少年吳敬璉，是母親鄧季惺的反對派。
他自幼體弱多病，父親給他起了個小名叫「長明」，祈求他能夠「長命」。曾有醫生說他活不過一歲，鄧季惺心憂如焚。吳竹似出殯時，按當時民俗，子女應披麻戴孝在出殯路上一步一磕頭，鄧擔心兒子吃不消，堅決反對，其護犢心切可見一斑。
因國事動盪及身體虛弱，一直到大學畢業，吳敬璉的讀書生涯都是斷斷續續的。
1936年，6歲的吳敬璉進南京山西路小學讀書，僅一年，就因抗戰爆發停學西遷。到重慶後，他被送進了巴蜀小學，這是大後方教學質量最高的小學之一。當時的四川省主席王瓚緒任小學董事長，「航運大王」盧作孚當校董，國學教師中有葉聖陶這樣的名人，連當時常駐重慶的共產黨代表周恩來都來作過演講。吳敬璉的同期學生中便有著名報人鄒韜奮的3個子女，其長子鄒家驊（後更名鄒家華）後來當過國務院副總理，次子鄒家騮（後更名鄒競蒙）和吳敬璉同班。在節假日時，鄧季惺常常帶著子女外出參觀，比如去山洞裡的軍工廠等等，這使得在戰火中長大的吳敬璉從小就關心社會和國家命運。
1941年，小學畢業後，吳敬璉考進重慶南開中學，這又是大後方的一所模範學校，創辦人張伯苓是民國時期與蔡元培齊名的大教育家。張伯苓教學強調「三育並進而不偏廢」，特別注重學生的人格教育和道德教育。晚年吳敬璉仍清晰地記得，在新生開學典禮上，張伯苓所作的《我為什麼要辦南開》的演講。吳敬璉在一篇紀念文章中寫道：「我雖然只在南開念過兩年書，但南開給予我的基本訓練方面的影響，卻是極其深遠的。除語文、數學等功課外，從邏輯思維、語言表達，公民課上關於如何開會、如何選舉、如何表決的訓練，直到每座樓進門處鏡箴上的『頭容正、肩容平、胸容寬、背容直，氣象勿傲、勿暴、勿怠，顏色宜和、宜靜、宜莊』的儀態要求，都使我終身受用不盡。總之，就我的親身感受而言，南開教育之所謂『高貴』，指的並不是生活上的奢侈和安逸，也不是目中無人和頤指氣使，而是對於德、智、體、美四育並進的高素質要求。」
吳敬璉體弱，總是在養病，缺少鍛煉，因此第一學年就因體育成績不好差點被南開中學除名，他向學校保證每天晚上跑步800米，加上優秀的數學成績，學校才勉強同意他留下。可是沒多久，他就得了肋膜炎，不得不休學一年，第二年重念初一。在他的兩年級同學中，有經濟學家茅於軾、中國科學院院長周光召。
1943年，鄧季惺到成都開辦《新民報》成都版，吳敬璉又隨母轉學，插班進了一家名叫高琦初中的基督教教會學校。兩年後，吳敬璉考入金陵大學附屬金陵中學，就讀高中部。不久抗戰勝利，國民政府和大批機構遷回南京，《新民報》總部和金陵中學都一起南下。一個十分有趣的細節是，一直到很多年後，吳敬璉才在一個偶然的機會中得悉，當初與他在同一個年級（不同班組）讀書的學子中，有一人名叫厲以寧。他們後來一個被稱做「吳市場」，一個是「厲股份」，為中國改革開放時期兩位最重要的經濟學家。
小學和中學時期的吳敬璉並沒有表現出對經濟學的興趣，他最熱衷的事情是拆裝鐘錶，而「科學救國」是他的理想。
少年時期的吳敬璉最喜歡理工科，他的數理化、生物等功課都非常好，當實業家的外公以及律師母親，都認定唯有科學和實業才能救國，希望這個聰慧的男孩能夠走上科學家或工程師的道路。吳敬璉心靈手巧，喜好鑽研，平日在家時，總是把各種鐘錶、機械都拆開來看看，倒騰一番後再裝起來，這讓他很有成就感。更讓他開心的事情是，他還有一個「科學迷」舅舅。
