袁世凱的威脅越來越大，慈禧也開始對這個善於投機的漢族大臣產生了懷疑。但她明白，袁世凱對北洋軍的實際控制能力，並非一時就可以解除，就在這時，慈禧又忽然聽到這個驚人消息：袁世凱準備廢掉光緒！不管袁世凱過去對她立過多大的功，也不管他這次動手的目標正是被她痛恨的光緒，袁世凱的陰謀，使她馬上意識到了一種可怕的厄運——愛新覺羅皇朝的厄運，也是她個人的厄運。因此她斷然地做出了一項決定，把北洋軍段祺瑞（其實是袁世凱安插在北京的心腹，可見袁世凱的狼子野心）的第六鎮全部調出北京，然後把陸軍部尚書鐵良統轄的第一鎮調進來接防。
1906年，袁世凱被迫辭去了所有官職，並將自己統治的北洋一、三、五、六鎮交陸軍部管轄；次年，被調離北洋，到京任軍機大臣兼外務部尚書；1909年，又被攝政王載灃罷免一切職務，回河南老家養病。袁世凱因為功高蓋主，跌落到了人生的谷底，不過沒有多久他又發跡了。
1911年武昌起義爆發了，這讓搖搖欲墜的清政府雪上加霜，無奈的清政府只好重新起用袁世凱，任命袁世凱為欽差大臣，節制湖北前線陸海軍；接著，又任命其為內閣總理大臣，指揮北洋軍隊攻佔漢口後，回京組閣。
武昌起義爆發後，以孫中山為首的革命黨堅持要清朝皇帝退位，擁有重兵的袁世凱就成了革命黨爭取的對象。革命黨人的想法也正中袁世凱的下懷，在擔任清政府官員的數年間，袁世凱就有當皇帝的想法，可是有心無膽。因此，對於革命黨投來的橄欖枝，袁世凱便以出任大總統為條件，表示效忠共和。緊接著，袁世凱審時度勢，逼迫宣統退位，策劃兵變，拒絕去南京就任，最終留在了北京成立了北京政府。
袁世凱作為洋務運動的參加者，在血與火的人生經歷中，他有著更深的體會。雖然他善於鑽營，但仍然不能否認他作為清末最傑出的改革派政治家的一面。袁世凱也有明智的時候，比如對世界大勢有過比較清醒的認識。和清王朝的其他幾個新星，比如曾國藩或者李鴻章相比，他似乎更先進一些，他比曾、李更善於接受西方文明，也更能夠擺脫儒教文化道統的束縛；不過，有利也有弊，他也有不如曾國藩、李鴻章的一面，比如他缺乏曾、李具有的傳統道義感。也就是說，袁世凱可能會為了自身的利益，而忽略別人，甚至整個國家的利益，這從他篡奪中華民國的革命果實，並復辟當皇帝就能看出來。
果然，1913年當袁世凱在國會選舉中正式當選為民國第一任大總統後，他開始暴露出了集權野心。他利用他手裡掌握的政權和軍權，逐漸走向集權和專制。
在袁世凱當選大總統之後的這段時間裡，發生了一件舉國震驚的事件，那就是開篇提到的宋教仁被刺案。宋教仁在辛亥革命後的政治舞台上是個舉足輕重的人物，熟悉他的人都說他「頭腦明細，手段靈敏」，可以說，宋教仁是國民黨當中袁世凱最忌諱和害怕的人物。
面對這樣一個人物，奸雄袁世凱豈能無動於衷。他就任臨時大總統後，第一次見到宋教仁，發現宋穿的還是十年前留日時做的西裝，不禁大為驚訝，便派人暗中瞭解宋的體型。之後袁世凱為宋送去的西裝，比宋自己定做的還要合體。他還送交通銀行五十萬元的支票一本，請宋自由支用，但宋教仁只留下衣服，支票卻讓人退還給袁。在宋教仁辭去農林總長後，袁世凱更是有意讓他出任總理，但宋教仁堅持政黨內閣的主張，所以堅辭不就。
在隨後舉行的國會兩院選舉中，國民黨大獲全勝。宋教仁離家出山，沿江東下，從長沙、武漢、安徽到上海，再到杭州、南京。一路上到處發表演說，批評袁世凱政府，闡述自己的憲政理想，言論風采，傾動一時。這時候袁世凱有了殺宋之心。
