應中國政府的要求，世界銀行為本次會議請來了一批世界級的經濟專家，也是「東西合璧」。西方學者中，包括1981年諾貝爾經濟學獎得主、耶魯大學的詹姆斯·托賓，牛津大學教授阿萊克·凱恩克勞斯爵士，法國保險總公司董事長米歇爾·阿爾伯特，聯邦德國中央銀行行長埃明格爾，世界銀行駐北京代表處主任林重庚和日本興業銀行執行董事、經濟學家小林實，而來自東歐的學者，包括南斯拉夫經濟學家亞歷山大·巴伊特，前些年來過中國的弗·布魯斯和匈牙利經濟學家亞諾什·科爾內。其中，亞諾什·科爾內在1980年出版了轟動一時的《短缺經濟學》，被認為是描述計劃經濟運行的典範之作，在中國，它影響了中國新生代經濟學人頭腦中的經濟研究的範式。儘管這部著作的中文版在1987年才正式出版，不過在巴山輪會議期間專門出了摘要版本，在經濟界的圈子裡已經變得無人不曉。
這次會議分為7個專題——「目標模式和過渡步驟」、「財政政策與宏觀管理」、「貨幣政策和金融體制的改革」、「收入政策與宏觀管理」、「經濟增長與投資問題」、「通貨膨脹和價格問題」以及「實現宏觀經濟間接控制目標的一個重要前提」。當然，最核心的討論議題是：如何看待當前的通貨膨脹？在巴山輪上，儘管只有一篇「調控派」學者劉國光、趙人偉提供的論文，而沒有主張「通貨膨脹有益論」學者在場，不過，受邀的西方經濟學家涵蓋了新自由主義德國弗萊堡學派和凱恩斯主義學派的重要人物，而中國主張「通貨膨脹有益論」的學者通常都是以凱恩斯主義相標榜的，因而，辯駁的空間仍然形成。
從現存的會議記錄資料看，在巴山輪上並沒有發生預料中的爭論，與會專家幾乎一致認為，中國經濟已經過熱，必須採取從緊的宏觀調控政策。其中，最有說服力的是托賓的態度，他是當時全球最著名的凱恩斯主義貨幣理論家，「反調控派」所依據的理論與他的主張是一個門派，可是，托賓卻認定，中國經濟已經面臨嚴重的通貨膨脹，必須加以治理，他甚至提出要立即採取「三緊政策」——從緊的財政政策、貨幣政策和收入政策來抑制通貨膨脹。在一次發言中，托賓說，這麼多經濟思想並不一致的第一流經濟學家對中國經濟作出了相同的診斷，這一事情說明中國政府應當對此給予充分的重視。
吳敬璉日後說，正是參加巴山輪會議上外國專家的一致診斷，使國務院領導堅定了實施宏觀穩定政策的信心；而且他們對中國宏觀經濟政策的看法，也被吸收進幾天以後中共全國代表會議（9月23日）通過的《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議》中。
除了診斷迫在眉睫的通貨膨脹問題之外，巴山輪會議上還討論了其他幾個重大的經濟改革命題，其中，對後來的中央決策產生了重要影響的有兩個。
第一個問題是改革的目標模式，也就是改革的目標模式和朝市場經濟的過渡步驟。科爾內在這個問題上給出了有意思的概念構造。
他把協調機制區分為兩種類型：行政協調和市場協調。每一種協調機制又可分為兩種具體的形態，於是就有了直接的行政協調（1A）、間接的行政協調（2A）、沒有控制的市場協調（1B）和有宏觀控制的市場協調（2B）。這個概念組合對當時的中國經濟學界有非常大的影響。在會議上，大多數學者都沿用了這個概念組合，並且原則上同意2B應該是中國經濟改革的目標模式。與會學者還一致認為，中國的經濟改革要達到這個目標，還需要較長的時間。因為中國的改革起點不是1A，而可能是半個1A。用波蘭經濟學家布魯斯的話說，中國從1A向2B的過渡將是「第二次長征」。很顯然，科爾內的類型分類，與世界上大多數市場經濟國家的體制相類似。吳敬璉在日後的論著中多次引用他的這一觀點。
另外一個重要的討論點，是「一攬子改革」的戰略構想。
與會的國外經濟學家都比較強調「一攬子改革」的重要性，認為改動經濟體制是不能零敲碎打進行的，改革需要整體配套。根據郭樹清和趙人偉當時整理出來的會議情況報告來看，會上的代表多次強調了價格改革的迫切性，主張要盡快設計推出以價格改革為核心的配套改革方案。包括托賓、瓊斯等在內的經濟學家還提出，等價格改革成功之後再逐步推進資本市場和外匯的改革，而那是10年之後的事情了。有專家日後推測，這個意見對1986年的價稅財配套改革產生了較大的影響。
