1949年4月中旬，在中共香港工委負責人夏衍的安排下，吳敬璉隨母親從香港回到已經和平解放的北平。在香港停留期間，陳銘德、鄧季惺和趙超構曾仔細策劃如何改組《新民報》，以便在新中國「東山再起」，他們曾問夏衍，共產黨是否允許私人辦報？答覆是：當然可以。在解放初期，鄧季惺曾任西南軍政委員會委員，之後就逐漸邊緣化。後來，《新民報》系的結局是這樣的：1950年4月，成都版停辦；1952年1月，重慶版停辦；1952年4月，北京版被政府以2萬元作價收購，改成《北京日報》；1953年年初，上海版實行公私合營，易名為《新民晚報》。陳鄧的報人生涯從此終結，1953年，他們分別被任命為北京市城市服務局副局長和民政局副局長。鄧季惺回憶，她幹過的最重要的一項工作是，主持修建了北京市的第一個火葬場。
父母的被邊緣化，顯然沒有影響到吳敬璉對新社會的熱情。一到北平，他就住進了羊肉胡同的香山肺病療養院城內分院。到1950年春天，身體有所康復，吳敬璉就回到南京金陵大學開始學習經濟學的大學學業。很快，他加入了新民主主義青年團，1950年暑期開始擔任經濟系團支部書記、校團委的團課教員。
這種「為建設新民主主義社會而學習」的學生生活只持續了一個學期，就開始了抗美援朝的政治運動。
1950年6月25日，朝鮮戰爭爆發。在朝鮮人民軍佔領了南朝鮮絕大部分地區的情況下，9月15日，以美國為首的聯合國軍在朝鮮半島中部的仁川登陸，直逼平壤。10月19日，中國人民志願軍入朝作戰。11月中旬，發生了金陵女大和金陵大學美國教授污蔑北朝鮮侵略南朝鮮的事件，學校的黨、團組織抓住時機，掀起了影響全國的「反侮辱、反誹謗、反美帝控訴運動」，把群眾的仇美情緒調動起來，為抗美援朝掃清思想障礙。吳敬璉被控訴運動所激發的愛國心推動，積極參加了這場運動。控訴運動結束後，由校團委出面，舉辦了題為「揭露美國利用文化教育機構進行侵略活動，宣傳西方資產階級價值觀和生活方式的罪行」的展覽會，吳敬璉是籌備展覽會的負責人之一，他整天忙碌，不知疲倦。1951年2月，中國政府接管了各地的教會學校，金陵大學和金陵女子大學合併成立公立金陵大學。
很快，英文從課程設置中取消了，西方的經濟學論著被徹底廢除。到1952年「院系調整」之後，各高校經濟類課程只開馬克思主義政治經濟學、《資本論》等，採用的全部是蘇聯專家編寫的教材。
在青年吳敬璉看來，這些都是理所當然的。他在後來的文章中寫道，「我在大學期間，除了第一學年還上過幾門現代經濟學課程外，所學的理論和方法基本上是從蘇聯移植過來的。當時我以為，掌握了這一套理論和辦法，就能沿著蘇聯的道路，迅速實現國家工業化，建立起強大的社會主義國家」（《吳敬璉選集·作者自傳》），「使我對這些理論觀點深信不疑的，並不是有關蘇聯社會主義經濟的各種事實材料，而是對社會主義的某種信念。這種信念又因我國50年代上半期在新民主主義經濟制度下取得的成就而得到加強。這種思想脈絡大概只有在50年代上半期身歷其境的人才會覺得完全合乎情理。」（《中國經濟的振興有賴於市場取向的改革》）而在口述史中，他更進一步說：「因為要反對國民黨，所以就要接近共產黨，擁護共產黨，學習共產黨的理論。其實你現在回想起來，根本就沒有學懂，很多事情並沒有學懂。」
從1951年12月開始，為了整肅進城以後愈演愈烈的腐敗之風以及打擊資本主義工商業，中共中央發動了「三反五反」運動，吳敬璉作為學生中的積極分子，參加了學校內清查貪污浪費的活動。例如，參加在中央大學大禮堂召開的全市高校系統「打老虎」（「老虎」，指的是重點鬥爭對像）大會。這種會議是大小會結合的，大會上各校競相報告「戰績」，當場「落實」寬待政策，然後各校再分頭開小會「攻心」，迫使鬥爭對像交代。這種活動不用擴音器，全憑著年輕人高音喇叭似的嗓子，往往一「打」就是幾天幾夜，不達指標誓不罷休。
所謂「鬥爭階段」結束後，吳敬璉被調到校增產節約辦公室做結案工作。使他萬分驚訝的是，在運動中言之鑿鑿的貪污案件竟一個也不能落實定案。
吳敬璉在大學裡積極參加「打老虎」的同時，鄧季惺和陳銘德在北京卻成了被打的「老虎」。建國之後，鄧季惺出資在北京南長街修建了一幢三層樓的花園洋房，現在，這座私宅被認定是貪污《新民報》的錢建成的，職工上門來批鬥，強迫他們交代。鄧季惺當然很憤怒：「我是報紙的老闆，我貪污誰？」更讓他們傷心的是，一些老朋友在運動中自殺了，其中包括鄧季惺的老師和友人、一代四川船王盧作孚。這是一位社會聲望極高、十分愛國的企業家，也是西南軍政委員會的同事。他的自殺讓鄧季惺非常震驚和不理解，據吳敬璉回憶，他的母親從來沒有跟他討論過對「三反五反」運動的看法，不過他能看出她的困惑。對於當時的吳敬璉來說，這樣的運動當然是必須的，哪怕父母遭到衝擊，也是因為世界觀改造的需要。
