1991年的春天，北京的政治氣氛仍然緊張，不過，微妙的轉機悄然在南方出現了。
這一年的2月15日至3月22日，上海《解放日報》先後發表3篇署名「皇甫平」的評論，提出要繼續堅持解放思想，敢冒風險，大膽改革，不要再囿於姓「社」姓「資」的詰難。日後人們知道，這組社論是根據鄧小平在上海過春節時的一系列講話精神而寫作的，而在當時，因為它並未標注出思想的來源，文章甫一刊登，便在輿論界掀起喧天大波，引來指責和圍攻。
對時政變化十分敏感的吳敬璉則已經嗅到了新的空氣。1991年5月8日，在一個企業管理人員研討班上，他發言說，「以市場配置為基礎的資源配置方式，是現代經濟唯一有效的協調方式，中國市場取向改革已經越過了臨界點，絕不可能拉回到舊體制去了」。
在晚年的口述史中，他回憶說，在後來的一年多時間裡，他起草了一套改革方案，接辦了一個雜誌，寫了一篇長文，出了一部著作，主持了一場研討會，寫了兩份建言書。
這些工作弦環相扣，無一不在中國當代經濟改革史上留下了濃重的一筆。我們且一一細說之。
改革方案是指「中國經濟改革總體設計方案」。
這一工作其實從1990年就悄然開始了。回望那段時期，吳敬璉並非僅僅只有戰鬥而已，他一方面挺身而出，與「計劃派」展開激烈的論戰，同時，他和他的同事們還沉下心來，開始為接下來的改革道路思考和設計可行性方案。當時的中國，不少人對改革的前途失去了信心，幾乎很少人還在搞什麼研究，吳敬璉和方案辦的幾個同事卻不做如是想。日後他寫道：「我們當時的想法是，雖然從表面上看，中國的經濟改革進入了低潮，但是，由於中國除了改革之外別無出路，高潮終究是會到來的，我們應當利用這一段時間總結過去的經驗，吸收別人的成果，為終將到來的改革高潮作好理論上和方案上的準備。」
這一段話充滿了對改革的堅定，讓人油然想起16年前顧准在臨終前所囑托過的那4個字——「守機待時」。在那段時期，吳敬璉身上的改良主義特質表現得淋漓盡致，他有著毋庸置疑的獨立思考和批判的精神，同時，他的「建構性人格」則讓他總是從積極推進，而非破壞的角度來展望未來的道路。
1990年秋冬之際，就在論戰最激烈的時候，吳敬璉發起組織了一個「中國經濟改革總體設計」課題組，組員為他的老同事張卓元以及一批比他年輕一輩的學者，其中包括周小川、樓繼偉、李劍閣、錢穎一、吳曉靈、謝平、榮敬本、郭樹清等十餘人。他們中的不少人正是1986年的那個配套改革方案起草組的成員。時隔數年後，中國改革的局勢已今非昔比，不過他們仍然不改當年立場，還是以整體配套改革為基本理念，分別從企業、價格、財政、稅制、金融等多個方向進行拓進式的研究，並提出了比較具體的措施和時間表，他們自稱這是「預研究」。日後我們將看到，當改革高潮真的如期而至的時候，這個總體方案起到了決定性的作用，並最終改變了中國改革的路徑。
吳敬璉的這個課題組類似一個民間組織，沒有官方的經費支持。他回憶說，當時中美關係非常緊張，美方背景的福特基金會幾乎無人敢碰，他為了讓課題得以順利進行，便大膽向福特基金會申請，先後獲得了75萬元的研究經費。另外，他也從國家社會科學基金申請了一筆研究經費。他開玩笑說，如果不是後來形勢陡轉，單這一條就夠他和他的同事們背上不小的罪名了。
接辦的一個雜誌，是由經濟學家蔣一葦（1920~1993年）創辦於1988年的《改革》雙月刊。
蔣曾任中科院工業經濟研究所所長，以首倡「企業本位論」而聞名。他的思想頗為開放，一直主張要給企業以自主權，反對「鳥籠經濟」的做法，認為國家應該放棄對國營企業的偏執性傾斜，以更大的包容和寬闊的視野來平等對待不同的所有制經濟，對於國營企業，他的觀點是「吃任何藥都不如不吃藥，不管就活」。他還有一個「黑匣子」論，認為「政府對於企業，可以從外面管，但不要把手伸進裡面去。退一步講，做不到『黑匣子』，至少也該搞成『玻璃匣子』」。他的這些思想在同輩學者中無疑是最為激進的。1985年，蔣一葦退休，轉而出任重慶社會科學院院長，接著便創辦了《改革》。1991年年初，《解放日報》的皇甫平三篇文章刊出後，吳敬璉在一片批判聲中向蔣一葦推薦，在7月份的《改革》雜誌上予以轉載，引起相當轟動，這是唯一的轉載了皇甫平文章的全國性經濟理論刊物。