當1913年3月20日，宋教仁在上海遇刺身亡後，掃除了集權野心攔路虎的袁世凱自然非常高興。一不做二不休的袁世凱加緊了篡權的步伐。10月6日，國會在軍警壓力下，被迫選袁世凱為中華民國的第一任大總統。當袁世凱上任之後，第一件事就是立即下令解散國民黨，並收繳國民黨議員證書，這距他上任還不到一個月時間，可謂雷厲風行。
因為解散了國民黨，導致國會因人數不足而無法開會。僅僅過了兩個月，袁世凱又下令解散國會，同時廢止了《中華民國臨時約法》，並於5月推出新的《中華民國約法》，改內閣制為總統制。之後再修改總統選舉法，使總統可無限期連任，新任總統亦由在任總統指派。
這時候的袁世凱對皇帝夢早已蠢蠢欲動——既有權也有實力，有了稱帝的資本。不過，他很清楚這種冒天下之大不韙的做法會遭到很多人的聲討。這時他身邊的親信，包括他的大兒子起到了推波助瀾的作用。為了讓父親相信輿論擁戴他稱帝，袁的大兒子竟然特地印刷了假的《順天時報》。
《順天時報》是一份由日本人辦的中文報紙，讀《順天時報》早已成了袁世凱的生活習慣。因為這份報紙是日本人辦的，因此並不忌諱政治敏感話題，相反，它更是對「反對帝制復辟」情有獨鍾。
為了避免報紙動搖袁世凱當皇帝的信心，袁世凱的兒子親自出了幾萬塊銀元購買了印刷設備，然後按照《順天時報》的固定格式，把反對帝制的文章改成擁護帝制的，印刷以後送進父親官邸。擁護袁世凱稱帝的人並不止他的兒子一人，袁世凱身旁的親信為了各自的私人目的，都慫恿袁世凱稱帝。
當時，袁世凱身邊有個人物，名叫楊度，袁世凱解散國會後，任參政院參政，這時也竭力鼓吹帝制復辟，並且寫了《君憲救國論》，深得袁世凱的讚許。1915年8月，楊度在袁世凱授意下，成立籌劃帝制的籌安會，在全國發起了復辟帝制的輿論攻勢。
參政院在用奏折向袁世凱陳述稱帝的必要時，袁世凱同意復辟帝制，但卻又說：我是宣誓過發揚共和精神的，現在如果自己當皇帝，那不是背信棄義嗎？還希望你們能深思熟慮，另找他人來當皇帝吧。
下屬們都很清楚袁世凱的真實想法，因此在袁世凱拒絕之後，他們又寫了一份擁戴書，將袁世凱吹得天翻地覆，芝麻粒大點的成績，被屬下吹得有西瓜大。既然袁大總統已經贊成將國家機制改成君主政體，那麼原來的資產階級式的民國就應該廢止了；同理，既然民國都已經不存在了，我們的袁大總統當初就任民國總統時效忠共和的誓言自然也就失效了。換句話說，他當時立下的誓言因為客觀原因而不存在，這就不是他的責任了——事實上，當袁世凱有這種想法的時候，他已經堂而皇之地開始了規劃他的皇帝生涯。
不過也並不是所有的人都支持袁世凱復辟。此時，黎元洪選擇了沉默；徐世昌、段祺瑞、馮國璋等他手下的得力大將都表示反對或持保留態度；特別是梁啟超，逐漸看清袁世凱的本質，更是在後來發表《異哉所謂國體問題者》一文，對袁世凱意欲復辟帝制的行為予以抨擊，並與蔡鍔密謀反袁。
徐世昌就說過，一向聰慧過人、善於權術的袁世凱，卻栽在了稱帝這件事上。袁世凱準備稱帝時，為了得到日本人的支持，他秘密和日本政府進行了交涉，並接受了《二十一條》，承認日本享有德國在山東的一切權利並加以擴大；要求旅大租借期限及南滿、安奉兩鐵路延長為99年，並承認日本在南滿及內蒙東部的特殊權利；中國沿海港灣及島嶼，不得租借或割讓給其他國家……
不過因為國內民眾的強烈抗議和聲討，《二十一條》並沒有切實實施，同時也打擊了袁世凱的聲望。袁世凱本意是想以此換取日本對他復辟帝制的支持，結果落了一場空。
