有意思的是，這兩個寫作班子在社會主義部分的創作都陷入了困境。於光遠的寫作組從1961年寫到1964年，只寫出一些「部件」，無論如何也成不了體系。孫冶方的寫作組苦戰經年，反覆研讀了馬恩列斯毛的所有著作，可是每個人的頭腦中都有一些解不開的結，對於社會主義經濟現實，從理論上無法自圓其說，致使它最終流產，甚至到20世紀70年代末，孫冶方出獄之後，再度組織吳敬璉等人攻關，在他去世之前竟然仍未完成。於光遠的班子撰寫資本主義部分只用了一個多月的時間，可是進入社會主義部分後，卻進展緩慢，幾乎寸步難行。日後，吳敬璉回憶說：「我總感到編寫組的氣氛有些特別。一方面，於光遠骨子裡傾向自由主義，在編寫組裡培育自由討論的氣氛，幾乎任何問題都能討論；另一方面，他又是中宣部『閻王殿』在科學（包括社會科學）方面的總管，需要貫徹黨中央的政治意圖。」最終，於光遠的這個班子只寫出來若干篇章，其中包括吳敬璉獨立寫作的《社會主義的經濟表》，以及他與陳吉元等人合作的《全民所有制經濟論》。
1963年初夏，33歲的吳敬璉、周南夫婦的第一個女兒吳曉蓮出生了。當時，他們家的第三代全部住在北京南長街那幢三層樓的花園洋房裡。吳曉蓮與四個表姐、表哥都歸鄧季惺統一管理，這位已經徹底靠邊站的「右派分子」重新拾起當年在南京第一托兒所當所長的勁頭，樂此不疲地幹起了保姆總管的工作。
風華正茂的吳敬璉在工作、生活上兩廂得意，似乎正處在事業的上升階段。可是命運總喜歡在最不經意的地方玩一出惡作劇。緊接著，一件讓吳敬璉終生悔痛的事情發生了。
在過去的一兩年裡，經濟所所長孫冶方先後寫作了20多篇論文，論述計劃經濟與價值規律的關係，如《要用歷史觀點來認識社會主義社會的商品生產》、《論價值》、《社會主義計劃經濟管理體制中的利潤指標》等等。1962年，孫冶方與陳伯達（時任《紅旗》雜誌總編輯）就一些經濟概念發生了書面爭執，孫認為，不應該在計劃供應與憑證供應之間畫等號，不要把集貿市場叫做「自由市場」。他還指出了陳伯達在一份報告中的基本概念錯誤，例如把「商品流通量」說成是「商品供應量」，這自然引起後者的嫉恨。1963年年底，孫冶方在中科院哲學社會科學部委員會擴大會議上，專門作了一次關於利潤問題的演講。據劉國光的回憶，在演講前，有年輕學者勸孫冶方別講了，提醒他說：「你講利潤，人家會說是修正主義。現在還是不講為好，風聲已經這麼緊了。」孫淡淡地答：「風聲是什麼？我不是研究氣象學的。」
到1964年，隨著國民經濟漸漸從三年大災害的低谷中恢復起來，重新認識價值規律的思潮日漸成型，而它的發生中心就在孫冶方領導的經濟研究所。
開頭炮的是中國共產黨的早期最高領導人之一張聞天（1900~1976年，曾用名「洛甫」）。他是1925年入黨的老黨員，曾在20世紀30年代當過中華蘇維埃共和國中央政府人民委員會主席，一度主持中央工作；延安整風運動以後，淡出領導層核心。建國之後，他曾出任駐蘇聯大使。在1959年的廬山會議上，他被定為「彭黃張周右傾機會主義反黨集團」的首領之一，到中國社會科學院經濟研究所當了一名「特約研究員」。1964年2月，時年64歲的張聞天寫出《試論社會主義商品貨幣關係和價值規律的新內容》一文，鮮明地提出了新價值規律——積極倡導在社會主義社會中搞自由競爭。
