就在這種赤手空拳的情況下，它們開始與大廠搶食：小廠到大廠挖人才，工人兼職每月300元，技術員800元，調試一台設備外加500元，大廠裡的設備、零部件老是失蹤，然後在小廠裡出現；大廠研製出新的產品，過不了多久，圖紙就出現在小廠廠長的辦公桌上了；大廠用美元與外商結算，小廠們則可用人民幣，而且價格還便宜很多；小廠到處挖大廠的客戶，拉交情，給回扣，弄得客源日日流失；最後連大廠的營銷員也被小廠拉攏去了，小廠給出更高的提成，甚至「賣出十台，可以給一套房子」。《經濟日報》對此評論說，對許多國家骨幹企業的廠長來說，本身既受到種種體制上的束縛，動彈不得，外部又受到那些精靈般的、不按牌理出牌的私人工廠的騷擾，唯一能做的就只有苦笑了。在此次治理整頓中，這些小廠受到了嚴厲的整治，其理由是「盲目發展、重複布點、重複建設，嚴重影響國家行業規劃」。此類整頓在幾乎所有私人工廠日漸活躍的行業內都在發生。
這種專門指向體制外企業的針對性整頓，在客觀上，讓一些行業秩序得到了恢復，也的確打擊了日漸蔓延的假冒偽劣之風，但不可否認的是，同時造成了民營公司很大的困擾。1月5日的英國《金融時報》在觀察這一現象時說，「在北京重新調整中央計劃和加強政府控制的時期，私營企業正在受到嚴格的控制，雖然它們得到允許可以與較大的國營企業並存，但是，國營企業被放在優先位置上，絕不允許被取消。」新華社主辦的《中國記者》雜誌在1990年5月發表《光彩的新概念》一文也認為：「近來報紙和刊物上，有關個體戶的報道少了。原因呢？不少編輯感到『拿不準』。至於社會上，則更有甚者。在有的人眼中，個體經濟已成了背時之物，最好是『從重從快』懲罰打擊。有的人誤以為『中央已經收了，取締是早晚的事』。新聞界在一段時間內的沉默，無形中增加了這種不安的情緒。前幾個月全國個體戶銳減360萬人，不能說和這種氛圍沒有關係。」在那個時期，鄉鎮企業被戲稱為「氣候經濟」，也就是隨著政策的松與緊而波動性成長。與此相關的另一個事實是，民間公司的崛起實在已經成為了一個很難被忽視的現狀。
在廣東以及江浙一帶，鄉鎮企業已經在很多行業（尤其是電器零配件行業）獲得了領先的市場地位。蕭山魯冠球的萬向節廠生產的萬向節佔到全國50%的市場份額，張家港電子計算機廠生產的計算機存儲器、常熟電視機元件廠生產的偏轉圈、上海聯合燈泡廠生產的鐵路信號燈等等，都成為全國行業冠軍。這些企業將從一個專業性很強的行業出發，逐漸成長為一家現代大公司。
也是從這一年起，國家統計局在統計全國工業增長的時候，把鄉鎮所辦的工業企業包括了進去，採用了「鄉及鄉以上工業總產值」的概念，統計專家承認，鄉鎮工業約佔全國工業的1/3，而在此之前，這些企業在國家統計數據中是「不存在」的。很多歐美的經濟學家在研究中國公司時，都會被90年代初的那些戲劇性的數據所迷惑，其實那些年前後的鄉鎮企業數量及產值的「猛增」，是統計所造成的。1990年，全國工業增長為6%，鄉鎮企業的列入至少提高了三個百分點。在10月份的一次座談會上，農業部副部長陳耀邦承認，「行業不正之風使鄉鎮企業受到損失。如一些部門借治理整頓之際，向企業亂收費、亂攤派、亂罰款。有的部門借行業管理、發放生產許可證、產品評優或供應平價物資等為由，劃走、平調鄉鎮企業或改變鄉鎮企業的隸屬關係。」
