在鄧小平南方視察之後，中國經濟再度進入高速成長的週期中，萬馬奔騰，塵埃四起，又忙又亂的景象讓人喜憂參半。
喜則在於，經濟呈現出強勁復甦的態勢，根據國家統計局的數據，1991年全國在建工程約9000億元，到1992年擴大到2.2萬億元，而到1993年前5個月，全國固定資產投資又在上年基礎上增長了69%，這是一個前所未有的數字。中央銀行多發了500億元的鈔票，而各地仍然叫嚷缺錢。到年底，全國國內生產總值首次突破3萬億元。各省的民間企業增長非常喜人，廣東、貴州和湖南是鄉鎮企業產值增長速度最快的3個省份，分別達到了55%、57%和89%。
憂則在於，投資的超速增長正在誘發一系列的相關效應。英國的《經濟學人》在1992年年底的年終稿中便警告說，「1993年的某一個時候，蓬勃發展的中國經濟將會出現危險的過熱勢頭，上一次在1988年，中國幾乎著了火」。上半年，全國生產資料價格總指數上漲44.7%。在供求失衡的情形下，金融秩序也變得有點紛亂，地下錢莊格外活躍，民間的資金拆借利率越來越高，官方利率形同虛設，那些有門道的人如果能以9%的利率從銀行貸到錢，轉手就可以20%，甚至30%的利率倒手出去。
吳敬璉回憶，「在1992年中期到1993年中期長達一年之久的時間中，各方面對宏觀經濟的這種態勢的看法很不一致」。在經濟界和經濟學界，一場論戰再次燃起。
大部分報刊把這場爭論說成是「熱」與「不熱」的爭論，似乎當時只存在兩派：主張「不熱」的改革派和主張「已經過熱」的保守派。可是據吳敬璉的觀察，實際情況要比報刊的說法複雜得多。在中國經濟發展過程中，歷來有一種為許多人接受的觀念，即改革派必定主張GDP高速增長；相對於此的，主張保持經濟穩定、哪怕「犧牲」一點兒速度的人必定是保守派。這一觀點的背後則是一種流行的思考方式，就是把具體的經濟判斷及政策設計和某種政治觀點「攪合」在一起，用意識形態的立場證明自己經濟觀點「政治上正確」。於是，使得「改革」和「保守」的區分變得有很大的隨意性。其實在1992年的中國，一些貌似激進和支持經濟增長的觀點，卻來自南方視察前的保守派人士，而一部分改革者在GDP增長的問題上卻顯得非常的「保守」。前者力圖論證，1992年的「高速度」正是過去三年整頓的結果。相反，那些堅持市場化變革的人則在此時認為，速度應該慢下來，抓住時機，推進改革。
正是在這種錯綜複雜的大背景下，當時主要存在四種不同的觀點。
第一種觀點認為，過熱的原因在於市場化改革推進太快，其潛台詞是，應當放慢改革，加強計劃控制。第二種，同意第一種意見關於已經出現過熱的分析，但和第一種意見恰恰相反，認為出現過熱的根本原因是關鍵部門的改革仍然進行得不夠快。他們主張採取果斷措施穩定經濟和推進改革。第三種，認為經濟發展狀況良好，既保持了高速度，又沒有出現過熱，也不存在通貨膨脹的危險，他們對前一段經濟工作持充分肯定的態度，認為應當繼續當時的做法。第四種，對於改革的推進狀況不甚滿意，但認為經濟增長的形勢喜人。他們認為，通貨膨脹是各國高速成長中的必然伴生物，不應採取緊縮措施，妨礙高速增長勢頭的持續。