張聞天的文章顯然鼓勵了其他思考者。5月，時任全國物價委員會主任的薛暮橋寫了3篇關於價格問題的論文，提出糧食價格的購銷倒掛問題，建議提高農村中返銷糧的銷售價格，提高到購銷拉平，以此為突破口，理順已呈僵化態勢的物價體系。6月，薛暮橋的論文在經濟所進行了討論，會上，孫冶方和顧准都贊同他的觀點，顧准還專門寫作了《糧價問題初探》一文，倡議提高糧價和煤價，降低人民幣對外匯率。此外，經濟所的年輕人楊堅白、張卓元及何建章等人，也紛紛發表論文，主張以資金利潤率作為評價社會主義經濟活動的標準，以生產價格為基礎定價。這些觀點都聚焦於計劃經濟的弊端，市場和價格的自由化成為焦點。
進入1964年的秋天，這股市場化的思潮受到了批判，「極左」理論家們組織了多場座談會，對這些觀點進行清剿。在這一過程中，孫冶方被鎖定為最主要的批判對象，他是經濟所的所長，而自由化言論大多出自該所。
批判孫冶方的序幕在《紅旗》雜誌社召開的一次座談會上拉開。
在這次會議上，楊堅白、張卓元撰寫的《生產價格論》等兩篇論文遭到點名批判，發言者的調子越唱越高，帽子越扣越大，氣氛十分緊張。孫冶方被點名務必參會，但沒有安排發言，這時，坐在一角的他實在按捺不住，站起來大聲說：「不要再批他們了，文章觀點是我的，我來承擔責任！我應戰，我喜歡赤膊上陣。」
接著，孫冶方操著一口濃烈的無錫口音論述自己的觀點，「許多國家，包括中國，從蘇聯承襲了一種觀點，這種觀點認為，價值規律與社會主義計劃經濟是對立的，相互排斥的，這種觀點幾乎已經形成了一種規範模式，嚴重束縛了人們對客觀經濟規律的認識和探索……」
有人當即質問：「請問，你宣揚的規律是什麼？」
孫答：「千規律，萬規律，價值規律是第一條！」
會後，楊堅白與孫冶方一起出門，楊悄聲說：「這是批我嘛，你何必站起來報名呢？」孫說：「他們是醉翁之意不在酒，文章觀點是我的，我來承擔責任。」
10月，中央宣傳部派出30多人組成的工作隊進駐經濟所，以「張（聞天）、孫（冶方）反黨聯盟」的罪名對孫冶方進行批鬥。孫冶方被批判的觀點主要有兩個，一是反對無產階級國家統一管理經濟，主張企業獨立自治；二是反對按社會需要調節生產，主張以利潤調節生產。因此，孫冶方的經濟觀點的實質就是「使社會主義和平演變為資本主義，是徹頭徹尾的修正主義理論」，他被判定是「中國最大的修正主義者」，並且有「裡通外國」的重大嫌疑，被撤銷黨內外一切職務，每天打掃廁所，刷洗痰盂，在其後的一年內被批判39場。
孫冶方卻不肯低頭認罪。這個倔強的無錫人寫出了一份又一份的檢查材料，進一步清晰地闡述自己的觀點，工作組對他的評價是「抗拒黨和群眾對他的原則批評，態度十分驕橫」。1965年9月，他被下放到北京城郊的房山縣周口店公社大韓集大隊進行勞動改造。「文化大革命」開始後，他於1968年4月被正式逮捕，在秦城監獄關押整整7年。
孫冶方的朋友們也紛紛遭殃，楊堅白、桂世鏞等《社會主義經濟論》的寫作骨幹被認定是「張、孫反黨聯盟」的「八大金剛」，一直受到他保護的老「右派」顧准這次自然也是在劫難逃，他作為「張孫反黨集團」的「外圍」被隔離審查，掛牌批鬥，然後同樣送到周口店勞動改造。
在這場突如其來的、由理論探討迅速升格為政治鬥爭的大辯論中，吳敬璉扮演的角色是尷尬的。