陳耀邦的這段講話，還只是陳述出了事實的一部分。在過去的很長時間裡，一直存在著一個現象：一些私營業主為了自我保護及得到政策上的支持，便將自己的企業「掛靠」在鄉鎮集體上，每年繳納一定的管理費用，其餘的資產處置則一切自主。它們被稱為是「掛戶經營企業」、「紅帽子企業」或「假集體企業」。其掛靠原因主要有三：政治原因——避免受到政治歧視和間歇性的整頓打擊；經濟原因——可以享受集體企業的一些優惠政策，合法獲得原材料等；運營原因——在初期，私營企業不受消費者和經濟交往單位的信任。在相當長的時期裡，這一部分企業的存在給統計和調查部門造成了困惑，以致人們無法準確地計算出私營企業的真實狀況。1989年之後，隨著宏觀形勢的緊張和政府對私營企業的嚴厲整治，這股「掛靠風」突然升溫。
像山東的王廷江和江蘇的蔣錫培那樣，把自己的企業捐給集體的案例畢竟不是普遍現象，更多的私營企業主選擇了折中的「紅帽子」方式，數以十萬計的私營企業主紛紛掛靠或歸屬到國營、集體企業的旗下，據統計，在廣東汕頭地區，此類企業就有1.5萬家之多，佔到集體企業註冊數的六成左右。1990年中期後，政府及媒體突然關注到了這一現象，並對之進行了深入的調查，《經濟日報》記者馬立群在一篇調查中認為，「假集體現象是私營企業的趨利避害的行為，不足為怪，但是由於這種現象損害了國家的利益便不能不引起我們的關注。這種企業的大量存在，從表面上看似乎是壯大了集體經濟，其實大謬不然。這些企業享受的稅收、信貸政策優惠，使國家財政受到了損害。有的地方假集體企業佔到註冊登記集體企業的80%，如果對其進行清理，國家稅收無疑可以有可觀的增加。」馬立群的這種觀點代表了當時相當一批觀察家和政府官員的立場。很快，在國務院有關部門的督導下，各地開始了對「紅帽子企業」——也就是假集體企業的清理工作。
這個清理工作前後持續了四年，其間，在治理執行過程中出現了錯綜複雜的情況。對政府部門來說，自然是希望對「公皮私骨」的假集體企業進行清理，不讓自己所提供的優惠政策放錯了「籃子」，給錯了對象。而對某些此前掛靠了集體的私人業主，則心情十分複雜，一方面他們還想戴著「紅帽子」繼續享受優惠政策，另一方面，則也希望通過身份的清晰化，讓產權恢復到原來的面目，以免後患無窮。特別是那些已經稍具規模的「紅帽子企業」，「摘帽」對它們來說其實更有利於今後的發展。一個更為隱秘的現象是，在清理過程中，有的「真集體企業」也悄悄地擠了進來，其經營者以各種方式「證明」這家企業屬於「紅帽子」，然後順理成章地將之歸為自己。沒有數據顯示，在前後四年的清理中，到底有多少真假「紅帽子企業」最終完成了產權的清晰，不過，在1992年之後，各地的私營企業數目猛增，其中既有「南巡效應」，也是大批私營企業「摘帽」的結果。與「紅帽子企業」同時出現的另外一個企業事件，則是在浙南和珠三角地區開始流行一種全新的企業模式：股份合作制企業。
股份合作制企業又是精於變通、擅長「繞著紅燈走」的溫州人發明出來的。據記載，第一家股份合作制企業是溫州市城郊的甌海登山鞋廠，它是1985年5月由26個農民集股7.2萬元創辦的，這些農民既是工廠的股東，又是員工，所以被稱為「股份合作」，是一種「新型的集體經濟」。不過，這種合作制一旦規模大起來，就經不起推敲了，因為不可能讓後來招用的工人都一一地成為股東。到1988年，聰明的溫州幹部又找到了一種更有說服力的產權模式。這年8月，蒼南縣在一家名叫橋墩門啤酒廠的小企業搞試點，設計出「股份合作企業章程」，此章程的微妙之處在於，它規定「企業財產中有15%是企業全體勞動者集體所有的不可分割的公共積累資金」，「它的獨立存在，是股份合作制企業區別於合夥私營企業和為集體經濟組成部分的重要標誌之一」。正是有了一部分公共積累，股份合作制企業被理所當然地歸入了集體經濟的範疇。這一企業股權的設計舉世皆無，可說是中國基層改革派面對所有制禁區的一次大膽創新，它被認為是一種「非驢非馬經濟」，卻在理論上能夠自圓其說。