第四種意見的代表人物是厲以寧。事實上早在1985年，他在與劉國光等人的論戰中就已經形成了自己關於通貨膨脹的基本觀點。根據他提出的「非均衡理論」，在經濟轉型時期，供不應求是常態，在中國這樣一個發展中國家，經濟的開放和搞活客觀上要求增加貨幣供應量。貨幣供應速度超過經濟增長是經濟本身提出的要求，而且保持貨幣供應有限的超前對經濟增長是一種推動。如果政府抑制需求和限制貨幣供應量，不但不利於經濟的高速增長，並且會損害各方面的利益，招致人們對改革的支持減弱。因此，緊縮的宏觀政策是不可取的。據此，他提出了「順勢療法」和「逆勢療法」兩套方案。前者就是容忍一定時期內適度通貨膨脹的存在，增加經濟活力，切不可採取單純壓縮需求的政策。後者則是採取一切措施先消除通貨膨脹，然後再採取措施使經濟復甦。他當然是支持實行第一套方案的。
為了支持自己的觀點，厲以寧還在1993年年末朱鎔基召開的徵求意見會上，將抑制通貨膨脹和減少失業聯繫在一起考慮。他說：通貨膨脹幾乎使絕大多數人受害，儘管大家都埋怨、都叫苦，但一般不會有人出來帶頭鬧事，他們想，「大家都受害，我何苦出來帶頭呢？」失業則不同，失業只是一部分人受害，他們心理不平衡，矛盾容易激化。如果說通貨膨脹與失業都會引起社會動盪的話，由失業引發社會動盪的可能性更大一些。因此，他認為應當「兩害相權取其輕」，採取「就業優先，兼顧物價穩定」的政策。２
吳敬璉並不認同厲以寧關於通脹與失業的分析。他在同一個座談會上指出，「兩害相權取其輕」的說法，依據的是老凱恩斯主義失業與通膨負相關的「菲利普斯曲線」。這種簡單化的說法，在70年代末80年代初關於「滯漲」的大爭論以後，連新凱恩斯主義者也認為過時。此外，所謂由於通貨膨脹對所有人的損害都是相同的，因而不會導致社會不穩定的說法也無根據，事實上，通貨膨脹是一種具有再分配功能的「惡稅」，它有利於富人而不利於「從手到口」的工薪階層。因此，他的政策取向是，必須迅速採取果斷措施，制止通貨膨脹的蔓延之勢。
從政策的選擇來看，在這次論戰中，專家們的分歧其實在於「邊治邊理」還是「先治後理」。這取決於雙方對通貨膨脹的性質判斷不同。如果認為經濟總量上的平衡對推進改革是重要的前提條件，那麼政府就應該優先治理通貨膨脹而後進行改革。而如果把通貨膨脹理解為轉型經濟的「非均衡」常態的話，那麼有一定的通貨膨脹並非有害，反而有助於經濟增長和改革的推進。根據這一邏輯，政府不應該採取緊縮政策來對待當前的通貨膨脹。
總之，這是改革史上的又一次大論戰，四種意見、幾派人馬交纏在一起，弄得人頭昏腦漲。
在政府層面上，認為經濟已經出現過熱，必須進行宏觀調控，特別是應當大刀闊斧地整頓金融系統的領導人，正是當年在馬洪主持的社科院工業經濟研究所工作過，時任中共中央常委、國務院副總理的朱鎔基。
朱鎔基於1991年從上海市委書記任上調入北京，出任主管經濟的國務院副總理。在上海期間，他以親民和對官員的嚴厲管理而聞名。在口述史中，吳敬璉這樣評論他的這位老相識：「他有兩點是不錯的，一是能夠與人討論問題，也許別人不這麼看，因為我跟他比較熟，可以辯論。很多官員怕他，見到他，本來說得清楚的事突然就忘了。其實，他跟你討論，即使爭論得很厲害，但是並不記仇。我和他在農產品收購政策上有很嚴重的分歧和激烈爭論，但這都不妨礙我們一直保持比較好的關係。他曾說，爭論歸爭論，對人的處理上面，不能夠很隨便。他對有些領導幹部一言不合就整人，很有意見。另外一點，他有時難免主觀，但認準了的事情，一定要幹成，魄力很大。」吳敬璉還對朱鎔基主政12年的「成績單」給出了一個簡短的評價：「我覺得他幹得最漂亮的兩件事，一件就是1993年，用改革的辦法治理了通貨膨脹，一件是在1998年，同樣是用改革的方法應對了東亞金融危機。」
