1989年春夏之際，中國發生了一場大動盪。在1989年6月24日結束的中共十三屆四中全會上，62歲的江澤民從上海市委書記的崗位上被選拔出來，當選為新的總書記。
在1989年整個年度裡，經濟發展的速度降到了1978年以來的最低點，銀根緊縮，消費降溫，工廠開工不足，企業大面積倒閉，失業人員增加，資金流通不暢，呈現一派蕭條氣象。
經濟局勢的動盪，使意識形態的爭論變得非常敏感，一些人士擔心私營企業的膨脹發展最終將造成社會主義中國的「變色」，那些針對改革政策的質疑從四面八方射來。《人民日報》記者馬立誠和凌志軍在《交鋒》一書中記錄說，「那些密集的連珠炮似的批評文章滿天飛。這是『文化大革命』結束之後十分罕見的現象。」
就是在這樣的大環境中，幾年前已經塵埃落定的「商品經濟」與「計劃經濟」之爭再次被擺上檯面。
舟至中流，突遇漩渦，去從徘徊，凶險無窮。
在這場充滿了火藥味、決定中國經濟方向的大論戰中，性情溫和的吳敬璉扮演了一個孤膽戰士的角色。
從一開始，吳敬璉就使自己成為一個招致攻擊的「靶子」，他不但捍衛「商品經濟」，甚至還進而提出，應該使用「市場經濟」這個新名詞。
早在1988年年初，廣東省和廣州市經濟研究中心舉辦了一個研討會，提出用「社會主義初級階段的市場經濟」為「社會主義有計劃的商品經濟」正名。中央領導看到有關報告後，讓馬洪組織國務院發展研究中心的人員對此進行一個討論，任務落到吳敬璉身上。3月份，吳敬璉和他的同事胡季寫出專題報告《關於「商品經濟」和「市場經濟」的幾點意見》，對這兩個概念進行了多方面的引證分析。他們認為，「商品經濟」是同自然經濟相對立的一種經濟形式，而「市場經濟」則是與「命令經濟」或「統制經濟」相對立的概念，「市場經濟」通過市場機制配置資源，「命令經濟」通過行政命令配置資源，而中國經濟改革的實質正是用前者替代後者，因此，可以叫「社會主義的市場經濟」。領導人對這個意見的批示說，「這是一個可以和應該深入討論的理論問題」，黨中央在1987年成立的走中國特色社會主義研究組（由鄭必堅、龔育之牽頭），對此進行更深入的探討。7月15日，《人民日報》以《社會主義商品經濟也是一種市場經濟》為題，發表了吳敬璉和胡季的那篇報告，這也是中央黨報上第一次正式出現「市場經濟」這個名詞。
然而，隨著物價「闖關」的失利，對市場經濟的研討不但全面停滯，甚至出現了完全相反的理論思潮。
1989年10月28日，《光明日報》刊發《中國不能完全實行市場經濟》一文，內稱，「如果我們……讓市場成為資源的主要配置者，不重視乃至削弱和否定計劃經濟的重要作用，必然會導致社會主義公有制經濟的瓦解。」其觀點與一年多前的吳敬璉和胡季一文觀點截然相反。
10天後的11月7日，吳敬璉接到發展研究中心副總幹事孫尚清通知，要吳隨他去中南海中區西樓參加一個會議，總結1989年「70天」的經驗與教訓。就是在這次會議上，計劃派與市場派展開了第一次針鋒相對的論戰。
據吳敬璉在口述史中回憶，他一進會場，鄧力群看到他就說，「吳敬璉，我們好久不見了。」吳答，「是有一個五年計劃了吧。」鄧說，「不對，有兩個五年計劃了。」也就是說，兩人有10年沒有謀面了。會議一開始，第一個發言的是財政部科研所的原所長許毅，他原是華東稅務管理局副局長，調任北京後，與吳敬璉一度很熟悉。他洋洋灑灑地講了一個半小時，中心意思是，通貨膨脹和社會動盪的根本原因是經濟改革出了毛病，本來應該計劃取向的，卻搞了市場取向，導致重複建設、通貨膨脹、貪污和諸侯經濟等這麼多的問題。
