在講述這個懸案之前，我們先講同樣發生在1985年前後、與此頗有因果關係的另外一場論戰，它的主題是關於中國經濟改革的總體思路設計。
自1984年的十二屆三中全會之後，改革的市場化取向已成當時的共識，然而，市場化的改革到底該走怎樣的路徑，如何在公有制條件下引入市場機制，卻成了接下來的爭論焦點。有人提出「關鍵是價格體系的改革，其他的改革圍繞價格改革來進行」，還有人則提出「改革應以企業改革為主線」。
「價格體系的改革」之所以被如此看重，與當時實行的一種特殊的價格制度——「雙軌制」有關。在計劃經濟體制下，物資分配體制以行政指令為手段，價格完全由國家有關部門控制，結果是企業被管死，效率和效益無比低下。從1981年開始，國家允許在完成計劃的前提下企業自銷部分產品，其價格由市場決定。這樣就產生了國家指令性計劃的產品按國家規定價格統一調撥，企業自行銷售的產品價格根據市場所決定的「雙軌制」。在物資空前緊張的短缺經濟環境下，「雙軌制」一方面打開了計劃體制的一個缺口，為體制內企業的搞活以及體制外鄉鎮企業獲得原材料創造了空間，另一方面也形成了一個尋租和腐敗的土壤，特別是在經濟過熱、供求矛盾尖銳、計劃價格與市場價格之間高低懸殊的時候，某些不法之徒，大搞權錢交易，鑽「雙軌制」的空子，從中漁利，大發其財。因此，進入80年代中期之後，對扭曲和雙軌的價格體系進行「並軌改革」成了一個十分重大的命題。
在《中共中央關於經濟體制改革的決定》中，有一段綱領性的文字：「增強企業活力是經濟體制改革的中心環節……價格體系的改革則是整個經濟體制改革成敗的關鍵。」那麼，「中心」與「關鍵」有沒有先後，如果有，又是誰更優先？這份文件沒有明確定義。以此為分野，中央決策層仍然存在著很不相同的見解，相對應的，理論界就形成了兩個針鋒相對的流派，一個是「企業主體改革派」，一個是「整體協調改革派」，兩派觀點各有出入，一時形成了混戰之勢，雙方主將，一是厲以寧，一是吳敬璉。
在中國經濟學家中，厲以寧是最早提出企業改革必須走股份制道路的人之一，因此，他被稱為「厲股份」。２早在1980年4月，在中共中央書記處研究室與國家勞動總局聯合召開的勞動工資座談會上，他就提出應該用「新型所有制」——股份制取代傳統國有制。8月，在國務院召開的勞動就業會議上，他再提實行股份制。據陸昊在《厲以寧》一書中記載，當時，與他持同一觀點的經濟學家有於光遠、童大林、董輔等。
在中國經濟改革中，「增強企業活力」始終被置於中心地位。一直到90年代初期，很多人仍然堅定地認為，在不改變產權性質的前提下，只要給國有企業放權讓利，就能夠讓企業改革取得成功。厲以寧的股份制方案無疑是對這一觀點的挑戰。
因此，在設計改革總體思路時，厲以寧認為，應以企業制度的改革為主線。
1986年3月，國務院負責人提出價稅財配套改革的方案，並責成建立經濟改革方案設計辦公室，負責價稅財配套改革的方案設計。4月，厲以寧明確提出反對當時擬議中的價格改革，主要的理由有三個。第一，中國當前所面臨的不是市場均衡體系，企業仍不是真正獨立的商品生產者，價格機制扭曲，市場體系和功能均不健全，社會總需求超過總供給，從而導致商品短缺，因此，設計未來的改革方案，不能以價格為突破口。商品價格以生產要素為基礎，生產要素的價格又以所有制為基礎，因而價格說到底是市場當事人之間轉讓所有權的交易條件，沒有有效的所有制結構，就不可能有對企業和消費者都有效的財產權利關係的約束，也就不可能有真正合理的價格體系。第二，在短缺經濟中存在較多數量配額的條件下，力圖以放開價格來刺激經濟趨於穩定增長是不現實的，這一點已為東歐改革實踐和西方經濟運行事實多次證明。第三，商品經濟下的價格制度，與其說是中央政府放給企業的，還不如說是企業真正成為商品生產者之後自我創造出來的。
因此，在厲以寧看來，市場定價制度的實現，只能是企業改革的歸宿，而不是企業改革的突破口。作為全部經濟體制改革的核心，必然是企業制度本身的重新改造，即「建立真正自負盈虧的全民所有制企業」。
由這些論述可見，厲以寧的「非均衡理論」與他對股份制的倡導是互為犄角、自成體系的，有著內在的理論邏輯。
在清晰地闡述了自己觀點之後，厲以寧接著說明了企業改革的具體辦法，那就是通過「先包後股」、「先股後包」、「又股又包」或「只股不包」等辦法，把國有企業改造為「真正自負盈虧的公有制企業」。到了之後的1988年，他所領導的北京大學課題組向國家體改委提交了一份《1988~1995年我國經濟體制改革綱要》，提出了更明確的改革時間表，建議改革的首要任務是用8年左右的時間明確企業產權關係，實現企業的公司化。應把企業經營機制的改革與企業產權關係的改革聯繫起來，把非規範化的承包與規範化的產權改革聯繫起來。1988年至1990年，完善與發展企業承包制，股份制繼續試點；1991年至1992年，承包制向股份制過渡；1993年到1995年，企業實行較全面的股份制，普遍建立控股制的企業集團。在這8年的時間裡，企業改革的重點應逐漸由承包制向股份制過渡，由低層次的經營機制與產權關係的改革向高層次的經營機制與產權關係的改革過渡。
