但是，吳敬璉仍然沒有退縮。1988年4月26日，吳敬璉和他的助手李劍閣給國務院發展研究中心領導寫了一份研究報告，題目為《控制需求，疏導貨幣，改革價格》。文中，他們重申了吳在1985年就提出過的「管住貨幣，放開價格」的政策主張，也就是說，進行價格改革勢在必行，但是只有在「管住貨幣」的情況下，價格改革才有可能成功。
他們認為，在當前這種情況下，用價格管制的辦法是難以維持的。根據第二次世界大戰後聯邦德國和日本的經驗來看，「管住貨幣，放開價格」是「唯一可能獲得成功的選擇」。價格改革適時推出雖然艱險，捨此卻別無他途，而且隨著時間的流逝，困難和風險會越來越大。因此，他們寫道，價格改革這個關「早晚要過，遲過不如早過，長痛不如短痛，貴在當機立斷」。然而，他們的論述重點還在於控制需求和管住貨幣。他們指出，在多數人認識到價格改革既不能繞過，也不宜推遲以後，下述的可能性就會增大，即領導層在不改變擴張性貨幣政策的條件下做出積極推進價格改革的決策。但是，在他們看來，「這是一種成功可能性很小的選擇，因為在需求膨脹和待實現購買力大量積累的情況下，對價格作較大的調整和放開部分產品的價格，有可能引發嚴重的通貨膨脹」。在研究報告中，他們還列舉南斯拉夫幾次價格改革的案例，說明由於沒有改變導致需求膨脹的經濟體制和沒有採取反膨脹的宏觀經濟政策，「結果都因物價暴漲超過了社會承受能力而不得不終止改革，重新凍結物價」。
吳敬璉們的觀點仍然沒有得到最高層的採納。僅僅幾個月以後，他們所描述的場景就在中國出現了。
1988年4月，全國七屆人大召開，原國務院主要負責人轉任中央軍委副主席，李鵬出任新一屆的國務院總理。到了5月上旬，中央領導發生了突然的變化。時任總書記提出啟動物價「闖關」。
「闖關」的意思是，在短期內迅速理順紊亂的價格體系，從而讓經濟運行趨於正常。由於體制內外落差很大，價格一併軌，勢必會導致物價在一定時期內的上漲，所以，這是一個凶險的「關」，而且必須以「闖」的方式才可能順利通過。
這是一個有著巨大風險和爭議的經濟決策。
吳敬璉日後分析，根據決定「闖關」的領導人當時的講話，他之所以下決心「闖關」，是為了消除「雙軌制」所滋生的腐敗現象。而在做決策時，對通貨膨脹的危險性估計不足。吳敬璉認為，這一判斷是導致「物價闖關」失敗的重要原因之一。
接下來發生的事實，是30多年的改革史上最為混亂和令人歎息的一幕。
5月16日到19日，中共中央政治局常委會制定了物價改革方案，宣佈用5年時間把物價放開。為此，國務院建立了物價委員會，以國務院副總理姚依林為主任。在政治局常委會閉幕的5月19日，新華社向全國發表通電稱，「中國的物價改革是一個大膽行動，要冒一定的風險，但是中央有信心把這件事辦好……」以此為標誌，打響了啟動「物價闖關」的信號彈。
也是在5月19日這一天，鄧小平接見一批前來北京參加一個國際經濟討論會的外賓。他在講話中提出改革也要過五關斬六將，過價格這一關很不容易，「但物價改革非搞不可，要迎著風險，迎著困難上，十全十美的方針、十全十美的辦法是沒有的」，「我總是告訴我的同志們不要怕冒風險，膽子還要再大些。如果前怕狼後怕虎，就走不了路」。交談中，一位拉丁美洲的國家銀行行長應和說：「這叫做長痛不如短痛。」鄧小平說：「你說得對，長痛不如短痛。」不過，鄧小平接見外賓時的這段講話在當時並沒有發表。
5月25日至27日，時任總書記召集中央10多個部委的領導人開會，商議價格改革事宜，與會者中有兩位經濟學家，是劉國光和吳敬璉。會上，各部委領導都同意立即進行「物價闖關」。劉國光提出不同意見，他認為，由於連續幾年的物價上漲，民眾的通貨膨脹預期正在形成，年初開始，各地已經發生了零星的搶購風潮，如果立即進行價格改革，勢必促使通貨膨脹預期完全形成和爆發全面的搶購風潮，所以，應當先用一兩年時間治理好經濟環境，再來進行價格改革。總書記對劉國光的意見不以為然，他說，你們這些經濟學家的思想就是有框框，以為高速度一定會有高通脹，要求先治理環境，再放開價格。他援引韓國的經驗說，韓國就是先通膨，後治理，打「時間差」，實踐證明這是成功的經驗。
吳敬璉覺得總書記所講的道理不對，也加入了爭論。他說，劉國光所說的基本道理是對的。打「時間差」要以居民還存在貨幣幻覺、沒有形成通貨膨脹預期為前提，這時多發票子他們不會馬上作出反應。但是，4月份開始已經出現了儲蓄負增長和零星搶購，所以，在這種宏觀情況下實施激進的價格改革方案，可能會使通脹預期完全形成並出現銀行擠兌和恐慌搶購。至於韓國，樸正熙搞「重化工業運動」以為打「時間差」是個好主意，結果造成嚴重通貨膨脹，政局動盪，樸正熙的命都送掉了，這種教訓不能不汲取。領導也不同意吳敬璉的意見。於是，兩位學者與領導之間發生激烈的辯論，以至於爭得臉紅脖子粗，10多位部長們在一旁面面相覷。