鄧季惺的六弟叫鄧友海，他對政治、新聞之類毫無興趣，卻無比癡迷於科學。他畢業於西北工學院的紡織機械系，還到英國留過兩年學，回國後在重慶一家絲織廠當廠長，平時就常常住在大姐家裡，把自己關在房間裡裝拆各種東西，搞實驗，做工程。有一段時間，他瘋狂地迷上了發明製作滾珠的最新辦法，反覆試驗卻始終無法成功，以至於全家人絕對不能在他面前提「滾珠」兩字。吳敬璉自幼無父無兄，自然對這位六舅舅無比崇拜，整天跟在他的屁股後面裝東拆西，不亦樂乎。十來歲時，他最朝思暮想的東西是一隻裝有各式各樣工具的木箱子，當時名叫「雙手萬能」。13歲生日時，母親真的給他買了一個，這讓他幾乎興奮了一年。
他對科學和機械的愛好保持了一生，甚至在日後的困頓時刻，這成了他聊以自慰的手段。在「五七干校」時期，他當過瓦工和電工，自學過木工，還業餘為人修理自行車和收音機，他對最新的科技動態始終非常敏感，對高科技產業十分重視，近年來長期擔任國家信息化專家咨詢委員會副主任的吳敬璉對於高新技術的專業指示常使內行人士感到驚詫。這些都得益於孩提時培養起的那些興趣，後來竟成了他的經濟研究中重要的領域。
一直到讀中學的時候，吳敬璉仍然不改「科學救國」的夢想，他在一篇文章中寫道：「那時，我的理想是科學救國和實業救國，以為依靠聲、光、電、化，就可以發展起現代工業，抵禦洋人的堅船利炮和貨物傾銷，建設富強的中國。至於要依靠什麼樣的社會制度來實現這種理想，我卻幾乎完全沒有思考過。」
後來的吳敬璉，之所以沒有如願以償地當上一名優秀的科學家或工程師，而成了經濟學家，竟還是因為身體羸弱。
17歲那年，吳敬璉被確診患上了肺結核，因為父親吳竹似死於此疾，大姐剛進大學也染上了肺結核，這自然讓母親鄧季惺無比緊張。吳敬璉的學業停停讀讀，上學又休學，成了一個無奈的病號。1948年，吳敬璉以同等學力報考金陵大學，他選擇的是自己最喜歡的電機系。可是考上之後，馬上就因病不得不又一次休學。此刻，他意識到，憑自己現在的身體條件根本無法從事艱巨的科學實驗及野外考察，理工科的夢想就此破滅。
就這樣，在再次復學的時候，他乖乖地選了文學院。他在口述史中說：「其實我不喜歡文學，但是文學院裡面有其他的東西，比如說經濟學，後來我就選了經濟系，這個學問與實業救國好像還有那麼一點兒關係。」
日後這位傑出的經濟學家，就是這樣病怏怏、半情半願地「入門」了。
回過頭來說青年吳敬璉的政治立場。在這方面，他比信仰法律和改良的母親要激進得多。
他對國民黨政權的失望是從1946年的一系列政治衝突事件開始的。
抗戰勝利後，國民黨與共產黨在重慶談判，達成《雙十協定》和《停戰協定》。但是，雙方摩擦不斷。國民黨內的右翼極端派更是肆無忌憚，不斷蓄意挑釁。1946年1月10日到31日，全國政治協商會議在重慶召開，通過了和平建國綱領問題、憲法草案問題、軍事問題等五項協議，政治民主化、實施憲政等話題被重新提起，人民以為「和平民主新階段」即將到來，吳敬璉也滿懷希望，以為可以遂科學救國和實業救國的心願了。