他除了創作出一系列戲劇作品如《扎伊爾》、《穆罕默德》和《塞米拉米斯》。之外，還寫出了非常成功的小說。這些小說並非一般的小說，雖然它們在形式上極具消遣性，但是伏爾泰的真正目的卻是為了攻擊宗教狂熱和迷信，這裡所說的迷信，在伏爾泰眼裡實際上就是當時法國人所理解的宗教。伏爾泰在他的戲劇作品中就已經開始與宗教迷信展開鬥爭，只是過了很久之後他才真正嚴肅熱情地對待這個問題。在其中的一篇小說中，伏爾泰描述了一個印度人來到法國後改信基督教的故事，他閱讀了《聖經·新約》，但是他總是對教會的教義和要求感到不滿，因為這些與他在《新約》中讀到的並不一致。在另一篇名為《米克羅梅加》的中篇小說中以《格裡佛遊記》的形式寫成。
，有一個幾千尺高的巨人來到了地球上，他與一個地球上的哲學家攀談起來。當他聽說，自古以來，人類就相互殘殺，戰爭連綿不斷，而且正在此時，「就有10萬名頭戴高帽的傻瓜正在與另外10萬名頭戴纏頭布的傻瓜相互廝殺」，這個巨人聽後便輕蔑地喊道：「你們這些倒霉蛋！……我倒是有興趣來幫幫他們，我只消踩上三腳，這些像螞蟻堆般的可笑的殺人狂就會全部玩完。」哲學家對他說道：「這倒不用你勞神費心，他們完全有能力自我毀滅。你能相信，在十年之後，這些討厭的東西還能有十分之一存活在世上嗎？」哲學家下面的話聽起來倒更像伏爾泰自己的口吻，「此外，該受到懲罰的並不是這些人，而是那些道德敗壞的野蠻人，他們在自己的宮殿裡飲酒作樂，而讓數百萬人去流血犧牲，然後又為他們的戰績而設宴慶賀。」
伏爾泰與普魯士國王弗裡德利希二世書信往來長達十多年之久，其間弗裡德利希曾多次向伏爾泰發出邀請。當夏德萊侯爵夫人去世後，弗裡德利希再次發出了邀請，伏爾泰終於接受了他的邀請。兩年內，伏爾泰一直是弗裡德利希宴席上的貴賓，除伏爾泰之外，宴席上還有其他法國思想界的頭面人物點綴其間。弗裡德利希和伏爾泰彼此之間相互讚賞。關於波茨坦給他留下的第一印象，伏爾泰激動地寫道：「15萬士兵……歌劇、戲劇、哲學、詩歌，威嚴和恩寵、身材魁梧的大漢和繆斯女神、軍鼓和提琴、柏拉圖式的饗宴、社交聚會、自由……」儘管如此，絕交還是發生了，發生在伏爾泰與國王之間的並非無可指摘的金錢交易和搬弄是非致使他們最終反目。
他在柏林發表了他的著作《論各民族的精神與風俗》。在西勒時，他就開始為侯爵夫人寫作這部著作，侯爵夫人和伏爾泰意見一致，她認為此前的歷史「幾乎只是一片混亂，一大堆既無聯繫，又無下文的瑣事，千百次沒有解決任何問題的戰爭」。伏爾泰並不想羅列一大堆無關緊要的歷史事實。他想從大處著手考察歷史，他試圖尋找一種簡化的原則，這個原則應該能夠為整體賦予一種意義。他發現了這個原則，這就是，以敘述國王、戰爭和屠殺為中心的歷史將被以敘述社會運動和社會勢力、文化和思想進步為中心的歷史所取代。
「我想寫這樣一部歷史，它應該確切地描述，人們在家庭圈子裡的生活是什麼樣子，他們都掌握了哪些技藝……我研究的對象是人類精神的歷史而非無關宏旨的個別細節，對於偉大的統治者們的故事我並不感興趣……但是我想知道，人類從野蠻狀態過渡到文明狀態都經過了哪些階段。」伏爾泰的著作為人們開闢了一種觀察歷史的嶄新視野，在處理異域文化和宗教時，他表現得極為慷慨大方。伏爾泰是首先關注遙遠的東方世界如波斯、印度和中國的西方人之一。歐洲看上去不再是整個世界，而是一個與其他文明世界地位平等的精神世界，猶太教和基督教與世界上的其他宗教也是平等的，因此它們也就喪失了其至高無上的地位。也正是由於這一點，這部著作激起了某些人的憤慨。和孟德斯鳩一樣，伏爾泰也從外在資料出發，並逐漸把關注的目光投向歷史的真正的內在動力，他以一種現代科學的精神撰寫了一部歷史哲學。