在忙完「三反五反」後，接下來是「知識分子思想改造運動」，俗稱「洗澡」運動。改造的對象是大學裡的教授，而改造者就是像吳敬璉這樣的「革命青年」。表現積極的他，成了文學院的「學生總代表」。有時上著課，發現老師的講授有悖《資本論》的理論，就會走上台去，開展大批判。他後來回憶說：「那真是無知狂妄、強詞奪理啊！」
就這樣，在革命的風暴中忙碌了好一陣子，吳敬璉的肺病又犯了，只好再次住進學校的療養院。在這裡，他認識了一個長相嬌小而秀氣的女病友，名字叫周南。
周南是雲南人，與吳敬璉同齡，比他小9個月，就讀於金陵女大的教育系學前教育專業。他們的長女吳曉蓮在《我和爸爸吳敬璉》一書中這樣描述這對青年人的戀情——當時，兩人都是金陵大學的學生。大學生們下鄉參加「土改」時，吳敬璉因生病不能去，而周南參加「土改」回來後，也因發燒住進了療養院。周南在療養院一直發燒，肺炎轉成了肋膜炎，吳敬璉時常過去安慰她說「別著急，我給你唱歌聽」，兩人就這樣熟悉了。周南聽當時經濟系的同學說吳敬璉學習特別好，記憶力超凡，據說能背下整本《資本論》，這令周南對吳敬璉傾慕不已。周南的一個閨友勸她說：「你看吳敬璉那樣，病懨懨的樣子，你想以後做寡婦啊？」周南說：「我還是喜歡他，我就是覺得他特別有才。」
吳曉蓮後來問周南：「您就是聽人家這麼一說，有沒有親自考考他，看他是不是真的能背？」周南答：「沒有。我又沒有看過《資本論》。」吳曉蓮在自己的書中感慨說，也就是在那個年代，一本《資本論》就能打動一個女人的心。不過有趣的是，到了晚年，吳敬璉在口述史中證實能否背誦《資本論》一事時說：「沒有：這事兒是傳聞，言過其實。」
儘管能背整本《資本論》是一個「言過其實」的傳聞，不過，吳敬璉激進的思想、優異的成績、善解人意的個性，當然還有俊朗的外形，顯然還是深深打動了姑娘周南的心。
1952年9月3日，22歲的革命青年吳敬璉加入了中國共產黨。
不久，全國大學進行大規模的院系調整，吳敬璉所在的金陵大學經濟系被併入了上海復旦大學。在這裡，給他上二年級政治經濟學課的是剛從中共人民大學受過蘇聯專家培訓的教員蔣學模。蔣後來成為當時全國最著名的社會主義政治經濟學教授，他編寫的《政治經濟學教材》沿用了幾十年，據稱先後發行了1800多萬冊。蔣學模對學生時期的吳敬璉印象非常深，在幾十年後的一次聚會中，他指著吳敬璉，用一口濃重的寧波腔說，「他是我的好學生」。也是在復旦的班上，吳敬璉與一位名叫周叔蓮的同學十分投緣，這一緣分後來延續了一輩子。
1953年，吳敬璉和周南大學畢業。南京的周南留校當了助教，上海的吳敬璉竟又掉了「鏈子」，他被檢查出肺病未癒，不能分配工作，只好留在學校的康復樓裡又乖乖地養了一年的病，兼任康復樓團支部書記。以他當時的身體狀況，實在很難想像，在後來，當他80歲的時候，居然還能站在講台上連續講課3個小時。
1954年，吳敬璉終於拿到了畢業證書。他被分配到北京的中國科學院經濟研究所，這是當時中國研究經濟學的第一重鎮。當然，比吳敬璉更高興的人還有一個，那就是鄧季惺，因為寶貝兒子又回到了她的身邊。不過，這時候的吳敬璉已經讓她覺得越來越「陌生」。有一次，吳敬璉對母親說：「你以後不要坐沙發了。」鄧問：「為什麼呢？」吳答：「無產階級都坐凳子，為什麼要坐沙發呢？」還有一次，吳敬璉公開表示，「一個人不應該有兩件以上的襯衫」。過慣了優裕生活的鄧季惺和陳銘德都瞠目結舌，不知道如何應答。
進了經濟所，吳敬璉仍然是積極分子，他當上了首任團支部書記。
當時的經濟所不到50個人，據吳敬璉的回憶，「沒有什麼馬克思主義的經濟學家」。它的前身是國民政府時期的中央研究院社會調查所，創所所長陶孟和，是英國倫敦經濟學院的經濟學博士，從事近代經濟史、政治制度的研究，正是他，在全國解放後把全所從南京帶到北京，中科院成立後，他升任副院長。代理所務的巫寶三是美國哈佛大學經濟學博士，從事經濟思想史方面的研究；副所長嚴中平，畢業於清華大學經濟系，後留英進修，是近代紡織史方面的專家，顯然，他們的知識背景及結構，已經無法適應計劃經濟的理論需要。