在支持整體配套改革的陣營中，情況似乎要比厲以寧方面複雜一點。從學派的名稱上也可以窺見一二，厲以寧將之稱為「價格改革主線派」，而吳敬璉則自稱為「整體協調改革派」。
吳敬璉在耶魯期間就日漸形成了整體改革的思路。在他看來，市場經濟是一個完整的體制體系，因此，他所提出的行政性分權與經濟性分權區分便是市場取向整體改革理念的某種體現。歸國之後，他的這一思路更為堅定。他認為，中國的經濟改革靠「單兵突進」的企業改革是難全其功的，因此必須整體思考，配套進行，據此，他在1985年7月討論《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議（草案）》時提出了企業、市場體系和宏觀調節體系三個環節配套改革的主張。此後，他一直堅持這樣的主張。
在他的構思中，改革不僅是一場破除舊體制的深刻革命，而且是一項建設新經濟體系的系統工程。這個體系主要是由自主經營、自負盈虧的企業，競爭性的市場體系和主要通過市場進行調節的宏觀管理體系三者組成。這三個方面是相互聯繫、密不可分的。只有這三個支柱初步樹立起來，這種經濟體系才能有效運轉。因此，經濟改革必須在這三個方面同步配套進行。吳敬璉強調，所謂配套改革並不是說各方面的改革都要齊步走。鑒於問題的複雜性，由舊體制向新體制的過渡必然是分階段進行的，各方面的改革也有一個由淺入深的過程。據此，他認為可以設計出一個既分步驟，又在每一個階段大體同步的改革實施方案。
跟厲以寧一樣，吳敬璉也清晰地表達了他對靠「放權讓利」搞活企業的不同意見。1985年7月15日，他在《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議（草案）》座談會上發表「單項推進，還是配套改革」的發言，他說，增強企業的活力，無疑是經濟體制改革中一項非常重要的工作，但是，搞活企業是否就是改革的全部基本要求，以及單靠「簡政放權」是否就能搞活企業，都是值得懷疑的。從過去一年全面開展經濟體制改革的經驗看，單項突出「鬆綁放權」、「擴大企業自主權」，效果似乎不太理想。
分析到這一層面的時候，我們看到，吳敬璉與厲以寧的觀點是一致的，他們均認為，1978年以來實行的放權讓利改革無法建立起有配置資源的經濟體制，在這一點上，他們徹底超越了孫冶方——事實也是，在未來的20多年裡，他們都是產權清晰化運動的堅定支持者和捍衛者。而接下來，他們的邏輯出現了岔路口，厲以寧認為，儘管放權讓利不行，但是以企業改革為主線的方向是正確的，所以要搞股份制，也可以兼容企業承包；而吳敬璉的意見則是，單搞企業改革，無論什麼方案，都是不足夠的，因為，「如果企業不是在競爭性市場的約束下進行經營活動，沒有競爭壓力，無論建立怎樣的企業制度，企業都不可能真正具有活力。在80年代中期，民營企業的產值已佔工業產值的三分之一以上。在這種情況下，如果雙軌制的價格扭曲現象不作根本改變，就會形成國企與民企之間的不平等競爭，權力尋租和腐敗必然滋生，市場化環境的建立無從談起」。
這就是分歧的要點所在，厲以寧認為要改企業本體，吳敬璉認為還要改企業的生存環境。
吳敬璉的整體改革理論要點有3個：
——舊體制的根本特徵在於通過行政命令和指令性計劃來配置稀缺資源，這種資源配置方式由於不能克服信息機制和激勵機制上的重大缺陷，因而不可能有效率。把傳統機制的弊病歸結為「權力過於集中」，是一種膚淺的論斷，如果不改變計劃的資源配置方式，企圖用「放權讓利」來實現經濟運行狀況的根本改變，是不會收效的。
——唯一能夠取代行政命令的資源配置方式的，是以市場機制為基礎的資源配置方式，克服命令經濟在信息機制和激勵機制上的缺陷，使經濟資源得到最有效的配置和利用。
——商品經濟是一個有機的體系，由自主經營、自負盈虧的企業，競爭性的市場體系和主要通過市場進行調節的宏觀管理體系三者組成，並且以上三個方面互相聯繫，密不可分。經濟改革必須在這三個互相聯繫的方面同步配套地進行。
他的這一理論得到了不少學者和決策層的認同。在《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議》初稿討論會上，吳敬璉不同意把改革簡單地歸結為擴大企業自主權，這個意見被《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議》所吸取。