「蘇東劇變」給同樣是社會主義國家的中國帶來了巨大的震驚。在駭然之餘，思想界形成了幾種截然不同的結論，一些人認為，正是因為蘇聯和東歐各國放棄了計劃經濟體制和階級鬥爭學說才導致了今日的政權喪失。這一思潮當然對吳敬璉等改革派人士造成了空前的政治壓力。
1990年的春天，吳敬璉偕周南去英國牛津大學作訪問研究，回國時，途經剛剛合併的聯邦德國以及捷克斯洛伐克、蘇聯。從莫斯科坐火車回北京的路上，他的心情越走越悲觀，國內及國際局勢的變幻讓他更為深入地思考中國的出路。
吳敬璉認為，造成「蘇東劇變」的最深層的原因，乃是由於體制的缺陷和建立在這種體制基礎上的政策失誤。在過去的幾十年裡，雖然有些國家企圖對這種僵化的體制進行改革，建立有生機與活力的社會主義經濟體制，但由於目標不明或方法不對，也沒有能取得成功。這樣，經濟情況愈來愈糟，使人民群眾對社會主義和黨的領導失去了信心。他最終的結論是：中國只有進行改革開放，才能確保社會的進步和國家的長治久安。
就在吳敬璉歸國後不久的1990年7月5日下午，江澤民總書記在中南海勤政殿召開了一次經濟問題座談會，十多位經濟學家應邀出席，其中有薛暮橋、劉國光、蘇星、吳樹青、袁木、許毅、吳敬璉等，總理李鵬和政治局常委喬石在座。吳敬璉與「計劃派」再次當面交戰。
與前一年一樣，許毅還是打頭炮，堅持反對市場化取向的主張。吳敬璉又是第二個發言，他說，你說的那些現象都有，但原因不是改革的市場取向不對和改革「急於求成」，而是市場取向的改革不夠堅決，不夠徹底。「計劃經濟與市場調節相結合」這個口號不妥當，應該明確「市場經濟」的改革取向。
這時，袁木接著吳敬璉的話頭說，中央從來就沒有講過「市場經濟」！吳敬璉提醒他，陳雲1981年就用了「計劃經濟與市場經濟相結合」，鄧小平在接見戒嚴部隊時也講了「計劃經濟和市場經濟」，為什麼這個詞不能用？袁木又說，正式文件裡改成了「計劃經濟與市場調節相結合」，既然正式文件裡沒有就不能用。吳敬璉說，大家都看了鄧小平講話的錄像，既然他都可以這麼說，為什麼我們這麼講就大逆不道了？其間，還有人幾次打斷吳敬璉的話說，「計劃經濟與市場調節相結合」的提法是中央已經定了的，只能討論怎麼結合，不能討論這個提法本身。但在會議主持者的容許下，吳敬璉還是堅持講完了自己的意見。
在這次座談會上，薛暮橋和劉國光也站在市場取向改革的一邊，強調必須堅持十一屆三中全會以來的改革路線，維護市場取向的正確方向，應當恢復十二屆三中全會和「十三大」的提法。而在論戰的對方，除了許毅、袁木之外，全國人大常委會副秘書長、當過《求是》雜誌總編輯的有林也是最活躍的人士之一。
一時間，雙方互不相讓。86歲高齡的薛暮橋情緒十分激動，一度連話也說不清楚了。會後，他給江澤民等中央領導人寫了一封長信，說自己「因年事已高，思維不如過去敏捷，臨時邊想邊說，中間又插話頻繁，該說的沒有說清楚，不需要說的卻說了不少，沒有把自己的意見表達出來，對此內心很不平靜」，於是又把自己的觀點詳盡地講述了一遍，認為必須認清形勢，當機立斷地進行市場化改革。
在信中，薛暮橋也談及了他對「蘇東劇變」的看法，他寫道：「最近大家對『東歐劇變』議論紛紛，我認為，僅僅以資本主義國家推行『和平演變』政策來加以解釋是不夠的，蘇東挫折的主要原因，是因為未作徹底改革，老是跳不出亂物價、軟財政、軟信貸的圈子，這些國家採取對傳統體制修修補補，或者搞一點零敲碎打的改革的做法，至多只能延遲矛盾的爆發，把國民經濟引入慢性危機，而不能求得經濟狀況的根本改善。」
薛暮橋在自己的回憶錄中記載，「這封信在起草過程中得到吳敬璉同志的大力幫助，他對我寫的原稿做了許多修改和補充」。
為了呼應薛暮橋，吳敬璉也繼續頑強地反批評。在1990年11月，他寫出《九十年代中國經濟發展前景》一文，對未來10年的改革進行了戰略性的思考。