在過去的幾年裡，孫冶方對吳敬璉非常器重，他們的經濟觀點也比較接近，可是在這場批孫鬥爭中，用吳敬璉自己的話說，他成了「批孫」的積極分子。
在晚年的口述中，他說，原因有兩個。
第一，是思想上的原因。吳敬璉在《社會主義社會的過渡性質》一文中闡述的理論基本上秉承了毛澤東在《政治經濟學讀書筆記》以及列寧在《論我國革命（論尼·蘇漢諾夫札記）》中的觀點，即認為共產黨執政，先是製造輿論奪取政權，然後改變生產關係，發展生產力，經過一個漫長的過渡性階段，逐漸消滅資本主義的種種殘餘，其中包括按勞分配、商品交換等資產階級法權。如果這一理論是正確的，那麼孫冶方就是完全錯誤的，因為他認定生產力的發展是生產關係和上層建築演進的基礎，而價值規律、貨幣交換等等是社會主義經濟的必然組成部分。
第二，是人事上的原因。自1961年之後，吳敬璉就被屬於中宣部管理的於光遠政治經濟學教科書編寫組徵調去寫書，與科學處的一班人十分熟悉。而此次，中宣部派出的進駐經濟所的工作組，就是從科學處抽調的。1964年春季，編寫組去東北考察調研，吳敬璉和陳吉元原本是應當隨隊前往的，然而，於光遠卻把他們留了下來，為工作組即將進駐而向他們摸底。所以，當工作組進所批孫的時候，吳、陳以及周叔蓮就成了被利用來「批孫」的骨幹。
吳敬璉敘述了當時的情況：「工作組進所後，照著搞運動的老套路，先是扎根串聯，找出一些積極分子來，當然我和陳吉元都是工作組依靠的積極分子，然後就先『掃清打外圍』，抓幾個『反革命』出來，從揭發顧准、駱耕漠、楊堅白的所謂『歷史政治問題』入手，然後就給孫冶方加上『招降納叛』的罪名，開始揭發批鬥。」
在對孫冶方的批判中，吳敬璉擔當了「理論反擊員」的角色。在這一年12月期的《經濟研究》上，他與陳吉元、周叔蓮聯合署名發表《社會主義生產目的不容歪曲》一文，指出：「一種社會生產只能服從於一個目的，而不能服從於兩個不同的目的。生產要麼是為了利潤，這就是資本主義生產；要麼是為了滿足社會需要，這就是社會主義生產。」這一論斷顯然是衝著孫冶方去的。
對孫冶方的批判，是吳敬璉此生參與的第一場重要的理論論戰。在未來的數十年中，他還將捲入10多場重要論戰，其中不少場的是非曲直，迄今仍未定案。不過就第一場而言，他站在了真理的對面，儘管他只是一個小小的、被利用了的配角。
吳敬璉日後對這段經歷從不諱言。他說，這段時期所研究的問題和所做的學問，雖然其中是一些技能型知識，還是有用的，但從總體上來說是一些「假問題」和「偽科學」。他多次在公開場合講述自己參加對孫冶方批判的事，一次次揭開滴血的傷口，表達懺悔，對自己進行批判。1997年，他在《我與顧准的交往》一文中沉痛地寫道：「對於我們自己來說，卻不能不把自己由於自私和盲從而在政治運動中採取錯誤的態度引為終生的教訓。」2000年，吳敬璉因揭露股市黑幕而達到個人聲望的頂峰，中央電視台《對話》欄目專門為他錄製了一期節目，以表達對他的敬意，面對全國億萬觀眾，他坦陳，「我也曾經走過很長一段時間的彎路，當過風派人物……」在談及孫冶方和顧準時，他說，「他們樹立了非常好的榜樣，我要達到他們那個境界還差得很遠」。
發生在1964年的這場運動，拿敢講真話的老馬克思主義者孫冶方開刀，使全國知識分子噤若寒蟬。此後13年，中國經濟理論界萬馬齊喑。