決策領導，然後在刊物上陸續發表，不少就發在我主編的《改革》雜誌上。」
由日後匯總出版的《建設市場經濟的總體構想與方案設計》一書可見，他們總共完成了21個項目報告，涉及財政新體制、國有資產管理新體制和國有企業所有權框架、中國貨幣政策、金融體制改革、國家專業銀行改革、人民幣政策、公司化、企業與銀行關係重建、社會保障體制、政府職能定位及轉變、現代國家職能的理論探討等多個層面。這是中國經濟學家第一次整體地思考中國經濟改革的前途，並提出了操作性極強的實施策略，它表明，在經歷了十多年的改革摸索之後，中國學者逐步梳清了改革的路徑和脈絡，也正是從此開始，關於中國改革的爭論，暫時告別了意識形態的分歧，而在實行市場經濟的前提下，進入到了方法論的爭議期。
在這些方案中，最重要的一篇文獻是吳敬璉與周小川執筆完成的《對近中期經濟體制改革的一個整體性設計》。在這份研究報告中，他們提出要在英美式的市場經濟（個人主義的市場經濟）、日本（亞太式）市場經濟（社團主義的市場經濟）、德國式市場經濟（社會市場經濟）之外，建立第四種，也就是「具有中國特色的市場經濟模式」。以此為出發點，他們對重點領域的改革步驟及近中期的改革目標進行了具體的設定。
就在這些方案陸續上呈之際，十四屆三中全會的準備工作開始進行，課題組中的周小川、樓繼偉、郭樹清和李劍閣被徵召進入文件起草組，樓繼偉此時擔任體改委宏觀司司長，李劍閣是經貿委研究室主任，吳敬璉等人完成的多篇報告被印發給起草組作政策參考。
在起草過程中，學者們又發生了一場頗有意味的討論。當時，中國改革已經進行了整整15個年頭，所以，全會要對中國改革戰略的特點進行一次描述，這時，分歧出現了。
當時有相當多的學者認為，中國改革戰略的特點是實行「漸進主義」路線的勝利，正是因為改革的漸進性，才使得中國沒有像前蘇聯和東歐國家那樣陷入困境，相反在改革時期實現了高速增長。這種觀點得到很多人的認同，他們用鄧小平的名言——「摸著石頭過河」、「走一步看一步」為依據。由此，對後一階段的改革提出了「整體漸進，每個階段尋找一兩個突破」的方針。
吳敬璉則不以為然。他的觀點是，將蘇聯、東歐的「休克療法」與「漸進主義」相對起來，以後者為中國改革的主要成功經驗是不恰當的，因為，這種以速度為標準的概括沒有接觸到中國轉型的本質。那麼，中國前15年經濟轉型的本質是什麼呢？吳的答案是：增量改革。
所謂增量改革指的是，中國改革的主要成就不在體制內的存量，而在體制外的增量。
他論述說，從中國改革的實際情況看，在國有經濟的範圍內，15年來基本上只作了一些小的修補，而沒有根本性的變革。以國有企業改革而論，從放權讓利到實行承包制，都是在計劃經濟為主體框架的條件下進行的改良，而事實上，其改革到1981年就已經停滯下來了。但是，中國經濟成長的成就卻是舉世公認的，原因何在？秘密在於體制之外。我們在國有經濟改革停頓不前的情況下，沒有吊死在一棵樹上，而是把改革的主要戰場轉移到了非國有經濟，即農村和涉外經濟方面：一個農村改革，一個對外開放，構成了1980年之後到1993年前後中國改革的特點。
在經濟理論上，吳敬璉認為《短缺經濟學》的作者、哈佛大學和布達佩斯高等研究院的經濟學家亞諾什·科爾內提出了一個「更能觸及事物本質的理論框架」。科爾內論述說，就純粹的形態而言，「後社會主義」的轉型有兩種基本的戰略，其中「戰略A」，或稱有機發展戰略，把最重要的任務確定為創造有利條件，使私有部門得以從下而上地生長起來；「戰略B」，或稱加速私有化戰略，則把最重要的任務確定為盡可能快地通過國有企業私有化消滅國有制。中歐和東歐各國的轉型經濟表明，「戰略A」由於能夠促進資本積累、培育企業家階層和加速市場制度的形成，是一種較為有效的轉型戰略；而「戰略B」卻由於無法做到這一切而不能提高效率，弄得不好還會形成被一小撮寡頭控制的無規則的市場，貽害無窮。
吳敬璉認為，中國前15年改革的本質近似科爾內提出的「戰略A」，他據此分析說：「如果對科爾內的區分標準稍作變通，從著重非國有企業成長，還是著重國有企業改造來分析問題，這一理論框架完全可以用來分析中國改革戰略演變。例如，80年代初期的農村承包制催生了幾千萬個農民的家庭農場，把中國農民天生的企業家精神解放出來；隨之而來像雨後春筍般的鄉鎮企業和私有企業開拓了市場，培育出大批企業家，產生了對於建立有序市場的強烈要求，從而支持國有企業改革走向深入。」
在這一分析的基礎上，他進而還比較了中國與前蘇聯及東歐各國的改革路徑差異。以經濟改革最激進的國家匈牙利為例，它從1968年開始改革，一開始兩年情況還不錯，到1972年前後就遇到了困難，經濟秩序混亂，財政赤字增加，通貨膨脹出現，以後改革在國有部門中進進退退，一直沒能找到出路。東歐的其他各國，如南斯拉夫、波蘭等情況完全類似，改革的主要對象是作為國民經濟主體的國有經濟，而改革過程中，整個國民經濟又要靠它來支撐，這就好比一架舊汽車，既要對它大拆大卸，更新改進，同時又要用它代步，這當然是做不到的。中國與之最大的不同正在於，國有經濟雖然是老牛破車，但並不急於對它大拆大卸，而是做一點小的改善，讓它繼續走著，與此同時，在它之外打造新車。
