1911年3月4日，六十四歲的李蓮英在北京死去。外界一直認為他是病死的，幾十年的時間裡，大部分人從沒對這一論斷產生過懷疑。但到了1966年，這個論斷卻被完全顛覆了。事情的起因是，這年初夏，北京一所學校的老師在革命造反派的監督之下，挖開了原清朝恩濟莊太監墳地中的李蓮英墓。令人吃驚的是，李蓮英棺材裡只有一顆骷髏頭，卻不見屍骨。
李蓮英的軀幹在哪裡呢，他又為什麼會身首異處？
1984年7月的一天，一名叫佟洵的學生來到了中國第一歷史檔案館借閱檔案，她正著手準備畢業論文，選擇的人物是清朝太監李蓮英。
對於李蓮英離開皇宮之後的生活狀況，種種史料都有著幾乎雷同的記載。那就是李蓮英因病而終，並沒有任何意外發生。但佟洵認為，問題卻在於假如李蓮英果真是壽終正寢，又該如何解釋其墓中身首異處的現實呢？
一天，當佟洵又一次讀到李蓮英的墓誌銘時，發現其中一處模稜兩可的表述：他的墓誌銘用了一個「隕」字，隕就是死了的意思，但沒有病死的含義。此外，佟洵還發現，雖然相關史料中都提到李蓮英是因病而終，但對他的病因卻隻字未提。
1985年，佟洵發表了文章《李蓮英死因之謎》。文章中不僅首次披露了1966年挖掘李蓮英之墓的全過程，以及李蓮英身首異處的真相，更提出了李蓮英死於非命的觀點。
除了佟洵對李蓮英病死的說法表示懷疑外，民間傳說中也有大量李蓮英被殺的說法。總之，只有頭骨而沒有屍身的李蓮英不可能是病死的。唯一的原因，他可能死於「他殺」。
而1990年，北京文史研究館研究員顏儀民在《縱橫》雜誌發表的《李蓮英身首異處之謎》也肯定了李蓮英被人殺害的事實，而且詳細描述了李蓮英被殺的細節：李蓮英在出宮後，一直住在護國寺棉花胡同的一所自家宅院內，過著與世隔絕的生活。一天，李蓮英突然接到一張請帖，發帖之人是清末第一號實權人物，袁世凱的紅人，九門提督——江朝宗。請帖中說，要請李蓮英在什剎海會賢堂吃飯。面對這張非同一般的請帖，李蓮英猶豫不定。權衡半天，李蓮英最後決定準時赴宴。不過，他萬萬沒料到，自己在回家的路上遇到了暗算。事後，其家人在後海找到了李蓮英的頭顱，身軀卻不知下落。
文中，作者字裡行間中提到的兩個人難逃干係，一位是請客人——江朝宗，另外一位則是太監小德張。小德張，清末又一位名噪一時的太監。因為得到隆裕皇太后的寵愛，成為二品太監總管。顏儀民文中多次強調：小德張是李蓮英的死敵。
對於顏儀民的觀點，有專家認為故事的細節不合邏輯，因為按古代來說，行刺都是提著腦袋走，沒有留下腦袋扛著身子走的，而且江朝宗是在宣統二年（1910年）任陝西漢中鎮總兵，一直到民國二年（1912年）才從陝西回到北京，擔任北洋政府的北京衛戍司令。李蓮英死在宣統三年（1911年），這時江朝宗還遠在幾千里之外當總兵，怎麼去殺李蓮英呢？
至於「小德張是李蓮英死敵」的說法，似乎也不合史實。因為小德張比李蓮英小很多，他是在李蓮英出宮後，隆裕皇后當上太后時才慢慢得勢，而且小德張從入宮一直到李蓮英出宮時，從來沒在慈禧太后身邊當過差，所以兩人之間根本沒有利害衝突。
此外還有兩種說法，一種是李蓮英死於革命黨之手，因為李蓮英正好死在辛亥革命時期。另一種說法是，李蓮英曾有一個侄孫女，嫁到了山東省無棣縣。他曾去山東探望侄孫女，順便到泰山一遊，走到山東和河北交界的地方被人殺死。當時跟隨的兩個侍從嚇得失魂落魄，只把李的頭顱用包袱兜回了北京。同這一觀點相近的說法是，李蓮英出宮隱居之後，也是要出門的，比如，他對慈禧太后，總是感恩戴德，每年都要去東陵拜謁慈禧陵寢，結果在半路被人殺死。他的首級，被人扔到了北京李蓮英家的門口。
從以上這些傳說和推斷中，雖不能確定李蓮英的具體死因，但以下一點是肯定的：
第一，李蓮英死於他殺，是事實，病死之說僅僅是其家人說法，不足為信。李蓮英的過繼孫女李樂正說，祖父死於痢疾，得病三四天就突然死亡。但有專家懷疑了這種解釋，因為按1911年3月4日來講，正是初春季節，這個季節得痢疾讓人費解。
第二，李蓮英死於仇敵之手。儘管李蓮英圓滑機警，卻仍有大量仇家。可以想像，「權傾朝右」之人肯定是踩著別人的屍體向上爬的。仇家可以是革命黨人，也可以是宮中同道，亦可以是袁世凱授意之人。其實，最有可能殺他的人，則是光緒皇帝的弟弟醇親王載灃，其當時任監國攝政，權傾一時，他殺人的動機也是有的。因為有人說正是李蓮英下手毒死了光緒皇帝，報哥哥被殺之仇，順理成章。
第三，李蓮英被殺地點並無確切之說。因此，極有可能是殺人者扔還了李蓮英的首級。李家之人找不到屍體，只好將其腦袋下葬了。
李蓮英生前榮華富貴，死後也得以厚葬，其墓前也有「大中至正鞏固千秋」的對聯，有「飾終之典等於元勳」的碑文，但是他的死卻因為身首異處而披上了神秘的面紗。
對於李蓮英之死，雖然都沒有找到李蓮英被殺的直接證據，但專家認為，那些史料中模糊的記載，以及散佈於民間的傳聞，以至李蓮英後人言語中的破綻，都已經暗示了李蓮英之死的種種蹊蹺。