巴山輪會議一直開了6天，到9月7日結束。在閉幕式上，馬洪代表中方致閉幕詞，為會議做總結，全面闡述了中方對「有計劃商品經濟」體制的理解。這篇講稿是吳敬璉和田源起草的。
關於這次會議還有一個有趣的細節。巴山輪從重慶開出時，就引起了國內傳媒和理論界很大的興趣，人們都希望早點知道討論的結果。然而，會議是在完全封閉的情況下進行的，傳媒只能憑自己對改革的認識作出猜測。上海的《世界經濟導報》——這是當年中國影響力最大的全力支持改革的經濟類週報——按照當時改革派中的流行觀點，刊登了一則報道稱，「外國專家認為，中國正處在調整經濟結構的時期……不能將目前的價格上漲與通貨膨脹簡單地畫等號」。
很明顯，這則報道把專家的意見徹底地擰反了，吳敬璉不得不給編輯部寫了一封信予以澄清。他在信中說，「外國專家們認為，一個最令人不安的跡像是，出現了工資——物價螺旋式上升的趨勢，他們建議財政政策、貨幣政策和收入政策三管齊下……」
至此，會議的討論結果才公諸於世。
在中國改革史上，巴山輪會議是一個標誌性事件。
復旦大學教授張軍在2009年時評論說：「即使以今天的標準來判斷，也很少有一個學術的會議會像巴山輪會議對政策的影響那麼大。」參與會議討論的張卓元認為，「這是改革開放以來的第一個真正意義上的國際會議，它決定了中國市場經濟取向，對中國，包括很多經濟學家都是一次帶有啟蒙性質的會議」。會議期間，中國學者深感國際經驗之不足，「外國專家講到任何事物時，都有比較廣泛的外國經驗，比如講到養老金，他就講智利怎麼幹的，新加坡怎麼幹的，然後講哪些對我們可以有參考價值的。而我們對中國的情況可能的確比較瞭解，但美國是怎麼做的、英國是怎麼做的等等，我們就不知道了」。
在吳敬璉看來，巴山輪會議上的中國經濟學家們儘管顯得有點稚嫩，不過，還是顯示出走向成熟的一面。僅僅在四五年前，中國學者對東歐模式還感到非常的新奇，對市場社會主義頗有迷戀之處。而到了巴山輪上，他們的改革思路完全地超越了東歐同行，脫離了市場社會主義的框框，已經跟上了現代經濟學的潮流。世界銀行的林重庚在會後對吳敬璉說，西方的幾位經濟學家覺得中國人很了不起，因為在剛開會的時候，各方還根本沒有共同語言，而到總結的時候，大家的概念和闡述邏輯已經完全一樣了。
所以，在這個意義上，巴山輪會議是中國經濟學界在理論思想上告別東歐模式和「市場社會主義」的一個象徵性「儀式」。
巴山輪會議對決策的直接影響是明顯的。
就在這個會議結束的11天後，9月18日至23日，中共全國代表會議在北京舉行，全會討論並原則通過了《中共中央關於制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議》。在這個建議中，關於宏觀政策的大段論述顯然受到了巴山輪會議的影響。它描述「七五」計劃的基本任務之一是：進一步為經濟體制改革創造良好的經濟環境和社會環境，努力保持社會總需求和總供給的基本平衡，使改革更加順利地展開，力爭在五年或者更長一些時間內，基本上奠定有中國特色的新型社會主義經濟體制的基礎。
在經濟體制改革方面，《建議》採納了整體配套的思路，提出要「配套地做好計劃體制、價格體系、財政體制、金融體制和勞動工資制度等方面的改革，形成一整套把計劃和市場、微觀搞活和宏觀控制有機地結合起來的機制和手段。爭取在今後五年或者更長一些的時間內，基本上奠定有中國特色的、充滿生機和活力的社會主義經濟體制的基礎」。鄧小平在這次黨代會上的講話中指出：「堅持社會總需求和總供給的基本平衡，使積累和消費保持恰當的比例……速度過高，帶來的問題不少，對改革和社會風氣也有不利影響，還是穩妥一點好。一定要控制固定資產的投資規模，不要把基本建設的攤子鋪大了。」（《鄧小平文選》第三卷，人民出版社1993年版）
此後，信貸開始緊縮，經濟表現趨於平穩。人們把注意力轉向如何推進十二屆三中全會所要求的市場取向改革。
不過，這樣的景象沒有持續多久，到1986年的夏秋之際，從緊政策突然被放棄，經濟再度升溫，從而導致惡性通貨膨脹捲土重來，並最終在兩年後以一次慘烈的「闖關」失敗而告終。
這其間的曲折詭異，已成改革史上一個眾說紛紜的懸案。