伏爾泰在菲爾奈流亡期間，使這個小城變成了歐洲的一所精神之都。各國的王公貴族和學者或親自前來拜訪伏爾泰或與他書信往來，丹麥和瑞典國王以及俄國女沙皇卡捷琳娜二世都向他表示敬意。弗裡德利希大帝也寫信要求和他重歸於好。除此之外，還有無數來自各個階層的人來向伏爾泰求助，伏爾泰幾乎都向他們一一提供建議或幫助。
在這種成就感和一片讚揚聲中，伏爾泰的內心卻被一種深刻的悲觀主義情緒佔據了，這一方面是因為被法國驅逐的個人經歷令他深感失望；另一方面，1755年發生了里斯本大地震，共造成了30萬人死亡，這使他感到非常悲傷；再則，此後不久又發生了七年戰爭。由於這次地震，伏爾泰寫了一首詩：「那個無所不知的神該如何對此作出評價？他一言不發：命運之書對我們關閉著。不管人探求什麼，他都不會去探求自己；他永遠不知道自己從哪裡來，也永遠不知道自己往哪裡去。我們這些充滿痛苦的塵埃，都將要在泥土裡安然入睡，死亡和命運的嘲弄將會把我們吞沒……在這個虛無和醜惡的世界上，只有那些成群結隊的病態的傻瓜們還在奢談何為幸福……」
他的哲理小說《老實人》也表達了同樣的悲觀主義情緒，就在今天，這本書也仍然值得一讀，而如今人們已很少再去閱讀伏爾泰的原作了。這本書的寫作風格極其風趣，在內容上，它是對萊布尼茨觀念中的「最好世界」的辛辣諷刺。
伏爾泰一生的重要功績還在於，他為《百科全書》作出了傑出的貢獻，關於此，我們在這裡只簡短地提及一下，因為我們在下一節中還要對它詳細討論。有很長一段時間，伏爾泰都是它的主要撰稿人之一。後來他又轉向寫作自己的《哲學辭典》了。這本書涉及了所有能夠想得到的主題，當然也少不了伏爾泰那獨特的優美文風和準確的表達方式。
伏爾泰65歲了，但是最艱巨的鬥爭還在等著他。在虔信天主教的城市圖盧茲，一個信仰新教的市民遭到了不公正地指控，理由是他殺死了自己的兒子，目的是想阻止兒子改信天主教。這位父親被抓了起來，遭到酷刑後不久就死了。其他還活著的家裡人也被驅逐，於是他們就前來求助於伏爾泰。在1761—1765年期間，還發生了很多起類似的事件，伏爾泰對其都有所耳聞。這種不公正深深地震驚了伏爾泰，使他從一個善於交際的懷疑主義者和溫和的嘲諷者轉變成一個憤怒的鬥士，他利用一切可以利用的煽動性言論對基督教和基督教會發起了猛烈的攻擊。「EcrasezInfame！」砸爛那些無恥之徒！成了他反覆使用的格言，他把矛頭指向所有教派。在此期間，他寫了《論寬容》一文，文中說：「基督教歷史上血腥爭端的根源就在於其煩瑣的不可捉摸性，在新教四福音書中卻不見它的任何蹤跡。」「一個生來獨立自主的造物有什麼權力強迫另一個同樣獨立自主的造物按照他的意志去思想？」
繼這篇文章之後，一大批各種體裁的宣傳冊子和政論性檄文就從伏爾泰筆下蜂擁而出，它們都帶有同樣的煽動性，並且被廣泛散播。它們是「最可怕的思想武器，而它們都出自一人之手，這個人就是愛嘲諷人的伏爾泰。」
儘管如此，我們也不可以認為伏爾泰是個無神論者。雖然他對歷史上的正統宗教展開了攻擊，但是他也同樣反對無神論，他堅信一種理性宗教的必要性。「如果上帝不存在，那麼我們也要創造一個上帝出來。但是整個自然都在向我們昭示，上帝是存在的。」
伏爾泰將迷信和宗教截然區分開，他用熱情洋溢的語言讚美耶穌以及耶穌在山上對門徒的教訓，他說耶穌為人類以他的名義而犯的罪而深感痛苦。伏爾泰為自己創立的宗教取名為「DeoerexitVoltaire」伏爾泰造上帝。在《哲學辭典》裡的有神論者一文中，他用下面一段話作為自己的信仰自白：「有神論者相當於我們今天所說的自然神論者。是這樣一個人，他對一個善的、強有力的和創造萬物的最高實在的存在深信不疑……他不會投靠任何一個教派，因為它們都自相矛盾。他說的話大家都能聽得懂，而其他教派彼此卻不能相互理解……他認為，宗教既不在於無法理解的形而上學的觀念，也不在於虛假的表演，而是在於對上帝的崇敬，在於公正。做善事，這是他的宗教演習，獻身於上帝，這是他的教義……」
