1958年的「大躍進」時期，正是信陽地區遂平縣的碴岈山衛星集體農莊高調宣佈實現小麥畝產3520斤，《人民日報》以《衛星農業社發出第二顆衛星》為標題進行報道——這是媒體上第一次出現「放衛星」這個高產專用詞，由此拉開了一場充滿了虛假和災難性後果的糧食高產競賽。「大躍進」的狂熱直接導致了其後三年的大饑荒。當悲劇發生的時候，放衛星最積極的地方，就是景象最悲慘的地方，全國的衛星以河南放得最多，河南又以出了「碴岈山衛星」的信陽地區最耀眼。3年中，河南非正常死亡人口在200萬以上，死亡牲畜74萬多頭，荒蕪土地440餘萬畝，為全國最慘烈的省份，一向為豫東南「魚米之鄉」的信陽地區更是餓死100多萬人，很多鄉村絕炊絕戶，浮腫病大面積蔓延，農民大量外逃或餓死，爆發了震驚全國的「信陽事件」。河南省委在向中央的檢討書中，也稱這個時期的信陽「一時間形成了一種恐怖世界、黑暗世界」。
息縣地處大平原，盛產小麥、水稻，自古富足，有「走千走萬，不如淮河兩岸，要米有米，要面有面」、「有錢難買息縣坡，一半米飯一半饃」的民謠，可是，到60年代後期，這裡卻已成了一片荒蕪貧瘠之地。「大躍進」時期，吳敬璉曾去四川涪陵做過短期考察，儘管已觀察到一些不正常的現象，不過卻沒有切膚之痛。而正是在息縣，他親眼目睹了不當政策結下的驚人苦果，這在當時還是一個沒有人敢於觸及的「秘密」。在口述史中，他說：「到了干校，就先起疑了。中央國家機關的干校大部分所在的信陽地區，走出去幾十里路，沒有村莊。這個地方是中州，中華民族就是從這裡繁衍出來的，它的文明開化已經幾千年了，怎麼可能有這麼大量的荒地？當地人『憶苦思甜』，他們哭著說的，都不是解放前的事，都是說那3年（1959~1961年），講的事情都慘不堪聞，因為真的發生了劉少奇所說的慘劇『人相食』。一個人餓死了之後，雖然他的親人都沒有力氣，但還是想辦法把他埋得很深，你埋淺了，就給人刨出來吃了。這種故事才使我們真正認識到，『大躍進』和人民公社的後果，為什麼會發生歷史上從來沒有發生過的慘劇呢？」
正是在慘烈的事實面前，以及因此而引發的苦苦追問中，意識形態的硬殼開始殘酷地剝落，滴血的新肉一絲一絲地長了出來，這是一個多麼痛苦的過程，卻將讓吳敬璉獲得靈魂的新生。
哲人說，苦難是生命最大的財富，這句話其實因人而異。沒有人會主動去追求和擁抱苦難，但是當它到來的時候，卻會滌蕩出不同的底色，有人消沉，有人麻木，有人背叛，有人隨波逐流，也有人從此警醒和昇華。吳敬璉的人生在「五七干校」以及後來的勞改隊裡徹底轉變了，他開始學習獨立觀察，這位從少年時代就信仰革命的知識分子，沒有在革命家們的書本上，而是在貧困和苦難中學會了獨立和自由的思考。
讓吳敬璉感到幸運的是，就是在干校期間，他「重逢」了顧准。
吳敬璉對顧准這位「熟悉而又陌生」的老「右派」留下比較深刻的印象，是在經濟所人員出發去幹校的前夕。
當時，學部人員在大院裡集中待發，顧准問軍宣隊：「我的妻子汪璧現在哪裡？」軍宣隊支吾以對，最後只好告訴他，汪璧早在1968年就服毒自殺了。顧准一生摯愛其妻，聞言，癡立半晌，然後把頭埋在一隻飯盒上嘶聲嚎哭，如一隻喪家的孤犬。同事們站在一旁，淒然相望，誰也說不出一句話來。
到達息縣後，五連分為四個排，原來的政治經濟學組和《經濟研究》編輯部編成二排，吳敬璉與顧准又被分在同一個排裡，他們一起勞動和生活。
