在日後，吳敬璉多次重申了這一意見。1986年1月25日，國務院主要負責人聽取「七五」改革設想討論會的匯報。會上，宋國青、徐景安和吳敬璉代表三個不同的「學派」作匯報。會前，吳敬璉與周小川、樓繼偉、李劍閣等人一起研討，形成了一個匯報提綱，由吳敬璉在會上主講，對這種整體協調改革的思路作了說明。
第一個環節：增強企業的自主權和經濟責任。國有小企業可以放開改革，大企業則逐漸實現市場化，在未來幾年內，取消行政性公司，實行股份制，資產經營責任制。
第二個環節：競爭性市場的建立和進一步完善。建立經營大規模批發業務的經濟實體；盡可能理順市場參數，區別不同產品，採取多價聯動、價稅聯動的方式，對價格進行「或調或放」、「調放結合」的改革；抓緊反對壟斷、保護競爭的立法，防止市場割據形勢的發展。
第三個環節：建設新的宏觀調控體系。包括，改進財政稅收體系，陸續開徵土地使用費、資金稅等新稅種；將目前「分灶吃飯」的財政體制推進到「劃分稅種，核定收支」的新階段；改革金融體系，加速推行基層銀行的企業化經營方式；強化中央銀行的管理和調節；整頓和利用已經出現的民間金融機構。
匯報會後，國務院主要負責人要求國家體改委綜合匯報會上各家所言，制定一個正式的改革方案。但是主要負責人認為當時並不具備大規模改革的條件，因此這個方案沒有被採納。
3月中旬，國務院主要負責人有了新的想法。他在中共中央財經領導小組和國務院常務會議上講話說，當前在經濟領域裡矛盾很多，摩擦很多，漏洞也很多，其根源是新舊兩種體制「膠著對峙」，因此，應當在「七五」期間盡快結束兩種體制均勢的狀態，進入以新體制為主的階段。「具體說來，明年的改革可以從以下三個方面去設計、去研究：第一是價格，第二是稅收，第三是財政。這三個方面的改革是互相聯繫的」，「關鍵是價格體系的改革，其他的改革圍繞價格改革來進行」。也就是說，「整體協調改革派」的意見被決策層原則上採納了。
為此，國務院在4月份正式成立了一個國務院經濟體制改革方案研討小組辦公室（簡稱方案辦），共約30多人，都是從國務院所屬各部門抽調來的精英骨幹，領導小組組長由國務院副總理田紀雲擔任，辦公室主任為高尚全（在高出國考察期間由國家體改委主任安志文直接領導），楊啟先、傅豐祥、姜習和吳敬璉等6人為副主任，辦公地點在中南海北海橋邊上的工字樓裡，吳敬璉是方案的主設計人之一。客觀地說，改革開放30多年以來，在中國的經濟學家群體中，吳敬璉確乎是最具有改革方案架構能力的人之一。他對經濟體系的系統性思考，以及對各項改革措施的配套設計能力，都是非常出眾的。
吳敬璉在晚年的回憶中一再強調說，80年代中期關於改革總體思路的爭論並不是吳、厲兩人之爭，而實際上是決策層不同改革思想的體現。方案辦所形成的方案正是根據國務院領導在3月中旬的講話精神而擬定的，國務院方案研討領導小組組長、副總理田紀雲直接領導方案的研討和設計工作，提出了許多重要意見，其後形成的方案經國務院主要負責人、各部委領導和方案辦工作人員的反覆磋商。很快，到4月30日，方案辦就拿出了一個配套改革的詳盡方案，其中涉及價格、稅收、財政、金融、貿易和企業改革等多個方面。當日，方案送交國務院。
6月11日和12日，在國務院主要負責人的主持下，方案辦及國務院相關職能部門在北京玉泉山召開了一次為期兩天的座談會。在第一天的會議上，吳敬璉作了一個情緒激動的發言，說：「現在經濟上有這麼多問題，唯一的出路就是改革。我不是一個很冒失的人，看問題往往傾向於悲觀，但現在，我看沒有多大危險性，我們有能力改革。」
據吳敬璉回憶，「那天的會議氣氛非常好」。當天散會後，他和幾個學者在湖裡划船。副總理田紀雲從遠處走來，特意把他叫上岸，對他說，我看今天領導差不多被說動了，晚上你好好準備，明天第一個發言，可能就過關了。
第二天，會議繼續召開。幾位部委領導首先發言，質疑價格改革的步子太大。風向因此發生微妙轉變，整體配套改革方案沒能在這次會上通過，被要求繼續修改。
價稅財配套改革困難重重的原因非常複雜。
在理論界，厲以寧表達了鮮明的反對立場。就在方案辦遞交了配套改革方案不久後的5月份，厲以寧參加北京大學「五四」科學研討會，面對上千名聽眾和眾多媒體記者，他說，「中國經濟改革的失敗可能是由於價格改革的失敗，而中國經濟改革的成功，則必須取決於所有制改革的成功」。
為了更清楚地說明自己的論斷，他還對價格改革與所有制改革進行了10個方面的比較。他談到，「企業是被迫捲入價格改革的，但卻很有可能自願加入所有制改革的試點」，「所有制改革實際上不需要經濟成本，或者成本非常低」，「價格改革是較低層面的改革」等等。厲以寧似乎一直把論戰對手的政策主題限定為「價格改革」——很多年後他仍然將對方稱為「價格改革主線派」，他沒有對吳敬璉的整體配套方案提出挑戰，只是說「價格改革很難同其他經濟改革配套」。
在政府決策咨詢機構和行政職能部門內，反對的聲音也不小。
