疾病纏身的光緒親政後遭遇的第一件大事，就是日本侵略朝鮮，進而侵略中國。慈禧和光緒偏向於執意要打，決心援朝抗日，但腐敗的體制最終使鄧世昌戰死，丁汝昌自盡，戰爭還是失敗了。本來那次海戰如果戰勝，就能提高光緒的威望，從而有利於他開展工作，然而迎來的卻是一紙《馬關條約》和割地賠款。這讓其遭受重大打擊，加深了「母子」的不和。但通過中日甲午戰爭，光緒更加明確通過改革政治，富國強兵的重要性。而此時義和團遍地開花，要求改造社會的思潮風起雲湧，光緒帝在康有為、梁啟超等人的影響下，在珍妃的積極支持下，於光緒二十四年四月二十三日(1898年6月11日)，頒布「明定國是詔」，宣佈變法，力推博采西學，推行新政，授予康有為「專折奏事」特權。那些守舊的親貴重臣害怕光緒皇帝在改革政治中觸動他們的地位，紛紛投靠慈禧並竭力挑撥他們「母子」的關係。慈禧也深恐光緒改革的成功會影響到她的獨裁。這樣朝臣內出現了「後黨」與「帝黨」（又稱「清流黨」)，雙方展開了激烈的鬥爭。
光緒親政十年，與慈禧鬥爭了十年，尤其在戊戌變法時，「母子」鬥爭已經進入白熱化階段，矛盾日益突出。據史料記載，光緒二十四年七月二十九日，光緒帝到頤和園見慈禧，慈禧明確表示要廢掉光緒，並密謀由北洋總督榮祿，在九月初天津閱兵時發動政變。情急之下，光緒給帝黨派楊銳下發密諭：「朕惟時局艱難，非變法不足以救中國，非去守舊衰謬之大臣，而用通達英勇之士，不能變法。而皇太后不以為然，朕屢次進諫，太后更怒。今朕位幾不保，汝康有為、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等，可妥速密籌，設法相救。朕十分焦灼，不勝期望之至。特諭。」但楊銳膽小如鼠，未敢將密諭傳予他人，光緒無奈等不到回音，於八月初一、初二連續兩次召見袁世凱，讓他專辦練兵事宜，並賜其為侍郎銜。他總以為袁世凱會感恩戴德，效忠皇帝。同時，光緒帝於八月二日又下了一道密諭給林旭，讓其轉告康有為迅速離京。林旭將兩道密諭同時轉給康有為、譚嗣同等人，這幾人十分感動，決定由譚嗣同出面請袁世凱，馬上舉兵，先殺掉榮祿，回兵包圍頤和園。袁世凱表面上滿口答應，八月五日回到天津，卻在八月六日馬上向榮祿告密。
最後變法運動在以慈禧為首的守舊勢力的反對和鎮壓下，宣告失敗。譚嗣同等「戊戌六君子」遇害，康有為、梁啟超出逃，光緒也被軟禁在中南海瀛台。可以說到此，光緒的政治生涯已經結束，之後的十年光緒雖然名義上仍保持著皇帝的名位，但已沒有了皇帝的權力。
南海瀛台，與水雲榭島、瓊華島分處太液池三海之中，象徵東海三仙島蓬萊、瀛洲、方丈。瀛台四面環水，只在北端架一板橋，通至岸上，板橋中間有一段是活動的，光緒被囚禁此地之後，由慈禧的四名親信太監監視著。「他或者坐在露台，雙手抱膝，愁思哀傷，或者睡在木床上苦思苦想。在太監監視的比較鬆懈時，就偷偷地記日記。這樣差不多被關押了整整兩年。」然後慈禧令人故意把瀛台橋板撤掉，以此斷了光緒出瀛台島之路。光緒住在涵元殿裡，太監每天送飯時架起橋板，走到瀛台來，用完飯後就抽掉橋板。光緒心情更加憂鬱，無奈之中寫下了「欲飛無羽翼，欲渡無舟楫」等詩句。據野史記載，有一年冬天光緒十分想念心愛的珍妃，便帶了小太監踏冰離開瀛台。被發現後，慈禧下令立刻鑿冰，以防光緒離開。他曾仰天長歎：真不如漢獻帝也！因而病勢也日漸加重。