一開始，全連住在縣城的一間棉花倉庫裡，顧准在日記中記錄了當時的景象：「棉花倉庫搭了架子，半數以上的人睡高鋪，其餘的人睡床板，處中間，行李箱籠放在架子下面。這一個倉庫很長，有十間房子，這樣安排的結果，室內蔚為奇觀。」
安頓下來之後，就開始脫磚坯，建房子。吳敬璉先是被分配當瓦工。他很快就成了高級技工，負責砌山牆，天亮上工，天黑收工。到了1970年8月，一連蓋了7棟宿舍和一座糧食倉庫以後，吳敬璉的工種變成了電工，他學習《電工守則》，把電線穩穩妥妥地鋪到每一個角落。除此之外，他還與同一個排的青年經濟學家賀菊煌自學木工。木工的最高手藝不是打造傢俱，而是自造木工具——鋸子和刨子。鋸子比較簡單，三根木頭加上鋸條就可以了，刨子則比較難，槽一定要挖得平整，刀縫要有適當的角度，只有這樣，刨花才能出得順利，不會卡在刨刀槽裡。吳敬璉使出了他好鑽研的勁頭，和賀菊煌總結出一套製作刨子的程序，不但質量好，速度也很快，甚至一天就能做出一把來，他的制刨技術竟在息縣的干校裡有了點兒小名氣。就這樣，從瓦工、電工干到木工。這個從小就喜歡理工科的人，沒有想到在不惑之年竟真的實現了「理想」。
除了體力勞動，其餘的時間幾乎全部用於吃飯和睡覺。信陽地區屬於淮河流域，盛產甲魚、鱔魚，但是農民因為太窮而不捨得吃，干校自產糧食，所以伙食也很好。在那時，除了「紅寶書」（《毛澤東語錄》）和6本經典著作解說小冊子，閱讀其他書籍都是不允許的。就是《人民日報》也只許「讀」，而不能「看」。因此，天一黑就熄燈睡覺了。一向多病的吳敬璉身體一天天好起來。
不過，這種消停的日子沒有過得太久，就因為「深挖五·一六」而被打斷了。
江青等人抓住「清查五·一六」的大旗做文章，親自抓典型，發通報，要求「深挖」，一次次把迫害的烈火煽旺。學部軍宣隊按上面的指示辦事，在把「聯隊」骨幹的「五·一六」罪行辦成「鐵案」以後，又將清查的重點轉向昔日清查「五·一六」的同盟軍、今日的「五·一六二套班子」——「大批部」。
1971年4月，學部干校奉命遷到了距離息縣50里外的明港鎮，住進了一所被廢棄的軍營，從此，不再需要勞動，每天只搞政治運動，在很多人的回憶中，明港更像一座「集中營」。
運動的主題還是檢舉揭發和批鬥「五·一六分子」。隨著鬥爭的「深入」，壞分子越挖越多，以至於經濟所100多號中有三分之一都成了「五·一六分子」。吳敬璉更是厄運連連，有人揭發說，自己曾經讓吳敬璉修理收音機，當收音機修好之後，打開一聽，竟然是「美國之音」，於是，他又多了一條「反革命」罪名——「偷聽敵台」。他幾乎隔三差五就會被批鬥，有時一天還會被斗上三四次。他被「隔離審查」，連裡大多數人都不太敢跟他交往。學部的「大批部」成員中，很多人被迫屈服了，還有人不堪其辱憤而自殺。吳敬璉卻死活也不肯承認，他因此被批鬥，多的時候，一天會被游鬥3次。他回憶說，經濟所的軍宣隊隊長似乎對知識分子有著「天生」的反感，每一次批鬥會，指導員對他喝喊的第一句話常常是：「把你的破眼鏡給我摘了！」他還被逼著供認自己的「同夥」。柳紅在《吳敬璉》一書中寫道：「有一點特別值得提及，在筆者走訪吳敬璉的同事時，他們不約而同地談到在『文化大革命』期間，當用逼供的辦法時，吳敬璉總是秉公直言，絕不亂咬別人，不無中生有。」