吳敬璉之所以堅持用「增量改革」，而不是「漸進改革」來描述中國前期改革戰略的特點，要義有二。
其一，以此突出展現中國改革的體制特徵，設定改革的對象與邊界——日後我們將看到，「改革」一詞的寬泛化、對像模糊及被特殊利益集團所利用，的確成為困擾中國現代化進步的一大病症。
其二，明確地指出了未來改革的主要戰場。他認為，增量改革儘管成效顯著，但是也有明顯的缺點，因為經濟體制是一部配置資源的機器，長期在體制外打「外圍戰」會帶來一系列的問題，主要表現在四個方面，一是國有部門的財務狀況日益惡化，國企職工生活水平得不到提高；二是經濟過熱和通貨膨脹壓力經常存在，不時爆發；三是雙重體制並存使腐敗的滋生有一個非常大的體制基礎；四是新舊體制採取的政策不同，使不同地區、不同部門、不同社會集團之間的收入差距擴大。吳敬璉越到後來越認識到，增量改革長期持續必將造成「雙軌制－尋租基礎擴大－權貴資本主義」的衍生軌跡，他在《當代中國經濟改革》一書中描述說：「問題的癥結在於，在『體制外改革優先』的戰略下，經濟已在相當大的程度上貨幣化了，可是在計劃經濟條件下居於統治地位的行政權力仍然干預市場交易；改革使獨立企業得以建立，然而相當大部分的資源，如生產資料、土地、投資和信貸資源仍然掌握在政府手中，用行政方法加以分配。這樣，它就把整個經濟變成尋租活動的巨大溫床。」
由上所述，吳敬璉回到了自己的那個著名的結論：中國改革必須從此走整體改革的路徑。由「增量改革」到「整體改革」，實際上蘊含著這樣的一個宣示：應把改革的對象與重點放在體制之內，使之與蓬勃發展中的、市場化的體制外力量形成制度性的匹配。
吳敬璉的這一主張並不為所有的人所接受。他回憶說：「直到1993年下半年準備中共十四屆三中全會時，決議起草小組專題調查組的一份報告還認為，過去改革搞得好，是因為採取了『整體漸進，階段突破』的方針，今後仍然應當堅持這樣的方針。到全會決議的文件中，才改成後來的提法：『整體推進，重點突破』。」
1993年11月14日，中共中央十四屆三中全會召開，會議通過了《中共中央關於建立社會主義市場經濟體制若干問題的決定》，明確提出「整體推進，重點突破」的新的改革戰略，不只在邊緣地帶進攻，而且要在國有部門打攻堅戰，確保在20世紀末以前初步建立社會主義市場經濟體系。
日後的史家認為，這一《決定》，與1978年十一屆三中全會上所形成的關於經濟改革的《決定》以及1984年十二屆三中全會通過的《關於經濟體制改革的決定》具有相當的延續性，是改革史上的一個重要里程碑，3個「三中全會」，成為前15年中國改革的一個傳奇。
從1994年開始，改革在各個領域整體推進——
建立新的財政稅收體制：將沿用多年的財政包干制改造為新的分稅制，從而改造了中央政府與地方政府的財政及稅收關係，中央集權在宏觀經濟意義上重新確立。
啟動金融——銀行體系的改革：建立了在中央政府領導下獨立執行貨幣政策的中央銀行體制，開始推進現有國有專業銀行的商業化經營和商業銀行的多元化，相繼組建國家開發銀行、進出口信貸銀行和農業發展銀行等政策性銀行。
進行外匯管理體制改革：宣佈取消雙重匯率制，自1994年1月1日起，兩種匯率實行並軌，實行「以市場供求為基礎、單一的、有管理的浮動匯率」，人民幣兌美元的匯率定為8.72元兌1美元，比之前的官方匯率5.7元貶值33%。
推進國有企業的改革：提出建立現代企業制度的要求，1994年7月1日，正式頒布《中華人民共和國公司法》（下稱《公司法》），中國企業步入與國際慣例接軌的規範化管理的時期。
建立新的社會保障制度：實行社會統籌與個人賬戶相結合的城鎮職工養老和醫療保險制度。
這些新政策及新制度的相繼推出，讓中國改革和經濟面貌出現了前所未見的格局。日後，吳敬璉在自己撰寫的大學教科書《當代中國經濟改革》中也以此分界，認定1979年到1993年的中國改革為「增量改革」時期，而之後則進入到了「整體改革」的新階段。
也正是從1994年開始，中國宏觀經濟駛上了一條高速、健康成長的道路，由此創造了連續13年沒有爆發通貨膨脹、年均GDP增長高達9%的經濟奇跡，這段時期堪稱新中國歷史上經濟發展最快的「黃金時間」，也是自1840年鴉片戰爭之後，國民財富積聚最多的「大國崛起」年代。在這期間，中國的經濟總量相繼超過了法國、英國和德國，躍居世界第三。
對照十四屆三中全會的決議與中國經濟體制改革總體設計課題組的報告，可以清晰地看到，前者採納了後者眾多的政策建議及言詞提法，吳敬璉等人苦心孤詣多年所形成的整體配套改革方案無疑起到了「草圖」作用。
作為一位經濟學家，此時的吳敬璉也許真正接近了經世濟民的境界。