接著就是吳敬璉發言，他也洋洋灑灑地講了一個半小時。他說，自己對許多現象的看法和許毅的觀點很相似，但是對這些現象的原因分析，和他的距離很大。對於中國改革中出現的一些問題，確實需要冷靜的思考，人們在十年改革中得到了許多利益，為什麼還有不滿？接著，他分析了通貨膨脹、分配不公和腐敗橫行三大社會問題的根源。他認為主要的根源是發展戰略和改革進程出了問題。發展戰略上的問題是急於求成，用各種手段支撐高速度，改革的問題則是不明確到底要把原來體制下的哪些東西改掉，要改成什麼樣的體制，改革的具體道路不清楚。改革初期走放權讓利的路，用承包制等方法「調動積極性」，這些做法早在50年代就搞過。應當用新辦法，擴大市場的作用，而如果按放權讓利的思路搞下去，會出現很嚴重的惡果。
對於那種認為腐敗等現象都是由市場取向改革造成的看法，吳敬璉表示不能同意。他說，按照馬克思的說法，商品是天生的平等主義者。因此市場經濟國家的公平競爭立法上就規定不能有任何價格和其他歧視，不能像在價格雙軌制下那樣，有批文的和沒批文的、有權的和沒權的價格不一樣，那不是市場經濟原則。雙重體制下的經濟既是貨幣經濟，又有行政管制，權力有價，於是產生大量的尋租行為，這才是目前腐敗蔓延的原因。最後，吳敬璉還推薦香港匯豐銀行一位經濟專家的文章，此文論證說，股份公司只是一種管理形式，它可以在公有制基礎上建立，也可以在私有制基礎上建立。他的發言至此，許毅打斷他說，這一點我和你絕對對立。
那天，一個上午的會就只有他們兩人發言，旁邊的人大多沒有參與爭論。
吳敬璉的觀點在很多人看來無疑是非常「危險」的，他把自己孤立在了「主流」之外。就在他與許毅展開論戰的同時，全國範圍內正在展開一場針對民營經濟的整頓運動。據《中華人民共和國經濟史》記載，1989年下半年，全國個體戶註冊數減少300萬戶，私營企業從20萬家下降到9.06萬家，減少一半多。中共中央還專門下發文件，明確規定，「私營企業主不能加入中國共產黨」，原來是黨員的，可以暫不考慮勸其退黨。這個政策所透露出來的政治信息，是不言而喻的。
在公開的報刊上，種種反對市場化改革的聲音喧囂塵上。1990年1月，北京《當代思潮》發表《用四項基本原則指導和規範改革開放》，文章說，「私營經濟和個體經濟……如果任其自由發展，就會衝擊社會主義經濟」。2月22日，北京的權威雜誌和報紙發表一位政治家、理論家的長文《關於反對資產階級自由化》，作者提出一個質問：搞資產階級自由化的人有沒有經濟上的根源？有沒有一種經濟上的力量支持他們？回答是，有的，私營企業和個體戶就是資產階級自由化的經濟根源。文章說，資產階級自由化的改革「說到底，一個是取消公有制為主體，實現私有化，一個是取消計劃經濟，實現市場化」。
吳敬璉以及改革派人士此時的危險和被動，並不僅僅來自於國內的思潮壓力，同時還受到國際動盪局勢的挑戰。就是在這段時期，蘇聯和東歐的社會主義國家陣營發生了令人吃驚的「劇變」。
1989年10月匈牙利政局發生劇變，執政的社會主義工人黨改建為社會黨，匈開始實行多黨制。11月9日，民主德國與聯邦德國宣佈合併，存在了28年零3個月的柏林牆被推倒。同年的12月22日，羅馬尼亞出現新政黨「救國陣線」。3天後，執政長達24年的羅共總書記齊奧塞斯庫被捕，在經軍事審訊後被槍決。1990年12月，波蘭共產黨在競選中失去領導權，團結工會領袖瓦文薩當選為波蘭總統。
就在東歐各國相繼「變色」的同時，世界上最大的社會主義國家蘇聯也開始迅速瓦解。1990年2月，蘇共召開中央全會，將總書記戈爾巴喬夫的「人道的、民主的社會主義」新思想正式變成蘇共的行動綱領和基本方針。3月，立陶宛率先宣告獨立；7月，莫斯科市長葉利欽宣佈退出蘇聯共產黨。1991年12月25日，戈爾巴喬夫發表全國電視講話，宣佈辭去蘇聯總統職務，鐮刀錘子紅旗從克里姆林宮上空降下，蘇聯最高蘇維埃舉行最後一次會議，正式宣佈蘇聯停止存在。