這些都沒有阻止袁世凱稱帝的決心。袁世凱一意孤行，將他的登基大典定在了1916年的元旦。袁世凱沒想到的是，就在他籌劃著登基的時候，如火如荼的護國起義爆發了。洪憲帝制一出台，便遭到全國上下的唾罵和聲討，在家鄉被罵為漢奸，他先前的好友梁啟超更是稱其為「下賤無恥、蠕蠕而動的嬖人」。
1915年12月23日，雲南護國軍起義，雖然護國軍的力量還不足以打敗袁世凱，卻促使貴州、廣西、陝西、浙江等省先後獨立。更讓袁世凱失望的是，他親手栽培的得力助手段祺瑞和馮國璋，卻在他最需要他們的時候，背叛了他——段祺瑞早在袁世凱籌劃著復辟的時候，就聰明地辭去總長的職務，以生病為借口離開；而馮國璋，當時任江蘇將軍，坐鎮南京，因為他離袁世凱較遠，因此不必擔心，而是擁兵觀望；而袁世凱的國務卿徐世昌也在勸說袁世凱不要稱帝無效的情況下，辭職而去了。
在護國軍的進攻和全國人民的聲討下，袁世凱被迫於1916年3月22日取消帝制，次日廢除洪憲年號，這個做了僅僅83天的皇帝就這樣黯然下台了。同年6月6日，在這個國人看來順順當當的日子裡，袁世凱一命嗚呼，離開了這個風雲多變的人世。當袁世凱在全國人民的叫罵和聲討中悲涼地死去的時候，他還不忘記對這個曾經被他稱為「曠代逸才」的人喊上一聲「楊度誤我！」
其實，袁世凱本來有機會成為彪炳青史的歷史偉人，但他一意孤行，逐漸背棄憲政共和原則，權欲惡性膨脹，逆天而行復辟之路，想當皇帝。這種不順應歷史，逆天而行的行為，只不過是他一個人想當然的夢而已。
袁世凱，這個在晚清的熔爐裡煉就的人物，體現著新舊思想的衝突，有著新思想，也存在著保守和落後的思維方式。因為他代表的是新舊軍閥、實力派的利益，不可避免地會與民國初期的民主力量發生激烈的衝突。自然他也只會維護自己的利益。因為他的專制，由曾經聲勢浩大的民主力量主導的憲政民主實驗，最終被證明是十分脆弱的。
因為思想落後以及專制，自從當上總統之後，袁世凱就逐漸背離了民國成立時倡導的憲政共和，他開始利用手裡的實權把權力變成了自己的私人物品——總統的寶座他想坐多久就坐多久，想交給誰就交給誰。不過，他總覺得當總統還是沒有保障的，說不定哪天自己下台了，自己的兒子呢，子孫後代呢？還有保障嗎？看來只有當了皇帝，這種擔憂才能化解。因此，隨著袁世凱權力慾望的膨脹，他開始朝著死亡的深淵走去。
袁世凱作為一個大智慧的政客，能熟知官場脈絡，懂得恰當好處地逢迎拍馬，而且能在清末政壇上以改革派的形象贏得良好聲譽，並在逼迫溥儀退位，創立中華民國上面起到了積極的作用。但袁世凱，作為一個新舊參半的人物，始終無法脫離他的陳舊的官僚封建思想。
不過，對於二十世紀民國初期這段開局，袁世凱固然要負首要責任，難辭其咎，這段開局倘若處理好，或許整個二十世紀的政局會煥然一新，也未可知。只是他一錯再錯，為了一己私利破壞共和，逆天逆歷史而行，最終導致自己身敗名裂。他自始至終導演的皇帝登基，只不過是一場夢而已。而對於袁世凱來說，他的夢短暫而悲涼，也給了我們的後人很多借鑒的教訓吧。
另外，袁世凱也有任事之才、治軍之能，可以稱得上是晚清一位務實幹練的能臣，而且之後加入改革派，建新學的學校，主張廢科舉，引進西方學說，又成立一支警察部隊，令中國軍警分離。袁世凱對中國的軍事和工業化，都有極大的貢獻。然而袁世凱只有當臣之才，卻無為君之能，加上他不切實際的皇帝夢，使得中國陷入長期的南北分裂，軍閥混戰。給中國本已傷痕纍纍的歷史再劃一道傷口。