在第二天的討論會上，氣氛緩和了下來。領導人還是堅持他的觀點，認為通脹根本不可能發生，而且即便發生了，也不可怕。他談到，體改所的一行人正在拉丁美洲考察，他們發回很多電報，說拉美的通脹率高達百分之幾千，可是經濟還是在發展。他還舉例說，前些日子阿根廷總統阿方辛訪華，當他得悉中國的通貨膨脹率時說，你們這點通脹算什麼，如果能像你們這樣，我就謝天謝地了。
後來才知道，當時體改研究所的一行人正在拉丁美洲訪問，他們從大使館給總書記和國務院領導人發來電報，力陳高通貨膨脹沒有什麼可怕，拉美的經濟十分繁榮。
至此，立即「闖關」的決策敲定。
從上述的這些細節以及綜合後來的其他史料可以看到，在贊成進行價格改革的人士中實際上存在著兩種意見。
第一種是薛暮橋、劉國光和吳敬璉的意見，他們都認為應當先治理經濟環境，然後再進行價格改革，只不過對治理的力度和所需時間有不同的估計。劉國光認為要花兩年時間；吳敬璉則認為，只要力度足夠，不需要兩年。
第二種是立即進行「闖關」的意見，他們認為通貨膨脹要麼不會產生，要麼並不可怕。
爭論的結果是，第二種意見被採納執行。當時的決策層對立即「闖關」所可能引發的市場和社會動盪竟沒有去設計一個防範性的預案。用吳敬璉的話說，「根本不相信物價會飛漲」。
爭論至此仍未結束。
5月30日，國家體改委召開經濟體制改革中期規劃研討會，期間，專家們也自然討論到迫在眉睫的物價改革問題。6月1日，國務院總理李鵬接見與會專家，各個方案的代表吳敬璉、厲以寧、張卓元、王玨、吳樹青等5人發言。從當時發出的會議簡報可以看到，他們均支持進行物價改革。吳敬璉和張卓元都重申了治理環境、防止通脹的必要性。厲以寧則談到，可以利用政府手中掌握的金（黃金儲備）、木（國有房產）、水（引進外資）、火（國有工廠）、土（土地使用權）和人（戶口）等六種資源，通過出售黃金和房產、發行國營企業股票、賣掉小企業、有償轉讓土地使用權和賣戶口等辦法，防止出現嚴重的通貨膨脹。
8月，北戴河政治局會議正式公佈「闖關」決定，確定5年理順價格方案，前三年走大步，後兩年微調，計劃5年物價總計上升70%~90%，工資上升90%~100%。
這個「闖關」政策一公佈，迅速震動全國。從當月開始，全國中心城市的豬肉和其他肉食價格以70%左右的幅度上漲，其他小商品迅速跟進。出乎決策層預料的是，「物價闖關」很快就呈現全面失控的可怕趨勢，各地物價如脫韁的野馬，撒蹄亂竄。當時，全國居民的存款為3000億元（1992年為一萬億元，2008年為24萬億元），並不是一個很大的數字，但是由於公眾的看漲恐慌心理，卻造成全國性的搶購風，這似乎應了凱恩斯的那句名言，「社會心理決定了人類的永久的經濟問題」。根據當時的報紙報道，「人們像昏了頭一樣，見東西就買，既搶購保值商品，也搶購基本消費品，連滯銷的也不放過，電視機有圖像就抱，電風扇能轉就買，電冰箱有冷氣就要」。不同尋常的是，民眾的搶購已經與實際的供求脫節，以電扇為例，當時全國有200多家電扇廠，年產量達3400萬台，成為世界最大的生產國，從兩年前開始，國內產銷就出現供大於求的狀況，電扇積壓非常嚴重，但是在搶購風中，國內倉庫裡的所有電扇均被一搶而空。
8月下旬，上海搶購狂潮進入最高潮，市政府不得不採取緊急措施，實行憑票供應食鹽和火柴，鋁鍋只能以舊換新或憑結婚證和戶口證申請購買。
8月27日晚，中央總書記召開緊急會議，宣佈暫停物價改革方案。8月30日，國務院正式發佈通知，下半年不再出台新的調價措施，下一年的價格改革也是走小步，工作重點從深化改革轉到治理環境、整頓秩序上來。
1988年秋季爆發的這場物價暴漲和全面搶購，被認為是1978年改革以來最大的一次經濟失控。國家物價局的《中國物價年鑒》記載：「1988年是我國自1950年以來物價上漲幅度最大、通貨膨脹明顯加劇的一年。在國家計算零售物價指數的383種商品中，動價面達95%以上，全年零售物價總指數比去年上升18.5%，這個上升幅度又是在持續3年物價累計上漲23.7%的基礎之上。」
在吳敬璉看來，後來實施的「闖關」方案——在通貨膨脹政策下放開價格的做法太過魯莽，他在晚年口述史中說，「這就叫不幸而言中，因為物價飛漲和全民搶購是可以預見到的、一定會出現的事情」。
據《薛暮橋回憶錄》記載：「1988年12月1日，時任總書記找我、劉國光和吳敬璉去談話，表示接受我們對他的批評，說最近這一年犯了通貨膨脹的失誤。我說不是一年，至少已有3年。國光和敬璉也談了自己的意見……但已造成相當大的損失，使改革走了一段不必要的彎路。」
1988的「物價闖關」失敗，是中國經濟改革史上最讓人沮喪的一個事件，它的擱淺極大地改變了中國現代化的路徑。「闖關」失敗後，宏觀經濟陷入紊亂，全國上下瀰漫著陰鬱的緊張氣氛。