光緒在位除甲午戰爭、戊戌變法之外第三件大事就是八國聯軍侵華。光緒二十六年（1900年），義和團運動波及中華大地，引起英、俄、法、德、美、日、意、奧匈等八國聯軍入侵。光緒二十八年（1902年）一月，光緒又被慈禧帶回北京，仍然被囚禁在瀛台。光緒帝始終沒有勇氣衝破封建倫理思想的束縛，「天顏慼慼，常若不悅」，一生的命運悲劇也繼續延續下去。或許只有死亡才可以徹底地獲得解脫。死亡，可以讓他離開，永遠離開這個對於他來說孤獨寂寞，甚至有些冷漠和殘忍的世界。相信他的靈魂可以入天堂，在那裡，有他所愛的人，他們可以繼續地愛戀，恆久地愛戀。希望在天堂裡的他可以獲得恆久的幸福。光緒三十四年（1908年）十月二十一日，光緒的病情突然轉危，不久死去。如果說光緒入宮為帝，是出於一種政治需要，那麼他的死去，也未必不是清廷政治腐敗的必然。
對於光緒，今天我們再也不能只用今天的眼光來看他，臆斷其為慈禧的傀儡，一百多年前的現實全然不同於現在，在封建專權，清廷內部粉飾太平，將權力鬥爭作為一生的最大追求的時代背景下，光緒是一個有作為的皇帝，錯就錯在他生錯了時代，生錯了家族。《清史稿》裡面這樣評價光緒：「德宗親政之時，春秋方富，抱大有為之志，欲張撻伐，以前國恥。已而師徒饒敗，割地輸平，遂引新進小臣，銳意更張，為發奮自強之計。然功名之士，險躁自矜，忘投鼠之忌，而弗恤其罔濟，言之可為於邑。洎垂簾再出，韜晦瀛台。外侮之來，釁自內作。卒使八國連兵，六龍西狩。庚子以後，怫郁摧傷，奄致殂落，而國運亦因此而傾矣。嗚呼，豈非天哉。光緒駕崩後，清越四年而亡。」
作為一個年輕奮發的君主，光緒皇帝以社稷為重，在飽受侵略者欺凌的時候，曾試圖改變，振興國家，不為求得自保而輕易妥協退縮；在關鍵時刻，為了變法信念，置生死安危於度外。這已經超越了一位傀儡帝王的行為價值選擇，即使從人格上看也是值得稱道的。但是空有一個大清國皇帝的名號，卻沒有真正的實權。在他艱難「親政」的十年裡也是處處受制，沒有自主可言。在德齡離開清宮之前他曾經這樣對德齡說過：「我沒有機會把我的意思宣佈於外，或有所作為，所以外間都不大知道我。我不過是替人做樣子的……我有意振興中國，但你知道我不能做主，我不能如我的志。」這是怎樣的一種絕望和無奈，又是怎樣一種茫然和痛苦？
身為帝王，光緒一百多年來受盡了後人的冷落和責難，這是他的悲劇，活著時得不到掌聲，死後也無人能理解，甚至有人認為他「懦弱無能」，但作為一個人，他在資產階級改良運動中走在了時代的最前列，也為他的人格增添了不少的亮色。變法的最終結果是失敗了，但對當時社會發展起到了積極的作用。思想上，打破了封建專制主義的思想禁錮，開啟了中國思想解放的先河；經濟上，光緒積極配合維新派的主張，發展民族資本主義，為中國早期資本主義發展開闢了道路；文化教育上，光緒主張開辦現代學堂，科舉制度實行徹底改革，派人出國留學、遊歷等，這一主張使得晚清知識分子視野擴大了，也引進了許多先進的西方思想，為中國現代的文化變革作出了重大的貢獻。所以筆者認為光緒是近代中國一位英明的皇帝，不愧為近代中國第一個效仿西方來變革中國的開明皇帝。