朱鎔基一到北京，就批評有些地方該熱的改革並沒有熱起來，不該熱的——一個是基建投資，一個是股市，則太熱了。可是在當時，舉國上下憋了一股勁兒，曾經熄滅的發展熱情剛剛被南方視察激發出來，在這種全民亢奮的時刻，要求讓經濟「急剎車」，無疑會背負「反對發展是硬道理」的洶洶罵名。
到1993年的四五月間，形勢越來越失控，物價零售指數持續上揚，人民幣兌美元的匯率在半年內貶值了45%，決策層必須對此作出明確的決斷。這時候，又是鄧小平出場，他找最高領導層談話，促使採取措施實現宏觀經濟的穩定。
6月份，中國人民銀行行長換人，由國務院常務副總理朱鎔基親自兼任行長，中共中央和國務院做出了「雙管齊下」的重大決策：一是6月24日下達了中共中央和國務院1993年6號文件：《關於當前經濟情況和加強宏觀調控的意見》（通常稱為「十六條」），整頓金融，緊急「降溫」；二是制定全面改革的方案，執行「整體推進，重點突破」的新改革戰略。
「十六條」帶有強烈的應急色彩，其中包括，提高存款和貸款利率，嚴令專業銀行必須在8月15日之前收回超過限額的貸款和非法拆借的資金，全面削減基本建設投資，重新審查地方批准的經濟開發區，減少20%行政開支等等。國務院派出調研組分赴20個省市，督察金融活動的正當性。
6月，中央電視台《經濟專家論壇》由國家體改委宏觀司副司長李青原主持，邀請吳敬璉和國務院發展研究中心的馬建堂錄製專題節目，對夏季經濟形勢進行了一次電視討論。馬建堂對正在展開的「急剎車」政策進行了解釋。吳敬璉的言論則顯得更為獨立，他一方面表達了對通貨膨脹的擔憂，支持進行宏觀調控，認為「如果群眾的心理狀態穩，政府的措施又正確，兩者配合起來，我估計在今年年底、明年年初能夠把經濟穩定下來」。另一方面，他也明確批評「十六條」的「行政措施力度偏大」。這在當時被不少人認為「過分大膽」。在晚年回顧此事時，他說：「據我理解，經濟學家的正確角色，不應當是『解釋和論證政策』，而是對經濟情況和政策作出獨立的判斷，並告訴政府和公眾。」這個節目在7月份分兩期播出，引起了很大的關注。
在朱鎔基的嚴厲手段之下，「十六條」果然讓過熱的勢頭受到阻止，到10月份，固定資產投資的增長率已從6月份的34%降到了15.6%，生產資料物價指數也隨之快速下降，外匯市場的美元對人民幣兌換率從1︰11.5，回落到1︰8.7。
用行政性的霹靂手段固然能夠使過快的速度慢下來，可是，如果因此讓啟動不久的「改革列車」也停下來，則將是另外一場災難。此時，「雙管齊下」中的另外一面就顯出它的重要性。
在中央電視台的那次電視討論會上，馬建堂對「十六條」進行了一番解讀，隨後，主持人問吳敬璉：「吳教授，您經常給政府提供咨詢，那麼，除了馬建堂講的那幾條措施，如果總理要求您還有什麼其他措施要採取的，您有什麼高見呢？」
吳答：「我想，這次治理整頓要採取三個層次的措施，第一個層次是行政措施；第二個層次是政策調整；第三，也是最深的一個層次是體制改革……當前通貨膨脹最深刻的原因在於3個關鍵部門的體制改革落後，所以，要想釜底抽薪，從根本上解決問題，還是要在改革上下工夫。」
吳敬璉所謂的三個關鍵部門，分別是指財稅體系、金融體系和國有企業。
他的基本思想仍然是——必須堅持以改革促進經濟的持續穩定增長，而在方法上，則應當推動整體配套改革。也正是在那段時期，他和他的同事們呈交於決策層的方略，正是成胎於1986年，再研於1990年，已經磨礪良久的「中國經濟體制改革總體設計方案」。