不久後，蔣一葦被查出患上了癌症，他遍覓國內，認為吳敬璉最適合接管《改革》。他與吳並無私交，於是先是通過馬洪以及薛暮橋之女薛小和做工作，自己也同時親自寫信相邀，言辭中已有「臨終托孤」之意。吳敬璉沒有辦刊經驗，對行政管理也毫無興趣——這一方面，他自認一點兒也沒有繼承母親鄧季惺的辦報基因，因此顯得非常猶豫。
1991年年底，黨中央召開了一次準備十四大的座談會，重疾在身的蔣一葦抱病與會，在講完自己的觀點後，已是虛弱不堪，不得不提前退場，吳敬璉起身相送，臨別時，兩人持手相望，竟是不合，均知這一別就可能是此生永訣。
從1992年第一期起，吳敬璉慨然接過《改革》編務，與蔣一葦合署主編，1993年1月，蔣去世。吳敬璉接手雜誌後，定題組稿，幫助培養一批特約撰稿人，事必親躬，投入巨大精力。在整個90年代，《改革》是中國經濟改革的一個思想重鎮，吳敬璉以及多位學者的最新觀點大多首刊於此，在1998年，經濟理論界最高獎項——孫冶方經濟科學獎授予11篇論文為當年最佳理論文章，其中有5篇出自《改革》，為一時之盛事。吳敬璉可謂不負蔣氏所托，他主編此刊一直到2000年，此後出任名譽主編。
所謂的一篇長文和一部著作，指的是1991年12月發表的長篇論文《論作為資源配置方式的計劃與市場》和幾乎同時出版的《論競爭性市場體制》一書。
這一文一書，是吳敬璉的嘔心瀝血之作，就在與「計劃派」舌辯的同時，他坐下來，用理論的武器全面闡述了他對中國改革的觀點。
《論作為資源配置方式的計劃與市場》是一篇正文加附註約3萬字的長篇論文。吳敬璉以他對計劃經濟體制和市場經濟體制理解的雙重嫻熟，對計劃與市場的經濟關係進行了全面、深刻的論述，它是吳敬璉一生之中最重要的理論檄文之一。
在論文的開篇，吳敬璉就擺出了決辯的姿態。他寫道，自從近一個世紀以前提出公有制經濟的運行問題以來，市場和計劃的關係就幾乎成了社會主義經濟學的「永恆主題」。近年來，我國經濟界又就計劃和市場、計劃調節和市場調節、計劃經濟和市場經濟（商品經濟）的關係等問題反覆進行了熱烈的爭論。撇開語義上的分歧，爭論主要集中在作為稀缺資源的配置方式的計劃和市場之間的關係問題上。
在論文中，他從亞當·斯密和馬克思對市場資源配置機理的闡述開始，分別講述了100多年以來，西方新古典經濟學、列寧主義、斯大林主義和中國經濟學界對此的不同理解和實踐，最終得出分歧的實質和問題的焦點是：「社會主義經濟是否只能按照預定計劃在社會範圍內配置資源，讓主觀編製的指令性計劃成為稀缺資源的主要配置者？」
吳敬璉給出的答案是否定的。他比較了多種經濟運行體制之後總結說：「總之，現代市場經濟無一例外地是有宏觀管理、政府干預或行政指導的市場經濟，或稱『混合經濟』。就是說，這種經濟以市場資源配置方式為基礎，同時引入政府等公共機構通過計劃和政策對經濟活動進行調節。顯然，我國的社會主義有計劃的商品經濟具有與此相類似的運行機制。
最後，他回到中國的經濟現狀，指出「在多種經濟成分並存，非國有成分放得比較活的情況下，想用強化指令性計劃的辦法來加強、支持公有制經濟，恐怕難免落空」，對於惡劣的經濟環境，中國必須靠建立新經濟體制來加以根治，不可能有別的出路。他同時建議說，經過從1988年9月到1989年9月一年的治理，物價漲勢迅速回落，甚至出現了所謂「市場疲軟」的現象，這就給了大步推進改革以十分難得、稍縱即逝的機會。
吳敬璉把這篇長文交給了《中國社會科學》雜誌，編輯部對是否應該發表猶豫再三，最終在經濟編輯室主任韓志國的堅持下，於1991年12月份予以發表。一個值得記載的細節是，整整10年之後，吳敬璉因對資本市場的無序狀態猛烈批判與眾多經濟學家形成對峙，激起了一場轟動一時的大論戰，其中，韓志國就是最主要的反對者之一。