針對困難重重的局面，吳敬璉把當時各種政治力量提出的解決之道概括為以下三種方案。
第一種方案，實行行政性的重新集中化，廢止前幾年施行的行政性分權體制，如「財政大包干」等等，取消價格雙軌制，加強中央對稀缺資源的集中控制，把國民經濟的重要部門、重要產品的生產和主要投資置於指令性計劃的控制之下，用行政性手段進行資源的再配置，優化國民經濟結構，實現經濟的穩定發展。
換而言之，就是退回到中央集權的計劃模式。他判斷說，「這種辦法如果能夠實現，是能夠實現短時期的經濟穩定的」。但是，中國的變化將從此非常緩慢，「不能指望依靠它來實現現代化的宏偉目標」。
第二種方案，推進市場取向的改革，盡快取消「雙重體制」，把「社會主義商品經濟」，即「國家調節市場，市場引導企業」的經濟體系初步地建立起來，在強化國家對宏觀經濟總量的控制的同時，充分運用市場競爭的力量來克服現有經濟結構和經濟運轉的種種問題。
第三種方案，大體保持現有的計劃－市場雙重體制以及「財政大包干」、「外貿大包干」、「信貸大包干」、部門承包和企業承包等制度，只在兩個方面做一些改變，一是適當加強中央行政當局和計劃機關的權力，增加指令性計劃的比重，二是對某些不太合理的價格作某些調整，對承包基數和方法作修訂和改進。
吳敬璉認為，合意的是第二種方案，不過他認為被採納的概率很低，他寫到，「雖然一些經濟學家，包括本文作者在內，堅信這是中國經濟擺脫困境、走向繁榮的道路，但是由於思想認識上的原因和10年來已經形成的利益格局，這種想法恐怕很難為人們所接受」。所以，他幾乎無奈地認為，第三種方法——「從政治上說也許是較為可取的。但是中國經濟現實存在的問題則很難由此得到解決。如果繼續保持緊的宏觀經濟政策，則中期經濟不可能有大的起色，而如果採取放鬆貨幣控制的辦法刺激經濟回升，又很容易出現新的一輪擴張——膨脹——緊縮——蕭條的波動。」
在文章的最後，他頗帶期望地寫道，中國的現代化事業要真正成功，「出路在於推進經濟體制的根本改革，較快地建立有宏觀調節的市場經濟體制，在今後的發展中，會有越來越多的經濟專家和領導人認識這一點，因而出現改革開放的新局面」。
寫作此文時的吳敬璉並沒有料想到，他所期盼的「在今後會出現的那個領導人」居然不久就出現了。兩年多後，在他給出的三種方案中，中央政府最終採納的居然不是折中的第三種，而是最具市場化特徵的第二種。
這些當然是後話。至少從1990年前後的公開輿論看來，吳敬璉和薛暮橋等人仍然是孤獨的。
就在勤政殿座談會開後的4個月，1990年11月3日，《北京日報》刊發文章，標題是《中國的改革絕不是完全實行市場經濟》，其核心觀點直奔市場取向派而去。1991年4月，《當代思潮》發表《改革開放可以不問姓「社」姓「資」嗎？》一文，說「不問姓『社』姓『資』，必然把改革開放引向資本主義道路而葬送社會主義事業」。7月，《真理的追求》雜誌發表《重提姓「社」姓「資」》，說「一切不願意做雙重奴隸的中國人，在改革大道上前進時，有責任也有權力問一問姓『社』姓『資』，時刻提防不要偏離改革的方向」。北京一家報紙則發表《當前改革的三個問題》，提出「我們的同志中，有的也在抹殺兩種改革觀的分野，忌言姓『社』姓『資』，更有甚者，在喧騰一時的『全面地、迅速地私有化』的呼聲受到遏制之後，『私有化潛行』論者仍在潛行」。
1990年年底的一天，吳敬璉的老朋友烏家培給他打來電話。在寒暄數語後，烏小心翼翼地詢問說，「你知道最近外面給你起了一個什麼綽號嗎？」吳敬璉茫然地說，「不知道。」烏說，「計委那邊有人說，目前北京經濟學界有三個代表人物，一個是『有計劃』（指有林），一個是『吳市場』，還有一個是『楊承包』（指楊培新）。」
也就是從這時起，「吳市場」這個綽號不脛而走。日後吳敬璉在接受採訪時多次談及，「『吳市場』對我完全不是美稱，當時是很厲害的貶義：『和中央不保持一致』」。