如他所說：「我所看到的就是，革命的種子好像已經撒播下了，它遲早有一天會到來，但是我卻不可能榮幸地成為它的見證人了……」晚年時，伏爾泰在政治上持一種審慎的態度，因為與教會的鬥爭使他感到身心疲憊，對於在理論上改變世界的可能性他也越來越產生懷疑。或許他還期望能夠通過理性逐漸改善人類，並且能夠為法國人爭取到英國人已經擁有的那種自由。在法國實際發生的那種徹底的社會顛覆——這首先應該感謝伏爾泰為此付出的努力——是伏爾泰幾乎無法預料到的，對此他的觀念太過保守，他對大眾自己掌握自己命運的能力還太缺乏信心。他似乎更傾向於一種和平的漸進式的改革。
在革命爆發的前夜，死神不期而至。臨死前，伏爾泰留給他的秘書一篇書面遺言：「我在祈禱上帝中死去，我對朋友滿懷摯愛，對敵人也並無憎恨，但是我對迷信卻心存鄙視。伏爾泰。」伏爾泰終究也沒有等到革命爆發的那一天。
1778年，83歲的伏爾泰重返巴黎，他受到巴黎人的熱情歡呼，那情形宛如一次凱旋，幾乎沒有哪個國王曾受到過這樣的禮遇。
百科全書派和唯物主義者
德尼·狄德羅知識淵博，才華橫溢，擁有永不枯竭的文學創造力，在同時代人裡，只有伏爾泰能夠與他比肩。和伏爾泰一樣，狄德羅思考和寫作的對象幾乎無所不包，他也幾乎掌握了所有的文學形式。狄德羅的思想發展迅速地發生著轉變，他從信仰天啟的有神論轉向懷疑主義《一個懷疑論者的漫步》。，然後又轉向伏爾泰式的理性宗教《哲學思想》。，最後又轉向堅定的唯物主義《對自然的解釋》。
科學的時代已經來臨，宗教和哲學只好退避三舍！這句話代表著作者們的一種精神，他們試圖利用科學和理性的武器把世界從舊勢力的統治下解放出來，從而開創一個更自由和更幸福的時代。《百科全書》應該將時代的全部知識囊括進來並對其加以整理。不過它不應該僅僅是一面知識的鏡子或一部現代百科全書式的工具書，它同時還應該是一種強有力的武器，能夠針對那些被他們認為是陳舊過時的東西發起攻擊。這整部《百科全書》主要是兩個人的功績，他們就是狄德羅和達朗貝爾，當然其他合作者也為其作出了許多貢獻。
國家和教會極力抵制《百科全書》的出版，在強大的壓力下，達朗貝爾被迫退出了編輯工作，由狄德羅獨自繼續堅持不懈地為之努力。狄德羅一人就撰寫了一千多個條目，儘管再三遭到查禁，《百科全書》還是發行了一萬多套，並且很快就被翻譯成了多種文字。它成為歐洲受教育階層的最常用的工具書，它對人們的思維方式也產生了重大的影響。在思想領域內，除了伏爾泰和盧梭的著作之外，《百科全書》是為1789年法國大革命準備的最重要的工具。《百科全書》的立場也不是徹底地反對一切形式的宗教和信仰，毋寧說，它對宗教持一種懷疑主義的態度。在宗教論戰中，伏爾泰一方面尖銳地攻擊了基督教和教會；另一方面他也嚴厲譴責無神論和無宗教信仰，他的鬥爭也正是在一種真正理性宗教的名義下進行的。不管怎麼說，由於害怕通不過當局的審查，百科全書的出版者任意地作了刪改，去掉了那些過於鋒芒畢露的稜角，狄德羅對此大為不滿。
狄德羅自己也出於同樣的考慮，在「靈魂」和「自由」這些容易引起審查機關懷疑的條目中，他不得不稍微克制一下自己，不過他又在另一些不那麼引人注意的地方表達了自己的真實思想。在宗教問題上，狄德羅本人的確持一種懷疑和審慎的態度，如他在《對自然的解釋》的最後一段中所表達的那樣：「我從解釋自然開始，我也以對自然的解釋結束，在大地上，自然的名字就是上帝。我不知道，你是否就是它；但是我要想，就好像你在注視著我的靈魂；我要行動，就好像我在你面前漫步。在這個世界上，我對你一無所求……看哪，我是這樣的，我是永恆的和必然的物質的一個必然的組成部分，或許我就是你的造物……」這讓我們想起伏爾泰在《彌克羅梅加》中借一個人物之口表達自己的意思：「願上帝憐憫我的靈魂。」