1979年年底，也就是布魯斯去協和醫院探望孫冶方的那一次，他剛剛動完一個大手術，醫生用了將近5個小時的時間，從肝區割下一個用四寸盤子裝滿的大腫瘤。孫冶方虛弱之極，健康狀況十分不樂觀。他當時唯一的願望是，把那本醞釀了十多年的《社會主義經濟論》寫出來。
他向中科院經濟所點名要幾個熟悉他的理論的學者來協助他完成此書。
很快，經濟所派出了一個由吳敬璉、張卓元等組成的7人寫作小組來執行這個重要的任務。他們在協和醫院附近的北京飯店租了一個套房，每天到病房與孫冶方交談，進行錄音和記錄。吳敬璉回憶說，那些日子，孫冶方的病房成了「思想搶救室」，每次他們去的時候，一到門口就能聽到貝多芬交響曲的聲音，那種洋溢著樂觀和不屈意志的旋律是孫老最喜歡的。
一個叫鄧加榮的研究者在《孫冶方傳》中記載了孫冶方的忘我工作狀態：「上午下午，朝朝暮暮，不斷地有人來談，不斷地有人送來初稿，他則今天準備口述材料，明天閱改已經記錄整理出來的初稿，超常地勞作，超常地運轉在推理和斷言之間，讓神思和心血如同一盞膏油將盡的孤燈吱吱發響地煎熬著燈芯……除夕夜晚，儘管已經發現小腿浮腫和心口陣痛，他還是沒有休息，上午做過腸胃造影后又俯到案上修改《價值和價值規律》一章的提綱。春節只休息兩天，在大年初三那天，他又重新拿起筆來……」
過了一個冬春，寫作組整理出了15萬字的大綱，一共有20多章。
接著，孫冶方出院。再接著，工作陷入難堪的泥潭。
陷入泥潭的原因是，從孫冶方到寫作組都發現了孫式理論的矛盾點。
從20世紀50年代中期開始，中國經濟學界就有越來越多的人對社會主義政治經濟學的狀況感到不滿，開始尋求建立新的理論體系。在這方面，孫冶方的勇氣和成就無疑是最大的。
對於孫氏理論體系與傳統社會主義政治經濟學體系的根本區別，當時論者有兩個觀點：一是他所倡導的「過程論」，也就是從生產過程的分析開始，進入到流通過程，再到總過程的論述方法；二是他的以價值規律為核心的理論闡述，第一次把價值提高到社會主義的基本經濟範疇的地位。不過，吳敬璉有自己的理解，他認為孫冶方理論體系與傳統理論體系的分歧，根源在於二者對社會主義社會經濟關係的認識有著巨大的差別。
傳統的經典理論把整個社會看成一個由中央行政機關統一指揮的大工廠，由此產生了否認企業在經濟上的獨立性、否定商品貨幣關係和價值規律作用的做法，滋生了作為社會經濟細胞的企業的積極性和主動性受損等弊端。
孫冶方則從一開始就抓住了舊體制的這一核心問題，試圖以他所說的價值規律為核心重建新的理論體系。他想要建立的是一個以資金量的簡單再生產為界限，「大權獨攬，小權分散」的經濟體制。根據他的設計，企業不再是社會這個大工廠裡的只具有技術獨立性的車間，而成為具有經濟上的相對獨立性的經營主體，「由於相互間進行交換的千千萬萬個企業都是獨立核算的企業，所以它們的產品交換，必須是等價交換」，由這裡出發，伴隨著生產過程、流通過程、總過程的進行，價值概念由抽像到具體、由簡單到複雜地展開，最後回到一個「具有許多規定和關係的豐富的總體」。這便構成了孫冶方的社會主義政治經濟學體系。
按孫冶方的以上設想，要寫出一部結構嚴密、邏輯一貫的《社會主義經濟論》似乎沒有太大的理論困難。可是，在事實上，它卻怎麼也走不通。早在1960年10月，孫冶方就打算按《資本論》的程式編寫這部教科書，他組織了一個近40人的寫作班子，攻關兩年，竟無功而返。到1964年，作為民主主義者的孫冶方已經深感他的思想與現行體制的矛盾。他曾說，在新中國成立前的新民主主義革命時期，自己寫文章經常是思如泉湧，一揮而就，甚至可以站在排字房的門口，寫一頁，排字工人排一頁；而社會主義改造以後，寫文章變得很難，有時候一篇文章要寫幾個月，怎麼也寫不出來。隨後他被批判入獄，在牢中面壁七載，日日苦思，默寫85遍腹稿，自以為已想通所有關節，可瓜落蒂熟，但是卻沒有想到還是拓進艱難。