一些人認為，這個方案無論在經濟上還是政治上都不可行，因為價格、稅收、金融和財政的配套改革要求有一個較為寬鬆的經濟環境，中國現在還不具備這種環境。同時，配套改革意味著巨大的利益關係調整，它不能給所有人帶來好處，因而可能會遇到社會阻力和政治風險。另外一些人說，這個方案脫離實際，理想化，是一群書生躲在書房裡從書本裡琢磨出來的東西，因而不可行。也就是說，有相當部分人擔心改革的風險過大。
除了上述幾種觀點之外，一個更大的質疑來自對企業改革戰略的討論。
由於聯產承包責任制在農村的巨大成功，因而在整個80年代，它被認為是中國改革最重大的經驗，很多人認為，改革就是「一包就靈」，只要把承包制引入到企業改革中來，就一定能夠取得成功，有人甚至提出「承包制是社會主義商品經濟的根本體制」。它在決策層也有很大的市場。即便在方案辦內部，也存在著分歧，據吳敬璉在口述史中回憶，整體配套改革的第一個方案形成後，原本應由安志文和體改委劉主任高尚全簽字上報國務院，而當時，高尚全不在國內，安志文則傾向於企業改革優先，對價稅財配套改革持有保留意見，所以，這個方案初稿是由他簽字上報的。
另外，在企業界和地方政府兩個方面，反對取消價格雙軌制的聲音也浮現出來。
當時被視為國有企業改革代表人物的首都鋼鐵公司總經理周冠五給黨中央上書言事，認為改革應當「以承包為本」，離開了企業承包制，改革就背離了正確的方向，國務院搞的改革是「反改革」。據吳敬璉回憶，當時很多國有企業都擁護承包制和雙軌制，反對價格改革。一次，方案辦在上海召開調研會，幾位大型國有企業的廠長們說，如果價格放開了，我們拿不到調撥價的原材料，成本就會上去，企業就會虧損，所以，價格不能放。
地方政府的反對主要是針對分稅制。因為這一制度一旦推行，地方的財稅自主權明顯就會減少。吳敬璉回憶說，原先以為沿海會反對，田紀雲出了一個「保基數」的主意，也就是保證既得利益，沒有料到，內地政府也反對，因為他們的自由裁量權也會受到很大的約束。
正是這樣的背景下，玉泉山座談會的第二天風雲突變。會議一開始，當吳敬璉準備按田紀雲的吩咐第一個發言的時候，一些部委領導首先拿起話筒，相繼對方案表達了自己的擔憂，這些發言一個接一個滾雷般地講了下去，最終，國務院領導宣佈，方案有待修改，等成熟後再議。
吳敬璉非常沮喪。會後，幾個方案辦的年輕人則責怪他說：「怎麼不發揮搶話筒的精神，使方案通過功虧一簣。」
就這樣，在玉泉山的座談會上，國務院主要負責人對整體配套改革方案沒有拍板。方案辦對原來的「大方案」進行了修改，很多方面往回縮，比如價格改革方面，原本的設計是價格全面調整，後來就改成只調整鋼材的價格，因為那時候鋼材的價格被炒賣得最厲害。
8月份，中共中央財經領導小組會議和國務院常務會議在北戴河召開，這個修改後的方案獲得通過。9月13日，國務院主要負責人向鄧小平匯報了方案，鄧說，這個非常好，我看就這麼辦。
可是到了10月份，改革突然轉向，以股份制和承包制為主要形式的企業改革成新的突破口，整體配套改革方案被徹底放棄。
這就是發生在1985年到1986年之間的那場著名的政策辯論。
日後，我們將看到的事實是，吳敬璉參與設計的整體配套改革方案被整整「雪藏」了6年。1987年年底，他結集出版《中國經濟改革的整體設計》一書。1993年，這個方案被中央重新採納，從而徹底改變了中國經濟改革的路徑。
在很多年後，厲以寧和吳敬璉都宣稱，在這場大論戰中，自己的觀點最終被證明是正確的。
厲以寧方面說，發生在1988年的物價「闖關」失利（我們將在下一章中詳盡敘述這次失利），正是「價格改革主線派」闖下的大禍。如果在1986年就堅決地推廣股份制，中國的改革將別有一番局面。吳敬璉方面則認為，正是因為放棄了積極的整體配套改革方案，中國喪失了大步推進改革的時機，才導致了後來幾年的改革被動，以至於發生了1988年的嚴重通貨膨脹。他在口述史中說，田紀雲後來「跟我說過不止一次，說如果當年幹成了，那後來好多事情就不會發生，因為，1986年的改革條件還是相當好的」。在吳敬璉看來，這場爭論更深刻的含義，是兩種改革路線之爭，其核心是保持、強化還是剷除尋租活動的基礎。
對於他們所爭論的焦點，在後人看來，都已是課堂上的教案。中國的經濟改革如同一盤不得悔棋的偉大棋局，誰也無法回到過去再次復盤，甚至，在後來的時間段裡，即便再重新找回當年的思想，也因時空的斗轉、條件的變幻、民眾預期的不同而失去了現實的意義。
不過，這場辯論也在某種意義上成就了吳敬璉和厲以寧。在同時代的經濟學家中，他們都是最早、自覺地從制度層面對改革進行反思的人，儘管他們的觀點時有差異。他們都有深厚的學術素養，是新中國第二代經濟學家中出色的代表人物，在30多年的大改革時代，他們堪稱是影響力最大、知名度也最高的一代宗師。
這一場發生在兩個「1930年出生的江蘇人」之間的「戰爭」，是他們在中國經濟理論界成為領袖級人物的成名之戰。