一家私營企業要「改造」成股份合作制企業也可謂非常之便捷：只要宣佈本企業的15%資產為「全體勞動者的公共積累」即可。溫州的這種新型企業模式很受改革派理論人士的青睞，當私營企業備受一些思潮侵擾之際，股份合作製成了一個理想的過渡模式和「避風港」。1990年2月，農業部發出第十四號令，頒布《農民股份合作企業暫定規定》，並附《農民股份合作企業示範章程》，其藍本便是橋墩門啤酒廠的那個章程。
在農業部的主導下，沿海各地紛紛推廣股份合作制，很多集體企業也乘機進行了產權改造，由於各地情況不同，那條15%的「公有制的尾巴」也有粗有細，有些只有10%，有的則高達50%，不過無論如何，這種模式的嘗試削減了一些人對私營企業的無休止的清算，也讓企業部分地完成了資產所有權的清晰化。這便是發生在1990年前後的一個事實：政府出於宏觀整頓和維護集體經濟的目的，發動了對「假集體企業」的清理，間接催生出一種新的股份合作制企業模式，最終意外地演變成為中國改革開放以來第一次大規模的企業產權清晰運動。江浙及珠三角一帶的很多私營公司，以股份合作制的面目發展了相當長的時間，在政策日漸寬鬆後，它們又以各種手段剪掉了那條僅僅在名義上存在的「尾巴」，恢復其本來的產權性質。
1990年的中國，以9月份的亞洲運動會為界，涇渭分明。前面的大半年全力搞整頓，經濟從過熱迅速轉入平穩，之後則重新啟動開放與發展的主題。1988年的物價闖關失利以及發生在1989年的社會動盪和經濟低迷，讓中國的決策者對未來的改革模式有了新的思考。激進的思路漸漸退潮，一種漸變式的改革理念成為新的主流。1989年，鄧小平曾提出，中國的問題，壓倒一切的是需要穩定。此後，「穩定」成為一個頻繁出現的名詞，《人民日報》在新年元旦社論中寫道，「只要保持穩定，即使是平平穩穩地發展幾十年，中國也會發生根本性的變化。」「穩定壓倒一切」與「摸著石頭過河」，以及「不管白貓黑貓，抓住老鼠就是好貓」，都是鄧小平的改革名言，細細咀嚼，其中意蘊一以貫之。從1989年下半年開始的治理整頓，讓全世界對中國政府強有力的調控能力留下了深刻的印象。出乎很多國際觀察家的預料，中國經濟並沒有在通貨膨脹中繼續失控地滑行，而是迅速地從過熱中冷卻了下來。
在1989年，全國物價總水平上升了17.8%，下半年更是高達40%，用《紐約時報》的話說，「物價狂漲幾乎可以跟共產黨接管這個國家時的1949年相提並論」。然而，到1990年6月，物價指數就已經降到遠低於危險界線的3.2%，搶購風潮退去，社會恐慌心理隨之就平靜了下來。在通貨膨脹被強行控制住之後，消費的持續低迷立即成為一個新的全國性苦惱。老百姓開始持幣惜購，銀行存款猛增，所有消費品和物資市場一片蕭條。從7月開始，一個新名詞開始被頻頻討論——「市場疲軟」。到八九月間，全國的工業成品庫存積壓比去年同期增加了21%，達到1067億元，而國家預算內國營工廠的庫存更是增加了45.9%，實現利潤下降56%，平均每100家工廠裡就有33家出現虧損。很顯然，這種日趨冷卻的經濟態勢，同樣是可怕的。於是，「啟動市場從何入手」又成為全國媒體熱議的主題，《經濟日報》甚至開闢專欄討論「煤炭多了，煤炭行業怎麼辦」，這個設問放在一年多前幾乎就是天方夜譚。各地政府開始籌劃如何讓經濟升熱的措施。