這種致命的痛苦對於孫冶方來說，甚至大於軀體的病痛。對於同樣經歷過這種思想掙扎的吳敬璉來說，他對孫冶方的思想苦悶感同身受。儘管他是孫冶方的晚輩，卻一樣是因為嚮往民主自由而投身到對國民黨政權的抗爭和新中國的建設中，早年都是一個刻骨銘心的民主主義者，而後來的現實和形成的體制卻與他們的理想格格不入。
吳敬璉發現，孫氏理論存在巨大的、難以自圓其說的內在矛盾，突出地表現在他的商品——價值觀上。
孫冶方提出要用等價交換原則去處理和調節生產單位之間、地區之間的關係，「把價值放在價值規律的基礎上」，可是價值概念只適用於有商品交換和生產的社會形態中。要想分析社會主義條件下的價值範疇，就得分析社會主義條件下的商品關係，而承認社會主義條件下存在商品關係，又與馬克思以來的經典理論相矛盾。於是，巨大的矛盾就出現在了孫冶方的理論體系裡，用孫冶方自己的話說，他一方面「反對自然經濟論」，主張「千規律，萬規律，價值規律第一條」，另一方面又「反對商品經濟論」，反對市場調節。
吳敬璉在《論孫冶方的經濟理論體系》（寫於1984年9月）一文中，描述了孫冶方的痛苦與徘徊——一方面，他作為一個長期從事經濟領導工作、具有強烈的現實感，對現實經濟生活有較深入瞭解的經濟學家，痛切地感到，按傳統理論組織的經濟不可能順暢地運行，不利於生產力的發展，會帶來一系列矛盾，並造成極大的社會浪費，因此決心創造一套不同於斯大林社會主義政治經濟學的新理論體系；另一方面，他作為自青年時代就接受蘇聯傳統理論教育的經濟理論工作者，不能完全擺脫傳統社會主義經濟理論的束縛，表現了理論上的某種不徹底性……他一方面大聲疾呼，經濟體制的設計必須順應客觀經濟規律，另一方面又力求論證這些做法不僅並不與馬克思主義經典作家關於在公有制條件下商品貨幣關係將要消亡的論斷相矛盾，而且是與之完全吻合的。
為了達成這種「吻合」，孫冶方甚至提出了「兩種價值」的理論。所謂「第一號價值」是由市場供求決定交換價值，它反映具有不同經濟利益的主體間的關係，只存在於「商品經濟」中。「第二號價值」是馬克思在《資本論》第一卷中定義的價值，它是生產一定使用價值的社會平均必要勞動消耗，它只是計算的工具。這種計算的目的在於促使所有的企業節約社會勞動，它不需要通過市場的價格波動來起作用，也不反映不同的利益主體之間的關係。從表面上看，這個理論解決了有價值卻沒有商品的邏輯矛盾，可是，它無法解決實際存在於兩種模式之間的矛盾。
吳敬璉回憶說，孫冶方一度對自己的「兩種價值」理論很是滿意，認為是個「利器」，可是一接觸實際問題，矛盾就暴露得十分明顯，不得不一再進行修正，最終，兩種價值的劃分變得十分模糊，無法確定。譬如有一次，他們討論產品調撥問題，從東北向華東調撥糧食或石油，由於東北基地的價格低，所以存在吃虧的現象，其問題的癥結在於不同地區和企業之間的經濟利益，那麼，這其間的價值關係，是「第一號價值」還是「第二號價值」？顯然是前者，而不是後者。
孫冶方的理論體系還存在著眾多類似的矛盾點。譬如，他非常重視流通問題，然而，所謂流通是指以貨幣為媒介的商品交換，孫冶方卻堅持一個理論前提，即社會主義經濟裡既沒有商品，又沒有貨幣，說「我們必須把流通同商品脫鉤，離開商品來尋找交換和流通的必要性」。這樣一來，理論又跑進了一條死胡同。
按吳敬璉的這些分析，孫冶方的兩難，其實是理論前提上的兩難，《社會主義經濟論》的創作是一項不可能完成的任務。