不過，這一切遭遇對於吳敬璉來說，都有點無所謂了。他的朋友周叔蓮在一篇回憶文章中記下過這樣一個情節，「我走出小屋子，往後面一排房子一看，二排的吳敬璉在離我約50多米處洗衣服。他抬頭看見我，開口唱了一段樣板戲：要學那泰山頂上一青松。當時承認自己是『五·一六』的不少，他用泰山青松跟我暗示，他沒有承認，也要我挺住」。
最後，吳敬璉因為「頑固不化」，被定性為「帽子抓在人民手中的『五·一六反革命分子』」，送進了條件更為艱苦的勞改隊。
在這個隊裡，既有像他這樣的中青年「反革命分子」，還有不少老資格的「反革命」，有些甚至是過去批鬥過他的人。吳敬璉非常孤獨，在隊裡，他與老「右派」顧准走到了一起。在過去的一段時間，儘管他與顧准都在經濟所，甚至在同一個組裡工作，不過卻沒有太多的交往。追求進步和自詡為「革命者」的吳敬璉對這位兩次戴上「右派」帽子的前輩並無親近感，他們在經濟思想上也南轅北轍。而現在，形勢比人強，一切都似乎發生了根本的變化，如今的吳敬璉也成了一個被勞改的「反革命分子」，他與顧准的社會地位同樣「低」到了「賤民」的水平上。
在高強度的體力勞作裡，自幼多病的吳敬璉遠遠比不上比自己年長15歲的顧准，只能當當顧准的下手，兩人越走越近。吳敬璉的學術功底和聰慧給顧准留下了深刻的印象。有一次，大家在一起做電工，同組的賀菊煌帶了一本《高等數學》，吳敬璉隨手翻了幾頁，竟發現有個地方的邏輯推導上有點問題，幾個高手聚首一細研，果如其言，吳的數學底子讓大家很是驚艷。顧准在日記中還記錄了這麼一件事，有一次，他與吳敬璉一起去信陽城裡裝瓦，他們藉機用經濟學家的眼光去觀察這座城市的工業，評價它的經濟發展，經過一座火電站時，當地人介紹說它有1.6萬千瓦的發電能力，吳敬璉憑著自己對工業技術的熟悉，從外觀和規模推斷出，此電站的設計裝機容量應該有10萬千瓦。
對於顧准，吳敬璉也有了新的認識。有一次，勞改隊對顧准進行批鬥，指責他「偷奸耍滑」，年過半百、體質羸弱的顧准就是不肯低頭，軍宣隊的人開始打他，顧准冒著雨點般襲來的拳頭仍然頑固地高昂著頭，大喊：「我就是不服！」還有一次，有人前來向顧准調查譚震林的問題，顧准在蘇南工作時與譚震林常因工作吵得很厲害，甚至他被撤職也與譚頗有干係，可是，當來人讓他確認譚是「叛徒」時，他卻堅決地說「不是」，來人就狠打他，打完再問，他說「不是就是不是」，再打，還是說「不是」。另有一位秦姓研究員，是孫冶方的無錫同鄉，也是顧准在華東的老同事，思想非常的「左」，在學部工作時，整孫冶方和顧准很厲害，顧非常討厭他。這時，他也被打倒了，「革命群眾」發現，在抗戰時期，秦曾在廣西桂林當過國民黨桂系一個專科學校的政治輔導員，於是被作為「反共老手」批鬥。顧准卻上門去找專案組說，你們這些人沒有歷史知識。這個學校是受李克農直接控制的，為地下黨做了許多工作，在這裡工作怎麼能叫「反共老手」呢？
顧准的正直與「較真」讓吳敬璉非常敬佩。有一次，在私下交談中，言及過去幾年的紅衛兵間的派系鬥爭，顧准對吳敬璉說：「他們整天鬥來鬥去，自己很得意，以為是在干革命事業，其實只不過是別人棋盤上的棋子，還不如利用這個時間讀點書，對國家、對人民更有益。」
這席話讓吳敬璉很有同感，他開始反思自我，把過去堅信的那些理論一一反芻省思，對於曾經全力批判過的孫冶方和顧准他們所倡導的價值規律理論也進行了新的審視。已經受難十多年的顧准顯然比他看得更深、更遠，他說，問題的關鍵其實是，娜拉出走以後怎麼辦。